Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F247 I0 R1
|
1496 |
299.8 |
9582018 |
97.8% |
9371213 |
149.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,131,521 |
C→A |
100% |
Q168K (CAG→AAG) |
flgH → |
flagellar protein of basal‑body outer‑membrane L ring |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,131,521 | 0 | C | A | 90.7%
| 722.5
/ 67.4
| 269 | Q168K (CAG→AAG) | flgH | flagellar protein of basal‑body outer‑membrane L ring |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/17); new base A (102/139); total (110/159) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.96e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 |
| Rejected as polymorphism: Polymorphic base substitution creates a homopolymer stretch. |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
AACGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAACGAAGCGC > CP009273/1131374‑1131668
|
aCGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAg < 2:2024322/149‑1 (MQ=255)
gCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGAt > 1:4517450/1‑149 (MQ=255)
tCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTg < 1:2124062/149‑1 (MQ=255)
gCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCAt < 1:755821/149‑1 (MQ=255)
gCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCAt < 2:3860194/149‑1 (MQ=255)
ccGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCAtt < 2:1324006/149‑1 (MQ=255)
tGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATc < 1:4326353/149‑1 (MQ=255)
cGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAgg < 1:924696/149‑1 (MQ=255)
aaGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGt > 1:2554764/1‑149 (MQ=255)
aaGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGt > 2:1947395/1‑149 (MQ=255)
aGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTa < 2:2131823/149‑1 (MQ=255)
gCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTAc > 1:475153/1‑149 (MQ=255)
ccTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTAcc < 2:230648/149‑1 (MQ=255)
ccTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTAcc > 2:1059239/1‑149 (MQ=255)
ccGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTCGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGaa < 1:4652572/149‑1 (MQ=255)
ccGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGaa < 1:3679410/149‑1 (MQ=255)
ccGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGaa < 1:3575010/149‑1 (MQ=255)
cGGGGGTAACACGTTCAACGGAACGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAAt < 1:853980/149‑1 (MQ=255)
ggtggtAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAAtt < 2:2640803/149‑1 (MQ=255)
gtggtAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAAttt > 2:3583717/1‑149 (MQ=255)
tggtAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTa < 2:1851760/149‑1 (MQ=255)
tggtAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTa > 2:3802311/1‑149 (MQ=255)
aaCACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCg > 2:3193740/1‑149 (MQ=255)
acacGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGc < 2:1426386/149‑1 (MQ=255)
cacGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCt < 1:1346451/149‑1 (MQ=255)
acGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCtt > 1:1083191/1‑149 (MQ=255)
gTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTtct > 1:949094/1‑149 (MQ=255)
gTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTtct > 2:801870/1‑149 (MQ=255)
tacAACGTAATGGGGGGGCCCAATGCCACAAATACCTTTAGGGGCAGGTTGACGGTTAGGGTTGACACGGTACTGTTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTtctc < 1:2025554/147‑1 (MQ=255)
aaCGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTgg < 2:4527326/149‑1 (MQ=255)
aCGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCACCCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGc > 2:3755132/1‑149 (MQ=255)
aCGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGc > 2:3137427/1‑149 (MQ=255)
ggAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGt > 1:606283/1‑149 (MQ=255)
ggAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGt > 1:2233594/1‑149 (MQ=255)
ggAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAAGACCTTTCGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGt < 2:3214863/149‑1 (MQ=255)
gAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTg > 1:3716728/1‑149 (MQ=255)
aaGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGt > 1:1562166/1‑149 (MQ=255)
aaGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATGTATTCGCTTCTCTGGCGTGGt > 2:2895381/1‑149 (MQ=255)
aGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGtt > 1:435654/1‑149 (MQ=255)
aGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGtt > 1:4273078/1‑149 (MQ=255)
aGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCATGAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGtt < 2:1469348/149‑1 (MQ=255)
gggCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCa < 2:843441/149‑1 (MQ=255)
cAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCa > 2:3112471/1‑149 (MQ=255)
cAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCa > 2:1670401/1‑149 (MQ=255)
aTGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACt > 2:900248/1‑149 (MQ=255)
tGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTa < 2:1782693/149‑1 (MQ=255)
tGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTa < 2:1594169/149‑1 (MQ=255)
gCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTAt < 2:1562166/149‑1 (MQ=255)
gCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTAt < 2:1016911/149‑1 (MQ=255)
ccAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATc < 2:3410124/149‑1 (MQ=255)
ccAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATc < 1:3966158/149‑1 (MQ=255)
aGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAg < 1:3923814/149‑1 (MQ=255)
gCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGc < 1:388034/149‑1 (MQ=255)
aaTACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCgg > 2:3312921/1‑149 (MQ=255)
aCCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGgcag < 2:4699806/149‑1 (MQ=255)
tttAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCaa < 1:4230431/149‑1 (MQ=255)
ttAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAAt < 1:1705477/149‑1 (MQ=255)
aGCGGCAGGTTGTCGTTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGTAAAAAAGATTGCCATTAATCTGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAAtac < 1:1163551/149‑1 (MQ=255)
aGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAAtac < 1:1264494/149‑1 (MQ=255)
cGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAAtaccg < 1:688838/149‑1 (MQ=255)
ggCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAAtaccgt > 1:2764025/1‑149 (MQ=255)
ggCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAAtaccgt > 1:3738459/1‑149 (MQ=255)
cACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAAtaccgtac < 2:2803401/149‑1 (MQ=255)
aCGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAAtaccgtacc > 2:1270142/1‑149 (MQ=255)
ttGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTc < 1:18570/149‑1 (MQ=255)
tgacggtgacggTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCt < 2:4114363/149‑1 (MQ=255)
ccgctgacggtTGACCAGCTACGGGTCAACGGCAACCGGCATGTGGTGGGAGAAAAAAAGATTGCCATTACTCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCACTACCGTACCGTCTAc < 2:511086/145‑1 (MQ=255)
ggtgacggtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTc > 1:3029701/1‑149 (MQ=255)
acggtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGt < 2:2517142/149‑1 (MQ=255)
cggtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTg < 2:869788/149‑1 (MQ=255)
gtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGc > 1:483410/1‑149 (MQ=255)
gtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGc < 1:1007644/149‑1 (MQ=255)
gtTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGc > 2:3396406/1‑149 (MQ=255)
gACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGa < 1:711187/149‑1 (MQ=255)
aCCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGAt < 1:566090/149‑1 (MQ=255)
ggTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATgcgc < 1:1117909/149‑1 (MQ=255)
cTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCAt < 1:590256/149‑1 (MQ=255)
ggTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTg < 2:2926145/149‑1 (MQ=255)
aaCGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTg > 2:4084038/1‑145 (MQ=255)
aCGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATAc < 1:1233690/149‑1 (MQ=255)
aCGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATAc > 2:60910/1‑149 (MQ=255)
cGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACg > 2:4379551/1‑149 (MQ=255)
ggCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGt < 2:4459947/149‑1 (MQ=255)
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aaCCTGCATGTGGTGGGTGAAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAgg < 2:475399/149‑1 (MQ=255)
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AAAAAAAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAACGAAG < SRR19973071.3133211/150‑1 (MQ=60)
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ACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAACGAAGCGCA < SRR19973071.635035/150‑1 (MQ=60)
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CGCTCGTGCCGATGTCGAAGCCTCCGGTGGTAACACGTTCAACGGAAAGGGCGGGGCCAATGCCAGCAATACCTTTAGCGGCACGTTGACGGTGACGGTTGACCAGGTACTGGTCAACGGCAACCTGCATGTGGTGGGTGAAAAACAGATTGCCATTAATCAGGGTACCGAATTTATTCGCTTCTCTGGCGTGGTTAATCCACGCACTATCAGCGGCAGCAATACCGTACCGTCTACTCAGGTGGCGGATGCGCGCATTGAATACGTAGGCAATGGCTACATTAACGAAGCGCAA > CP009273/1131376‑1131670
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |