Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
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336 |
367.5 |
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96.8% |
14028118 |
150.7 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 332 total aligned reads displayed.
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|
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GCTGGCCAATTT‑CACCAGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGACGCGCACAGGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATCTCCACCGACCGTTCGC > SRR10918235.4076744/1‑151 (MQ=60)
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aatttccaacggccgttcgccgcTGCCGCCGCTCCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGATGGACGCGCACAGGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGC < SRR10918235.489312/128‑1 (MQ=60)
AATTT‑CACCAGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGACGCGCACAGGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGACCGTTCGCCGCTGCC > SRR10918235.1691469/1‑151 (MQ=60)
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CCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGATGGACGCGCACAGGCCGTTGTGGGAGCGGGTTCACCCGCGAATAGGCCGGGCCAGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTGGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCC > SRR10918235.999531/1‑151 (MQ=60)
cgatcCCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACGATGGACGCGCACAGGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCG < SRR10918235.3449375/146‑1 (MQ=60)
agctcCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGATGGACGCGCACAGGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCG < SRR10918235.2095843/146‑1 (MQ=60)
CGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGATGGACGCGCACAGGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCG < SRR10918235.2097700/151‑1 (MQ=60)
GCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGACGCGCACAGGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGC > SRR10918235.3191497/1‑151 (MQ=60)
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CGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGACGCGCACAGGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGAGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTA < SRR10918235.1017012/151‑1 (MQ=60)
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TCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGACGCGCACAGGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGACCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACgctg > SRR10918235.4800805/1‑147 (MQ=60)
tacgagttaaccgaaggtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatctGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTC < SRR10918235.4482929/101‑1 (MQ=60)
CGCGGGTAAACCCGCTCCTACGATGGACGCGCACAGGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTC > SRR10918235.6832194/1‑151 (MQ=60)
GCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGACGCGCACAGGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGACCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACcctgcg > SRR10918235.960816/1‑145 (MQ=60)
CGGGTAAACCCGCTCCTACGATGGACGCGCACAGGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAG > SRR10918235.174119/1‑151 (MQ=60)
GGGTAAACCCGCTCCTACATTGGACGCGCACAGGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGACCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACgatggacg < SRR10918235.1074815/151‑9 (MQ=60)
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CGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGG < SRR10918235.3323036/151‑1 (MQ=60)
CGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGG > SRR10918235.4766782/1‑151 (MQ=60)
GCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGACCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGA > SRR10918235.2157420/1‑151 (MQ=60)
GCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGACCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGCAAACCCGCTCCTACgctcgacgcgcacagactgttctaggagcgggctcactcccgcttaccgccggccacctgcccac > SRR10918235.5331867/1‑86 (MQ=60)
GAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAAC > SRR10918235.807766/1‑151 (MQ=60)
GAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCAAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAAC > SRR10918235.5932591/1‑151 (MQ=60)
ATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCTCTGTCCGTCCGCCGCTGGCGCCGCTACGGTATTCGCG < SRR10918235.1214797/65‑1 (MQ=30)
ATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTG > SRR10918235.3649757/1‑151 (MQ=60)
ATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTG > SRR10918235.2302855/1‑151 (MQ=60)
ATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTG > SRR10918235.3649310/1‑151 (MQ=60)
ATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGACCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCTCGGGTAAACCCGCTCCTACggtggacgcgcacacgctgttgtcggggcgggttgccccgtgcgtaggcctggcctgctggccgatttc > SRR10918235.1650093/1‑82 (MQ=56)
TGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGG > SRR10918235.893411/1‑151 (MQ=60)
GCCGGGCCTGCTGGCCGATTTCCGCCGACCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCA < SRR10918235.1582898/151‑1 (MQ=60)
CGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAAT < SRR10918235.2404534/151‑1 (MQ=60)
GCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACG > SRR10918235.2645568/1‑151 (MQ=60)
GCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACG < SRR10918235.5431880/151‑1 (MQ=60)
GCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACG > SRR10918235.2644641/1‑151 (MQ=60)
GCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACG < SRR10918235.3501048/151‑1 (MQ=60)
GCCTGCTGGCCAATTTCCACCGACCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACgcgggaggcgcacgggctcttgtgggagcgggttcacccccgcatggggcgggccagctggcgaaattgcgcaggccg > SRR10918235.1676049/1‑73 (MQ=60)
CCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGC > SRR10918235.1255451/1‑151 (MQ=60)
CCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGC > SRR10918235.2055979/1‑151 (MQ=60)
CTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCG > SRR10918235.5844001/1‑151 (MQ=60)
CTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCG < SRR10918235.7214253/151‑1 (MQ=60)
CTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCG > SRR10918235.998060/1‑151 (MQ=60)
CTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCG > SRR10918235.1422300/1‑151 (MQ=60)
GCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGT > SRR10918235.6434907/1‑151 (MQ=60)
CTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCaccaggaatcgcgcagtaagcgctt > SRR10918235.4206180/1‑126 (MQ=60)
CTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGGGGTT > SRR10918235.4206159/1‑151 (MQ=60)
CTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTT > SRR10918235.4713572/1‑151 (MQ=60)
GCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCT < SRR10918235.1348524/151‑1 (MQ=60)
AATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGA > SRR10918235.4704141/1‑151 (MQ=60)
TTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAG < SRR10918235.4588659/151‑1 (MQ=60)
TTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAG > SRR10918235.1327703/1‑151 (MQ=60)
CCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGA < SRR10918235.2129890/151‑1 (MQ=60)
CCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGA > SRR10918235.3846358/1‑151 (MQ=60)
CACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGAC > SRR10918235.6183322/1‑151 (MQ=60)
CACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGAC > SRR10918235.6882702/1‑151 (MQ=60)
CACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGAC > SRR10918235.4308405/1‑151 (MQ=60)
|
CGGCCCTGCTGGCCAATTT‑CACCAGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGACGCGCACAGGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGACGCAC > CP009974/981275‑981573
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
