Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I1 R1
|
404 |
265.1 |
10478538 |
96.8% |
10143224 |
150.7 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 414 total aligned reads displayed.
ACTACTGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAGGCAAGCGATT > CP009974/3105269‑3105568
|
ACTACTGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGA > SRR10918231.4981926/1‑151 (MQ=60)
gtggacacacatcggtggttggacacagcccaCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTCCACCCGCCATGCACTGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGGTTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA > SRR10918231.2718953/33‑57 (MQ=0)
gtggacacacatcggtggttggacacagcccaCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTCCACCCGCCATGCACTGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGGTTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA > SRR10918231.5034995/33‑57 (MQ=0)
ggacacacaccggaggttggacgcaggccgtcgtggaggaGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGT > SRR10918231.2140241/41‑151 (MQ=0)
CTACTGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGAT > SRR10918231.752803/1‑151 (MQ=60)
TACTGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCCCTCCTCCG‑CAGATTGGTGATG > SRR10918231.3111931/1‑151 (MQ=60)
cacccaccggaggttggacccaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGA < SRR10918231.4043081/121‑1 (MQ=0)
TGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGAC < SRR10918231.2058669/151‑1 (MQ=60)
TGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTAGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGAC < SRR10918231.3626310/151‑1 (MQ=60)
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GGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACA < SRR10918231.4261677/151‑1 (MQ=60)
TAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACA > SRR10918231.2950236/1‑151 (MQ=60)
aagacaatttgagccgttgtccaCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGACCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACAC < SRR10918231.2242202/128‑1 (MQ=19)
ccggaggttggacgcaggccgtcgTGTAGGTGCGGGTTCCCCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTAGCCGTTGCCGCCGCCGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACC < SRR10918231.3810223/127‑1 (MQ=10)
atcggtggttggacacagcccaCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGGAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGGGGTGGACACACAT > SRR10918231.4939871/23‑151 (MQ=0)
ggaggttggacgcaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACCTC > SRR10918231.5116830/23‑151 (MQ=1)
gtgactggagttcagacgtgtgctcttccgatctttACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAGTTTCCACCCGCCATGCACTGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACAtctcg < SRR10918231.1639409/115‑6 (MQ=0)
AATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGG < SRR10918231.4701686/151‑1 (MQ=60)
ATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGT < SRR10918231.228863/151‑1 (MQ=60)
ATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGT < SRR10918231.2797778/151‑1 (MQ=60)
ggacgcaggccgtcgTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGAGGTT > SRR10918231.4536743/16‑151 (MQ=0)
CGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCTGTGGTT > SRR10918231.1965046/1‑151 (MQ=54)
GGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTG > SRR10918231.4590159/1‑151 (MQ=60)
GGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTG < SRR10918231.4529654/151‑1 (MQ=60)
ggacacagcccaCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGG > SRR10918231.4291504/13‑151 (MQ=16)
ggacacagcccaCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGG < SRR10918231.1807484/139‑1 (MQ=16)
cggtggttggacacaggccgccgtttACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCTGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACACCCGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGG > SRR10918231.3143648/27‑151 (MQ=11)
CGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGAC > SRR10918231.4116941/1‑151 (MQ=57)
cacagcccactgtagaaGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACA < SRR10918231.4630226/134‑1 (MQ=51)
cagcccatTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACA < SRR10918231.415389/143‑1 (MQ=45)
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TGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGCGGTTGGACACA > SRR10918231.274130/1‑151 (MQ=40)
agcccaCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAG < SRR10918231.2168082/145‑1 (MQ=16)
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cgtcgTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGAGGTTGGACACAGCC > SRR10918231.1177897/6‑151 (MQ=0)
GGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGC > SRR10918231.3683105/1‑151 (MQ=45)
GGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGC > SRR10918231.680288/1‑151 (MQ=45)
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GTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCGCCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGAGGTTGGACACAtcccgccgg > SRR10918231.799319/1‑142 (MQ=0)
AGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGcccactgtag < SRR10918231.3410432/151‑11 (MQ=47)
cgcctgcctgtACCCGCGAAAAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTTTA < SRR10918231.4131810/140‑1 (MQ=0)
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GGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTAGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGccgactgtacg > SRR10918231.823126/1‑140 (MQ=22)
CGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCG < SRR10918231.4183404/151‑1 (MQ=42)
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TCACCCGCGAAAGGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCACCGTGTAGGAGCGGGT > SRR10918231.4868971/1‑151 (MQ=34)
TACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGAGTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTA > SRR10918231.4477141/1‑151 (MQ=36)
TACCCGCGAAAAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTttacccgcgaaag > SRR10918231.308699/1‑138 (MQ=18)
CCCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACTGTTGCCGCCGCTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACCTCTGGGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTT < SRR10918231.209653/151‑1 (MQ=0)
ACCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCCTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTAC > SRR10918231.2342509/1‑151 (MQ=0)
ACCCGCGAAAGGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACCGGCCGCCGTGTGGGCGCGGGTGT > SRR10918231.4962923/1‑151 (MQ=25)
ACCCGCGAAAGGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTT < SRR10918231.4991352/151‑1 (MQ=31)
ACCCGCGAAAAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTttacccgcgaaagg < SRR10918231.131943/151‑15 (MQ=22)
CCCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCCTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACC < SRR10918231.2050769/151‑1 (MQ=0)
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CCGCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCCTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCC < SRR10918231.4469474/151‑1 (MQ=0)
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CGCGAAGGGGCCGGCCCTGCTGGCGCATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCCCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCG < SRR10918231.1651420/151‑1 (MQ=26)
CGCGAAAGGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACC < SRR10918231.1778558/151‑1 (MQ=25)
CGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACCTCGGTGGTTGGACACAGCCCGC‑‑TGTAGGAGCGGGTTCACCCG > SRR10918231.3065604/1‑151 (MQ=0)
CGCGAAAAGGCCGGGCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCACTACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTttacccgcgaaagggcc < SRR10918231.2007416/151‑18 (MQ=20)
GCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCCTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGC > SRR10918231.2478019/1‑151 (MQ=4)
GCGAAGAGGCCGGCCCTGCTGGCCAATGTCCACCCGCCCTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CACAGTGGAGATGGACACACATCGGTGGTTGGtgacagcccacggtaagagcgggttttcccgc > SRR10918231.2489413/1‑119 (MQ=0)
GCGAAAGGGCCGGTCCTGCTGGCCAATCTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCC < SRR10918231.3027148/151‑1 (MQ=23)
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CGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCAGCCATTCACTGTTGCTGCCGCCATCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCG > SRR10918231.2035320/1‑151 (MQ=30)
gaagaGGCCGGCCCTGCTGGCTAATTTCCACCCGCTGTTCACCGTTGCCACCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCACGCCTACT‑C‑‑‑‑TGGTGGTGGACACTCATCTGGGGTTGGACACAGGCCTCC‑‑GTAGGTGCGGGTTTACacgcgcagag > SRR10918231.3798628/6‑141 (MQ=0)
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CCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAGCCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAgaggccggccctgctggccaatctccaccagccgttcaccgttg < SRR10918231.4386606/151‑45 (MQ=27)
CGCCGCCACCGTATTCGCGTGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAG < SRR10918231.4493424/151‑1 (MQ=60)
CGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAgaggccggccctgctggcccatctccaccagccgttcccctgtgccgc > SRR10918231.2728827/1‑103 (MQ=0)
GCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAcgcgcgtgcccacccgcgaaggagccggccctgccacacatcctccacccaccccccaccgatgccctc > SRR10918231.2169863/1‑82 (MQ=8)
GCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAgaggccggccctgctggcccaactccgtccgaccaccaccttcgccgcc > SRR10918231.137442/1‑102 (MQ=0)
CCACCGTAGTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGC < SRR10918231.1240207/151‑1 (MQ=60)
ACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCC < SRR10918231.2268449/151‑1 (MQ=60)
GTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCT > SRR10918231.4641853/1‑151 (MQ=60)
CGCGGGTAACCCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTAC < SRR10918231.3511495/151‑1 (MQ=60)
GGTAAACCCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCCCCTACAGCG > SRR10918231.5021885/1‑151 (MQ=60)
ggtgagcccggtcgtacgCAGATTGGTGATGGACAGACATCGGTGGGTGGACACAGGCCGCCGGGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCG < SRR10918231.5239233/133‑1 (MQ=60)
AAACCCGCGCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGT < SRR10918231.4855183/61‑1 (MQ=2)
CCCGCTCCTACA‑CAGATTGCTGGGGGACACGCATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTA < SRR10918231.2230119/61‑1 (MQ=30)
CCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGG < SRR10918231.3579218/151‑1 (MQ=60)
CCGCTCCTACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGG < SRR10918231.3323500/151‑1 (MQ=60)
CGCTCGTACA‑CAGATTGGTGGTTGACACACAGCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGT < SRR10918231.2765079/56‑1 (MQ=25)
CGCTCCTACC‑GAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGT < SRR10918231.2374177/56‑1 (MQ=25)
GCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGT < SRR10918231.1393588/55‑1 (MQ=0)
GCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGT > SRR10918231.1587571/1‑55 (MQ=0)
TCCTACA‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA > SRR10918231.2408702/1‑74 (MQ=1)
CGTACA‑CAGAGTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGGCGTGTA < SRR10918231.2856662/55‑1 (MQ=12)
CCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGT > SRR10918231.3916911/1‑52 (MQ=7)
TACG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTC < SRR10918231.4147797/151‑1 (MQ=60)
ACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGT < SRR10918231.2428879/49‑1 (MQ=15)
ACA‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA < SRR10918231.1067738/70‑1 (MQ=1)
CG‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAA > SRR10918231.1627337/1‑151 (MQ=60)
G‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAG < SRR10918231.4140634/151‑1 (MQ=60)
A‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGT > SRR10918231.2672897/1‑47 (MQ=24)
A‑CAGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA > SRR10918231.3436080/1‑68 (MQ=0)
AGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGT > SRR10918231.305651/1‑45 (MQ=7)
AGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAGGC < SRR10918231.2186855/151‑1 (MQ=60)
AGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAGGC > SRR10918231.3898134/1‑151 (MQ=60)
AGATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAGGC > SRR10918231.334266/1‑151 (MQ=60)
ATTGGTGGAGCACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGT < SRR10918231.1945289/43‑1 (MQ=0)
ATTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAGGCAA < SRR10918231.940675/151‑1 (MQ=60)
TTGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAGGCAAG > SRR10918231.1918606/1‑151 (MQ=60)
TGGTGGTGGACACACATCGGGGGCTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA > SRR10918231.4516271/1‑64 (MQ=0)
TGGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA < SRR10918231.3980402/62‑1 (MQ=0)
GGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAGGCAAGCG > SRR10918231.3869629/1‑151 (MQ=60)
GGTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA > SRR10918231.3268823/1‑61 (MQ=0)
GTGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA > SRR10918231.3173241/1‑60 (MQ=0)
TGATGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA < SRR10918231.2784765/59‑1 (MQ=0)
GGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGT < SRR10918231.402424/37‑1 (MQ=3)
GGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGT < SRR10918231.893644/37‑1 (MQ=3)
GTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGCCCAC‑‑TGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAA > SRR10918231.4081709/1‑57 (MQ=0)
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ACTACTGGTAAGACAATTGCGGCCGTTGTGGGCCTGTAGGCGCGGGTTCACCCGCGAAAGGGCCGGCCCTGCTGGCCAATTTCCACCCGCCGTTCACCGTTGCCGCCGCCACCGTATTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA‑CAGATTGGTGGTGGACACACATCGGTGGTTGGACACAGGCCGCCGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCACTGGATTCTTCGCCAGCATGCCCGCTCCTACAGCGCCCCCGGCAATTTCAAGGCAAGCGATT > CP009974/3105269‑3105568
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
