Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,539,827 |
C→A |
100% |
pseudogene (145/951 nt) |
yddK ← |
pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,539,827 | 0 | C | A | 97.9%
| 1210.3
/ 12.4
| 387 | pseudogene (145/951 nt) | yddK | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/6); new base A (180/199); total (182/205) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 387 total aligned reads displayed.
CCTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCAT > CP009273/1539682‑1539971
|
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ccTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAt > 2:3273139/1‑148 (MQ=255)
cTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAtt < 1:3007191/148‑1 (MQ=255)
cTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAtt < 2:2700893/148‑1 (MQ=255)
tGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAttg < 1:2002029/148‑1 (MQ=255)
aTAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATTTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAttggt < 2:1452664/148‑1 (MQ=255)
aTAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCAGTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAttggt > 1:798969/1‑148 (MQ=255)
aaaTCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAttggttg > 2:2439138/1‑148 (MQ=255)
aTCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGANCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGc > 1:1934968/1‑148 (MQ=255)
cAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATAAATGCCAAAGATTTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAg > 2:1319051/1‑148 (MQ=255)
ggTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTaaa < 2:3191088/148‑1 (MQ=255)
ggTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTaaa < 1:2503573/148‑1 (MQ=255)
ggTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTaaa < 2:1812253/148‑1 (MQ=255)
ggTCACTTCATTAGTGTCATCAAGTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTaaa < 1:1628685/148‑1 (MQ=255)
gTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAAt < 1:1875919/148‑1 (MQ=255)
gTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAAt > 1:290181/1‑148 (MQ=255)
tCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAAtt > 1:3779974/1‑148 (MQ=255)
aCTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGt > 2:3541789/1‑148 (MQ=255)
aCTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGt > 2:1043000/1‑148 (MQ=255)
cTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGtt > 1:2817523/1‑148 (MQ=255)
tCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTAt > 2:2730609/1‑148 (MQ=255)
tCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTAt < 2:3457253/148‑1 (MQ=255)
tCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTAt < 1:1363137/148‑1 (MQ=255)
cATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTAtt > 2:493968/1‑148 (MQ=255)
aTTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTg < 1:586473/148‑1 (MQ=255)
ttAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTTGCAGTAAATTGTTATTga > 2:3703707/1‑147 (MQ=255)
ttAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGc < 1:2394226/148‑1 (MQ=255)
ttAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGc < 1:50567/148‑1 (MQ=255)
ttAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGc < 2:25876/148‑1 (MQ=255)
tAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCt > 2:2134342/1‑148 (MQ=255)
tAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCt > 2:1594747/1‑148 (MQ=255)
tAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCt > 1:2421301/1‑148 (MQ=255)
tgtCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTaa > 1:1443507/1‑148 (MQ=255)
gtCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAg < 2:1867212/148‑1 (MQ=255)
catcaATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGAACAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGtt < 2:954/148‑1 (MQ=255)
tcaATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTa > 1:1996700/1‑148 (MQ=255)
caATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTaa < 1:2578326/148‑1 (MQ=255)
aTTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAat > 2:1482567/1‑148 (MQ=255)
ttATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAata > 2:541078/1‑148 (MQ=255)
tataTTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAatat > 1:3029381/1‑148 (MQ=255)
atatTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATAtt > 2:2618405/1‑148 (MQ=255)
tatTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTc > 2:945294/1‑148 (MQ=255)
tttCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCa > 1:636248/1‑148 (MQ=255)
ttCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAg > 1:285097/1‑148 (MQ=255)
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aGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATAAATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGttttt > 2:2822766/1‑148 (MQ=255)
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aCTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGc < 1:1617692/148‑1 (MQ=255)
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tttGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTaa > 1:1175691/1‑148 (MQ=255)
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ttGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTaaa > 2:2990809/1‑148 (MQ=255)
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aGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCaa < 2:1117334/148‑1 (MQ=255)
aGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCaa > 2:853340/1‑148 (MQ=255)
gTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAat < 2:924935/148‑1 (MQ=255)
tGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAata > 2:3626302/1‑148 (MQ=255)
gATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATg > 2:1721232/1‑148 (MQ=255)
tCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGt > 2:610002/1‑148 (MQ=255)
cATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGtt < 1:2053429/148‑1 (MQ=255)
gttgATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCg < 2:1138616/148‑1 (MQ=255)
gttgATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCg > 1:789604/1‑148 (MQ=255)
gttgATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCg > 1:2706103/1‑148 (MQ=255)
ttgATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGt > 2:3805800/1‑148 (MQ=255)
tGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTaa < 2:3601374/148‑1 (MQ=255)
gCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTaaa < 1:3662876/148‑1 (MQ=255)
gTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTg < 1:920217/148‑1 (MQ=255)
ttAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGa > 2:2249589/1‑148 (MQ=255)
tAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGAt < 2:3350178/148‑1 (MQ=255)
tAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGAt > 1:661179/1‑148 (MQ=255)
tAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGAt > 2:2006079/1‑148 (MQ=255)
aaCTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGAtt < 2:3107898/148‑1 (MQ=255)
tAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGtt > 1:23121/1‑148 (MQ=255)
aaTACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGttt < 1:3596388/148‑1 (MQ=255)
tACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGACTGTTTTc > 2:1659227/1‑148 (MQ=255)
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ACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTACATC > SRR19973069.2874679/1‑150 (MQ=60)
ATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCT < SRR19973069.2736134/150‑1 (MQ=60)
ATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCT < SRR19973069.525038/150‑1 (MQ=60)
TGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTG < SRR19973069.1561908/150‑1 (MQ=60)
CCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGG > SRR19973069.3228104/1‑150 (MQ=60)
CAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAATTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATTTTTGTCGTTTAAATTTATTGTTTTCATacatgga > SRR19973069.1262183/1‑143 (MQ=60)
CAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGA > SRR19973069.3389687/1‑150 (MQ=60)
CAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTAATCCTGGGA > SRR19973069.330163/1‑150 (MQ=60)
AGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGA < SRR19973069.2642591/150‑1 (MQ=60)
GATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTTATTGTTTTAATACTGGGATGAT > SRR19973069.3565613/1‑150 (MQ=60)
GATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGAT < SRR19973069.495765/150‑1 (MQ=60)
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ATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATT < SRR19973069.151316/150‑1 (MQ=60)
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TTGATGATATTAGTTGATCAATGTCATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTA < SRR19973069.1395415/150‑1 (MQ=60)
TTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTA < SRR19973069.3723571/150‑1 (MQ=60)
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TGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATAT > SRR19973069.2872356/1‑150 (MQ=60)
TGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATAT > SRR19973069.546668/1‑150 (MQ=60)
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ATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAATGTCAGTGAT > SRR19973069.98261/1‑150 (MQ=60)
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AATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCAT < SRR19973069.98382/150‑1 (MQ=60)
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TGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCATAT < SRR19973069.3530539/150‑1 (MQ=60)
GTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCATATT > SRR19973069.1452153/1‑150 (MQ=60)
AATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATAATATTGT > SRR19973069.3309091/1‑150 (MQ=60)
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AGTCCTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCATATTGT > CP009273/1539679‑1539976
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
