Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F1 I1 R1
|
368 |
332.2 |
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97.0% |
12699304 |
150.6 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 516 total aligned reads displayed.
ACTACTGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAGGCAAGCGATTC > CP009974/3105269‑3105569
|
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acacacatcggtggttggacacagcccaCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTCCACCCGCCATGCACTGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGAC > SRR10918232.4402160/29‑151 (MQ=0)
GTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACAC > SRR10918232.5777794/1‑151 (MQ=60)
cacatcggtggttggacacagcccaCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTCCACCCGCCATGCACTGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACA > SRR10918232.3016643/26‑151 (MQ=0)
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AAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTCAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACAC > SRR10918232.3498842/1‑151 (MQ=60)
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atcggtggttggacacagcccaCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGGAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACAT > SRR10918232.1904651/23‑151 (MQ=0)
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ggtggttggacacagcccaCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCATCGACTGTTGCTGCCGCCATCCTATTTGCGGGTAAAACCGCTCCTACACAGATTGGGGGGGGACACACATCGG > SRR10918232.2383783/20‑151 (MQ=0)
ggtggttggacacagcccaCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGG < SRR10918232.2291379/132‑1 (MQ=2)
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TTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTG < SRR10918232.3586677/151‑1 (MQ=60)
tggacgcaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGAGGT < SRR10918232.828439/135‑1 (MQ=0)
ggacgcaggcggtcgTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGAGGTT < SRR10918232.4527806/136‑1 (MQ=0)
acgcaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGAGGTTGG < SRR10918232.3565901/138‑1 (MQ=0)
cgcaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGAGGTTGGA < SRR10918232.5041733/139‑1 (MQ=0)
ggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGAGGTTGGACACA > SRR10918232.172711/9‑151 (MQ=6)
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gcctgcctgtACCCGCGAAAA‑GGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTttac > SRR10918232.3920699/11‑147 (MQ=0)
GAGCGGGTTCACCCGCGAAAG‑GGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAG > SRR10918232.3160738/1‑151 (MQ=40)
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CGCGAAAA‑GGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTttacccgcgaaagggcc < SRR10918232.1792795/151‑18 (MQ=20)
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GCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGC < SRR10918232.51431/151‑1 (MQ=40)
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CGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGCTTACCCGCG > SRR10918232.2436829/1‑151 (MQ=29)
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GAAAA‑GGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTttacccgcgaaagggccggc > SRR10918232.5262374/1‑131 (MQ=18)
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AAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAA > SRR10918232.1888529/1‑151 (MQ=25)
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G‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAC > SRR10918232.3382425/1‑151 (MQ=20)
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GCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGC > SRR10918232.2196557/1‑151 (MQ=20)
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CTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCCTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAagggccggccct < SRR10918232.3215653/151‑13 (MQ=4)
CTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAagggccggccct > SRR10918232.4105267/1‑139 (MQ=20)
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GCCAATTTCCCCCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTttacccgcgaaagggccggccctgctggccaatttccac < SRR10918232.2883102/151‑40 (MQ=31)
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CCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTttacccgcgaaagggccggccctgctggccaatttccacccgccgtt < SRR10918232.2079387/151‑48 (MQ=33)
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CGTTCACCGTTGCCGCCACTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTttacccgcgaaagggccggccctgctggccaatttccacccgccgttcaccgttg > SRR10918232.755861/1‑96 (MQ=2)
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ACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACAGCACCGGATTC > SRR10918232.1179472/1‑151 (MQ=41)
CGTTGCCGCCGCCACCGTATCCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAgaggccggccctgctggccaatctccaccagccgttcac < SRR10918232.1503658/151‑40 (MQ=1)
TTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGcccgcgatcggaagagcacacctctgaactccagtcacggtatgtcccaacgtatgccgtcctctgcctgta > SRR10918232.5465177/1‑79 (MQ=27)
TGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGC < SRR10918232.1128941/151‑1 (MQ=60)
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GCCGCCACGGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAgaggccggccctgctggccaatctccaccagccgttcaccgttgcc < SRR10918232.256784/151‑47 (MQ=0)
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GCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATG > SRR10918232.4758325/1‑151 (MQ=60)
CCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGC < SRR10918232.1414239/151‑1 (MQ=60)
ccgtatgcgcgtataaaccccgtccgacgCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCG < SRR10918232.1152290/122‑1 (MQ=60)
CGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGC > SRR10918232.1076655/1‑151 (MQ=60)
TATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGTAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCCGTGCCATCCACCGCACTCGATTCTTCGCCAGCATGCCAGCTC > SRR10918232.4323871/1‑151 (MQ=60)
CGGGTAAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCACGCTCCTctag > SRR10918232.593048/1‑147 (MQ=60)
AAACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCC > SRR10918232.306725/1‑151 (MQ=60)
ACCCGCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCC < SRR10918232.1269683/151‑1 (MQ=60)
CGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACgcgccggccgcgcgggccactacgcacccgcctttcacatcagccgccgctgccgcatttgcgcataggac > SRR10918232.5985403/1‑80 (MQ=0)
GCTCCTACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCA > SRR10918232.291884/1‑151 (MQ=60)
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TACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTGTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTC < SRR10918232.1285753/151‑1 (MQ=60)
ACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCA < SRR10918232.6023059/151‑1 (MQ=60)
ACGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCA < SRR10918232.6069763/151‑1 (MQ=60)
ACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGT > SRR10918232.3825152/1‑49 (MQ=15)
ACACAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACAGAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA > SRR10918232.4142334/1‑70 (MQ=0)
CGCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAA < SRR10918232.1054060/151‑1 (MQ=60)
GCAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAG > SRR10918232.469916/1‑151 (MQ=60)
CAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAagggcggaccgtgctggccaatgtgctcctgccggtcaccgttgccgccgcaaccgtattggctggtaaccccgatcctacg > SRR10918232.674593/1‑69 (MQ=23)
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AGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAGGC > SRR10918232.4092646/1‑151 (MQ=60)
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ATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAGGCAA > SRR10918232.3667033/1‑151 (MQ=60)
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TGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAGGCAAGC < SRR10918232.6372571/151‑1 (MQ=60)
GGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAGGCAAGCG > SRR10918232.5068765/1‑151 (MQ=60)
GGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA > SRR10918232.5689031/1‑61 (MQ=0)
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TGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA > SRR10918232.6144017/1‑59 (MQ=0)
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GGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGT > SRR10918232.3728468/1‑37 (MQ=4)
ATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAGGCAAGCGATTC > SRR10918232.6386225/1‑151 (MQ=60)
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ACTACTGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAG‑GGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAGGCAAGCGATTC > CP009974/3105269‑3105569
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
