Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F309 I0 R1
|
1697 |
197.2 |
6627756 |
95.7% |
6342762 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,830,311 |
G→T |
100% |
intergenic (+395/‑2) |
yicT → / → setC |
pseudogene/putative arabinose efflux transporter |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,830,311 | 0 | G | T | 100.0%
| 723.1
/ NA
| 216 | intergenic (+395/‑2) | yicT/setC | pseudogene/putative arabinose efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (105/111); total (105/111) |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
AATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCTCGCAGATGAACTGAAAGCCCG > CP009273/3830166‑3830455
|
ataatCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGaataat < 1:2442030/148‑1 (MQ=255)
aatCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGc > 1:1830038/1‑148 (MQ=255)
aatCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGc > 1:2682551/1‑148 (MQ=255)
aatCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGc > 1:1832330/1‑148 (MQ=255)
atCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTNATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCa > 1:1682220/1‑148 (MQ=255)
atCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCa < 2:224426/148‑1 (MQ=255)
tctcAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCaa > 1:1439609/1‑148 (MQ=255)
tctcAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCaa > 1:2113101/1‑148 (MQ=255)
tggtGGCCCTATAATATTGAGCTAGAATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAAGACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATTTTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACgg < 1:1814726/145‑1 (MQ=255)
tGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACgg < 2:218549/148‑1 (MQ=255)
tgccccTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTAAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTa < 2:2815091/145‑1 (MQ=255)
tGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTa < 2:3234160/148‑1 (MQ=255)
tGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTa < 2:1593333/148‑1 (MQ=255)
gCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTAcc > 2:2944760/1‑148 (MQ=255)
cccTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTTTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCa < 2:2537896/148‑1 (MQ=255)
cccTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCa > 2:870509/1‑148 (MQ=255)
atataTTTTTGAGTTAGCTTTGATTTGTGGTTTTATCAGCTATAATAAAAAATTATTAATACAATACTCATTCGACTGTTAATTTTTTGTAACTCATTTATTTTTTTTCGCCCGTTTATTCAGAATAATGAAAAAAACGGCTACCACt < 1:608576/147‑1 (MQ=255)
ataataTTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTcc > 1:8089/1‑148 (MQ=255)
tatTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCa > 1:1580493/1‑148 (MQ=255)
atTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCaa > 1:2870170/1‑148 (MQ=255)
agcTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAAt > 2:2417426/2‑148 (MQ=255)
gcTAGCATTTCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATa < 2:1743013/148‑1 (MQ=255)
gctttGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTATTAATACAATACTAATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCGGGTTATTCAGAATAATGAAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTg < 1:2064182/145‑1 (MQ=255)
gCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTg < 2:2421504/148‑1 (MQ=255)
cATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGa > 1:814042/1‑148 (MQ=255)
aTTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGAt > 2:2515860/1‑148 (MQ=255)
aTTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGAt > 1:1981687/1‑148 (MQ=255)
aTTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGAt > 1:3194942/1‑148 (MQ=255)
ggtttCTGTTTGTATCAGCGATACTAAAAAATTATTAATACAATCATCATTCGACTGTTAATTTTTTGTAACTCATTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTAAGAATAATGAAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGAtctc < 1:314612/146‑1 (MQ=255)
cTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCa < 2:238142/148‑1 (MQ=255)
cTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCa < 2:613585/148‑1 (MQ=255)
cTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCa > 2:1957638/1‑148 (MQ=255)
cTTTCTGGTTGTATCAGAGATAATAAAAAATTCTTAATAAAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCa < 1:2262980/148‑1 (MQ=255)
atttCTGGTTGTATCAGCTATACTAAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTTTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGTTGATTCATAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCa < 1:2569215/147‑1 (MQ=255)
tCTGGTTGTATCAGCTATACAAAAAAATTCTTAATACAATACTAATTCGACTGGTATTTATTTGTAACTCTTTTATATTTTTTCGCCGGGTTATTCATAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTg < 1:2249662/148‑1 (MQ=255)
gTTGTATCAGCTATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCcgc < 1:1013970/148‑1 (MQ=255)
tATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGct > 2:1798928/1‑147 (MQ=255)
tATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTAATTATTTGTAACTCATTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCa < 1:922452/148‑1 (MQ=255)
tCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCAtt < 2:1933308/148‑1 (MQ=255)
aTACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACt > 1:843796/1‑148 (MQ=255)
aTACTCAAAAATTCTTAATACAACACACATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACt < 1:3108743/148‑1 (MQ=255)
aCTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTg < 2:1235797/148‑1 (MQ=255)
aCTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTg > 1:539478/1‑148 (MQ=255)
cTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGt < 2:1439609/148‑1 (MQ=255)
cTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGt < 2:2113101/148‑1 (MQ=255)
aaaaTTCTTAATACAATACTCATTCGACTGTTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGcc < 1:698362/148‑1 (MQ=255)
aaaaTTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGcc < 1:2232872/148‑1 (MQ=255)
aaaTTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTTTAACTCATTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCt < 1:2326513/148‑1 (MQ=255)
aaaTTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCt > 2:292589/1‑148 (MQ=255)
aaaTTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCt < 1:2417426/148‑1 (MQ=255)
aaaTTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCt < 2:180650/148‑1 (MQ=255)
aaaTTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCt > 2:2604727/1‑148 (MQ=255)
aaTTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCtt < 2:718436/148‑1 (MQ=255)
tCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCt > 2:1480805/1‑148 (MQ=255)
atacaatacTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACgg < 2:1682220/148‑1 (MQ=255)
acaatacTCTTTCGTCTGTTACTTTTTTTTAACTCTGTTTTTTTTTTTCGCCCGGTGTTTCAGAATAATGAAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGt < 1:48061/148‑1 (MQ=255)
acaatacTCATTCGACTGTTACTTATTTTTAACTCATTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGt < 1:1724080/148‑1 (MQ=255)
acaatacTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGt < 2:813650/148‑1 (MQ=255)
acaatacTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGt > 2:1272370/1‑148 (MQ=255)
caatacTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTa < 1:2194215/148‑1 (MQ=255)
aatacTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTAt < 2:1032/148‑1 (MQ=255)
tacTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTg > 1:452122/1‑148 (MQ=255)
acTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGc > 1:347530/1‑148 (MQ=255)
cTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCg > 2:2841398/1‑148 (MQ=255)
tCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCgg < 1:3164957/148‑1 (MQ=255)
ttCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGgcg < 2:1297182/148‑1 (MQ=255)
ttCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGgcg > 2:2061643/1‑148 (MQ=255)
tCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGgcgc > 1:566998/1‑148 (MQ=255)
gACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGctc < 1:1176510/148‑1 (MQ=255)
aCTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGctct < 1:931777/148‑1 (MQ=255)
tGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTc > 2:1321711/1‑148 (MQ=255)
ggTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCa > 2:388402/1‑148 (MQ=255)
tACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGa > 1:3309941/1‑148 (MQ=255)
tACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGa < 1:1391210/148‑1 (MQ=255)
aCTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGAc > 1:1029753/1‑148 (MQ=255)
cTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACt > 1:2603487/1‑148 (MQ=255)
cTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACt < 1:1450275/148‑1 (MQ=255)
ttATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTc < 2:167014/148‑1 (MQ=255)
aTTTGTAACTCAGTTATATATTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAACACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCt < 2:2781503/148‑1 (MQ=255)
ttGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTAATGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTAc > 2:1623437/1‑148 (MQ=255)
aaCTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTa < 2:1854245/148‑1 (MQ=255)
aaCTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTa < 2:2706715/148‑1 (MQ=255)
cTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAg > 1:3059245/1‑148 (MQ=255)
cTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAg > 1:1648245/1‑148 (MQ=255)
tCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGt < 2:315477/148‑1 (MQ=255)
aGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGtat < 2:2100542/148‑1 (MQ=255)
aGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGtat < 2:48236/148‑1 (MQ=255)
gTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGtata > 2:855384/1‑148 (MQ=255)
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ATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGC > SRR19973070.350056/1‑150 (MQ=60)
TCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGC < SRR19973070.3185435/150‑1 (MQ=60)
ATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGC > SRR19973070.570808/1‑150 (MQ=60)
ATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGC > SRR19973070.570886/1‑150 (MQ=60)
TTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCATAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCT < SRR19973070.640682/150‑1 (MQ=60)
TTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCT > SRR19973070.1248202/1‑150 (MQ=60)
CGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATTTTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCT < SRR19973070.325459/150‑1 (MQ=60)
GACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTT < SRR19973070.1184758/150‑1 (MQ=60)
ACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTC > SRR19973070.2984865/1‑150 (MQ=60)
ACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTC < SRR19973070.938425/150‑1 (MQ=60)
ACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTC < SRR19973070.938422/150‑1 (MQ=60)
GGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGA > SRR19973070.3331120/1‑150 (MQ=60)
GGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGA > SRR19973070.1684234/1‑150 (MQ=60)
GTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGAC > SRR19973070.1037022/1‑150 (MQ=60)
GTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGAC > SRR19973070.1037043/1‑150 (MQ=60)
TACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACT > SRR19973070.2620484/1‑150 (MQ=60)
TACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACT < SRR19973070.3237660/150‑1 (MQ=60)
TACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACT < SRR19973070.1400843/150‑1 (MQ=60)
TACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACT < SRR19973070.1400602/150‑1 (MQ=60)
ACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTC > SRR19973070.975221/1‑150 (MQ=60)
ACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTC > SRR19973070.975061/1‑150 (MQ=60)
CTTATTTTTAACTCTTTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCATAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCC < SRR19973070.3115857/150‑1 (MQ=60)
CTTATTTGTAACTCATTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCC < SRR19973070.1460362/150‑1 (MQ=60)
CTTATTTGTAACTAATTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCC < SRR19973070.1460280/150‑1 (MQ=60)
GTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTA < SRR19973070.1782156/150‑1 (MQ=60)
AACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAG < SRR19973070.2963727/150‑1 (MQ=60)
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AACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAG > SRR19973070.1659625/1‑150 (MQ=60)
GTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATT > SRR19973070.1871451/1‑150 (MQ=60)
GTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATT > SRR19973070.3291484/1‑150 (MQ=60)
TATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCC < SRR19973070.868364/150‑1 (MQ=60)
ATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGAAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCT < SRR19973070.3138539/150‑1 (MQ=60)
TTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCTCGCAGAT > SRR19973070.1411225/1‑150 (MQ=60)
CCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCTCGCAGATGAACT > SRR19973070.984414/1‑150 (MQ=60)
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GTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCTCGCAGATGAACTGAA > SRR19973070.1214644/1‑150 (MQ=60)
TGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCTCGCAGATGAACTGAAA > SRR19973070.341447/1‑150 (MQ=60)
ATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCTCGCAGATGAACTGAAAGC > SRR19973070.1646840/1‑150 (MQ=60)
CAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCTCGCAGATGAACTGAAAGCCCG > SRR19973070.1698891/1‑150 (MQ=60)
AATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCTCGCAGATGAACTGAAAGCCCGTCC > SRR19973070.270981/1‑150 (MQ=60)
AATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCTCGCAGATGAACTGAAAGCCCGTCC > SRR19973070.270994/1‑150 (MQ=60)
ATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCTCGCAGATGAACTGAAAGCCCGTCCT < SRR19973070.939660/150‑1 (MQ=60)
ATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCTCGCAGATGAACTGAAAGCCCGTCCT < SRR19973070.314484/150‑1 (MQ=60)
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TACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCTCGCAGATGAACTGAAAGCCCGTCCT > CP009273/3830162‑3830459
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |