Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F224 I0 R1
|
1457 |
284.0 |
9290224 |
95.7% |
8890744 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
146,343 |
G→T |
15.8% |
T366T (ACC→ACA) |
yadC ← |
putative fimbrial‑like adhesin protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 146,343 | 0 | G | T | 15.8%
| 825.1
/ 91.6
| 258 | T366T (ACC→ACA) | yadC | putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (102/115); new base T (22/19); total (124/134) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
CTACGTTATCAGGGATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAATGAGTACGCCAACGCCTTTGGCGGCAGTGCTTCCAGTAAGCGTATTACCAAGC > CP009273/146194‑146490
|
gTTATCAGGGATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGgtgt > 2:2110282/1‑150 (MQ=255)
aTCAGGGATAGTTTACCTGGTAAGTACTGGTGGCTTTTATTTCGCCGGGTTGGTTAGCAATTTTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGATGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTctt < 1:2682708/150‑3 (MQ=255)
aTCAGGCATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCAt > 1:1457109/1‑150 (MQ=255)
tCAGGGATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATc > 2:1207065/1‑150 (MQ=255)
aGGGATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCACATCGGAGGTGTCATCtt > 2:4328794/1‑150 (MQ=255)
gggATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTc < 1:565917/150‑1 (MQ=255)
ggATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCg < 1:897885/150‑1 (MQ=255)
ggATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCg < 2:2251143/150‑1 (MQ=255)
gATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCgg < 1:1025870/150‑1 (MQ=255)
aTAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCATCTTCGGt > 2:2260009/1‑150 (MQ=255)
aTAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGt < 1:3844783/150‑1 (MQ=255)
aGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGttt < 1:3409008/150‑1 (MQ=255)
aGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGttt < 1:3889530/150‑1 (MQ=255)
aGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGttt < 1:3889491/150‑1 (MQ=255)
aGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGttt < 2:4071863/150‑1 (MQ=255)
ttACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCAt > 1:1107850/1‑150 (MQ=255)
tGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAACTGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCt > 2:548519/1‑150 (MQ=255)
tGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCt < 2:3224547/150‑1 (MQ=255)
tGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCt > 2:1966014/1‑150 (MQ=255)
ggAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCta > 1:1812134/1‑150 (MQ=255)
ggAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCta < 1:4040039/150‑1 (MQ=255)
ggAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCta > 2:4052828/1‑150 (MQ=255)
gAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCtat < 1:2763746/150‑1 (MQ=255)
gAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCtat < 2:314756/150‑1 (MQ=255)
aaaGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCtata > 1:1040256/1‑150 (MQ=255)
aaGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCtatat < 1:540836/150‑1 (MQ=255)
tACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATaaa < 1:3004754/150‑1 (MQ=255)
tACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATaaa > 2:2179524/1‑150 (MQ=255)
cTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACa > 1:3912178/1‑150 (MQ=255)
gtggCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGaa > 1:3316233/1‑150 (MQ=255)
tggCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAAt < 1:3281708/150‑1 (MQ=255)
ggCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAAtt < 1:169412/150‑1 (MQ=255)
cTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCg > 2:2026729/1‑150 (MQ=255)
tttAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGt < 2:3130603/150‑1 (MQ=255)
ttAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTa < 1:2089205/150‑1 (MQ=255)
tAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTAt < 1:211078/150‑1 (MQ=255)
aaaTTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATc > 2:3076836/1‑150 (MQ=255)
aaaTTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATc > 2:1765324/1‑150 (MQ=255)
aTTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCAt < 2:2586363/150‑1 (MQ=255)
tCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCATCTTCTGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTa > 1:1988106/1‑150 (MQ=255)
cGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAg > 1:3717988/1‑150 (MQ=255)
gggTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGttt < 2:1428675/150‑1 (MQ=255)
ttCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTaa > 1:2613948/1‑150 (MQ=255)
tCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAAt > 2:527048/1‑150 (MQ=255)
gATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGt > 2:1907776/1‑150 (MQ=255)
gATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGt > 1:830598/1‑150 (MQ=255)
aTAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTc < 2:3561137/150‑1 (MQ=255)
cAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTa < 1:4097785/150‑1 (MQ=255)
atTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCgg > 2:2756722/1‑150 (MQ=255)
tCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGAt > 2:940148/1‑150 (MQ=255)
tCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGAt > 1:4507085/1‑150 (MQ=255)
tCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGAt > 1:1329068/1‑150 (MQ=255)
cccGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGAtt > 2:1390592/1‑150 (MQ=255)
cccGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGAtt > 2:1643758/1‑150 (MQ=255)
cccGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGAtt < 2:3029705/150‑1 (MQ=255)
cccGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGAtt < 1:3310218/150‑1 (MQ=255)
ccGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGAttt < 2:1032405/150‑1 (MQ=255)
cGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGAtttt > 2:1325674/1‑150 (MQ=255)
gTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGAttttt < 1:4395659/150‑1 (MQ=255)
tCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTa < 1:2807976/150‑1 (MQ=255)
tCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTa < 2:631315/150‑1 (MQ=255)
tGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTg > 1:4308703/1‑150 (MQ=255)
tGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTg < 2:4185282/150‑1 (MQ=255)
tGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTg < 1:1052497/150‑1 (MQ=255)
tttAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGtt < 1:1309399/150‑1 (MQ=255)
tAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGc < 2:3316233/150‑1 (MQ=255)
tAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGc < 2:1978136/150‑1 (MQ=255)
tAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGc < 2:1978027/150‑1 (MQ=255)
aaTGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCAGTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCt > 2:2153295/1‑150 (MQ=255)
aTGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTa < 1:966587/150‑1 (MQ=255)
tGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTaa < 2:2317550/150‑1 (MQ=255)
tGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTaa < 1:3132742/150‑1 (MQ=255)
gTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTaaa < 1:1745108/150‑1 (MQ=255)
gAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAAt < 2:3769951/150‑1 (MQ=255)
gAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAAt < 2:830588/150‑1 (MQ=255)
aaaTGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAATg > 2:4313441/1‑150 (MQ=255)
gAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAATGAGTa > 2:3638871/1‑150 (MQ=255)
aaGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTATTGGTTGCTAAACCTTCAATGAGTAc < 2:3426207/150‑1 (MQ=255)
agagGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAATGAGTACg < 1:4335807/150‑1 (MQ=255)
agGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAATTAGTACGcc > 1:4070311/1‑150 (MQ=255)
agGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAATGAGTACGcc < 2:3883784/150‑1 (MQ=255)
agGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAATGAGTACGcc > 1:451854/1‑150 (MQ=255)
ggCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAATGAGTACGCCa < 2:1027105/150‑1 (MQ=255)
tgtgATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAATGAGTACGCCAACg > 1:4033780/1‑150 (MQ=255)
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tgtgCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGATGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAATGAGTACGCCAACGCCttt < 2:2760069/150‑1 (MQ=255)
tgtgCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAATGAGTACGCCAACGCCttt < 1:2803179/150‑1 (MQ=255)
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gAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAATGAGTACGCCAACGCCTTTGGCGGCAGTGCTTCCAGTAAGCGTATTACCAAGc > 2:154039/1‑150 (MQ=255)
|
CTACGTTATCAGGGATAGGTTACCTGGAAAGTACTGGTGGCTTTAAATTCGCCGGGTTCGATAGCAATATTCCCGTCTTGCTTTAATGTTGCCTGGAAATGAAGAGGCTGTGATGTGCCGTTACCTTGATTAGGGTAAACCCCATCGGAGGTGTCATCTTCGGTTTCATAATCTATATAAACAGAATTCGTATCATTAGGTTTTAATGTCATTAGCGGATTTTTACTGGTTGCTAAACCTTCAATGAGTACGCCAACGCCTTTGGCGGCAGTGCTTCCAGTAAGCGTATTACCAAGC > CP009273/146194‑146490
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
