Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F52 I0 R1
|
779 |
320.1 |
10410758 |
96.6% |
10056792 |
149.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
CTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGCCCGTAACTCCTTAACTTTACGATAATAATCATTTATGGACAAATCGT > CP009273/230430‑230728
|
CTTTTGCATTCATTTTTGTGTAAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCAGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTT < SRR19973057.3729831/150‑1 (MQ=60)
TTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTT > SRR19973057.1433702/1‑150 (MQ=60)
TTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTC > SRR19973057.3410458/1‑150 (MQ=60)
TGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCA > SRR19973057.4306268/1‑150 (MQ=60)
TGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCA > SRR19973057.1700752/1‑150 (MQ=60)
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CCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGATTGTTGCAATAATGTTTCTTCATT > SRR19973057.2735849/1‑150 (MQ=60)
CTTGATGTGTGTGTCTTGAGTTGCTTAATAGACGACCGATCATCACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTA < SRR19973057.2640919/150‑1 (MQ=60)
TTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAA > SRR19973057.5037421/1‑150 (MQ=60)
TTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAA > SRR19973057.5037797/1‑150 (MQ=60)
TTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAA > SRR19973057.4128425/1‑150 (MQ=60)
CATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATT < SRR19973057.2144727/150‑1 (MQ=60)
ATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTA > SRR19973057.809/1‑150 (MQ=60)
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GTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATT > SRR19973057.4771434/1‑150 (MQ=60)
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AATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAA > SRR19973057.1346293/1‑150 (MQ=60)
AATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAA > SRR19973057.1572619/1‑150 (MQ=60)
AATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAA > SRR19973057.5163834/1‑150 (MQ=60)
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GTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAA > SRR19973057.582296/1‑150 (MQ=60)
CTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATC < SRR19973057.2452662/150‑1 (MQ=60)
CTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATC < SRR19973057.4174197/150‑1 (MQ=60)
TAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTT < SRR19973057.1386834/150‑1 (MQ=60)
AAAGACGACCGATCATCACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCC < SRR19973057.3529703/150‑1 (MQ=60)
AAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCC < SRR19973057.1786991/150‑1 (MQ=60)
AAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCC < SRR19973057.4842568/150‑1 (MQ=60)
AGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGATTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGT > SRR19973057.132367/1‑150 (MQ=60)
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GACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTT > SRR19973057.4392355/1‑150 (MQ=60)
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TAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACA < SRR19973057.3195684/150‑1 (MQ=60)
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AACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACAT > SRR19973057.2262153/1‑150 (MQ=60)
ACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATT < SRR19973057.2415227/150‑1 (MQ=60)
ACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATT < SRR19973057.2414630/150‑1 (MQ=60)
GAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTT < SRR19973057.3498251/150‑1 (MQ=60)
GAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTT < SRR19973057.3498273/150‑1 (MQ=60)
AACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCCTGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTG < SRR19973057.2167405/150‑1 (MQ=60)
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GAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGC < SRR19973057.1564929/150‑1 (MQ=60)
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GATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATT > SRR19973057.2021042/1‑150 (MQ=60)
ATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTT < SRR19973057.289353/150‑1 (MQ=60)
ATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTT > SRR19973057.4160782/1‑150 (MQ=60)
ATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTTTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTT > SRR19973057.4068750/1‑150 (MQ=60)
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|
CTTTTGCCTTCATGTGTGTGTCAATAGTTGCTTAAAAGACGACCGATCATAACGGCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTCTTAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGCCCGTAACTCCTTAACTTTACGATAATAATCATTTATGGACAAATCGT > CP009273/230430‑230728
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
