Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F434 I0 R1
|
1130 |
215.9 |
7031662 |
97.1% |
6827743 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
319,024 |
C→A |
100% |
R326S (CGC→AGC) |
ykgF → |
ferridoxin‑like LutB family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 319,024 | 0 | C | A | 99.0%
| 651.2
/ ‑1.9
| 199 | R326S (CGC→AGC) | ykgF | ferridoxin‑like LutB family protein; putative electron transport chain YkgEFG component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/2); new base A (106/91); total (106/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
CGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGG > CP009273/318880‑319168
|
cgcgACGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGcc < 2:751119/148‑1 (MQ=255)
aaGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCatat > 1:2703796/1‑148 (MQ=255)
aGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCCTAtt > 1:3306715/1‑148 (MQ=255)
gCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTg > 2:2489396/1‑148 (MQ=255)
gCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAAAGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTg < 2:2435930/148‑1 (MQ=255)
cTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTgg < 2:2859688/148‑1 (MQ=255)
cTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTgg < 2:3422667/148‑1 (MQ=255)
gggCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCg > 2:2728115/1‑148 (MQ=255)
gCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGt < 1:2476046/148‑1 (MQ=255)
gCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGt < 1:2159818/148‑1 (MQ=255)
ttGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATgg > 1:1674413/1‑148 (MQ=255)
ttGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATgg > 1:2027784/1‑148 (MQ=255)
tGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGa > 2:647120/1‑148 (MQ=255)
gATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGat < 1:468473/148‑1 (MQ=255)
tCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGc < 2:3502525/148‑1 (MQ=255)
cTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGctc < 2:2204970/148‑1 (MQ=255)
tGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCGTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGctct > 1:1216015/1‑148 (MQ=255)
aaGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTAt < 2:888699/148‑1 (MQ=255)
aaGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTAt < 1:2019563/148‑1 (MQ=255)
gagTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTAttt > 2:614787/1‑148 (MQ=255)
agTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTa > 2:1332183/1‑148 (MQ=255)
gTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTAt < 1:2628808/148‑1 (MQ=255)
tttCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATc > 2:2803707/1‑148 (MQ=255)
tCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCa < 2:1410655/148‑1 (MQ=255)
tCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCa > 1:701975/1‑148 (MQ=255)
cATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAg > 2:3387625/1‑148 (MQ=255)
tCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAAAACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAggg > 2:1912018/1‑148 (MQ=255)
tATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAAtt < 1:3223252/148‑1 (MQ=255)
aTTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTTGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTg > 1:2913631/1‑148 (MQ=255)
tGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGt > 1:3005055/1‑148 (MQ=255)
gTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTACGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTg > 2:1272114/1‑148 (MQ=255)
tCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGc > 1:952771/1‑148 (MQ=255)
tAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTg > 2:2752125/1‑148 (MQ=255)
tAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTg > 2:1670598/1‑148 (MQ=255)
cGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGAtt > 1:2960714/1‑148 (MQ=255)
cGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGAtt > 1:1520212/1‑148 (MQ=255)
gCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTtct < 2:3006233/148‑1 (MQ=255)
gCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTtct > 2:1574781/1‑148 (MQ=255)
gCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTtct < 2:1256682/148‑1 (MQ=255)
ttCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCg > 2:3057134/1‑148 (MQ=255)
ttCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCg < 2:1171883/148‑1 (MQ=255)
ttCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATACAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCg > 2:3504284/1‑148 (MQ=255)
cTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTggcg > 1:2575611/1‑148 (MQ=255)
gCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCt > 1:1616075/1‑148 (MQ=255)
gCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCt > 2:3134599/1‑148 (MQ=255)
gCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCt > 2:2276188/1‑148 (MQ=255)
ctctGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCtat > 1:1315501/1‑148 (MQ=255)
tctGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCtata > 1:568952/1‑148 (MQ=255)
ctGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaa > 1:1926102/1‑148 (MQ=255)
gAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaag > 1:1312873/1‑148 (MQ=255)
tttCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagatt > 2:505863/1‑148 (MQ=255)
ttCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGTCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCTTATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattt < 2:3237573/148‑1 (MQ=255)
gggATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaa < 1:584283/148‑1 (MQ=255)
gggATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaa < 1:584235/148‑1 (MQ=255)
gATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaag < 1:3435381/148‑1 (MQ=255)
aTGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaaga > 1:240819/1‑148 (MQ=255)
tgtgCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTAtaaagattttaaagat < 1:2099937/148‑1 (MQ=255)
ctgcGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTAc < 2:3217626/148‑1 (MQ=255)
ctgcGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTAc < 2:1710625/148‑1 (MQ=255)
ctgcGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTAc > 2:238973/1‑148 (MQ=255)
ctgcGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTAc > 2:2013424/1‑148 (MQ=255)
ctgcGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTAc < 2:2090748/148‑1 (MQ=255)
gcTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTa < 2:2430241/148‑1 (MQ=255)
cTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTAc > 2:3398213/1‑148 (MQ=255)
cTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTAc > 2:2518403/1‑148 (MQ=255)
tGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACg > 1:2450296/1‑148 (MQ=255)
gTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGc < 2:108573/148‑1 (MQ=255)
gTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGc < 2:1562495/148‑1 (MQ=255)
aTTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCt > 1:2505132/1‑148 (MQ=255)
aTTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCt > 1:1105963/1‑148 (MQ=255)
aTTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCt > 1:2221201/1‑148 (MQ=255)
ttCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTg < 2:59247/148‑1 (MQ=255)
tCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGc > 1:1550185/1‑148 (MQ=255)
cGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGct > 2:2919449/1‑148 (MQ=255)
cTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGctct > 1:146858/1‑148 (MQ=255)
cGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTa > 2:641613/1‑148 (MQ=255)
ggtgCTTGTATGAATTCTTGTCCTGCATTTAGCCATATTGGCGGTCATGGATATTGCTCTTTTTATCCAGTGCGTATTGGTGCGGTGATTTGTCCGCTTCTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTAAGCCTGCTCTTTAt < 1:436798/145‑1 (MQ=255)
gggCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATg > 1:1172957/1‑148 (MQ=255)
gggCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATg > 1:1388032/1‑148 (MQ=255)
ggCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGc < 2:761522/148‑1 (MQ=255)
tGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAg > 2:88681/1‑148 (MQ=255)
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tATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCt < 1:925345/148‑1 (MQ=255)
aTGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCtt > 2:3045245/1‑148 (MQ=255)
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GGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGA > SRR19973065.242540/1‑150 (MQ=60)
GATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGAT < SRR19973065.3456338/150‑1 (MQ=60)
TGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTT < SRR19973065.2113443/150‑1 (MQ=60)
GCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACG < SRR19973065.2083562/150‑1 (MQ=60)
GCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACG < SRR19973065.2955508/150‑1 (MQ=60)
GCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACG > SRR19973065.2465734/1‑150 (MQ=60)
TGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCC < SRR19973065.3186354/150‑1 (MQ=60)
GTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCT > SRR19973065.2520877/1‑150 (MQ=60)
GTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCT > SRR19973065.1113212/1‑150 (MQ=60)
GTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCT > SRR19973065.2235375/1‑150 (MQ=60)
ATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGC > SRR19973065.1560445/1‑150 (MQ=60)
CGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCT > SRR19973065.1934440/1‑150 (MQ=60)
CGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCT > SRR19973065.148100/1‑150 (MQ=60)
CGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATG > SRR19973065.1397152/1‑150 (MQ=60)
CGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATG > SRR19973065.1180428/1‑150 (MQ=60)
GGTGCTTGTATGAATTCTTGTCCTGCATTTAGCCATATTGGCGGTCATGGATATTGCTCTTTTTATCCAGTGCGTATTGGTGCGGTGATTTGTCCGCTTCTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTAAGCCTGCTCTTTATGC < SRR19973065.439829/150‑1 (MQ=60)
GGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCAC > SRR19973065.3466195/1‑150 (MQ=60)
CTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAG > SRR19973065.1452898/1‑150 (MQ=60)
CTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAG < SRR19973065.453180/150‑1 (MQ=60)
TGTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCT > SRR19973065.2117148/1‑150 (MQ=60)
GTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTT < SRR19973065.533051/150‑1 (MQ=60)
GTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTT < SRR19973065.533055/150‑1 (MQ=60)
GTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTT < SRR19973065.533095/150‑1 (MQ=60)
GTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTT < SRR19973065.3524887/150‑1 (MQ=60)
GTATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTT < SRR19973065.3525561/150‑1 (MQ=60)
TATGAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTG < SRR19973065.931419/150‑1 (MQ=60)
GAATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGA > SRR19973065.3154954/1‑150 (MQ=60)
AATACTTGTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGAC > SRR19973065.2578056/1‑150 (MQ=60)
GTCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGT < SRR19973065.3420198/150‑1 (MQ=60)
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TCCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTG < SRR19973065.2470718/150‑1 (MQ=60)
CCGGCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGT > SRR19973065.1754140/1‑150 (MQ=60)
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GCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCG < SRR19973065.1094074/150‑1 (MQ=60)
GCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCG > SRR19973065.378409/1‑150 (MQ=60)
GCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCG > SRR19973065.1933861/1‑150 (MQ=60)
GCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCG < SRR19973065.1392721/150‑1 (MQ=60)
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GCATATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCG < SRR19973065.1392661/150‑1 (MQ=60)
TATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTG < SRR19973065.251932/150‑1 (MQ=60)
TATAGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTG < SRR19973065.132460/150‑1 (MQ=60)
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CGCGAAGCTGGGCACGTTGATGGTCCTGAAGAGTTTCATCTGGTTATTGTCGATAACGGGCGTTCTGAGGTGCTGGCCTCTGAATTTCGGGATGTGCTGCGCTGTATTCGCTGCGGGGCTTGTATGAATACTTGTCCGGCATATCGCCATATTGGCGGTCATGGATATGGCTCTATTTATCCAGGGCCAATTGGTGCGGTGATTTCTCCGCTACTTGGCGGCTATAAAGATTTTAAAGATTTACCCTACGCCTGCTCTTTATGCACAGCTTGTGACAACGTGTGTCCGGTG > CP009273/318880‑319170
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |