Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I0 R1
|
779 |
320.1 |
10410758 |
96.6% |
10056792 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,211,142 |
C→T |
22.3% |
intergenic (‑211/‑103) |
bluF ← / → ycgZ |
anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP/RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,211,142 | 0 | C | T | 22.3%
| 735.5
/ 203.9
| 319 | intergenic (‑211/‑103) | bluF/ycgZ | anti‑repressor for YcgE, blue light‑responsive; FAD‑binding; has c‑di‑GMP phosphodiesterase‑like EAL domain, but does not degrade c‑di‑GMP/RcsB connector protein for regulation of biofilm and acid‑resistance |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (124/124); new base T (33/38); total (157/162) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.87e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
TTTCTTTTAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTC > CP009273/1210994‑1211290
|
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ttttAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAAt < 2:3524389/149‑1 (MQ=255)
tttAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAAtt > 2:2370597/1‑149 (MQ=255)
aaTACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCa > 2:3956337/1‑149 (MQ=255)
tACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCaaa > 2:3671443/1‑149 (MQ=255)
aCCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTTTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCaaaa > 2:3105586/1‑149 (MQ=255)
aCCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCaaaa < 2:4792654/149‑1 (MQ=255)
ccAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCaaaaa > 1:4702274/1‑149 (MQ=255)
cAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCaaaaaa < 1:4070749/149‑1 (MQ=255)
cAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGG‑AAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAaat > 2:626485/1‑149 (MQ=255)
aaaaCATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAaat > 2:2532429/1‑149 (MQ=255)
aaaaCATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAaat > 2:324845/1‑149 (MQ=255)
aaaCATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAaatt > 1:3885675/1‑149 (MQ=255)
aTAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGAGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAaattaatt < 2:2690853/149‑1 (MQ=255)
cGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCa > 2:4986223/1‑149 (MQ=255)
cGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCa > 1:1757034/1‑149 (MQ=255)
cGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCa > 2:723437/1‑149 (MQ=255)
tttACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGt > 1:1825166/1‑149 (MQ=255)
aTTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTAcaca > 1:3939766/1‑149 (MQ=255)
aTAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATAtt < 1:4904688/149‑1 (MQ=255)
aTAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATAtt < 1:4239708/149‑1 (MQ=255)
aTAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATAtt < 1:4616126/149‑1 (MQ=255)
aTAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATAtt < 2:1712441/149‑1 (MQ=255)
aaaTGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTa > 1:2898932/1‑149 (MQ=255)
aaTGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTAc > 2:10445/1‑149 (MQ=255)
tGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACaa > 2:556309/1‑149 (MQ=255)
gTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTa < 2:2392818/149‑1 (MQ=255)
gTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTa > 2:674756/1‑149 (MQ=255)
ttGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTAt > 1:1060046/1‑149 (MQ=255)
ttGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTAt > 1:1698205/1‑149 (MQ=255)
gAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTg > 2:3227780/1‑149 (MQ=255)
gAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTg > 1:5112424/1‑149 (MQ=255)
aaCACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAATTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGt < 1:640972/149‑1 (MQ=255)
acacTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGtt > 1:710971/1‑149 (MQ=255)
cacTAGTTTGCGAAAAATATTGTATATATAGACAGTTAAATGAAGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCTTACAAGTTTGCTATTGTTa > 2:3032719/1‑149 (MQ=255)
cacTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTa > 1:805577/1‑149 (MQ=255)
cacTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATCTTTTATCATAACACATTTGTATTATATGCATAAGCATAAATAGCAAAAAATTAATTTATCATTCTCTACACATATATCGTACAAGTTAGCTATTGtt > 2:2184964/1‑149 (MQ=255)
cTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACt > 2:46217/1‑149 (MQ=255)
gTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCa < 2:1854394/149‑1 (MQ=255)
ttGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCAc < 1:2508965/149‑1 (MQ=255)
tGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACt < 1:1610677/149‑1 (MQ=255)
tGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACt < 2:594435/149‑1 (MQ=255)
gAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAAc < 2:449476/149‑1 (MQ=255)
aaaaaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACa > 2:1122396/1‑149 (MQ=255)
aaaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACAtt < 2:4596168/149‑1 (MQ=255)
aaaTCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACAtt > 2:179514/1‑149 (MQ=255)
tCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGAt < 1:4266019/149‑1 (MQ=255)
tCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGAt < 1:3259196/149‑1 (MQ=255)
ttGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTa < 1:2055991/149‑1 (MQ=255)
tGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTaa < 2:1644689/149‑1 (MQ=255)
tataGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACa < 1:4005689/149‑1 (MQ=255)
tataGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACa < 1:4748617/149‑1 (MQ=255)
taGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAtt > 1:1126438/1‑149 (MQ=255)
aGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAttt < 1:4946691/149‑1 (MQ=255)
gATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAtttt < 1:1803709/149‑1 (MQ=255)
gATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACAtttt > 2:3179063/1‑149 (MQ=255)
ttGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTa < 1:555648/149‑1 (MQ=255)
gTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAAc < 1:2472099/149‑1 (MQ=255)
tCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACa < 1:3335534/149‑1 (MQ=255)
tCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACa < 1:4123254/149‑1 (MQ=255)
aGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACaga < 2:1332008/149‑1 (MQ=255)
aGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACaga < 2:1425183/149‑1 (MQ=255)
ttAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAgg < 1:270993/149‑1 (MQ=255)
ttAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAgg > 1:2938728/1‑149 (MQ=255)
aaaTGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCg > 1:1381138/1‑149 (MQ=255)
aaTGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTATTTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGt < 1:902356/149‑1 (MQ=255)
aaTGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGt > 1:2171750/1‑149 (MQ=255)
atgatgCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTa < 2:3855914/149‑1 (MQ=255)
atgatgCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTa < 2:2904058/149‑1 (MQ=255)
gatgCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGt < 2:1511815/146‑1 (MQ=255)
gatgCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgc > 2:1492959/1‑149 (MQ=255)
atgCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTCgca > 2:4030708/1‑149 (MQ=255)
atgCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgca > 2:3986424/1‑149 (MQ=255)
gCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgcatg < 1:1563154/149‑1 (MQ=255)
gCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgcatg < 1:4158293/149‑1 (MQ=255)
aaTATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAgcatgca > 2:1131036/1‑149 (MQ=255)
tatGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATc > 1:1207762/1‑149 (MQ=255)
tGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCaa > 1:141878/1‑149 (MQ=255)
ttttATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCaaaa < 1:1557165/149‑1 (MQ=255)
ttATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCATTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAAtt > 2:2872246/1‑149 (MQ=255)
tAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGa < 2:2055783/149‑1 (MQ=255)
tGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGAt < 2:2275041/149‑1 (MQ=255)
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TTTCTTTTAATACCAAAACATAACCGTTTCTTTACATTGATAAAAAATGGAAAAAGTTGAACACTAGTTGGCGAAAAATCTTGTATAGATTGTCAGTTAAATGATGCAATATGTTTTATCATAACACA‑TTGTTTTATATGCATTAGCACTAATTGCAAAAAATTAATTTATCATTCTGTACACATATTTCGTACAAGTTTGCTATTGTTACTTCACTTAACATTGATTAACATTTTTAACAGAGGCGTAGCATGCATCAAAATTCAGTGACTTTAGATTCTGCGGGAGCAATCACTC > CP009273/1210994‑1211290
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
