Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F142 I0 R1
|
859 |
274.6 |
8723680 |
96.4% |
8409627 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,211,169 |
C→A |
92.8% |
intergenic (‑238/‑76) |
bluF ← / → ycgZ |
anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP/RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,211,169 | 0 | C | A | 92.8%
| 433.4
/ 23.9
| 140 | intergenic (‑238/‑76) | bluF/ycgZ | anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP/RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/7); new base A (81/49); total (84/56) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.91e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
TCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACTTGCA > CP009273/1211022‑1211315
|
tCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATg < 1:1075499/150‑1 (MQ=255)
tCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATg < 1:1075135/150‑1 (MQ=255)
cTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGt < 1:1050165/150‑1 (MQ=255)
tttACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTa > 1:2961465/1‑150 (MQ=255)
tttACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTa > 1:2962747/1‑150 (MQ=255)
tttACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTa < 2:3942350/150‑1 (MQ=255)
ttACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTac < 2:233471/150‑1 (MQ=255)
ttACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTac < 2:3900622/150‑1 (MQ=255)
cATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTAcaca > 1:264502/1‑150 (MQ=255)
aTTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACat > 2:1867166/1‑150 (MQ=255)
aTTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACat > 2:1837699/1‑150 (MQ=255)
aTTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACat > 2:1837697/1‑150 (MQ=255)
aTTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACat < 2:1030779/150‑1 (MQ=255)
aTAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATAttt > 1:4008764/1‑150 (MQ=255)
aaaTGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTAc > 2:4225268/1‑150 (MQ=255)
aaaaaGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑ttt > 1:223158/1‑150 (MQ=255)
aaaaaGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑ttt > 2:768847/1‑150 (MQ=255)
aaaGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGc > 2:3254245/1‑150 (MQ=255)
aaCACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGtt < 2:873211/150‑1 (MQ=255)
aaCACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAACACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCTTACAAG‑TTTGCTATTGtt > 2:4038274/1‑150 (MQ=255)
aaCACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAACACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTAAACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGtt > 2:4038282/1‑150 (MQ=255)
cTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACtt > 2:3070357/1‑150 (MQ=255)
cTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACtt > 1:4198825/1‑150 (MQ=255)
tAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTc < 1:3288445/150‑1 (MQ=255)
tAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTc < 1:3288457/150‑1 (MQ=255)
aGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCa > 2:1162638/1‑150 (MQ=255)
gTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCAc < 1:1069751/150‑1 (MQ=255)
gTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCAc < 1:209963/150‑1 (MQ=255)
ttGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACt < 2:2532322/150‑1 (MQ=255)
ttGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACt < 2:3801667/150‑1 (MQ=255)
ttGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACt < 2:3178273/150‑1 (MQ=255)
ttGGCGAAAAATATTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACt < 2:3178276/150‑1 (MQ=255)
tgtcGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACtt < 2:2407468/147‑1 (MQ=255)
tGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACtt > 2:1526966/1‑150 (MQ=255)
tGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACtt > 2:1526973/1‑150 (MQ=255)
tGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACtt > 2:3599877/1‑150 (MQ=255)
tGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACtt < 2:1254453/150‑1 (MQ=255)
tGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACtt > 2:1527128/1‑150 (MQ=255)
gAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTTGCTATTGTTACTTCACTTAAc > 2:3524362/1‑150 (MQ=255)
gAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTTGCTATTGTTACTTCACTTAAc > 2:1331376/1‑150 (MQ=255)
gAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACa < 1:516122/150‑1 (MQ=255)
aaaaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACAtt < 1:1017269/150‑1 (MQ=255)
aaaaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACAtt < 1:1017268/150‑1 (MQ=255)
aaaaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACAtt < 1:4195118/150‑1 (MQ=255)
aaaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTg > 1:275854/1‑150 (MQ=255)
cTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATAATTATGTACACATATTACGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTa > 1:1065542/1‑150 (MQ=255)
ttGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTaa < 1:1411810/150‑1 (MQ=255)
tGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAAc < 1:3698187/150‑1 (MQ=255)
gTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACa < 2:2912015/150‑1 (MQ=255)
gTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACa > 1:4178331/1‑150 (MQ=255)
tataGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAt < 2:584798/150‑1 (MQ=255)
ataGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAtt > 2:3852004/1‑150 (MQ=255)
aGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAtttt < 2:1462460/150‑1 (MQ=255)
aTTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTa < 2:653225/150‑1 (MQ=255)
tGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAAc > 1:1008419/1‑150 (MQ=255)
cAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACaga > 1:4016962/1‑150 (MQ=255)
cAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACaga > 2:1230030/1‑150 (MQ=255)
aGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACagag < 2:2574416/150‑1 (MQ=255)
aGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACagag < 1:3149792/150‑1 (MQ=255)
aGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACagag < 2:2573710/150‑1 (MQ=255)
gTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAgg > 1:821141/1‑150 (MQ=255)
cAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgcatgca < 1:4126741/150‑1 (MQ=255)
aaTATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgcatgcat < 1:1244122/150‑1 (MQ=255)
atGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCaa > 2:2231007/1‑150 (MQ=255)
tGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCaaa > 1:1842181/1‑150 (MQ=255)
tATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCa < 2:2154017/150‑1 (MQ=255)
aTCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATAGAGTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAg < 2:4257793/150‑1 (MQ=255)
tCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGt < 2:2121751/150‑1 (MQ=255)
cATAACATATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTg > 2:1366536/1‑150 (MQ=255)
cATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTg > 2:349003/1‑150 (MQ=255)
cATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTg > 2:2457856/1‑150 (MQ=255)
caTTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAg > 1:3163936/1‑150 (MQ=255)
ttGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGAt < 2:2373336/150‑1 (MQ=255)
tGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGAtt > 2:2640794/1‑150 (MQ=255)
gTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTc > 2:483912/1‑150 (MQ=255)
ttATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGc > 1:1972632/1‑150 (MQ=255)
ttATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGc > 2:332317/1‑150 (MQ=255)
tataTGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCg > 2:2870524/1‑150 (MQ=255)
atatGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCgg > 2:4250667/1‑150 (MQ=255)
atGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGa > 1:2341614/1‑150 (MQ=255)
aTTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCaa > 2:3668387/1‑150 (MQ=255)
aTTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCaa > 2:3669399/1‑150 (MQ=255)
aTTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCaa > 2:1603915/1‑150 (MQ=255)
atcACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCa < 2:2845133/148‑1 (MQ=255)
cTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCg > 2:3831400/1‑150 (MQ=255)
aTTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTa < 2:3057724/150‑1 (MQ=255)
cAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACttt < 2:1008419/150‑1 (MQ=255)
cAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACttt > 1:599540/1‑150 (MQ=255)
cAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACttt > 1:3980637/1‑150 (MQ=255)
cAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACttt > 1:2771364/1‑150 (MQ=255)
aaaaTTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCa > 1:854134/1‑150 (MQ=255)
aattaattTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCaaa > 2:4061096/1‑150 (MQ=255)
aattaattTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCaaa > 2:2849214/1‑150 (MQ=255)
aattaattTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCaaa > 2:2849327/1‑150 (MQ=255)
ttaattTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAg < 1:3656039/150‑1 (MQ=255)
aTCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACtt < 2:3053880/150‑1 (MQ=255)
aTCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACtt > 2:590495/1‑150 (MQ=255)
aTCATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACtt > 2:2762957/1‑150 (MQ=255)
cATTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACTTGc > 2:3296752/1‑150 (MQ=255)
aTTATGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACTTGCa > 1:3126151/1‑150 (MQ=255)
|
TCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAG‑TTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACTTGCA > CP009273/1211022‑1211315
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACTTGCAT > CP009273/1211020‑1211316
|
TTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTA < SRR19973079.3517815/150‑1 (MQ=60)
TTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTA < SRR19973079.3517821/150‑1 (MQ=60)
TTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTA < SRR19973079.3517854/150‑1 (MQ=60)
TCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATG < SRR19973079.1081014/150‑1 (MQ=60)
TCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATG < SRR19973079.1081381/150‑1 (MQ=60)
CTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGT < SRR19973079.1055953/150‑1 (MQ=60)
TTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTA > SRR19973079.2976682/1‑150 (MQ=60)
TTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTA > SRR19973079.2977968/1‑150 (MQ=60)
CATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACA > SRR19973079.266192/1‑150 (MQ=60)
ATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTT > SRR19973079.4028921/1‑150 (MQ=60)
ATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTT > SRR19973079.4028868/1‑150 (MQ=60)
AAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTT > SRR19973079.224692/1‑150 (MQ=60)
CTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTT > SRR19973079.4220100/1‑150 (MQ=60)
TAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTC < SRR19973079.3305164/150‑1 (MQ=60)
TAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTC < SRR19973079.3305152/150‑1 (MQ=60)
GTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCAC < SRR19973079.1075581/150‑1 (MQ=60)
GTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCAC < SRR19973079.211420/150‑1 (MQ=60)
GAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACA < SRR19973079.519242/150‑1 (MQ=60)
AAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATT < SRR19973079.4216380/150‑1 (MQ=60)
AAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATT < SRR19973079.4216542/150‑1 (MQ=60)
AAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATT < SRR19973079.1022967/150‑1 (MQ=60)
AAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATT < SRR19973079.1022968/150‑1 (MQ=60)
AAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTG > SRR19973079.277574/1‑150 (MQ=60)
ATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGAT < SRR19973079.1660965/150‑1 (MQ=60)
CTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTA > SRR19973079.2372054/1‑150 (MQ=60)
CTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTA > SRR19973079.1071516/1‑150 (MQ=60)
CTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATAATTATGTACACATATTACGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTA > SRR19973079.1071357/1‑150 (MQ=60)
TTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAA < SRR19973079.1419503/150‑1 (MQ=60)
TGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAAC < SRR19973079.3717068/150‑1 (MQ=60)
GTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACA > SRR19973079.4199509/1‑150 (MQ=60)
ATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTA > SRR19973079.1092263/1‑150 (MQ=60)
TGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAAC > SRR19973079.1014096/1‑150 (MQ=60)
TCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAG < SRR19973079.882214/150‑1 (MQ=60)
CAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGA > SRR19973079.4037202/1‑150 (MQ=60)
AGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAG < SRR19973079.3165965/150‑1 (MQ=60)
AGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAG > SRR19973079.279151/1‑150 (MQ=60)
GTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGG > SRR19973079.825872/1‑150 (MQ=60)
TTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGC > SRR19973079.3115753/1‑150 (MQ=60)
AAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGT > SRR19973079.2235187/1‑150 (MQ=60)
CAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCA < SRR19973079.4147640/150‑1 (MQ=60)
CAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCA < SRR19973079.4147680/150‑1 (MQ=60)
AATATTTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGAAAAAAATTAATTTATAATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCAT < SRR19973079.526732/150‑1 (MQ=60)
AATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCAT < SRR19973079.1251261/150‑1 (MQ=60)
TGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAA > SRR19973079.1851886/1‑150 (MQ=60)
CATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTG > SRR19973079.321418/1‑150 (MQ=60)
CATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAG > SRR19973079.3180156/1‑150 (MQ=60)
TTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGC > SRR19973079.1983114/1‑150 (MQ=60)
ATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGA > SRR19973079.2353771/1‑150 (MQ=60)
CATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGAACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTATATTCTGCGGGAGCA > SRR19973079.1033553/1‑150 (MQ=60)
CAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTT > SRR19973079.4000644/1‑150 (MQ=60)
CAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTT > SRR19973079.603032/1‑150 (MQ=60)
CAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTT > SRR19973079.2785609/1‑150 (MQ=60)
AAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTG < SRR19973079.3632105/150‑1 (MQ=60)
AAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCA > SRR19973079.859070/1‑150 (MQ=60)
TTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAG < SRR19973079.3674650/150‑1 (MQ=60)
ATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACTTGCA > SRR19973079.3142247/1‑150 (MQ=60)
TTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACTTGCAT > SRR19973079.1942995/1‑150 (MQ=60)
TTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACTTGCAT > SRR19973079.1943147/1‑150 (MQ=60)
TTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACTTGCAT > SRR19973079.1943171/1‑150 (MQ=60)
|
TTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCGTTACTTTGCAAAAGCTAACTTGCAT > CP009273/1211020‑1211316
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
