Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F218 I0 R1
|
1506 |
278.7 |
9275112 |
94.5% |
8764980 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
290,012 |
C→T |
5.8% |
D167N (GAT→AAT) |
yagM ← |
CP4‑6 prophage; uncharacterized protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 290,012 | 0 | C | T | 5.8%
| 915.2
/ 28.2
| 256 | D167N (GAT→AAT) | yagM | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (131/110); new base T (8/7); total (139/117) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.54e-01 |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
GTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGT > CP009273/289864‑290161
|
ttGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGt > 1:2898945/1‑150 (MQ=255)
gACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTaa < 2:2246704/150‑1 (MQ=255)
gACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTaa < 2:4398139/150‑1 (MQ=255)
cAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAAtt < 1:444989/150‑1 (MQ=255)
cAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAAtt > 2:2834701/1‑150 (MQ=255)
aaGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAAttt > 1:2657499/1‑150 (MQ=255)
agagTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAAtttt < 1:2920471/150‑1 (MQ=255)
agagTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAAtttt > 2:363557/1‑150 (MQ=255)
gagTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTc > 1:3199000/1‑150 (MQ=255)
agTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTcc < 2:1586774/150‑1 (MQ=255)
agTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTcc > 1:1319655/1‑150 (MQ=255)
agTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTcc > 1:1319785/1‑150 (MQ=255)
agTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTcc > 1:211322/1‑150 (MQ=255)
agagCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCtt < 1:727523/150‑1 (MQ=255)
agagCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCtt > 2:2168660/1‑150 (MQ=255)
gagCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCTTAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTa < 2:2168068/150‑1 (MQ=255)
gagCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTa < 1:2552439/150‑1 (MQ=255)
agCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAg < 2:2034176/150‑1 (MQ=255)
agCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAg < 2:4270654/150‑1 (MQ=255)
cccGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAATTGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGa > 2:2091180/1‑150 (MQ=255)
cGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATa > 2:4464395/1‑150 (MQ=255)
tCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCtt < 1:2689503/150‑1 (MQ=255)
tCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCtt < 2:763297/150‑1 (MQ=255)
cAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCttt > 2:3460754/1‑150 (MQ=255)
aaGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTGTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCa > 2:813636/1‑150 (MQ=255)
gTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACg < 1:3347184/150‑1 (MQ=255)
gTAATAACCCTCAAAGGATGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTATCACg > 2:2361305/1‑150 (MQ=255)
taataaCCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGt > 2:678522/1‑150 (MQ=255)
aaCCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATaa > 2:4126797/1‑150 (MQ=255)
aCCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAAc > 1:4238707/1‑150 (MQ=255)
aCCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAAc > 1:908642/1‑150 (MQ=255)
aaaGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGattt > 2:4628019/1‑150 (MQ=255)
aGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGtttttt < 1:42391/150‑1 (MQ=255)
aGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGtttttt < 1:4535785/150‑1 (MQ=255)
ggTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTc > 1:1052492/1‑150 (MQ=255)
tgttCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATc > 1:4127624/1‑150 (MQ=255)
gttCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCAtat < 2:566007/150‑3 (MQ=255)
gttCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCt < 1:3587601/150‑1 (MQ=255)
tCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCttt < 1:1454532/150‑1 (MQ=255)
aTGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTccc < 1:2217950/150‑1 (MQ=255)
gaataagaataaTGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCa < 2:3054681/150‑1 (MQ=255)
gaataagaataaTGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCa > 2:913681/1‑150 (MQ=255)
ataagaataaTGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATg > 2:3461184/1‑150 (MQ=255)
aagaataaTGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATTaa > 2:4636690/1‑150 (MQ=255)
aagaataaTGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGaa > 2:4102984/1‑150 (MQ=255)
agaataaTGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAAt > 1:3718013/1‑150 (MQ=255)
aataatGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATtc > 1:4272227/1‑150 (MQ=255)
aataatGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATtc < 2:1743524/150‑1 (MQ=255)
aataatGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATtc < 2:1091218/150‑1 (MQ=255)
taatGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATtcat > 1:1248438/1‑150 (MQ=255)
atGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATtcatca < 1:3439056/150‑1 (MQ=255)
atGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATtcatca > 2:1428669/1‑150 (MQ=255)
tttGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTa < 1:164019/150‑1 (MQ=255)
tGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGc < 2:1285113/150‑1 (MQ=255)
tGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGc < 2:153181/150‑1 (MQ=255)
tGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGc > 2:3553998/1‑150 (MQ=255)
aaTATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGt > 1:2041153/1‑150 (MQ=255)
tatCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTc < 2:1168548/150‑1 (MQ=255)
tatCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTc < 2:2465276/150‑1 (MQ=255)
tatCCTGAGACAATTTGATGCTTTACATCAATATGTCTTTGATTGTAAATTTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTGAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATATCTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTc < 2:2048129/150‑1 (MQ=255)
atCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCa < 2:3768012/150‑1 (MQ=255)
atCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCa > 1:1006884/1‑150 (MQ=255)
tCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTATCGTTCAg > 1:1841751/1‑150 (MQ=255)
ccTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGt > 1:707005/1‑150 (MQ=255)
tGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTg > 2:4341096/1‑150 (MQ=255)
tGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTg < 2:1025495/150‑1 (MQ=255)
agaCACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGaa > 1:3322732/1‑150 (MQ=255)
agaCACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGaa > 2:606841/1‑150 (MQ=255)
acacTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAg < 1:16829/150‑1 (MQ=255)
tttGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAAt > 1:311172/1‑150 (MQ=255)
ttGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATc < 1:1875718/150‑1 (MQ=255)
ttGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATc > 1:3650199/1‑150 (MQ=255)
tGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCt > 2:3046173/1‑150 (MQ=255)
gATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTg > 1:1515003/1‑150 (MQ=255)
aTGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGc > 1:3193373/1‑150 (MQ=255)
tGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCa > 1:648553/1‑150 (MQ=255)
tACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTACCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTGTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATggg < 2:3994822/150‑1 (MQ=255)
aCATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATgggg > 2:3369045/1‑150 (MQ=255)
aaTGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTa < 1:3280293/150‑1 (MQ=255)
tCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTNAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATgg < 1:4277441/150‑1 (MQ=255)
tCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATgg < 2:654706/150‑1 (MQ=255)
tttGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGAc > 2:827405/1‑150 (MQ=255)
gATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCa < 2:2485338/150‑1 (MQ=255)
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cGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGt > 1:3928088/1‑150 (MQ=255)
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GTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGT > CP009273/289864‑290161
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
