Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
336 |
367.5 |
14491858 |
96.8% |
14028118 |
150.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009974 |
1,896,637 |
C→G |
intergenic (‑4415/‑4182) |
RPPX_08470 ← / → RPPX_08480 |
tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009974 | 1,896,637 | 0 | C | G | 90.8%
| 149.8
/ 21.6
| 119 | intergenic (‑4415/‑4182) | RPPX_08470/RPPX_08480 | tryptophan synthase subunit beta/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/9); new base G (54/54); total (56/63) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.82e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
GTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTG > CP009974/1896487‑1896682
|
gTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGc < 1:7174979/151‑1 (MQ=32)
gTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGc < 2:4823185/151‑1 (MQ=32)
gTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGc > 2:6020569/1‑151 (MQ=31)
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ttGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATGGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCg < 2:3012830/151‑1 (MQ=14)
tGGTGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTCACAGTGGCAGTGCCGGTTGTACCGTTAGCCGGGATGGTGATGGTGGTTTTGCCATCGTCCAGGGTAAAGGTCAGCGCCGCATGCTTGTCGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGt < 1:5156802/151‑1 (MQ=2)
tGGTGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTCACAGTGGCAGTGCCGGTTGTACCGTTAGCCGGGATGGTGATGGTGGTTTTGCCATCGTCCAGGGTAAAGGTCAGCGCCGCATGCTTGTCGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGt < 1:5488998/151‑1 (MQ=2)
tGGTGCCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGTCACAGTGGCAGTGCCGGTTGTACCGTTAGCCGGGATGGTGATGGTGGTTTTGCCATCGTCCAGGGTAAAGGTCAGCGCCGCATGCTTGTCGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGt > 1:4759556/1‑151 (MQ=2)
tGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGt < 1:1486331/151‑1 (MQ=31)
tGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGt < 1:1536960/151‑1 (MQ=31)
ggTACCGACGTCGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTg < 2:1934662/151‑1 (MQ=14)
ggTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTg < 2:596800/151‑1 (MQ=31)
ggTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGGCAGCGTg > 1:5383558/1‑151 (MQ=14)
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gTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAg < 1:1543552/151‑1 (MQ=11)
gTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAg < 1:1537099/151‑1 (MQ=11)
gTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAg > 2:7140834/1‑151 (MQ=11)
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aGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGt < 1:4098594/151‑1 (MQ=11)
aGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGt > 1:663438/1‑151 (MQ=11)
aGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGt < 1:3462583/151‑1 (MQ=11)
aGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGt < 1:6353794/151‑1 (MQ=11)
aGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGt > 1:3153511/1‑151 (MQ=11)
aGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGt < 1:113939/151‑1 (MQ=11)
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gACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTg > 2:2819811/1‑151 (MQ=11)
gACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTg > 1:3639438/1‑151 (MQ=11)
gACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTg > 1:3639411/1‑151 (MQ=11)
gACGTCGTCCGGGGCGGCCACGGGAGCAGTACCGACGGGGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTg < 2:5283401/151‑1 (MQ=11)
aCGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGa < 1:2020606/151‑1 (MQ=11)
aCGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGa < 1:5388923/151‑1 (MQ=11)
aCGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGa > 1:5888772/1‑151 (MQ=11)
aCGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGa < 1:5416935/151‑1 (MQ=11)
aCGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGa > 1:7040563/1‑151 (MQ=11)
aCGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGa > 1:3364991/1‑151 (MQ=11)
cGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGAt > 2:2196374/1‑151 (MQ=11)
cGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGAt < 1:6032288/151‑1 (MQ=11)
cGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGAt < 1:1338206/151‑1 (MQ=11)
cGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGAt < 1:1335078/151‑1 (MQ=11)
cGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGAt > 1:1405181/1‑151 (MQ=11)
cGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGGGGTTGTTGATCGGCAGAACGTCTTTGTTGGTCAGGGTGGCGGTGGAGGTGAt > 1:4012040/1‑151 (MQ=11)
gTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGNCCGACTTTGTTGNTCAGGGTGACGGTGTAGGTGAtc > 2:1345101/1‑151 (MQ=11)
gTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGGTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGAtt > 1:5910490/1‑150 (MQ=11)
ttGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGAtct < 1:3917787/151‑1 (MQ=11)
ttGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGCTGACGGTGTAGGTGAtct > 1:1774025/1‑151 (MQ=11)
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tGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGAtctc > 1:2428/1‑151 (MQ=11)
tGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGAtctc > 1:364854/1‑151 (MQ=11)
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tGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGAtctc < 2:2163493/151‑1 (MQ=11)
tGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGAtctc < 1:4423695/151‑1 (MQ=11)
gTCCGTGGCAGCCACGTTGACAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCTTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTcg < 2:6765565/151‑1 (MQ=11)
gTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTcg > 1:5264584/1‑151 (MQ=11)
gTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTcg < 1:5350661/151‑1 (MQ=11)
gTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTcg < 2:4905732/151‑1 (MQ=11)
gTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGGGTAGGTGATCTcg > 2:3627707/1‑151 (MQ=11)
gTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTcg > 1:5779305/1‑151 (MQ=255)
gTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTcg < 1:4098643/151‑1 (MQ=11)
gTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTcg < 2:62025/151‑1 (MQ=11)
tCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTcgc < 1:2516052/151‑1 (MQ=11)
tCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTcgc < 1:586438/151‑1 (MQ=11)
tCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTcgc < 1:1405272/151‑1 (MQ=11)
tCCGCGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTcgc > 2:5964847/1‑151 (MQ=11)
cgggggCAGCAACGGTGGCAGTATCCACGGGGCCGGTGGCTGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGGTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTcgcg < 2:5537186/149‑2 (MQ=11)
ccGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTcgcc < 1:2842405/151‑1 (MQ=11)
cGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTcgccg > 1:5136860/1‑151 (MQ=11)
cGGGGCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTcgccg > 1:2596223/1‑151 (MQ=11)
ggggCAGCCGCGGTGTCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTcgccgc < 2:3290301/151‑1 (MQ=11)
ggggCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTcgccgc > 1:45860/1‑151 (MQ=11)
ggggCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTcgccgc > 1:3651329/1‑151 (MQ=11)
gggCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCgccgcc > 1:730800/1‑151 (MQ=11)
gggCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCgccgcc > 1:5393668/1‑151 (MQ=11)
ggCAGCCACGGTGGTAGTACCCACGGTGTCATTAGCCGGTACGGTGATGACGGTTTTGCCGACGCTCAGCGTGTAGGTCAATGCCCTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCt < 2:5834456/151‑1 (MQ=11)
ggCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCt > 1:3217088/1‑151 (MQ=11)
ggCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCt > 1:4876522/1‑151 (MQ=11)
ggCAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCt < 1:6762629/151‑1 (MQ=11)
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cAGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTc > 1:5053340/1‑151 (MQ=11)
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aGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCg < 1:4407045/151‑1 (MQ=11)
aGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCg > 1:4341736/1‑151 (MQ=11)
aGCCACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCg > 1:1920303/1‑151 (MQ=11)
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ccACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCGTTGGCCGGCACAGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGGGTGAAGGGCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGt > 2:356337/1‑151 (MQ=11)
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ccACGGTGGCAGTACCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGt < 1:873029/151‑1 (MQ=11)
ggggCAGTGCGTACGGGGCCATTGGGCGGCAGGGTGATGGCGGTTTTGCCGTCGCTCGGCGTGAAGGTCAATGCACTGGGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGGTGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGGCCg < 2:6910554/149‑1 (MQ=11)
gCCCACGGTGCCATTAGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGACCGTCTTTGTTGGTCAGGGTGACGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACGGACGGGGTg < 1:6906613/151‑1 (MQ=11)
|
GTTGGTACCGACGTAGACGTTGTCCGGGGCAGCCACGGTGGCAGTGCCCACGGTGCCATTGGCCGGCACGGTGATGACGGTTTTGCCGTCGCTCAGCGTGAAGGTCAATGCACTGTGGTTGTTGATCGGCAGGCCGTCTTTGTTGGTCAGCGTGATGGTGTAGGTGATCTCGCCGCCTTCGGTGACCGACGGGGTG > CP009974/1896487‑1896682
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
