Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F488 I0 R1
|
1275 |
300.1 |
10328444 |
91.0% |
9398884 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,539,827 |
C→A |
100% |
pseudogene (145/951 nt) |
yddK ← |
pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,539,827 | 0 | C | A | 98.1%
| 672.0
/ 3.3
| 216 | pseudogene (145/951 nt) | yddK | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/1); new base A (105/107); total (108/108) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.21e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.89e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 216 total aligned reads displayed.
TCCTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCATA > CP009273/1539681‑1539972
|
tCCTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAtt < 2:283755/150‑1 (MQ=255)
tCCTGATAAATCAATGGTCACTACATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTCATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTAGATCAATGTAAtt > 2:2488801/1‑150 (MQ=255)
cTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAgtgg > 2:4207975/1‑150 (MQ=255)
tAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAttggttgg > 1:3632028/1‑150 (MQ=255)
aaTCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCa > 1:3468446/1‑150 (MQ=255)
aTCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAg > 1:2213249/1‑150 (MQ=255)
aaTGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTaa < 1:3939592/150‑1 (MQ=255)
aaTGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTaa > 1:3716987/1‑150 (MQ=255)
ttCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTAtt > 2:1189970/1‑150 (MQ=255)
cATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCCTTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGc > 1:492784/1‑150 (MQ=255)
cATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGc < 2:358363/150‑1 (MQ=255)
aTTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCt < 2:1267717/150‑1 (MQ=255)
aTTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCt < 2:1189247/150‑1 (MQ=255)
aGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTaa < 2:599036/150‑1 (MQ=255)
gtCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGtt < 1:3264862/150‑1 (MQ=255)
gtCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGtt < 1:1138312/150‑1 (MQ=255)
tcaATTATATTTCTTACTGCAGGCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTaaa < 2:2345596/150‑1 (MQ=255)
caATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAat > 2:3952827/1‑150 (MQ=255)
aaTTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATACCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAata < 2:4297120/150‑1 (MQ=255)
ttATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATAtt < 2:4336603/150‑1 (MQ=255)
ttatTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTcc > 2:1992972/2‑150 (MQ=255)
atatTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTcc > 2:3810263/1‑150 (MQ=255)
tatTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCa < 1:2398164/150‑1 (MQ=255)
atTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAg > 1:1301854/1‑150 (MQ=255)
tttCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCCAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGGTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGt < 2:2615061/150‑1 (MQ=255)
ttCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGtt < 2:3060908/150‑1 (MQ=255)
ttACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTg > 2:4257019/1‑150 (MQ=255)
tACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGt > 2:5152141/1‑150 (MQ=255)
tGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAgt < 2:4626106/150‑1 (MQ=255)
gCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTTTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTCAATTGTTATTGCTTAATATTAAATATTACATTTTTGTAgtg > 1:3119750/1‑150 (MQ=255)
gCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAgtg < 1:3753750/150‑1 (MQ=255)
gTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGttt > 2:164449/1‑150 (MQ=255)
ccAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGttttt > 2:1817057/1‑150 (MQ=255)
ccAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGttttt < 1:4322471/150‑1 (MQ=255)
ccAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGttttt < 2:3753099/150‑1 (MQ=255)
ccAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGttttt > 2:5045482/1‑150 (MQ=255)
ccAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGttttt < 1:1938258/150‑1 (MQ=255)
ccAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGttttt < 1:2978538/150‑1 (MQ=255)
cAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTg > 2:3850052/1‑150 (MQ=255)
aGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTgg < 2:1489365/150‑1 (MQ=255)
aCTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGt > 2:1027900/1‑150 (MQ=255)
cTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGtt < 1:4139369/150‑1 (MQ=255)
tGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGttt > 2:825793/1‑150 (MQ=255)
gCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCa < 2:3099468/150‑1 (MQ=255)
aaGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAat > 1:4121402/1‑150 (MQ=255)
aaGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAat < 1:1313751/150‑1 (MQ=255)
aaGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAat < 2:2978333/150‑1 (MQ=255)
aGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAata < 1:4879782/150‑1 (MQ=255)
gTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAatat < 2:276282/150‑1 (MQ=255)
tGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATg < 1:777299/150‑1 (MQ=255)
tGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATg > 1:1742247/1‑150 (MQ=255)
ggATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATgg > 2:1828557/1‑150 (MQ=255)
tCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTg < 1:5153795/150‑1 (MQ=255)
cATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGt < 1:3176895/150‑1 (MQ=255)
ttgttgATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCg < 2:4266851/150‑1 (MQ=255)
gttgATGCCGTTAACTAAGACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGtt < 2:4939496/150‑1 (MQ=255)
tgATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTa < 1:357418/150‑1 (MQ=255)
gATGCCGTTAACTAATACCTGCCTAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTaa < 2:1353999/150‑1 (MQ=255)
tGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAg > 1:2475188/1‑150 (MQ=255)
gCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCTGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGt < 1:1124687/150‑1 (MQ=255)
gTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGAt < 1:2836851/150‑1 (MQ=255)
tAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTg > 1:401825/1‑150 (MQ=255)
cTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGttt < 1:553544/150‑1 (MQ=255)
tAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGtttt > 2:1903708/1‑150 (MQ=255)
tAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGtttt > 1:4191457/1‑150 (MQ=255)
aTACATGCCAAAGATGTATTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGATATTGCTTAAGTTTAAATATACCAGATTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCa > 2:1527186/1‑150 (MQ=255)
tACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCAt > 1:4013797/1‑150 (MQ=255)
aTGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCt < 1:4059306/150‑1 (MQ=255)
tGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTg > 2:3825002/1‑150 (MQ=255)
gCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTgg > 2:1644655/1‑150 (MQ=255)
ccAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTggg < 2:2115291/150‑1 (MQ=255)
ccAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTggg > 2:726553/1‑150 (MQ=255)
cAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGga < 2:2846624/150‑1 (MQ=255)
aaaGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGgat > 1:4796538/1‑150 (MQ=255)
aaGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGgatg < 1:1863760/150‑1 (MQ=255)
aaGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGgatg < 1:1459818/150‑1 (MQ=255)
aGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGgatga > 2:1163898/1‑150 (MQ=255)
aGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGgatga > 2:1596912/1‑150 (MQ=255)
aTGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGAtt < 1:454748/150‑1 (MQ=255)
gTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTTTTATTGCTTAAGTTTAAATAATCCAGATTTGTAGTGTTTTTGTCTTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAATTGATTTTTTTCATCCTGTGattatttt > 1:3012960/1‑148 (MQ=255)
tgatgaTATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTaa < 1:3958329/150‑1 (MQ=255)
tgatgaTATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCATGTGATGATTGTGTaa > 1:2624958/1‑150 (MQ=255)
gatgatATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAat > 2:4892637/1‑150 (MQ=255)
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AATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCAT > SRR19973063.64620/1‑150 (MQ=60)
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AATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCATATTGT < SRR19973063.4793384/150‑1 (MQ=60)
|
AAGTCCTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCATATTGT > CP009273/1539678‑1539976
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
