Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
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BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 294 total aligned reads displayed.
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|
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GGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCagatcggaagagcacacgtctgaactccagtcacggaatgtcatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaaaaaaaaagaaatagacagagagcagtataagaatt > SRR10918232.435585/1‑46 (MQ=60)
GCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGA < SRR10918232.5483906/151‑1 (MQ=60)
CGAATGGGCCGGGCTTGCTGGCTAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAA < SRR10918232.4155563/151‑1 (MQ=60)
CGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAA > SRR10918232.3268204/1‑151 (MQ=60)
CGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAA > SRR10918232.2603703/1‑151 (MQ=60)
ATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTG < SRR10918232.3992485/151‑1 (MQ=60)
TGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGG > SRR10918232.3141766/1‑151 (MQ=60)
TGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGG > SRR10918232.3141063/1‑151 (MQ=60)
TGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGG > SRR10918232.2841489/1‑151 (MQ=60)
GGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGG < SRR10918232.648479/151‑1 (MQ=60)
GGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGG < SRR10918232.1495641/151‑1 (MQ=60)
GCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCA > SRR10918232.5050518/1‑151 (MQ=60)
GCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCA < SRR10918232.4802866/151‑1 (MQ=60)
CCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAA > SRR10918232.137884/1‑151 (MQ=60)
GGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATA < SRR10918232.718584/151‑1 (MQ=60)
GGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATA > SRR10918232.1688860/1‑151 (MQ=60)
GCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACG > SRR10918232.778908/1‑151 (MQ=60)
CCTGCTGGCCATGTGCCGCCGGCCGTTCGGCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGC < SRR10918232.5327192/151‑1 (MQ=60)
CCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGC < SRR10918232.2893630/151‑1 (MQ=60)
CCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGC < SRR10918232.2897134/151‑1 (MQ=60)
CTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAACCCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCG < SRR10918232.2774350/151‑1 (MQ=60)
GCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTCCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGT < SRR10918232.5924062/151‑1 (MQ=60)
CTGGCCAATTTCCACCGACCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACgagggacgcgcacagcccgacgtaggagcgggttcacccccgaatggcccgggcccgctgcccgacttccccccccctccccc > SRR10918232.2624983/1‑68 (MQ=54)
TGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTG < SRR10918232.4464279/151‑1 (MQ=60)
GCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCT < SRR10918232.2951415/151‑1 (MQ=60)
CCCATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTT < SRR10918232.3341689/151‑1 (MQ=60)
CCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTT < SRR10918232.2505364/151‑1 (MQ=60)
CCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTT < SRR10918232.2505451/151‑1 (MQ=60)
CCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTT < SRR10918232.6021668/151‑1 (MQ=60)
CAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTG > SRR10918232.2879324/1‑151 (MQ=60)
CAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTG > SRR10918232.5926519/1‑151 (MQ=60)
AATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGA > SRR10918232.3705551/1‑151 (MQ=60)
CCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGA < SRR10918232.5904831/151‑1 (MQ=60)
CACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACagatcggaagagcacacg > SRR10918232.1818527/1‑133 (MQ=60)
CACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGAC > SRR10918232.2308257/1‑151 (MQ=60)
ACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGACG > SRR10918232.5444509/1‑151 (MQ=60)
ACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGACG < SRR10918232.3859021/151‑1 (MQ=60)
ACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGACC > SRR10918232.3597293/1‑151 (MQ=60)
CGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGACGCA > SRR10918232.1665158/1‑151 (MQ=60)
|
GCCGGCCCTGCTGGCCAATTT‑CACCAGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGACGCGCACAGGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGACGCAC > CP009974/981273‑981573
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
