Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
RA |
CP009273 |
2,846,112 |
C→A |
100% |
I206I (ATC→ATA) |
hypD → |
hydrogenase maturation protein |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | CP009273 | 2,846,112 | 0 | C | A | 97.9%
| 892.9
/ 7.3
| 282 | I206I (ATC→ATA) | hypD | hydrogenase maturation protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/1); new base A (123/153); total (128/154) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.51e-02 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 |
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
CTGCAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTATC > CP009273/2845966‑2846257
|
ctGCAACAGGCGATAGCTCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCTGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAgg < 2:1921572/149‑1 (MQ=255)
ctGCAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTACAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAgg < 1:1174381/149‑1 (MQ=255)
tGCAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGc < 1:2576336/149‑1 (MQ=255)
cAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCAc < 1:3812205/149‑1 (MQ=255)
cAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGa < 1:972920/149‑1 (MQ=255)
ggCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACg > 1:3306068/1‑149 (MQ=255)
cGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGcc < 1:1334562/149‑1 (MQ=255)
cGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGcc < 1:666133/149‑1 (MQ=255)
gAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCt > 1:1437112/1‑149 (MQ=255)
aaaGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCta < 1:2951003/149‑1 (MQ=255)
aGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCtata < 2:3187409/149‑1 (MQ=255)
aGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTCGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCtata < 2:2586828/149‑1 (MQ=255)
gcgcGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATaa < 2:3970291/149‑1 (MQ=255)
cgTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAAttt < 2:1709289/149‑1 (MQ=255)
gTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAAtttt > 1:1929605/1‑149 (MQ=255)
gATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTAt < 2:1653376/149‑1 (MQ=255)
aTGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATc < 2:594393/149‑1 (MQ=255)
tgCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGcc < 2:4110537/149‑1 (MQ=255)
gCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCa < 1:971402/149‑1 (MQ=255)
gCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCa < 2:292620/149‑1 (MQ=255)
gCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCa < 1:2981073/149‑1 (MQ=255)
gCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCa > 1:562394/1‑149 (MQ=255)
aGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGc > 2:3187905/1‑149 (MQ=255)
gAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCg > 1:3520632/1‑149 (MQ=255)
tttACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGAtttt < 1:2307554/149‑1 (MQ=255)
ttACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTc < 2:2655063/149‑1 (MQ=255)
aCTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCAt < 1:742512/149‑1 (MQ=255)
aCTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCAt > 1:3634115/1‑149 (MQ=255)
ttcttcTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCg > 2:280893/1‑149 (MQ=255)
ttcttcTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCg > 2:997524/1‑149 (MQ=255)
ttctGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTcc < 2:1704066/149‑1 (MQ=255)
ttctGCCAACACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTCTGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTcc > 2:1406222/1‑149 (MQ=255)
tGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCt < 2:2271623/149‑1 (MQ=255)
gCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCtg > 2:3013303/1‑149 (MQ=255)
gCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCGATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCtg > 2:3511897/1‑149 (MQ=255)
ccAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCtgg < 2:1316625/149‑1 (MQ=255)
cAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCtggt > 1:1005911/1‑149 (MQ=255)
aGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCtggtg > 1:3682665/1‑149 (MQ=255)
gCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCtggtgg > 2:1694361/1‑149 (MQ=255)
cacaTTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTggtggt < 1:3892043/149‑1 (MQ=255)
aTTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGc > 1:3100647/1‑149 (MQ=255)
aTTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGc > 1:2924125/1‑149 (MQ=255)
ttACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCt > 2:601884/1‑149 (MQ=255)
ttACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCt < 2:4053924/149‑1 (MQ=255)
aCGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTgg < 2:1161291/149‑1 (MQ=255)
aCGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTgg > 2:1944368/1‑149 (MQ=255)
aCGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTgg > 2:2819971/1‑149 (MQ=255)
cTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGAtt > 2:3898572/1‑149 (MQ=255)
tATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCg > 1:910110/1‑149 (MQ=255)
tATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCg > 1:1860872/1‑149 (MQ=255)
tCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGaa > 1:164155/1‑149 (MQ=255)
tCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGaa > 1:2183240/1‑149 (MQ=255)
cccGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAAc < 1:85544/149‑1 (MQ=255)
gACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAAcccc > 1:357593/1‑149 (MQ=255)
gTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTg > 2:3086242/1‑149 (MQ=255)
gTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTg > 1:1276248/1‑149 (MQ=255)
gTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTg > 1:1276450/1‑149 (MQ=255)
tGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGAt < 1:277067/149‑1 (MQ=255)
cAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATctac < 2:2520617/149‑1 (MQ=255)
aGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATctact < 2:665242/149‑1 (MQ=255)
aGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATctact > 2:3824659/1‑149 (MQ=255)
gTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATctacta < 2:3324360/149‑1 (MQ=255)
tGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACaa < 2:3945705/149‑1 (MQ=255)
gCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAg < 2:2096386/149‑1 (MQ=255)
cTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAgg > 1:411448/1‑149 (MQ=255)
tGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGc > 1:444799/1‑149 (MQ=255)
ggAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCg > 2:963195/1‑149 (MQ=255)
gAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGt < 1:3127844/149‑1 (MQ=255)
gAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGt < 1:2469938/149‑1 (MQ=255)
aGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTc < 2:1863920/149‑1 (MQ=255)
aGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTc > 1:4099269/1‑149 (MQ=255)
gCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCa < 1:3898925/149‑1 (MQ=255)
ccGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCAt < 2:1467465/149‑1 (MQ=255)
ccGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCAt < 2:1468206/149‑1 (MQ=255)
ggATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACCAGGCGTGGTCATGc < 2:90257/149‑1 (MQ=255)
ggATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGc < 2:2169076/149‑1 (MQ=255)
aTAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTg < 1:1606413/149‑1 (MQ=255)
aTAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTg < 1:3651583/149‑1 (MQ=255)
cGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTgc < 1:2896874/149‑1 (MQ=255)
gTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTgcag > 2:2314621/1‑149 (MQ=255)
tGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGaaaa < 1:3998479/149‑1 (MQ=255)
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CGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCATATAATTTTATCGCCAGCTATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCATTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCA < SRR19973068.2285772/150‑1 (MQ=60)
CGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACA > SRR19973068.1859109/1‑150 (MQ=60)
CCGGGTCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGC < SRR19973068.4118247/150‑1 (MQ=60)
TCACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGT > SRR19973068.1628299/1‑150 (MQ=60)
CACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTA > SRR19973068.2330091/1‑150 (MQ=60)
CACGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTA > SRR19973068.2330137/1‑150 (MQ=60)
CGTCAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGA < SRR19973068.1317590/150‑1 (MQ=60)
CAGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAA > SRR19973068.4098004/1‑150 (MQ=60)
AGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAAT > SRR19973068.720649/1‑150 (MQ=60)
AGTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAAT > SRR19973068.720803/1‑150 (MQ=60)
GTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATC > SRR19973068.1050367/1‑150 (MQ=60)
GTATGGTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATC > SRR19973068.1050637/1‑150 (MQ=60)
ATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGGGATTTTCATCGGCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGACCCCCTTGATCTACTACACGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAG < SRR19973068.1769801/150‑1 (MQ=60)
GTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTAT > SRR19973068.2567684/1‑150 (MQ=60)
GTTATAGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTAT < SRR19973068.3670604/150‑1 (MQ=60)
AGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTATCGTCG < SRR19973068.3522949/150‑1 (MQ=60)
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CTCTGCAACAGGCGAAAGCGCGTGATGTGCAGAATTTTTACTTCTTCTGCCAGCACATTACGCTTATCCCGACGTTGCGCAGTTTGCTGGAACAGCCGGATAACGGTATCGATGCGTTCCTCGCGCCGGGTCACGTCAGTATGGTTATCGGCACCGACGCCTATAATTTTATCGCCAGCGATTTTCATCGTCCGCTGGTGGTTGCTGGATTCGAACCCCTTGATCTACTACAAGGCGTGGTCATGCTGGTGCAGCAGAAAATAGCGGCCCACAGCAAGGTAGAGAATCAGTATCGTCG > CP009273/2845964‑2846261
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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |