Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F394 I0 R1
|
1342 |
215.0 |
7134094 |
96.2% |
6862998 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,830,311 |
G→T |
100% |
intergenic (+395/‑2) |
yicT → / → setC |
pseudogene/putative arabinose efflux transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,830,311 | 0 | G | T | 98.5%
| 816.1
/ 1.4
| 255 | intergenic (+395/‑2) | yicT/setC | pseudogene/putative arabinose efflux transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/1); new base T (110/141); total (113/142) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.25e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
AATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCTCGCAGATGAACTGAAAGCCC > CP009273/3830166‑3830454
|
ataatCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGaataat < 1:1129186/148‑1 (MQ=255)
ataatCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGaataat < 1:2005033/148‑1 (MQ=255)
ataatCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGaataat < 1:2001776/148‑1 (MQ=255)
aatCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGc > 1:722359/1‑148 (MQ=255)
atCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCa > 2:1766051/1‑148 (MQ=255)
tctcAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCaa < 1:1549024/148‑1 (MQ=255)
ctcAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCaaa > 2:1973294/1‑148 (MQ=255)
ctcAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCaaa > 2:1512557/1‑148 (MQ=255)
ctcAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCaaa > 2:171500/1‑148 (MQ=255)
tcAATTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCaaaa < 1:356786/148‑1 (MQ=255)
aaTTGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCaaaaaa > 1:3116186/1‑148 (MQ=255)
ttGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACg < 2:52519/148‑1 (MQ=255)
tGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCTCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACgg > 2:2012330/1‑148 (MQ=255)
tGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACgg > 1:1090116/1‑148 (MQ=255)
tGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACgg > 1:2713979/1‑148 (MQ=255)
tGCTGGCCCTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACgg > 1:3278604/1‑148 (MQ=255)
cccTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTTTATCAGCGATACTAAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCa < 1:2790297/148‑1 (MQ=255)
cTATAATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACt > 2:802861/1‑148 (MQ=255)
tataATATTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTc > 2:2378342/1‑148 (MQ=255)
aataTTGAGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCAt > 2:1427194/1‑148 (MQ=255)
tgagcTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTATTAATACAATACTCATTCGACTGGTAATTTTTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGAAAAAAACGGCTACCACTCCATCaaaa < 1:1945602/145‑1 (MQ=255)
gagcTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCaaaaa < 2:1270598/146‑1 (MQ=255)
gagcTAGCATTGATTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCaaaaa < 2:1353221/146‑1 (MQ=255)
gcTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATa > 1:1588764/1‑148 (MQ=255)
gcTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATa < 1:2671315/148‑1 (MQ=255)
cTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATAc < 2:2199113/148‑1 (MQ=255)
cTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATAc < 2:1804744/148‑1 (MQ=255)
atAGCTTTGATTTCTGGTTGTAACAGCTATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCTTTCGACTGGTAATTATTTGTAACTCTTTTATATTTTTTCGCCGGGTTTTTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATAc < 1:37632/147‑1 (MQ=255)
aGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACtt > 2:2633239/1‑148 (MQ=255)
aGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACtt > 1:1571564/1‑148 (MQ=255)
gCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTg < 2:2907388/148‑1 (MQ=255)
gCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTg > 2:2802567/1‑148 (MQ=255)
cATTGATTTCTGGTTGTATCAGCGATACTAAAAAATTCTTAATCAAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTTTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTTATTCATAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGa < 1:319389/148‑1 (MQ=255)
aTTGCTTTCTTTTTGTATACGCTATAATAAAAAATTCTTAATACAATACTAATTCGAATGGTATTTATTTGTAACTCATTTATATTTTTTCGCCCGTTGATTCATAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGAt < 1:3388615/148‑1 (MQ=255)
ttGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGAtc < 2:428401/148‑1 (MQ=255)
tGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGAtct > 1:3021053/1‑148 (MQ=255)
tGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGAtct < 2:3480519/148‑1 (MQ=255)
gCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGAtatc < 1:2839440/148‑1 (MQ=255)
tttCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCAc > 2:700767/1‑148 (MQ=255)
tttCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATAAAATACTCATTAGACTGGTACTTATTTGTAACTCATTTATATTTTTTAGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAAATGCTACAAATCCATCAAAAATACATGATCTCAc > 2:2488472/1‑148 (MQ=255)
cTGGTTTTATCAGCGATACTAAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGc < 1:2837679/148‑1 (MQ=255)
aTCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCAt < 2:3278604/148‑1 (MQ=255)
aTCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCAt > 2:640338/1‑148 (MQ=255)
cAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCAttt < 1:2823303/148‑1 (MQ=255)
cAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTAAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCAttt < 1:2417487/148‑1 (MQ=255)
cGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTa > 2:740547/1‑148 (MQ=255)
cGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTa > 1:2474765/1‑148 (MQ=255)
aTACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGTTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACt < 1:2355221/148‑1 (MQ=255)
aCTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTg > 1:208638/1‑148 (MQ=255)
cTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGt < 1:2934598/148‑1 (MQ=255)
cAAAAATTCTTAATACAATACACATTCGACTTGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCg < 2:2175248/148‑1 (MQ=255)
aaaaaTTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGc < 2:178645/148‑1 (MQ=255)
aaaaaTTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGc < 2:2215463/148‑1 (MQ=255)
aaaaTTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGcc < 2:1631528/148‑1 (MQ=255)
aaTTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCtt > 1:464281/1‑148 (MQ=255)
aTTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACAGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCttt > 2:334871/1‑148 (MQ=255)
ttCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTTATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTc < 1:1376774/148‑1 (MQ=255)
ttCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTc < 1:3510361/148‑1 (MQ=255)
ttAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGa < 1:857270/148‑1 (MQ=255)
ttAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGa < 2:2685498/148‑1 (MQ=255)
aatacaatacTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACg > 1:498847/1‑148 (MQ=255)
tacaatacTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACggg > 2:3411986/1‑148 (MQ=255)
aatacTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTAt < 2:1913404/148‑1 (MQ=255)
ttCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGgcg < 2:1585761/148‑1 (MQ=255)
tCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGgcgc > 1:2982958/1‑148 (MQ=255)
tCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGgcgc < 2:3541758/148‑1 (MQ=255)
tCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGgcgc > 1:851095/1‑148 (MQ=255)
cGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGct < 2:1659736/148‑1 (MQ=255)
gACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGctc < 2:2566032/148‑1 (MQ=255)
gACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGctc < 2:972047/148‑1 (MQ=255)
aCTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGctct < 1:2184452/148‑1 (MQ=255)
cTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCtt > 2:458268/1‑148 (MQ=255)
tGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGTCATTTTTAATTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGctctgc > 1:1647065/1‑146 (MQ=255)
tACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCCCTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGa < 1:1766051/148‑1 (MQ=255)
tACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGa < 1:3376789/148‑1 (MQ=255)
ttATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTc < 2:863748/148‑1 (MQ=255)
tATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTcc > 2:2917283/1‑148 (MQ=255)
tttGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTa < 1:2256547/148‑1 (MQ=255)
tGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTAcc < 1:1176443/148‑1 (MQ=255)
tGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTAcc < 2:3152718/148‑1 (MQ=255)
tGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTAcc < 1:1239518/148‑1 (MQ=255)
aaCTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTa < 1:1512557/148‑1 (MQ=255)
tCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGt > 2:3227624/1‑148 (MQ=255)
tCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGt > 2:1945498/1‑148 (MQ=255)
tCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGt < 2:1167243/148‑1 (MQ=255)
atatTTTTTCGCCCGGTGACTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTc < 2:465457/148‑1 (MQ=255)
tatTTTTTCGCCCGTTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTcc < 2:3056516/148‑1 (MQ=255)
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AGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTA > SRR19973066.2749827/1‑150 (MQ=60)
AGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTA > SRR19973066.1596688/1‑150 (MQ=60)
GCGATACTAAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGTTACTTATTTGTAACTCATTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGAAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTAC < SRR19973066.3405774/150‑1 (MQ=60)
ATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTG > SRR19973066.2022588/1‑150 (MQ=60)
ATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTG > SRR19973066.210382/1‑150 (MQ=60)
ATACTAAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGTTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTG < SRR19973066.2371209/150‑1 (MQ=60)
CTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCG < SRR19973066.1165121/150‑1 (MQ=60)
CTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCG < SRR19973066.2954120/150‑1 (MQ=60)
CTAAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGAAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCG < SRR19973066.854536/150‑1 (MQ=60)
AAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCT > SRR19973066.1658467/1‑150 (MQ=60)
AAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTT > SRR19973066.467826/1‑150 (MQ=60)
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AAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTT < SRR19973066.1733810/150‑1 (MQ=60)
AAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGACTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTT > SRR19973066.469006/1‑150 (MQ=60)
AAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTTTTTGTAACTCAGTTATTTTTTTTCGCCCGTTGATTCATAATATTGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTT < SRR19973066.2707426/150‑1 (MQ=60)
AATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTC < SRR19973066.845265/150‑1 (MQ=60)
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TTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTTATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTG < SRR19973066.1386735/150‑1 (MQ=60)
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CTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGAC > SRR19973066.3334897/1‑150 (MQ=60)
TTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACG > SRR19973066.502558/1‑150 (MQ=60)
TTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACG < SRR19973066.863450/150‑1 (MQ=60)
cacaacacacatcCGACTGGTACTTATTTCTAACTCAGTAATATTTTTTCGCCCGGGGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTA < SRR19973066.3009049/137‑1 (MQ=60)
TACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTA < SRR19973066.1458251/150‑1 (MQ=60)
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AATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTG > SRR19973066.2491150/1‑150 (MQ=60)
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AGAATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCTCGCAGATTAACTGAAAGCCCGT > SRR19973066.1482385/1‑150 (MQ=60)
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ATAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCTCGCAGATGAACTGAAAGCCCGTCCT < SRR19973066.2650945/150‑1 (MQ=60)
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TACTAATAATCTCAATTGCTGGCCCTATAATATTGCGCTAGCATTGCTTTCTGGTTGTATCAGCGATACTCAAAAATTCTTAATACAATACTCATTCGACTGGTACTTATTTGTAACTCAGTTATATTTTTTCGCCCGGTGATTCAGAAGAATGCAAAAAACGGCTACCACTCCATCAAAAATACTTGATCTCACTGCCGCGGCATTTTTACTTGTCGCCTTTCTGACGGGTATTGCGGGCGCTCTTCAGACTCCTACCCTAAGTATATTCCTCGCAGATGAACTGAAAGCCCGTCCT > CP009273/3830162‑3830459
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
