Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F54 I0 R1
|
640 |
319.5 |
10493376 |
95.3% |
10000187 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,211,142 |
C→T |
13.2% |
intergenic (‑211/‑103) |
bluF ← / → ycgZ |
anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP/RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,211,142 | 0 | C | T | 13.2%
| 962.0
/ 109.7
| 326 | intergenic (‑211/‑103) | bluF/ycgZ | anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP/RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (143/140); new base T (26/17); total (169/157) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.07e-01 |
Only 100 of 329 total aligned reads displayed.
CTTTCTTTTAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCG > CP009273/1210993‑1211291
|
ctttctttTAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCAc < 1:2697495/150‑1 (MQ=255)
tttctttTAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACt > 2:4120432/1‑150 (MQ=255)
ttttAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAAtt < 1:3768702/150‑1 (MQ=255)
ttttAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAAtt < 1:2563805/150‑1 (MQ=255)
tcttAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAAtt < 2:4262661/148‑1 (MQ=255)
tttAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTg < 1:154749/150‑1 (MQ=255)
aCCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCaaaaa < 2:2226458/150‑1 (MQ=255)
aaaCATCACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAaatta < 1:3092187/150‑1 (MQ=255)
aaCATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAaattaa > 2:1582568/1‑150 (MQ=255)
cATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAaattaatt > 1:5031744/1‑150 (MQ=255)
aTAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAAttt > 2:1701618/1‑150 (MQ=255)
tAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTa > 1:2805791/1‑150 (MQ=255)
aaCCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATCGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAAGTAATTTAt > 2:4347125/1‑150 (MQ=255)
aCCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATc < 2:157434/150‑1 (MQ=255)
cGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCAt < 2:3716198/150‑1 (MQ=255)
aCATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTacac > 2:4659470/1‑150 (MQ=255)
cATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTAcaca > 1:421002/1‑150 (MQ=255)
aTTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACat < 1:4678517/150‑1 (MQ=255)
aTTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACat < 1:2074368/150‑1 (MQ=255)
aTTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACat > 2:2223905/1‑150 (MQ=255)
gATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATAtt < 1:3870634/150‑1 (MQ=255)
aTAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATAttt < 2:2238732/150‑1 (MQ=255)
aaaTGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTGAAATGATGCAAAATGTTTTCTCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATATATCATTCAGTACACATATTTCGGAc > 1:5167690/1‑150 (MQ=255)
aaTGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACa > 1:2989650/1‑150 (MQ=255)
aaTGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCTTACa > 2:4790323/1‑150 (MQ=255)
gAAAAAGTTGAACACTAGGTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGtt < 2:2058308/150‑1 (MQ=255)
aaaaaGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGttt < 2:2968561/150‑1 (MQ=255)
aaaaaGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGttt < 1:4835304/150‑1 (MQ=255)
aaaaaGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGttt < 1:4410396/150‑1 (MQ=255)
aaaaGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTg < 1:2324027/150‑1 (MQ=255)
aaaaGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTg < 1:4919052/150‑1 (MQ=255)
aaGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCt < 1:924202/150‑1 (MQ=255)
aGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTa < 2:1275363/150‑1 (MQ=255)
gTTGAACACAAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAAAACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTAGTACAAGTTTGCTaa > 2:1483983/1‑149 (MQ=255)
tGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTAGTg > 2:3795937/1‑150 (MQ=255)
acacTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATTTGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTa < 2:2377477/150‑1 (MQ=255)
acTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACt > 1:815707/1‑150 (MQ=255)
cTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACtt < 1:1624695/150‑1 (MQ=255)
tAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTc < 2:1676195/150‑1 (MQ=255)
ggCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGCTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTa < 1:877660/150‑1 (MQ=255)
cGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAAc > 2:839245/1‑150 (MQ=255)
gAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACa < 1:1220230/150‑1 (MQ=255)
gAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACa > 1:1949083/1‑150 (MQ=255)
aaaaaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACAt < 2:70910/150‑1 (MQ=255)
aaaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACCCATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTg < 1:101408/150‑1 (MQ=255)
aaaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTg > 2:2120227/1‑150 (MQ=255)
cTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTa > 1:1704838/1‑150 (MQ=255)
cTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAAAACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTa < 2:3172467/150‑1 (MQ=255)
tGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTAAAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAAc < 1:5102964/150‑1 (MQ=255)
taGATTGTCAGTTAAATGATGCAAGATGATTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAttt < 2:3578555/150‑1 (MQ=255)
aGATTGTCAGTTAAATTATGCAATATGATTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTTTTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAtttt < 1:1321530/150‑1 (MQ=255)
aTTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTa < 2:4439562/150‑1 (MQ=255)
gTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACa > 1:2248190/1‑150 (MQ=255)
tCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACag > 1:4882694/1‑150 (MQ=255)
tCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACag < 2:3746996/150‑1 (MQ=255)
tCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACag < 2:525803/150‑1 (MQ=255)
ttAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGc > 1:3642046/1‑150 (MQ=255)
ttAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGc < 1:498980/150‑1 (MQ=255)
ttAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGc < 1:3222501/150‑1 (MQ=255)
aaaTGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGt < 2:608781/150‑1 (MQ=255)
aaTGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTa < 1:1439403/150‑1 (MQ=255)
atgattCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTTATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAg < 2:3671721/150‑1 (MQ=255)
tgatgCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAATTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAAAAGAGGCGTAgc > 2:4797463/1‑150 (MQ=255)
gatgCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgca < 1:413601/150‑1 (MQ=255)
aaTATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgcatgcat < 1:2508663/150‑1 (MQ=255)
aaTATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgcatgcat > 2:3660149/1‑150 (MQ=255)
atatGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCGTTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATc < 1:3182457/150‑1 (MQ=255)
atatGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATc > 1:2428447/1‑150 (MQ=255)
gTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCaaaa > 2:3481701/1‑150 (MQ=255)
gTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCaaaa > 2:5009678/1‑150 (MQ=255)
gTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCaaaa > 1:553507/1‑150 (MQ=255)
tttATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAAtt > 1:2610201/1‑150 (MQ=255)
aTCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAg > 2:1948922/1‑150 (MQ=255)
tCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGt > 1:3533226/1‑150 (MQ=255)
aTAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGa > 1:2817298/1‑150 (MQ=255)
aTAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGa > 2:4252616/1‑150 (MQ=255)
aaCACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACt < 2:5174399/150‑1 (MQ=255)
aaCACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACt < 1:330098/150‑1 (MQ=255)
acacATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACtt < 1:4825945/150‑1 (MQ=255)
acacATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACtt > 2:4482273/1‑150 (MQ=255)
acacATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACtt > 1:724628/1‑150 (MQ=255)
acaTTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTa < 1:3776056/150‑1 (MQ=255)
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CTTTCTTTTAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCG > CP009273/1210993‑1211291
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
