Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A1 F202 I0 R1
|
1397 |
275.7 |
9089454 |
95.2% |
8653160 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
RA |
CP009273 |
2,846,112 |
C→A |
60.5% |
I206I (ATC→ATA) |
hypD → |
hydrogenase maturation protein |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | CP009273 | 2,846,112 | 0 | C | A | 60.5%
| 120.8
/ inf
| 314 | I206I (ATC→ATA) | hypD | hydrogenase maturation protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (67/57); new base A (99/91); total (166/148) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.17e-01 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.31e-01 |
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
TCTGCAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTATCGTCG > CP009273/2845965‑2846261
|
tctGCAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAgg < 2:1243087/150‑1 (MQ=255)
gCAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCAc < 2:4349464/150‑1 (MQ=255)
aaCAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCg > 1:4173251/1‑150 (MQ=255)
cAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGAc > 1:2119925/1‑150 (MQ=255)
ggCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGc < 1:1077473/150‑1 (MQ=255)
gCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGcc > 1:1298278/1‑150 (MQ=255)
gCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGcc > 1:1298298/1‑150 (MQ=255)
gCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGcc > 1:1850831/1‑150 (MQ=255)
cGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCt < 2:522343/150‑1 (MQ=255)
gAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCta < 2:2647370/150‑1 (MQ=255)
aGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATaa > 2:586/1‑150 (MQ=255)
aGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATaa > 1:2329120/1‑150 (MQ=255)
cgTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAAtttt < 1:4127142/150‑1 (MQ=255)
gTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTa > 1:3253176/1‑150 (MQ=255)
tGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTAt > 2:2635032/1‑150 (MQ=255)
gATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATc < 1:1465415/150‑1 (MQ=255)
gATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATc > 1:1108788/1‑150 (MQ=255)
tgtgCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGc > 2:3453276/1‑150 (MQ=255)
tgtgCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGc > 2:1179320/1‑150 (MQ=255)
gCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAg < 1:801282/150‑1 (MQ=255)
gCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAg > 2:1456117/1‑150 (MQ=255)
cAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGc > 2:4419200/1‑150 (MQ=255)
gAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGa > 2:2952208/1‑150 (MQ=255)
gAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGa > 1:3366002/1‑150 (MQ=255)
aaTTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGAt > 2:2183392/1‑150 (MQ=255)
aaTTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGAt < 2:2340037/150‑1 (MQ=255)
tttACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTc > 1:2730061/1‑150 (MQ=255)
tttACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTc > 2:2738305/1‑150 (MQ=255)
cttcttCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATCATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCg > 2:250435/1‑150 (MQ=255)
cttcttCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCCGCGATTTTCATCg > 2:256132/1‑150 (MQ=255)
ttcttcTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGt > 2:1220418/1‑150 (MQ=255)
tcttctGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTc > 1:2007747/1‑150 (MQ=255)
tcttctGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTc < 1:912607/150‑1 (MQ=255)
cttctGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTcc > 1:59517/1‑150 (MQ=255)
cttctGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTcc < 2:2825106/150‑1 (MQ=255)
tctGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGc > 1:1321055/1‑150 (MQ=255)
ctGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCt < 2:2262877/150‑1 (MQ=255)
gCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCtgg > 2:3423660/1‑150 (MQ=255)
ccAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCtggt > 1:3861478/1‑150 (MQ=255)
cAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCtggtg > 2:137119/1‑150 (MQ=255)
gCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTggtggt > 1:1926362/1‑150 (MQ=255)
gCACATTACGCTTATCCCGACGTTGAGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTggtggt < 1:853345/150‑1 (MQ=255)
acaTTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTg > 2:1529104/1‑150 (MQ=255)
aTTACGCTTATCCCGACGTTTCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCt < 1:3683412/150‑1 (MQ=255)
aTTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCt > 1:1169781/1‑150 (MQ=255)
aTTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCt > 1:1169855/1‑150 (MQ=255)
aTTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCt < 1:1979301/150‑1 (MQ=255)
tACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTgg < 2:3902629/150‑1 (MQ=255)
cGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGAt > 1:318490/1‑150 (MQ=255)
gCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGAtt < 2:2634095/150‑1 (MQ=255)
gCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGAtt < 2:3599457/150‑1 (MQ=255)
gCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGAtt < 2:3678734/150‑1 (MQ=255)
gCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGAtt > 2:4092537/1‑150 (MQ=255)
cTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTc < 1:1529104/150‑1 (MQ=255)
ttATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCg > 2:3538704/1‑150 (MQ=255)
tATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGa > 1:127023/1‑150 (MQ=255)
tATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGa > 2:4038613/1‑150 (MQ=255)
tCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGGTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAAc < 2:4507542/150‑1 (MQ=255)
cccGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAAcc < 2:4337624/150‑1 (MQ=255)
cGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAAcccc > 2:1141718/1‑150 (MQ=255)
aCGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCtt < 1:1237751/150‑1 (MQ=255)
aCGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCtt < 2:4485439/150‑1 (MQ=255)
aCGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACACCtt < 2:2896259/150‑1 (MQ=255)
cAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATctact > 1:802984/1‑150 (MQ=255)
aGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATctacta < 1:2292487/150‑1 (MQ=255)
tttGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACa < 1:1068293/150‑1 (MQ=255)
tGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCg < 1:2487519/150‑1 (MQ=255)
gAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTg < 2:876893/150‑1 (MQ=255)
aaCAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTgg < 1:393303/150‑1 (MQ=255)
aaCAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTgg > 2:1769473/1‑150 (MQ=255)
cAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTc > 2:3845098/1‑150 (MQ=255)
cAGCCGGATAACGGTATCGATGCGGTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTc < 2:1714485/150‑1 (MQ=255)
aTAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTgg > 1:1363295/1‑150 (MQ=255)
aTAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTgg > 1:3289437/1‑150 (MQ=255)
aaCGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTg < 1:3047090/150‑1 (MQ=255)
ggTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTgcag > 1:1261072/1‑150 (MQ=255)
ggTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTgcag > 1:3533393/1‑150 (MQ=255)
aTCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGGGGTCATGCTGGTGcagcag > 2:931529/1‑150 (MQ=255)
gATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGaaa < 2:2442421/150‑1 (MQ=255)
aTGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGaaaa < 1:2604323/150‑1 (MQ=255)
cGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAg < 1:46006/150‑1 (MQ=255)
gTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGc < 2:3249242/150‑1 (MQ=255)
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CGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAG < SRR19973076.46100/150‑1 (MQ=60)
CGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAG < SRR19973076.46059/150‑1 (MQ=60)
CGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAG < SRR19973076.1130756/150‑1 (MQ=60)
CTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCC < SRR19973076.4253098/150‑1 (MQ=60)
CGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCA > SRR19973076.2649686/1‑150 (MQ=60)
GCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAG < SRR19973076.1143406/150‑1 (MQ=60)
CGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCA > SRR19973076.58093/1‑150 (MQ=60)
GTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGG > SRR19973076.51642/1‑150 (MQ=60)
GTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGG > SRR19973076.57342/1‑150 (MQ=60)
GTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGG > SRR19973076.2023238/1‑150 (MQ=60)
GTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGG > SRR19973076.2023305/1‑150 (MQ=60)
CACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTA < SRR19973076.2638874/150‑1 (MQ=60)
CACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTA < SRR19973076.2638818/150‑1 (MQ=60)
CACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTA < SRR19973076.2638809/150‑1 (MQ=60)
GTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAG < SRR19973076.4503425/150‑1 (MQ=60)
GTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAG < SRR19973076.4503467/150‑1 (MQ=60)
AGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAAT < SRR19973076.2045319/150‑1 (MQ=60)
GTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATC > SRR19973076.898642/1‑150 (MQ=60)
GTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATC > SRR19973076.898611/1‑150 (MQ=60)
GTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATC > SRR19973076.898495/1‑150 (MQ=60)
GTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATC > SRR19973076.1023569/1‑150 (MQ=60)
GTATGGTTAAAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATC < SRR19973076.3861867/150‑1 (MQ=60)
TATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCA < SRR19973076.1183309/150‑1 (MQ=60)
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GTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTAT > SRR19973076.364099/1‑150 (MQ=60)
ATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTATCGT > SRR19973076.2573272/1‑150 (MQ=60)
TCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTATCGTC < SRR19973076.240479/150‑1 (MQ=60)
CGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTATCGTCG < SRR19973076.1057617/150‑1 (MQ=60)
AGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGACTCAGTATCGTCG > SRR19973076.1865563/1‑150 (MQ=60)
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CTCTGCAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTATCGTCG > CP009273/2845964‑2846261
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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |