Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F368 I0 R1
|
1472 |
214.4 |
7116750 |
95.9% |
6824963 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,131,521 |
C→A |
100% |
Q168K (CAG→AAG) |
flgH → |
flagellar protein of basal‑body outer‑membrane L ring |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,131,521 | 0 | C | A | 96.5%
| 609.1
/ 10.5
| 201 | Q168K (CAG→AAG) | flgH | flagellar protein of basal‑body outer‑membrane L ring |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/3); new base A (100/93); total (104/97) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
GCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAACGAAG > CP009273/1131377‑1131665
|
gCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGa > 1:667855/1‑148 (MQ=255)
gCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGa < 2:1313900/148‑1 (MQ=255)
cTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGAt < 2:758582/148‑1 (MQ=255)
cTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGAt < 1:1578021/148‑1 (MQ=255)
cGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTg > 1:1708794/1‑148 (MQ=255)
gTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAA‑AGATTGcc < 1:297159/148‑1 (MQ=255)
tGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGcc < 1:3121747/148‑1 (MQ=255)
tGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGcc > 1:38874/1‑148 (MQ=255)
gCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCa < 2:1478632/148‑1 (MQ=255)
tGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAAt < 1:2713615/148‑1 (MQ=255)
tGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAAt > 2:1571220/1‑148 (MQ=255)
tGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAAt > 2:798624/1‑148 (MQ=255)
tCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCa < 2:1104482/148‑1 (MQ=255)
tCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCa < 2:347262/148‑1 (MQ=255)
cGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAg < 2:3284968/148‑1 (MQ=255)
gAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTCGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAgg < 2:1015861/148‑1 (MQ=255)
aGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGACAAACAGATTGCCATTAATCAGGGt > 2:2113427/1‑148 (MQ=255)
aGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGt < 1:2149686/148‑1 (MQ=255)
ccTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTAc < 2:2072961/148‑1 (MQ=255)
ccTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGGGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTAc > 1:122629/1‑148 (MQ=255)
cGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGaa < 2:889323/148‑1 (MQ=255)
cGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGaa < 2:2135098/148‑1 (MQ=255)
gtggtAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAAtt < 1:1981666/148‑1 (MQ=255)
tggtAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAAttt < 1:823704/148‑1 (MQ=255)
ggtAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTa > 2:2412831/1‑148 (MQ=255)
gtAACACGTTCACCGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTAt < 1:2400708/148‑1 (MQ=255)
gtAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTAt < 1:1170595/148‑1 (MQ=255)
tAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTAtt < 1:2691536/148‑1 (MQ=255)
tAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTAtt < 2:1643147/148‑1 (MQ=255)
tAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTGGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTAtt < 1:1007412/148‑1 (MQ=255)
aaCACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTc > 2:707209/1‑148 (MQ=255)
cacGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGc < 2:1958029/148‑1 (MQ=255)
cacGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGc < 2:517281/148‑1 (MQ=255)
acGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCt < 2:2525954/148‑1 (MQ=255)
acGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCt < 2:3373546/148‑1 (MQ=255)
ttCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTtct > 2:2592271/1‑148 (MQ=255)
cAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTGAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTctct < 2:2464974/148‑1 (MQ=255)
aaCGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTg > 1:1545837/1‑148 (MQ=255)
aCGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTgg > 1:1375710/1‑148 (MQ=255)
cGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGc > 2:2170251/1‑148 (MQ=255)
cGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGc > 2:1451947/1‑148 (MQ=255)
aaaGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTg > 2:2867321/1‑148 (MQ=255)
aaaGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTg > 2:626453/1‑148 (MQ=255)
aGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGt > 1:1560480/1‑148 (MQ=255)
gggCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGtt > 2:1434681/1‑148 (MQ=255)
gCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGGATTTGGTGGGTGAAAAAATGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTaa < 2:1841307/148‑1 (MQ=255)
tGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACt < 2:446577/148‑1 (MQ=255)
tGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACt > 2:2375168/1‑148 (MQ=255)
gCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTa > 1:2228410/1‑148 (MQ=255)
gCCAACAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTa > 2:501368/1‑148 (MQ=255)
cAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATc > 1:1688799/1‑148 (MQ=255)
aGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCa > 1:763896/1‑148 (MQ=255)
aGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCa > 2:2946640/1‑148 (MQ=255)
cAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGc > 2:83498/1‑148 (MQ=255)
aTACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCgg < 1:1428922/148‑1 (MQ=255)
cTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGgcagc > 1:3408202/1‑148 (MQ=255)
tttAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGgcagca > 2:1750000/1‑148 (MQ=255)
tttAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGgcagca > 2:327303/1‑148 (MQ=255)
ttAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCACCaa < 2:2570516/148‑1 (MQ=255)
aCGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAAtaccgtac > 1:212261/1‑148 (MQ=255)
cGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAAtaccgtacc > 1:3171993/1‑148 (MQ=255)
ttGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATaccgtaccgt < 1:2722846/148‑1 (MQ=255)
tgacggtgacggTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCACCCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTc > 2:2985709/1‑148 (MQ=255)
cggtgacggtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTAc < 1:358126/148‑1 (MQ=255)
acggtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAgg < 1:1761837/148‑1 (MQ=255)
cggtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGt > 2:1678619/1‑148 (MQ=255)
ggtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTg < 1:1342619/148‑1 (MQ=255)
aCCAGGTACTGGTCACCGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGa < 2:3083699/148‑1 (MQ=255)
aCCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGa < 1:467636/148‑1 (MQ=255)
tACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATgcgcg > 2:3062126/1‑148 (MQ=255)
cTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCa < 2:2673217/148‑1 (MQ=255)
cTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCa > 1:2000026/1‑148 (MQ=255)
tGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCAt < 2:1466496/148‑1 (MQ=255)
tGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCAt > 2:1388/1‑148 (MQ=255)
tGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCAt > 2:1806973/1‑148 (MQ=255)
aaCGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAAt < 2:2147338/148‑1 (MQ=255)
aCGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATa > 2:3558089/1‑148 (MQ=255)
aCGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATa < 1:793879/148‑1 (MQ=255)
ggCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACg < 1:911244/148‑1 (MQ=255)
gCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGt > 2:1176667/1‑148 (MQ=255)
gCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGt > 2:549380/1‑148 (MQ=255)
gCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGt > 2:1176304/1‑148 (MQ=255)
cAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTa < 2:2951408/148‑1 (MQ=255)
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gCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAAt > 2:268780/1‑148 (MQ=255)
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TACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCA > SRR19973067.2013578/1‑150 (MQ=60)
TACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCA > SRR19973067.2013518/1‑150 (MQ=60)
ACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACG < SRR19973067.799187/150‑1 (MQ=60)
ACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACG < SRR19973067.799358/150‑1 (MQ=60)
GGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTA < SRR19973067.917299/150‑1 (MQ=60)
ACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCA > SRR19973067.3159063/1‑150 (MQ=60)
GCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGG > SRR19973067.2815509/1‑150 (MQ=60)
ATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCT < SRR19973067.301460/150‑1 (MQ=60)
ATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCT < SRR19973067.495231/150‑1 (MQ=60)
ATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCT < SRR19973067.301835/150‑1 (MQ=60)
TGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACA < SRR19973067.1905363/150‑1 (MQ=60)
GTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATT < SRR19973067.2735257/150‑1 (MQ=60)
GGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCACTGGCTACATTAAC > SRR19973067.2172232/1‑150 (MQ=60)
GGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAAC > SRR19973067.2172276/1‑150 (MQ=60)
GGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAAC < SRR19973067.3303623/150‑1 (MQ=60)
GGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAAC < SRR19973067.3102662/150‑1 (MQ=60)
GGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAAC < SRR19973067.1131216/150‑1 (MQ=60)
AAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAACGAAG > SRR19973067.2395917/1‑150 (MQ=60)
AAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAACGAAG > SRR19973067.2067183/1‑150 (MQ=60)
AAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAACGAAG > SRR19973067.1396732/1‑150 (MQ=60)
AAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAACGAAGCGCA > SRR19973067.84715/1‑150 (MQ=60)
AAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAACGAAGCGCAA > SRR19973067.492373/1‑150 (MQ=60)
AAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAACGAAGCGCAA > SRR19973067.1596251/1‑150 (MQ=60)
AAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAACGAAGCGCAA > SRR19973067.1597927/1‑150 (MQ=60)
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TAACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAACGAAGCGCAA > CP009273/1131373‑1131670
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
