Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I1 R1
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404 |
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96.8% |
10143224 |
150.7 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 234 total aligned reads displayed.
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|
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ggcctattttcaactgccgatcgtcgttgccgctgctcccttctgCGCGGGTAATCCCGCTCCAACGATGGACGCGCATAGGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCCCCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCG < SRR10918231.1809046/106‑1 (MQ=60)
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AGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATG < SRR10918231.3449716/151‑1 (MQ=60)
GCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGAgat > SRR10918231.1898744/1‑148 (MQ=60)
CGGGGTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGT < SRR10918231.4100343/151‑1 (MQ=60)
GGGTTCACCCGGGGATGGGCCGGGCCTGCGGGCCACTTTCCGCCGACCGTGCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC < SRR10918231.4516242/96‑1 (MQ=38)
TTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATC > SRR10918231.5212417/1‑151 (MQ=60)
TTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATC < SRR10918231.2409302/151‑1 (MQ=60)
TTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATC > SRR10918231.4118444/1‑151 (MQ=60)
TTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGACCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCagctcggaagagcacacgtctgaactccagtcactggtgaagatctcctataccgtctcctgcttga > SRR10918231.4062523/1‑84 (MQ=60)
TCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCC < SRR10918231.1563773/151‑1 (MQ=60)
CACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCG < SRR10918231.2204451/151‑1 (MQ=60)
CCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGagatcggaagagcacacgtctg > SRR10918231.3377679/1‑129 (MQ=60)
CCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAG < SRR10918231.5263505/151‑1 (MQ=60)
CCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAG < SRR10918231.4944393/151‑1 (MQ=60)
GAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAAC > SRR10918231.1074580/1‑151 (MQ=60)
AATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACT > SRR10918231.2957005/1‑151 (MQ=60)
ATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTG > SRR10918231.3688500/1‑151 (MQ=60)
ATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTG > SRR10918231.4112532/1‑151 (MQ=60)
ATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTG > SRR10918231.392572/1‑151 (MQ=60)
ATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTG > SRR10918231.4103851/1‑151 (MQ=60)
TGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGCTGGTAATCCGCAGGAACTGG > SRR10918231.4564333/1‑151 (MQ=60)
TGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGACCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACgctggacgcgcacacgctgttgtgtgagcggttcctcccgcgcatgcggcgggtctgccggcgaatttgc > SRR10918231.3164683/1‑81 (MQ=60)
GGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGG > SRR10918231.4040707/1‑151 (MQ=60)
GGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGATAATCCGCAGGAACTGGG > SRR10918231.2726059/1‑151 (MQ=60)
GGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATA > SRR10918231.429816/1‑151 (MQ=60)
GGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGACCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACgagggaggcgcacgggctgatgtaggagcgggtcctccccggaatgggccgggccatctgccgaatttcgaccggc > SRR10918231.2077293/1‑75 (MQ=41)
GGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCCGTCCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCTTTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATAC < SRR10918231.537859/151‑1 (MQ=60)
GCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACG > SRR10918231.3448289/1‑151 (MQ=60)
CCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACTTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGC > SRR10918231.710158/1‑151 (MQ=60)
CTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACCCG > SRR10918231.2306504/1‑151 (MQ=60)
CTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGGGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGAGGGGAATCCGCAGGAACAGGGCAATACGCG > SRR10918231.2019338/1‑151 (MQ=60)
CTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTT < SRR10918231.2012533/151‑1 (MQ=60)
TGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTG < SRR10918231.1441902/151‑1 (MQ=60)
GCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCT < SRR10918231.2160966/151‑1 (MQ=60)
CCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTT < SRR10918231.565757/151‑1 (MQ=60)
ATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAA < SRR10918231.5016795/151‑1 (MQ=60)
CCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGGAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGA < SRR10918231.3561076/151‑1 (MQ=60)
CCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGGAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGA < SRR10918231.3561114/151‑1 (MQ=60)
CACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGAC < SRR10918231.5185717/151‑1 (MQ=60)
CCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGACGC > SRR10918231.4680361/1‑151 (MQ=60)
CGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGACGCA > SRR10918231.4278968/1‑151 (MQ=60)
|
CCGGCCCTGCTGGCCAATTT‑CACCAGCCGTTCAGCGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGACGCGCACAGGCTGTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCGGCCGTTCGCCGCTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACGTCAGTTCAACGCATCCAGCAGTGCCTGGTTCATTTCCGGCGTACCGATGGTAATCCGCAGGAACTGGGCAATACGCGGTTGCTTGAAGTGACGCA > CP009974/981274‑981572
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
