Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F309 I0 R1
|
1697 |
197.2 |
6627756 |
95.7% |
6342762 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
319,024 |
C→A |
91.4% |
R326S (CGC→AGC) |
ykgF → |
ferridoxin‑like LutB family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 319,024 | 0 | C | A | 91.4%
| 499.5
/ 40.1
| 187 | R326S (CGC→AGC) | ykgF | ferridoxin‑like LutB family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/8); new base A (75/96); total (83/104) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.93e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
GCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGG > CP009273/318879‑319168
|
gcgcgAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGc < 2:2649011/148‑1 (MQ=255)
cgAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCat < 2:1285145/148‑1 (MQ=255)
gAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCata < 2:143116/148‑1 (MQ=255)
aGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATAtt < 1:2561178/148‑1 (MQ=255)
cTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCCTATTgg > 2:2060803/1‑148 (MQ=255)
cTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTgg > 2:1009536/1‑148 (MQ=255)
gggCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCg > 1:1035523/1‑148 (MQ=255)
gCACGTTGATGGTCCTGAAGATTTTCATCAGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCAGGCCTCTGAAATTCTTTTTGTGCTGAGCTGTATTAGCTGCGTGGTTTGTATGTATACTTGTCCGGAATATAGCAATACTGGCGGt < 2:553314/148‑1 (MQ=255)
cGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCAt > 1:1025821/1‑148 (MQ=255)
ttGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATgg < 1:622598/148‑1 (MQ=255)
tGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGa > 1:2958631/1‑148 (MQ=255)
gATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGat < 2:2332228/148‑1 (MQ=255)
gATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGat < 2:148853/148‑1 (MQ=255)
tGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGatat > 2:1127282/1‑148 (MQ=255)
tGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGatat > 2:2434135/1‑148 (MQ=255)
tGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGatat > 1:227464/1‑148 (MQ=255)
gTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATgg < 2:1888490/148‑1 (MQ=255)
tCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGc > 2:769936/1‑148 (MQ=255)
tCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGc > 2:2979576/1‑148 (MQ=255)
tGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGctct > 1:1784547/1‑148 (MQ=255)
gAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTa > 1:920152/1‑148 (MQ=255)
agagTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTAtt > 2:2817349/1‑148 (MQ=255)
agagTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTAtt > 2:471032/1‑148 (MQ=255)
gagTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTAttt < 1:2256541/148‑1 (MQ=255)
gagTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTAttt > 2:2786237/1‑148 (MQ=255)
agTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTa > 2:3138466/1‑148 (MQ=255)
gTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTAt < 2:2156727/148‑1 (MQ=255)
gTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTAt < 2:2741033/148‑1 (MQ=255)
tttCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATc > 2:3049193/1‑148 (MQ=255)
cATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAg < 1:1394165/148‑1 (MQ=255)
tCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAggg > 1:1428586/1‑148 (MQ=255)
cTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGc < 2:2149041/148‑1 (MQ=255)
cTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGc < 2:1456493/148‑1 (MQ=255)
ggTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCa > 2:2589038/1‑148 (MQ=255)
tCGAAAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGc > 2:218326/1‑148 (MQ=255)
gATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCgg < 1:1400836/148‑1 (MQ=255)
gATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCgg < 1:1557982/148‑1 (MQ=255)
tAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTg > 2:702525/1‑148 (MQ=255)
tAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTg > 2:702632/1‑148 (MQ=255)
gCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTtct > 1:2672193/1‑148 (MQ=255)
gCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTtct > 2:2357994/1‑148 (MQ=255)
cGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTtctc < 1:832444/148‑1 (MQ=255)
tCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGc > 2:2353400/1‑148 (MQ=255)
tCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGc > 2:3097669/1‑148 (MQ=255)
tCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGc > 2:1661455/1‑148 (MQ=255)
tGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTa < 2:337627/148‑1 (MQ=255)
tGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTa < 2:336858/148‑1 (MQ=255)
ggTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACtt < 2:1928147/148‑1 (MQ=255)
gTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTg > 1:3060606/1‑148 (MQ=255)
ggctctGAATTTCTGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCTTATTGGCGGTCTTGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTggcggat < 1:3138697/146‑3 (MQ=255)
gCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCt > 2:2639131/1‑148 (MQ=255)
gCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCt < 1:3138620/148‑1 (MQ=255)
ccTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCta > 1:2985100/1‑148 (MQ=255)
ccTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCta < 1:1624078/148‑1 (MQ=255)
ctGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaa < 2:2518605/148‑1 (MQ=255)
ctGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaa < 1:1885157/148‑1 (MQ=255)
gAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaag < 1:521829/148‑1 (MQ=255)
aaTTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaaga > 2:830291/1‑148 (MQ=255)
aaTTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaaga < 2:1891573/148‑1 (MQ=255)
aTTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagat > 1:678959/1‑148 (MQ=255)
tttCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagatt < 2:1714236/148‑1 (MQ=255)
tttCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagatt < 2:39601/148‑1 (MQ=255)
cGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagatttta > 2:1985950/1‑148 (MQ=255)
ggATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaa < 2:35404/148‑1 (MQ=255)
ggATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaa > 2:1170829/1‑148 (MQ=255)
gATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaag < 1:1201525/148‑1 (MQ=255)
gATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaag < 2:2722739/148‑1 (MQ=255)
aagtgCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGTCCAATTGGTGAGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaaga > 2:1123091/3‑148 (MQ=255)
aTGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaaga < 1:2483452/148‑1 (MQ=255)
tgtgCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaagat < 2:1341189/148‑1 (MQ=255)
tgtgCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaagat < 2:1179714/148‑1 (MQ=255)
tgtgCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTAATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaagat < 1:1528174/148‑1 (MQ=255)
gtgCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaagatt > 2:631548/1‑148 (MQ=255)
gtgCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaagatt > 2:319742/1‑148 (MQ=255)
gctgcGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTa < 2:2234011/148‑1 (MQ=255)
cTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTAc > 1:972436/1‑148 (MQ=255)
cTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTAc > 1:444184/1‑148 (MQ=255)
cTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTAc > 1:2305802/1‑148 (MQ=255)
tGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACg > 2:2257112/1‑148 (MQ=255)
gTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGc < 1:214707/148‑1 (MQ=255)
gTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGc > 1:1548497/1‑148 (MQ=255)
tATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGcc < 2:3111102/148‑1 (MQ=255)
ttCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTg < 1:1953982/148‑1 (MQ=255)
tCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGc < 2:2684686/148‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTGTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCtt < 1:1591452/148‑1 (MQ=255)
tGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCtt < 2:423784/148‑1 (MQ=255)
ggggCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTAt < 1:2235688/148‑1 (MQ=255)
ggggCTTGTAAGCATTCTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTAt < 2:1836287/148‑1 (MQ=255)
ggCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGc > 1:746281/1‑148 (MQ=255)
ggCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGc > 1:378357/1‑148 (MQ=255)
ggCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGc > 1:1961240/1‑148 (MQ=255)
gCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGca < 2:769252/148‑1 (MQ=255)
cTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGcac < 2:2960065/148‑1 (MQ=255)
tATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCt < 1:2786237/148‑1 (MQ=255)
gAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTtgt > 1:1666362/1‑148 (MQ=255)
aCTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACa > 1:2652318/1‑148 (MQ=255)
cTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACaa > 1:2064601/1‑148 (MQ=255)
ccGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACgtgt > 2:338467/1‑148 (MQ=255)
cATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTcc > 1:1380681/1‑148 (MQ=255)
atatAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCg < 2:1051099/148‑1 (MQ=255)
|
GCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGG > CP009273/318879‑319168
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
GACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGT > CP009273/318875‑319173
|
GACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATA > SRR19973070.269411/1‑150 (MQ=60)
GACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATA < SRR19973070.1321926/150‑1 (MQ=60)
CGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCAT > SRR19973070.2691447/1‑150 (MQ=60)
CGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCAT > SRR19973070.2132361/1‑150 (MQ=60)
AGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGG < SRR19973070.2577914/150‑1 (MQ=60)
CTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCG > SRR19973070.1042840/1‑150 (MQ=60)
CACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCAT > SRR19973070.1033094/1‑150 (MQ=60)
GTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGA > SRR19973070.2977665/1‑150 (MQ=60)
GTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGA < SRR19973070.1802237/150‑1 (MQ=60)
TTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGAT < SRR19973070.626990/150‑1 (MQ=60)
GATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATAT > SRR19973070.229083/1‑150 (MQ=60)
CCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCT < SRR19973070.1317066/150‑1 (MQ=60)
CCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCT > SRR19973070.1796888/1‑150 (MQ=60)
CCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCT > SRR19973070.1796881/1‑150 (MQ=60)
CTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTA > SRR19973070.926709/1‑150 (MQ=60)
GAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTAT < SRR19973070.2271505/150‑1 (MQ=60)
GAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTAT < SRR19973070.2271305/150‑1 (MQ=60)
TTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCA > SRR19973070.2318928/1‑150 (MQ=60)
TTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCA < SRR19973070.2277668/150‑1 (MQ=60)
TTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAG > SRR19973070.1421914/1‑150 (MQ=60)
CATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGG < SRR19973070.1403537/150‑1 (MQ=60)
CATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGG < SRR19973070.1403567/150‑1 (MQ=60)
CATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATACAGGG > SRR19973070.1438445/1‑150 (MQ=60)
GGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAAT < SRR19973070.157243/150‑1 (MQ=60)
CGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAAATTAGTGATTTGATTCGCATTATTCGCTGCGGTGCTTTTATTAATACATTTACGGCATATAGCCATAATGGCGGTCATGGAAATGGCTCTAATTATACAGGGCCAATTGGTGCGGT > SRR19973070.1583008/1‑150 (MQ=45)
GATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTG < SRR19973070.1568945/150‑1 (MQ=60)
GATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTG < SRR19973070.1410291/150‑1 (MQ=60)
GATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTG < SRR19973070.64203/150‑1 (MQ=60)
GATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTG < SRR19973070.1410238/150‑1 (MQ=60)
ACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTT < SRR19973070.1648925/150‑1 (MQ=60)
GGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCT > SRR19973070.2689548/1‑150 (MQ=60)
CGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCG < SRR19973070.838086/150‑1 (MQ=60)
AGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTG > SRR19973070.3080192/1‑150 (MQ=60)
AGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTG > SRR19973070.3080266/1‑150 (MQ=60)
GGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTA > SRR19973070.3004243/1‑150 (MQ=60)
GGCTCTGAATTTCTGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCTTATTGGCGGTCTTGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGATAT < SRR19973070.3158974/150‑1 (MQ=60)
GCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAT < SRR19973070.3158961/150‑1 (MQ=60)
GCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAT < SRR19973070.3158897/150‑1 (MQ=60)
CCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATA < SRR19973070.1635359/150‑1 (MQ=60)
CTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAG < SRR19973070.1166280/150‑1 (MQ=60)
CTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAG < SRR19973070.1897961/150‑1 (MQ=60)
CTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAG < SRR19973070.496582/150‑1 (MQ=60)
GAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGAT < SRR19973070.525376/150‑1 (MQ=60)
GAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGAT > SRR19973070.684796/1‑150 (MQ=60)
GAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGAT > SRR19973070.683799/1‑150 (MQ=60)
GAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGAT > SRR19973070.3287871/1‑150 (MQ=60)
ATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTT > SRR19973070.2565649/1‑150 (MQ=60)
TTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTA < SRR19973070.3068610/150‑1 (MQ=60)
GATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGAT < SRR19973070.1209961/150‑1 (MQ=60)
ATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATT < SRR19973070.2499601/150‑1 (MQ=60)
ATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATT < SRR19973070.1961146/150‑1 (MQ=60)
TGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTAATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTT < SRR19973070.1538909/150‑1 (MQ=60)
CTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCC < SRR19973070.2482479/150‑1 (MQ=60)
CGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTCTAAAGATTTTAAAGATTTACCCTAC > SRR19973070.2321136/1‑150 (MQ=60)
CGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTAC > SRR19973070.447395/1‑150 (MQ=60)
CGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTAC > SRR19973070.979377/1‑150 (MQ=60)
CTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGC > SRR19973070.1559389/1‑150 (MQ=60)
GTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCT < SRR19973070.216281/150‑1 (MQ=60)
TTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCT < SRR19973070.1967127/150‑1 (MQ=60)
TTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATCTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCTGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCT < SRR19973070.1967130/150‑1 (MQ=60)
CTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTT < SRR19973070.1488917/150‑1 (MQ=60)
TGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTGTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTA < SRR19973070.1602579/150‑1 (MQ=60)
TGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTGTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTA < SRR19973070.1602632/150‑1 (MQ=60)
GCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTAT < SRR19973070.2166029/150‑1 (MQ=60)
GGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGC > SRR19973070.751551/1‑150 (MQ=60)
GGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGC < SRR19973070.2250428/150‑1 (MQ=60)
GGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGC > SRR19973070.1974456/1‑150 (MQ=60)
GGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGC > SRR19973070.381129/1‑150 (MQ=60)
GGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGC < SRR19973070.576618/150‑1 (MQ=60)
GGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCA < SRR19973070.824932/150‑1 (MQ=60)
TATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTG < SRR19973070.929304/150‑1 (MQ=60)
TATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTG < SRR19973070.2804170/150‑1 (MQ=60)
ATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGT > SRR19973070.1677809/1‑150 (MQ=60)
AATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGAC < SRR19973070.2621154/150‑1 (MQ=60)
ATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACA > SRR19973070.2669576/1‑150 (MQ=60)
TACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAA < SRR19973070.1540658/150‑1 (MQ=60)
TACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAA > SRR19973070.2078527/1‑150 (MQ=60)
CTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACG > SRR19973070.2886825/1‑150 (MQ=60)
CTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACG > SRR19973070.868424/1‑150 (MQ=60)
GGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCC > SRR19973070.1390040/1‑150 (MQ=60)
CATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGG > SRR19973070.2988174/1‑150 (MQ=60)
TATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTG > SRR19973070.433722/1‑150 (MQ=60)
ATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGC > SRR19973070.2121506/1‑150 (MQ=60)
TAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCG < SRR19973070.677269/150‑1 (MQ=60)
AGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGT > SRR19973070.965366/1‑150 (MQ=60)
|
GACCGCGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTGCGT > CP009273/318875‑319173
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |