Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
|
368 |
332.2 |
13092066 |
97.0% |
12699304 |
150.6 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 1189 total aligned reads displayed.
AGGGTTACGGTCAACGGACGGTCCAGCGCCTGGCTCACTTTCACAGTAAAGGAAGGTTGCTGGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGA > CP009974/1898864‑1899146
|
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ctgagcagggttgctcagggtcacggtgtaggtgatcacgccgccttcggtgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTA > SRR10918232.5166657/101‑151 (MQ=11)
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agggttttggtgtaaaggatcacgccgcatacggtgagccatgcggtcgctggcagggaggcgggtgtgctgccgacctagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCT < SRR10918232.5719407/67‑1 (MQ=43)
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gtaggtgatcacgccgccttcggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACG > SRR10918232.2147242/74‑151 (MQ=60)
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aggtgatcacgccgccttcggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCT > SRR10918232.4570149/72‑151 (MQ=60)
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gtgatcacgccgccttcggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGA < SRR10918232.5190685/82‑1 (MQ=60)
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gccgccttcggtgaatgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAG < SRR10918232.2169367/90‑1 (MQ=60)
GGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATGACCGTCGAGGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCC > SRR10918232.2439327/1‑151 (MQ=47)
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ttcggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTG < SRR10918232.6108898/96‑1 (MQ=60)
TTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATGACCGTCGAGGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTG > SRR10918232.1352716/1‑151 (MQ=54)
tcggtgactgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGT > SRR10918232.4509102/55‑151 (MQ=60)
ggttacgcttggcgaggcggtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCagatcggtagagcacacgtctgaactgcagtta > SRR10918232.3050833/53‑118 (MQ=59)
ggtgaccgacgggctcgccgtcagggtcgcggtggtggtgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTA > SRR10918232.872006/53‑151 (MQ=60)
ggggaccgaggggcgcgccgtcacggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTA < SRR10918232.3393678/99‑1 (MQ=60)
ttacgcttggggaggcggtaagggtcgcggtggtggcgtcgaccgagtcgTTGATCGTGGTATGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACGGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTA < SRR10918232.3087245/101‑1 (MQ=60)
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agtcgTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGatgtagacggcataggtctgggctcgggagttgaaactgcactgggtgtg > SRR10918232.4311029/6‑101 (MQ=60)
GTCGTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTTGAGCCGcagtcgtggacggcattggccggggccgggaagtggtcgctgccatgggtttta > SRR10918232.4072878/1‑97 (MQ=60)
GTCGTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTA < SRR10918232.6250993/151‑1 (MQ=60)
GTCGTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGCCTGGAAAccacagatcggaagagcaccc > SRR10918232.5652587/1‑130 (MQ=60)
GTCGTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTG > SRR10918232.2816983/1‑151 (MQ=60)
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CGTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGCGTTCGGCGTCAGTCGCTCGAAAATACCGCCACTGGCGTTCTCGAGAGTGACCCTCACGGCCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACC < SRR10918232.471347/151‑1 (MQ=60)
NTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTgccg > SRR10918232.5149961/1‑147 (MQ=60)
GTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTAACGCTGCCCTGGGTTTTACCC > SRR10918232.4655373/1‑151 (MQ=60)
GTTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCC > SRR10918232.4548193/1‑151 (MQ=60)
TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcacggaatgtcatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaaaaaattttaccat > SRR10918232.1702891/1‑62 (MQ=48)
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TTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTC > SRR10918232.4001240/1‑30 (MQ=0)
TGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGC > SRR10918232.6484162/1‑151 (MQ=60)
TGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAtcggacgatcaccgggctgaactactctccccgaacctcagctcgaccgcc > SRR10918232.1879408/1‑100 (MQ=60)
GATCGTGGTCTGGGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTGCCGGCT < SRR10918232.4287509/151‑1 (MQ=60)
GATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGCCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCT > SRR10918232.4996984/1‑151 (MQ=60)
ATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTT > SRR10918232.2306483/1‑151 (MQ=60)
TCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGACGGTGGCGTTCTCGTTAGTGACGCTGTCGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTC < SRR10918232.3105596/151‑1 (MQ=60)
TGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGCTGCTCGAAGTTGCCGCCCGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAAC < SRR10918232.1487980/151‑1 (MQ=60)
GGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGT > SRR10918232.6007091/1‑31 (MQ=0)
GTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGG < SRR10918232.1414133/151‑1 (MQ=60)
TCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATagtgagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcacggaatgtcaactcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaaatatatgatt > SRR10918232.1645802/1‑61 (MQ=60)
TGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcacggaatgtcatctcgtatc > SRR10918232.4025544/1‑99 (MQ=60)
TGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATAGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAGTTGACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGA < SRR10918232.268110/151‑1 (MQ=60)
TGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGCGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAACCGTTGTTGTAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGA > SRR10918232.5317895/1‑151 (MQ=60)
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AGGGTTACGGTCAACGGACGGTCCAGCGCCTGGCTCACTTTCACAGTAAAGGAAGGTTGCTGGTCTTCGGTCACATTGCCATTGCTGACAATGCTTACGGTGACGGCATCGATGCTGTCATTGATCGTGGTCTGAGCCGGCGTCGGGTTCGGGGTCAGTTGCTCGAAATTACCGCCAGTGGCGTTCTCGATGGTGACGCTGACGGTCGAGCCGTTGTTATAGACGTCATTGGCCGGGGTCTGGAAATCAACGCTGCCCTGGGTTTTACCCGCTTCAACGGTGA > CP009974/1898864‑1899146
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
