Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I0 R1
|
779 |
320.1 |
10410758 |
96.6% |
10056792 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,070,058 |
C→A |
10.8% |
A90A (GCC→GCA) |
yeeS → |
CP4‑44 prophage; putative DNA repair protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,070,058 | 0 | C | A | 10.8%
| 1087.3
/ 77.7
| 296 | A90A (GCC→GCA) | yeeS | CP4‑44 prophage; putative DNA repair protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (144/120); new base A (24/8); total (168/128) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.66e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 300 total aligned reads displayed.
TGGCGGGACTGGAGCGTGAAGAATTCCGGGTGCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTT > CP009273/2069910‑2070206
|
ggCGGGACTGGAGCGTGAAGAATTCCGGGTGCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCg > 2:2031754/1‑149 (MQ=255)
gCGGGACTGGAGCGTGAAGAATTCCGGGTTCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGc < 1:2317736/149‑1 (MQ=255)
gggACTGGAGCGTGAAGAATTCCGGGTGCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTg > 2:525409/1‑149 (MQ=255)
cTGGAGCGTGAAGAATTCCGGGTGCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGt > 2:1435649/1‑149 (MQ=255)
ggAGCGTGAAGAATTCCGGGTGCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTgg > 2:1204753/1‑149 (MQ=255)
gCGTGAAGAATTCCGGGTGCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTAc > 1:2903076/1‑149 (MQ=255)
gTGAAGAATTCCGGGTGCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACACTGCCGCTGCCGTGGTACTg > 2:4048457/1‑149 (MQ=255)
gTGAAGAATTCCGGGTGCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTg > 1:4896148/1‑149 (MQ=255)
aagaaTTCCGGGTGCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGACGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGca > 2:4993046/1‑149 (MQ=255)
agaaTGCCGGGTGCTGGATCGGCACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTCCCACAATGCCGCTGCCGGGGTACTGGcac < 2:3379207/149‑1 (MQ=255)
aTTCCGGGTGCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGcacaca > 1:975428/1‑149 (MQ=255)
aTTCCGGGTGCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGcacaca > 2:3122179/1‑149 (MQ=255)
ttCCGGGTGCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACaa > 1:1479582/1‑149 (MQ=255)
gggTGCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCAGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCAc > 2:2933569/1‑149 (MQ=255)
gCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCCCGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGt > 2:4389296/1‑149 (MQ=255)
cTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTc < 1:1973747/149‑1 (MQ=255)
cTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTc < 1:2599806/149‑1 (MQ=255)
tGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTcc < 2:105216/149‑1 (MQ=255)
tGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGAGTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCAGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTcc < 2:3194713/149‑1 (MQ=255)
tCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTg < 2:2255896/149‑1 (MQ=255)
tGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGaa > 1:525483/1‑149 (MQ=255)
gAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAGTGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAg < 1:573395/149‑1 (MQ=255)
gAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAg > 1:4242737/1‑149 (MQ=255)
gAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAg > 1:5138773/1‑149 (MQ=255)
gAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAg < 1:3658414/149‑1 (MQ=255)
acaacCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTc < 1:2425652/149‑1 (MQ=255)
acaacCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTc < 1:4506252/149‑1 (MQ=255)
acaacCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTc < 2:5174452/149‑1 (MQ=255)
acaacCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTc < 1:3377734/149‑1 (MQ=255)
aacCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTcac < 2:148275/149‑1 (MQ=255)
acCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCAGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTcaca < 1:1172739/149‑1 (MQ=255)
gAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCa > 1:1640324/1‑149 (MQ=255)
aaTCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAg > 2:1747300/1‑149 (MQ=255)
aaTCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAg > 2:2727955/1‑149 (MQ=255)
aaTCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAg < 2:4453646/149‑1 (MQ=255)
tCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTa > 1:3898834/1‑149 (MQ=255)
tCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTa < 2:1332610/149‑1 (MQ=255)
cAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTaa > 2:3476438/1‑149 (MQ=255)
aGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAg < 1:4725899/149‑1 (MQ=255)
gCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAgg > 1:4682517/1‑149 (MQ=255)
gCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCAGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAgg > 2:4526775/1‑149 (MQ=255)
gCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCAGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAgg > 1:730022/1‑149 (MQ=255)
tGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCa < 2:3055632/149‑1 (MQ=255)
gATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAg < 2:872717/149‑1 (MQ=255)
gATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAg > 1:5073395/1‑149 (MQ=255)
gATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAg > 1:1412787/1‑149 (MQ=255)
gATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCAGCTGCCGTGGTACTGGCACCCACTCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAg > 2:5068218/1‑149 (MQ=255)
ttGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGAc > 1:2086621/1‑149 (MQ=255)
ttGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGAc > 1:1354246/1‑149 (MQ=255)
tGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGAcc < 1:3517422/149‑1 (MQ=255)
gTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCtt < 2:6573/149‑1 (MQ=255)
aCCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCAc > 1:4459075/1‑149 (MQ=255)
ctTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAAc < 1:5192767/149‑1 (MQ=255)
ggCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGt < 2:2497734/149‑1 (MQ=255)
gCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTa > 2:1792559/1‑149 (MQ=255)
ccATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAg < 1:1706588/149‑1 (MQ=255)
aTCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGc < 2:3790766/149‑1 (MQ=255)
aTCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCAGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGc > 2:3928605/1‑149 (MQ=255)
cAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCAc > 1:2943998/1‑149 (MQ=255)
cAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCAc < 2:4001365/149‑1 (MQ=255)
cAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCAc < 1:4546886/149‑1 (MQ=255)
aCCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTg > 2:3827472/1‑149 (MQ=255)
ccGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTgg < 2:819645/149‑1 (MQ=255)
gCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGc < 1:3184833/149‑1 (MQ=255)
ggAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCtgg > 1:3052886/1‑149 (MQ=255)
gAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCtggt > 1:2267583/1‑149 (MQ=255)
gAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCtggt > 1:4856842/1‑149 (MQ=255)
ccATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGata < 2:2125602/149‑1 (MQ=255)
ccATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGata > 2:5109160/1‑149 (MQ=255)
ccATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGata > 2:5175514/1‑149 (MQ=255)
ccATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGata > 1:2364610/1‑149 (MQ=255)
cATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGatat > 2:1231511/1‑149 (MQ=255)
tCCCCGGGAAGTGAATAACCGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATcc < 1:1795680/149‑1 (MQ=255)
ccccGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGACCGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATCTCCg > 2:2738770/1‑149 (MQ=255)
cccGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCgg > 1:4622681/1‑149 (MQ=255)
cccGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCgg > 1:4353129/1‑149 (MQ=255)
cccGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCgg > 1:2490498/1‑149 (MQ=255)
cccGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCgg > 1:2556254/1‑149 (MQ=255)
cGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGt < 2:16376/149‑1 (MQ=255)
gggTAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTg > 1:1056196/1‑149 (MQ=255)
gggAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTg > 1:2653766/1‑149 (MQ=255)
aaGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCAGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCg > 2:2627985/1‑149 (MQ=255)
aaGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCAGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCg > 2:1889053/1‑149 (MQ=255)
aGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCgg > 2:5203111/1‑149 (MQ=255)
tGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCAGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGAc < 2:2030502/149‑1 (MQ=255)
gATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACACTCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGAcc < 2:3406999/149‑1 (MQ=255)
gATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGAcc < 2:4855017/149‑1 (MQ=255)
ttAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTCCAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCAt > 1:1312905/1‑149 (MQ=255)
aaCGCGCCCTGTACCACAATGCAGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTg > 2:4906413/1‑149 (MQ=255)
cccTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTc < 1:4041521/149‑1 (MQ=255)
ccTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCg < 2:4302298/149‑1 (MQ=255)
cTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCgg < 2:4220603/149‑1 (MQ=255)
cTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCgg > 2:2970165/1‑149 (MQ=255)
aCCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGc > 1:3762058/1‑149 (MQ=255)
cacaATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCaa > 1:2885246/1‑149 (MQ=255)
cacaATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCaa > 1:284164/1‑149 (MQ=255)
aTGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAg < 1:4193091/149‑1 (MQ=255)
aTGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAg > 1:2434806/1‑149 (MQ=255)
gCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGt > 1:2752294/1‑149 (MQ=255)
gCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGt < 1:4982609/149‑1 (MQ=255)
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TGGCGGGACTGGAGCGTGAAGAATTCCGGGTGCTGTATCTGAACAACCAGAATCAGCTGATTGCCGGTGAAACCCTCTTCACCGGCACCATCAACCGCACGGAAGTCCATCCCCGGGAAGTGATTAAACGCGCCCTGTACCACAATGCCGCTGCCGTGGTACTGGCACACAATCACCCGTCCGGTGAAGTCACACCCAGTAAGGCAGACCGGCTTATCACCGAACGTCTGGTACAGGCACTGGGCCTGGTGGATATCCGGGTGCCGGACCATCTGATAGTCGGTGGCAACCAGGTTT > CP009273/2069910‑2070206
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
