Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F361 I0 R1
|
1353 |
250.7 |
8230166 |
96.0% |
7900959 |
148.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,539,827 |
C→A |
100% |
pseudogene (145/951 nt) |
yddK ← |
pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,539,827 | 0 | C | A | 96.1%
| 625.0
/ 14.8
| 207 | pseudogene (145/951 nt) | yddK | pseudogene, leucine‑rich protein; putative glycoportein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/5); new base A (109/90); total (112/95) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.05e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 207 total aligned reads displayed.
TCCTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGTGATCATA > CP009273/1539681‑1539972
|
tCCTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAt < 1:1114624/149‑1 (MQ=255)
ccTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAtt < 2:1475206/149‑1 (MQ=255)
ccTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAtt < 1:3866649/149‑1 (MQ=255)
cTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCAttg < 2:3016971/149‑1 (MQ=255)
cTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAttg > 1:2123069/1‑149 (MQ=255)
aTAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCAttggtt > 1:1060841/1‑149 (MQ=255)
aaaTCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAttggttgg > 2:793555/1‑149 (MQ=255)
aaaTCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAAttggttgg < 1:2019742/149‑1 (MQ=255)
aaTCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGc < 2:1685915/149‑1 (MQ=255)
aaTGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTa > 1:3203316/1‑149 (MQ=255)
tCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTg > 2:2421058/1‑149 (MQ=255)
aCTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGtt < 1:3990778/149‑1 (MQ=255)
aCTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGtt < 1:1953850/149‑1 (MQ=255)
ttCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTAt > 2:3536392/1‑149 (MQ=255)
tCATTAGTGTCATCAATTATATTTATTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATCCCAAAGATGTTTTGATGATATTCGTTGATCAATGTAATTGGTTGTCAGTAAATTGTTAtt > 2:3645350/1‑149 (MQ=255)
ttAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCt > 1:2475528/1‑149 (MQ=255)
gtgtCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTaa < 2:195650/149‑1 (MQ=255)
gtCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGt > 1:409879/1‑149 (MQ=255)
tcatcaATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGtt > 1:3293439/1‑149 (MQ=255)
tcatcaATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGtt > 2:3181882/1‑149 (MQ=255)
tcatcaATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGtt < 1:292428/149‑1 (MQ=255)
catcaATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGttt < 1:2207095/149‑1 (MQ=255)
atcaATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTa > 1:1208193/1‑149 (MQ=255)
caATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTaaa < 1:2544780/149‑1 (MQ=255)
caATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTaaa < 1:3850893/149‑1 (MQ=255)
aaTTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAat > 2:3951863/1‑149 (MQ=255)
aTTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAata < 1:2983499/149‑1 (MQ=255)
ttATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAatat > 2:3803728/1‑149 (MQ=255)
ttATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAatat > 1:1884437/1‑149 (MQ=255)
ttATATTTCTTACTGCAGTCAAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGACGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGAAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAatat > 2:767412/1‑149 (MQ=255)
tatTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTcc > 2:1390708/1‑149 (MQ=255)
tatTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTcc > 2:1007101/1‑149 (MQ=255)
tatTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGGAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTcc > 2:34396/1‑149 (MQ=255)
atTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCa < 1:899432/149‑1 (MQ=255)
atTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCa < 1:714837/149‑1 (MQ=255)
tttCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAg > 1:2147753/1‑149 (MQ=255)
ttCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGt > 1:1734641/1‑149 (MQ=255)
tCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGtt < 1:3957492/149‑1 (MQ=255)
cTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGttt < 2:2503133/149‑1 (MQ=255)
aCTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGt < 2:1865220/149‑1 (MQ=255)
cTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTa > 1:4032647/1‑149 (MQ=255)
cTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCAGTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTa > 1:1996440/1‑149 (MQ=255)
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gTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGtt < 2:1348208/149‑1 (MQ=255)
gTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGAACAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGtt > 2:2304801/1‑149 (MQ=255)
tCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGttt > 2:505133/1‑149 (MQ=255)
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cAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGttttt < 1:93521/149‑1 (MQ=255)
cAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGttttt < 1:3428708/149‑1 (MQ=255)
aGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTg > 2:473205/1‑149 (MQ=255)
aCTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGct > 2:3366527/1‑148 (MQ=255)
aCTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCg > 1:2033599/1‑149 (MQ=255)
tGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGtt > 1:1373696/1‑149 (MQ=255)
aTTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTaa > 1:3886235/1‑149 (MQ=255)
aTTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTaa > 2:3837856/1‑149 (MQ=255)
tttGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTaaa < 2:1781883/149‑1 (MQ=255)
tgCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAAtgtg < 1:1332637/149‑1 (MQ=255)
gTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAata < 1:3515797/149‑1 (MQ=255)
ttgttgATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTc < 1:3502782/149‑1 (MQ=255)
tgATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGttt > 2:3740774/1‑149 (MQ=255)
tgATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGttt < 2:3203337/149‑1 (MQ=255)
tgATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGttt < 2:3203316/149‑1 (MQ=255)
gTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCGAGTTTTGTAGTGTTTTTGGAGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAATTGa > 2:3818137/1‑149 (MQ=255)
gTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGa < 1:3834940/149‑1 (MQ=255)
cTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAACGGGGAATTGCTTAAGATTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGtt < 2:1878013/149‑1 (MQ=255)
cTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGtt > 2:1552454/1‑149 (MQ=255)
cTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGtt > 1:2868108/1‑149 (MQ=255)
cTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGtt > 1:3095669/1‑149 (MQ=255)
aaTACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGtttt > 2:662512/1‑149 (MQ=255)
aTACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGtttta > 2:794356/1‑148 (MQ=255)
aCATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCAt > 2:1494340/1‑149 (MQ=255)
cATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATc < 1:1536436/149‑1 (MQ=255)
aTGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATcc < 2:601620/149‑1 (MQ=255)
tGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCt > 2:277568/1‑149 (MQ=255)
tGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCt > 2:1163500/1‑149 (MQ=255)
gCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTATAGTGATTGTTTTCATCCTg > 2:3306467/1‑149 (MQ=255)
gCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTg > 2:2174056/1‑149 (MQ=255)
ccAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTgg > 2:2312328/1‑149 (MQ=255)
ccAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTgg < 2:3095669/149‑1 (MQ=255)
aaGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGTTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGgat > 2:1256545/1‑149 (MQ=255)
aaGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGgat > 2:3420936/1‑149 (MQ=255)
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CATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAA > SRR19973068.3909718/1‑150 (MQ=60)
CATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCAGTTATCTAATACATGCCTAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCATTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAA < SRR19973068.3874368/150‑1 (MQ=60)
TGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGC < SRR19973068.1341260/150‑1 (MQ=60)
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TTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCG < SRR19973068.3524068/150‑1 (MQ=60)
TTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCG < SRR19973068.3524399/150‑1 (MQ=60)
TGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTA > SRR19973068.3098311/1‑150 (MQ=60)
GATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAA > SRR19973068.2061418/1‑150 (MQ=60)
CGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGA > SRR19973068.1740950/1‑150 (MQ=60)
GTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGAT < SRR19973068.3858063/150‑1 (MQ=60)
ACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTT > SRR19973068.3114497/1‑150 (MQ=60)
ACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTT > SRR19973068.2885980/1‑150 (MQ=60)
CTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTT > SRR19973068.4131239/1‑150 (MQ=60)
AATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTC > SRR19973068.1665352/1‑150 (MQ=60)
CATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCC < SRR19973068.1546545/150‑1 (MQ=60)
TGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTAATCCTG > SRR19973068.41301/1‑150 (MQ=60)
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AAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGAT < SRR19973068.2543864/150‑1 (MQ=60)
GATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGAT > SRR19973068.3180350/1‑150 (MQ=60)
GATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATACTGGGATGAT > SRR19973068.4112218/1‑150 (MQ=60)
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TGATGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAA > SRR19973068.2193257/1‑150 (MQ=60)
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TGATATTAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATAT > SRR19973068.2423587/1‑150 (MQ=60)
TAGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTC < SRR19973068.2270911/150‑1 (MQ=60)
AGTTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCA > SRR19973068.1729170/1‑150 (MQ=60)
TTGATCAATGTAATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGT < SRR19973068.1010969/150‑1 (MQ=60)
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GTCCTGATAAATCAATGGTCACTTCATTAGTGTCATCAATTATATTTCTTACTGCAGTCCAGTACTGCATTTGTGCAAGTGGATCATTGTTGATGCCGTTAACTAATACATGCCAAAGATGTTTTGATGATATTAGTTGATCAATGTCATTGGTTGGCAGTAAATTGTTATTGCTTAAGTTTAAATATTCCAGTTTTGTAGTGTTTTTGGCGTTTAAATGTGCAATATGGTTGTCGTTTAAAGTGATTGTTTTCATCCTGGGATGATTGTGTAATATAAGGTCAGT > CP009273/1539680‑1539965
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
