Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F78 I0 R1
|
626 |
241.3 |
10389380 |
77.7% |
8072548 |
149.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,211,169 |
C→A |
36.5% |
intergenic (‑238/‑76) |
bluF ← / → ycgZ |
anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP/RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,211,169 | 0 | C | A | 36.5%
| 266.7
/ 242.3
| 219 | intergenic (‑238/‑76) | bluF/ycgZ | anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP/RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (61/78); new base A (42/38); total (103/116) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.61e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.04e-01 |
Only 100 of 220 total aligned reads displayed.
TTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACTTGCAT > CP009273/1211020‑1211316
|
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cTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGt > 2:187870/1‑150 (MQ=255)
tttACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTa < 1:1005671/150‑1 (MQ=255)
ttACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTac < 1:523376/150‑1 (MQ=255)
aCATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTacac < 2:3921462/150‑1 (MQ=255)
cATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTAcaca > 2:1236378/1‑150 (MQ=255)
cATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTAcaca < 1:281512/150‑1 (MQ=255)
aTTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACat > 2:4309222/1‑150 (MQ=255)
ttGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACata < 2:4258613/150‑1 (MQ=255)
tGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACatat < 2:2100761/150‑1 (MQ=255)
gATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATAtt > 1:3296495/1‑150 (MQ=255)
aaaaaaTGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCg < 2:3561708/150‑1 (MQ=255)
aaaaaTGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGt > 1:5122592/1‑150 (MQ=255)
aaaaTGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTa > 2:4934976/1‑150 (MQ=255)
aaTGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACa > 2:1526923/1‑150 (MQ=255)
tGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAg < 1:4959422/150‑1 (MQ=255)
aaaaaGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGttt > 2:4303804/1‑150 (MQ=255)
aaaaGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTg > 1:996551/1‑150 (MQ=255)
aaGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCt < 1:4212453/150‑1 (MQ=255)
gTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTAt > 2:678459/1‑150 (MQ=255)
gTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTAt < 2:3805394/150‑1 (MQ=255)
tagAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATTCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTAtt < 2:4414602/148‑1 (MQ=255)
cacTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTAc > 1:4343327/1‑150 (MQ=255)
cTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACtt > 2:1366389/1‑150 (MQ=255)
tAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTc > 1:2082461/1‑150 (MQ=255)
tAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTc < 2:1079973/150‑1 (MQ=255)
tAGTGGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTc < 1:1927917/150‑1 (MQ=255)
aGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCACTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCa > 1:875893/1‑150 (MQ=255)
ggCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTAACATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTa < 2:3033746/150‑1 (MQ=255)
gCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTaa < 2:3278157/150‑1 (MQ=255)
gAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACa > 1:1750088/1‑150 (MQ=255)
aaaaaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACAt < 1:939127/150‑1 (MQ=255)
aaaaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACAtt > 1:381336/1‑150 (MQ=255)
aaaaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACAtt > 1:1261226/1‑150 (MQ=255)
aaaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTg > 2:1820522/1‑150 (MQ=255)
aaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGa > 1:3862817/1‑150 (MQ=255)
aaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGa > 1:3862902/1‑150 (MQ=255)
aaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGa > 2:1028781/1‑150 (MQ=255)
aaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGa > 2:5039569/1‑150 (MQ=255)
tNTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGAtt > 1:1981124/1‑150 (MQ=255)
gTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACa < 2:4698871/150‑1 (MQ=255)
tataGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAt < 1:3982425/150‑1 (MQ=255)
aGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAtttt > 2:752286/1‑150 (MQ=255)
aGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAtttt < 2:4955326/150‑1 (MQ=255)
aGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAtttt < 1:1236378/150‑1 (MQ=255)
gATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAttttt < 2:789545/150‑1 (MQ=255)
gATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAttttt < 1:3538901/150‑1 (MQ=255)
gTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACa < 1:578286/150‑1 (MQ=255)
cAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACaga > 1:717376/1‑150 (MQ=255)
gTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAgg > 2:1123957/1‑150 (MQ=255)
gTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAgg > 2:4078973/1‑150 (MQ=255)
ttAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGc > 2:2621510/1‑150 (MQ=255)
aaTGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTa < 1:1669179/150‑1 (MQ=255)
tgatgCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgc < 2:4343126/150‑1 (MQ=255)
tgatgCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgc < 2:1326338/150‑1 (MQ=255)
gatgCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgca < 1:2692456/150‑1 (MQ=255)
gatgCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgca > 2:2743997/1‑150 (MQ=255)
atgCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgcat < 1:1508364/150‑1 (MQ=255)
tatGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCa < 2:719205/150‑1 (MQ=255)
atGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCaa < 2:4745186/150‑1 (MQ=255)
tttATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAAtt < 1:59408/150‑1 (MQ=255)
tATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCa > 2:3818151/1‑150 (MQ=255)
aTCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAg < 2:2148559/150‑1 (MQ=255)
tCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTATCAGAGGCGTAGCTTGCATCAAAATTCAGt > 1:2286363/1‑150 (MQ=255)
aTAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGa < 2:4593624/150‑1 (MQ=255)
aTAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGa < 1:2663543/150‑1 (MQ=255)
aTAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGa > 2:3730800/1‑150 (MQ=255)
tAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGAc < 2:456559/150‑1 (MQ=255)
cacaTTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACttt < 2:594243/150‑1 (MQ=255)
cacaTTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACttt < 1:3459690/150‑1 (MQ=255)
acaTTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTa < 1:1589481/150‑1 (MQ=255)
caTTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAg < 2:5110247/150‑1 (MQ=255)
aTTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGa < 2:2253253/150‑1 (MQ=255)
tGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGAtt > 1:4996773/1‑150 (MQ=255)
gTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTc < 1:2977120/150‑1 (MQ=255)
ttttATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCt < 1:2313818/150‑1 (MQ=255)
tataTGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCg > 1:1554376/1‑150 (MQ=255)
atatGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCgg > 1:4686456/1‑150 (MQ=255)
atGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGa > 1:370726/1‑150 (MQ=255)
gCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGc > 2:818793/1‑150 (MQ=255)
cATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCa < 1:1447159/150‑1 (MQ=255)
aTTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCaa > 1:4634582/1‑150 (MQ=255)
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ttCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACTTGCAt < 1:2384498/150‑1 (MQ=255)
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TTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACTTGCAT > CP009273/1211020‑1211316
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
