Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F98 I0 R1
|
799 |
294.1 |
9752082 |
92.2% |
8991419 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,211,142 |
C→T |
23.8% |
intergenic (‑211/‑103) |
bluF ← / → ycgZ |
anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP/RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,211,142 | 0 | C | T | 23.8%
| 209.3
/ 65.7
| 101 | intergenic (‑211/‑103) | bluF/ycgZ | anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP/RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (41/36); new base T (12/12); total (53/48) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.18e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CTTTTAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCG > CP009273/1210997‑1211291
|
ctttTAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAAt < 1:342828/150‑1 (MQ=255)
ctttTAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAAt < 1:4668562/150‑1 (MQ=255)
ctttTAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAAt > 2:1773622/1‑150 (MQ=255)
ttttAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAAtt < 1:1105808/150‑1 (MQ=255)
tttAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTg < 1:3103002/150‑1 (MQ=255)
tttAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTg > 1:541153/1‑150 (MQ=255)
aCATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAaattaat < 1:467901/150‑1 (MQ=255)
aTAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAAttt < 2:577322/150‑1 (MQ=255)
aTAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAAttt < 2:1381007/150‑1 (MQ=255)
aTAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAAttt < 2:3093597/150‑1 (MQ=255)
aTAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAAttt < 1:511074/150‑1 (MQ=255)
tAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTa > 1:4120422/1‑150 (MQ=255)
tAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTa > 1:1774164/1‑150 (MQ=255)
aaCCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTAt < 1:417988/150‑1 (MQ=255)
gTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCAtt < 2:2810127/150‑1 (MQ=255)
gTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCAtt < 2:2813047/150‑1 (MQ=255)
tCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATg < 2:4525509/150‑1 (MQ=255)
tCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATg < 2:4526380/150‑1 (MQ=255)
cTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGt < 1:4383048/150‑1 (MQ=255)
tACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTaca > 2:2698715/1‑150 (MQ=255)
tACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTaca > 2:3605547/1‑150 (MQ=255)
aCATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTacac < 2:1970912/150‑1 (MQ=255)
ttGATAAAAAATGGAAACAGTAGACCACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACata < 2:2459527/150‑1 (MQ=255)
tGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACatat > 1:3010078/1‑150 (MQ=255)
gATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATAtt < 2:1600205/150‑1 (MQ=255)
gATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATAtt < 2:200530/150‑1 (MQ=255)
aTAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATAttt < 1:111101/150‑1 (MQ=255)
tAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTc > 1:38502/1‑150 (MQ=255)
tAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTc < 1:4065685/150‑1 (MQ=255)
aaaaaTGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGt > 2:4740684/1‑150 (MQ=255)
aaaaaTGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGt > 2:4740245/1‑150 (MQ=255)
aaaaaTGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGt > 1:553721/1‑150 (MQ=255)
aaaTGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTAc > 1:7391/1‑150 (MQ=255)
tGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAg > 1:3674823/1‑150 (MQ=255)
tGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGAAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAg > 2:4375721/1‑150 (MQ=255)
aaaaGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTg < 1:4794257/150‑1 (MQ=255)
aaaaGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTg < 1:4794378/150‑1 (MQ=255)
aaaaGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTg > 1:736844/1‑150 (MQ=255)
aaaGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGc > 1:3083508/1‑150 (MQ=255)
gTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTAt < 2:2130846/150‑1 (MQ=255)
acacTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTa < 2:1943795/150‑1 (MQ=255)
acacTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTa < 1:482822/150‑1 (MQ=255)
cacTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTAc > 1:1915285/1‑150 (MQ=255)
acTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACt < 2:4170272/150‑1 (MQ=255)
acTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACt < 2:2714701/150‑1 (MQ=255)
cTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACtt > 1:2684213/1‑150 (MQ=255)
tAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTc > 1:315975/1‑150 (MQ=255)
tAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTc > 1:314932/1‑150 (MQ=255)
tAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTc < 1:810530/150‑1 (MQ=255)
tAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTc < 1:810488/150‑1 (MQ=255)
tAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTc > 1:607936/1‑150 (MQ=255)
tAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTc > 2:4292319/1‑150 (MQ=255)
gAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACa < 1:4519869/150‑1 (MQ=255)
gAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACa < 1:2065599/150‑1 (MQ=255)
aaaaaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTAAACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTAACTTAACAt > 1:4798979/1‑150 (MQ=255)
aTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGAt < 1:2428267/150‑1 (MQ=255)
aTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGAt < 2:606589/150‑1 (MQ=255)
taGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAttt > 1:869149/1‑150 (MQ=255)
gaGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAttt < 1:2655732/149‑1 (MQ=255)
aGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAtttt < 1:3843378/150‑1 (MQ=255)
tGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAAc < 2:3101099/150‑1 (MQ=255)
tGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAAc < 2:3098748/150‑1 (MQ=255)
tGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAAc < 2:4198471/150‑1 (MQ=255)
tGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAAc > 2:379276/1‑150 (MQ=255)
aGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACagag > 1:101730/1‑150 (MQ=255)
aGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACagag < 1:2154437/150‑1 (MQ=255)
ttAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGc > 2:1985673/1‑150 (MQ=255)
ttAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGc > 2:2882245/1‑150 (MQ=255)
ttAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGc > 2:2882248/1‑150 (MQ=255)
ttAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGc > 2:2882254/1‑150 (MQ=255)
tAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCg > 1:2282154/1‑150 (MQ=255)
aaaTGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGt > 2:1694421/1‑150 (MQ=255)
aaTGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTa < 1:674934/150‑1 (MQ=255)
aaTGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTa < 1:675264/150‑1 (MQ=255)
tgatgCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgc < 2:3622509/150‑1 (MQ=255)
tgatgCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgc < 2:1284644/150‑1 (MQ=255)
tgatgCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgc > 2:470218/1‑150 (MQ=255)
tgatgCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTAACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgc > 2:4261238/1‑150 (MQ=255)
gatgCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgca > 2:2078061/1‑150 (MQ=255)
atatGTTTTATCATAACATATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATc > 2:3067662/1‑150 (MQ=255)
atatGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATc > 1:3535766/1‑150 (MQ=255)
gTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCaaaa > 1:4676825/1‑150 (MQ=255)
aTCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAg > 2:2921000/1‑150 (MQ=255)
tCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGt > 2:4296233/1‑150 (MQ=255)
tCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGt > 2:4297336/1‑150 (MQ=255)
acaTTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTa > 2:4723423/1‑150 (MQ=255)
tGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGAtt < 1:3241527/150‑1 (MQ=255)
tGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGAtt < 1:3242001/150‑1 (MQ=255)
tGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGAtt < 1:3242016/150‑1 (MQ=255)
gTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTc > 2:671663/1‑150 (MQ=255)
ttttATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCt > 2:3290247/1‑150 (MQ=255)
ttttATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGAGTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCt > 2:3291456/1‑150 (MQ=255)
tataTGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCg > 2:3246399/1‑150 (MQ=255)
tGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAg > 2:4778579/1‑150 (MQ=255)
gCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGc > 1:2466073/1‑150 (MQ=255)
aTTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTATATTCTGCGGGAGCaa > 1:4530250/1‑150 (MQ=255)
cACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACt < 1:1155666/150‑1 (MQ=255)
aCTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCTATCACTc > 2:3314548/1‑150 (MQ=255)
aCTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTc > 2:607700/1‑150 (MQ=255)
cTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTATGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCg < 2:1774164/150‑1 (MQ=255)
|
CTTTTAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACATTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTCG > CP009273/1210997‑1211291
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
