Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F78 I0 R1
|
626 |
241.3 |
10389380 |
77.7% |
8072548 |
149.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,471,707 |
A→T |
16.7% |
*769C (TGA→TGT) |
ydbD → |
PF10971 family putative periplasmic methylglyoxal resistance protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,471,707 | 0 | A | T | 16.7%
| 521.0
/ 74.8
| 181 | *769C (TGA→TGT) | ydbD | PF10971 family putative periplasmic methylglyoxal resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/86); new base T (18/13); total (82/99) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
GATGTATTAAAGGCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGATGCACCATAGCGCAA > CP009273/1471558‑1471855
|
gATGTATTAAAGGCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAACACTTGATGAGTTGTATTGa > 1:3467695/1‑150 (MQ=255)
gTATTAAAGGCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATcc < 1:3226020/150‑1 (MQ=255)
tAAAGGCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACaa > 1:97964/1‑150 (MQ=255)
aaaGGCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCTATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGATTTGTATTGATCCACAAc < 2:819285/150‑1 (MQ=255)
aaaGGCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAAc > 1:1016194/1‑150 (MQ=255)
aaaGGCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAAc < 2:1499503/150‑1 (MQ=255)
aaaGGCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAAc < 2:1122328/150‑1 (MQ=255)
aaaGGCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAAc < 1:956393/150‑1 (MQ=255)
aaaGGCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAAc < 1:358702/150‑1 (MQ=255)
aaGGCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACg > 2:855486/1‑150 (MQ=255)
ggCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTa > 1:788194/1‑150 (MQ=255)
cGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAAt < 1:1161353/150‑1 (MQ=255)
gAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATg < 2:1618603/150‑1 (MQ=255)
aGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCACTACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGt > 2:2202385/1‑150 (MQ=255)
tGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGttttt > 1:1746419/1‑150 (MQ=255)
tGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGttttt < 1:1034494/150‑1 (MQ=255)
aaCGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTaa > 1:807827/1‑150 (MQ=255)
tCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTg < 2:2872877/150‑1 (MQ=255)
tttGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGAtt > 2:3601069/1‑150 (MQ=255)
ttGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATCCGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTa < 2:4018828/150‑1 (MQ=255)
gCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAAt < 1:3460695/150‑1 (MQ=255)
cTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAAtt > 2:2142515/1‑150 (MQ=255)
cGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTgggg < 2:889262/150‑1 (MQ=255)
gTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGa > 1:3898814/1‑150 (MQ=255)
ttAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGAt > 1:1696541/1‑150 (MQ=255)
ttAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGAt > 2:2766188/1‑150 (MQ=255)
ttAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGAt < 2:670861/150‑1 (MQ=255)
tAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATa > 1:4372698/1‑150 (MQ=255)
gagCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCCGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTCTTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAAt < 2:3850553/150‑1 (MQ=255)
gagCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAAt < 1:1181102/150‑1 (MQ=255)
agCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATc > 1:3291280/1‑150 (MQ=255)
agCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATc < 1:3056405/150‑1 (MQ=255)
agCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATc < 2:2134740/150‑1 (MQ=255)
tAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTg < 2:2348643/150‑1 (MQ=255)
cTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGt < 1:527426/150‑1 (MQ=255)
cTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGt < 2:1512180/150‑1 (MQ=255)
atGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGGTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGt > 2:26692/2‑150 (MQ=255)
tGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTg > 2:458787/1‑150 (MQ=255)
gAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACTGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGa < 1:3155370/150‑1 (MQ=255)
gAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGACCAAGCGAGGCGAATACTGGAGGAGTTGTATTGATCCACCACGTAATGTTTTGTAACTATCTGATTACTTGGGGATCATCATTCCTGACAGTGa > 2:2530422/1‑150 (MQ=255)
gAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGa < 1:1146524/150‑1 (MQ=255)
tGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTcc > 2:4335462/1‑150 (MQ=255)
ttAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAAt < 1:432455/150‑1 (MQ=255)
ttAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAAt < 2:412582/150‑1 (MQ=255)
tAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATa < 1:1482865/150‑1 (MQ=255)
tCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCt > 2:431215/1‑150 (MQ=255)
ccAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGat < 1:671533/150‑1 (MQ=255)
gCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGatata < 2:3463424/150‑1 (MQ=255)
tGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATAtt < 2:1090488/150‑1 (MQ=255)
tGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATAtt > 1:1366059/1‑150 (MQ=255)
tGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATAtt > 1:1366062/1‑150 (MQ=255)
cgcTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTg < 2:1011424/150‑1 (MQ=255)
gcTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGa < 1:4893043/150‑1 (MQ=255)
ttAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAAt > 1:3371219/1‑150 (MQ=255)
aCGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAAtttt > 1:78197/1‑150 (MQ=255)
aCGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAAtttt > 1:2724784/1‑150 (MQ=255)
ggTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTa < 2:1348410/150‑1 (MQ=255)
ggTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTa > 2:1846532/1‑150 (MQ=255)
gTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTaa < 1:4807323/150‑1 (MQ=255)
gACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGaa < 1:145437/150‑1 (MQ=255)
gACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGaa < 2:486042/150‑1 (MQ=255)
gACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGaa < 1:2403217/150‑1 (MQ=255)
aCGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTATTAATGaaa > 1:1679280/1‑150 (MQ=255)
cgcgcgCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACATCGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAAc < 1:40474/150‑1 (MQ=255)
cgcgcgCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAAc < 2:4250466/150‑1 (MQ=255)
gcgcgcAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACg < 2:1821641/150‑1 (MQ=255)
aaTACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCgtgt < 2:2782990/150‑1 (MQ=255)
aTACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGtt > 1:5093939/1‑150 (MQ=255)
aCGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGATTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGc < 1:4832833/150‑1 (MQ=255)
aCGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGc > 2:4560888/1‑150 (MQ=255)
cGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCg > 1:2705522/1‑150 (MQ=255)
aaCAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGatat > 1:3383613/1‑150 (MQ=255)
aCAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATAtc < 2:4485103/150‑1 (MQ=255)
aGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTcc < 2:4258534/150‑1 (MQ=255)
gCGATGATAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCg < 2:4463887/150‑1 (MQ=255)
gCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGTTCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCg < 2:4463957/150‑1 (MQ=255)
cGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGt > 1:2047414/1‑150 (MQ=255)
gATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTc > 2:1229310/1‑150 (MQ=255)
tGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAg < 2:807346/150‑1 (MQ=255)
gagaAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAgg > 1:4156679/1‑150 (MQ=255)
gaAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAgggg > 1:263832/1‑150 (MQ=255)
gaAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAgggg > 1:3832899/1‑150 (MQ=255)
aaaCTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGtt < 2:3588068/129‑1 (MQ=255)
aaCTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTGACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAAt > 2:3160444/1‑150 (MQ=255)
aaCTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAAt < 2:1157711/150‑1 (MQ=255)
aCTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAAtt < 1:4406333/150‑1 (MQ=255)
aCTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAAtt > 1:296000/1‑150 (MQ=255)
aCTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATATTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAAtt > 1:1837075/1‑150 (MQ=255)
ttGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGa < 1:3334142/150‑1 (MQ=255)
tgatgaGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGAt < 2:4292728/150‑1 (MQ=255)
tgatgaGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGAt < 2:89348/150‑1 (MQ=255)
tgatgaGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGAt < 2:990912/150‑1 (MQ=255)
aGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGATGCAcc < 1:3254901/150‑1 (MQ=255)
aGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGATGCAcc > 2:926051/1‑150 (MQ=255)
tGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGATGCACCATa > 2:3148859/1‑150 (MQ=255)
tGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGATGCACCATa > 1:3591768/1‑150 (MQ=255)
tATTGTTCCACAACGTAATGTTGTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGACTTGATGCACCATAgc > 1:1540080/1‑150 (MQ=255)
aTTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGGTTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGATGCACCATAgcg < 2:2255889/150‑1 (MQ=255)
aTTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGACTTGATGCACCATAgcg > 1:2527510/1‑150 (MQ=255)
gATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGATGCACCATAGCGCaa > 1:737548/1‑150 (MQ=255)
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GATGTATTAAAGGCGAGGCTGAAACGTGATCCTTTGCTGGCGTTAGAGCTTGTTAACCCTGAACTGGATTTAGTCCGCCAGCTGGCGCTTAACGGTAAGACGCGCGCAATACGGGAACAAGCGATGAGAAAACTTGATGAGTTGTATTGATCCACAACGTAATGTTTTTTAACTATCTGATTAATTGGGGATAATCATTCCTGACAGTGAGTCCCCAATACCTTGATATATTCTGAATTTTTAATGAAACGGCGTGTTGCGATATCTCCGTCAGGGGAATTGATGCACCATAGCGCAA > CP009273/1471558‑1471855
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
