Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
290,012 |
C→T |
100% |
D167N (GAT→AAT) |
yagM ← |
CP4‑6 prophage; uncharacterized protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 290,012 | 0 | C | T | 99.8%
| 1288.7
/ ‑4.9
| 389 | D167N (GAT→AAT) | yagM | CP4‑6 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (203/185); total (203/186) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
Only 100 of 389 total aligned reads displayed.
TTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAAC > CP009273/289865‑290158
|
ttGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCCAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGt < 2:3802912/150‑1 (MQ=255)
ttGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGt < 1:1320199/150‑1 (MQ=255)
aaGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAAttt < 1:4432515/150‑1 (MQ=255)
aaGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTAAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAAAATCATGATACACTTTGATGCTTTACATAAAAATGTATTTGATTGTAAATGTAAATGGATTATTCCATATTTTAAttt > 2:1668839/1‑150 (MQ=255)
agCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAg < 1:4671735/150‑1 (MQ=255)
ccTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCg < 1:2868917/150‑1 (MQ=255)
cccGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATCAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGa < 2:2636319/150‑1 (MQ=255)
cccGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGa < 2:1980118/150‑1 (MQ=255)
aTCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCt > 2:4869101/1‑150 (MQ=255)
tCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTAGGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTGTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCtt > 2:3853612/1‑150 (MQ=255)
aaaGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTc > 2:5076066/1‑150 (MQ=255)
aaaGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTc > 2:5297815/1‑150 (MQ=255)
aaGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCa > 2:5230661/1‑150 (MQ=255)
aaGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCa > 1:4347055/1‑150 (MQ=255)
aGTAATAACCCACAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCAc < 1:5023463/150‑1 (MQ=255)
gTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACg > 2:2113978/1‑150 (MQ=255)
aataaCCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGta > 1:3064431/1‑150 (MQ=255)
aaCCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATaa > 2:3391434/1‑150 (MQ=255)
cccTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACt > 2:4885113/1‑150 (MQ=255)
cAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGttt < 1:1133926/150‑1 (MQ=255)
ggTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTc > 2:4152491/1‑150 (MQ=255)
ttgttCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAACATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCAt < 1:4050861/150‑1 (MQ=255)
tgttCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATc < 1:1534021/150‑1 (MQ=255)
gttCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCt > 1:51397/1‑150 (MQ=255)
ttCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCtt > 2:1462866/1‑150 (MQ=255)
tCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCttt < 2:4691941/150‑1 (MQ=255)
cTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTc > 1:628620/1‑150 (MQ=255)
cTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTc > 1:2469719/1‑150 (MQ=255)
gaataagaataaTGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCa > 1:3869361/1‑150 (MQ=255)
ataagaataaTGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATg < 2:2072971/150‑1 (MQ=255)
taagaataaTGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGa > 1:2124361/1‑150 (MQ=255)
ggataatGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCAGCTTTCCCCATGAAtt > 1:2518372/3‑150 (MQ=255)
gaataaTGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAAtt > 1:3238230/1‑150 (MQ=255)
gaataaTGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAAtt > 2:429997/1‑150 (MQ=255)
aataatGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATtc > 2:2459635/1‑150 (MQ=255)
aataatGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCACCATGAATtc > 2:272679/1‑150 (MQ=255)
taatGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATtcat < 2:1969962/150‑1 (MQ=255)
aatGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATTTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAAATTTCCCTTAGCGAGGATAGCATTTCACGTATAACTGTTTTTTCATATTTCACCATGAATtcatc > 2:4316640/1‑150 (MQ=255)
aatGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATtcatc < 2:1880210/150‑1 (MQ=255)
tGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTcatcat < 1:1076094/150‑1 (MQ=255)
gTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCAtt > 2:2250916/1‑150 (MQ=255)
gAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGtttt < 2:1543428/119‑1 (MQ=255)
gAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCg < 1:716732/150‑1 (MQ=255)
aaTATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGt > 1:2382531/1‑150 (MQ=255)
atatCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGtt < 2:2876998/150‑1 (MQ=255)
tatCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTc < 1:363490/150‑1 (MQ=255)
atCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCa < 2:3596138/150‑1 (MQ=255)
atCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCa > 2:4960646/1‑150 (MQ=255)
atCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCa < 2:700695/150‑1 (MQ=255)
tCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAg < 2:1370858/150‑1 (MQ=255)
cTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGtt > 1:2978434/1‑150 (MQ=255)
tGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGC‑TTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGa > 1:1373532/1‑150 (MQ=255)
gagaCACTTTGATGCTTTACCTCAATATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCAGTAGCGTTCAGTTGa < 2:1106741/150‑1 (MQ=255)
gagaCACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGa > 1:1981862/1‑150 (MQ=255)
agaCACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGaa > 1:684154/1‑150 (MQ=255)
gaCACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGaaa < 2:1789073/150‑1 (MQ=255)
cacTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGt < 2:1262085/150‑1 (MQ=255)
cacTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGt > 1:4905512/1‑150 (MQ=255)
acTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTa > 1:4818795/1‑150 (MQ=255)
cTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTaa > 1:2055297/1‑150 (MQ=255)
cTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTaa < 2:3234558/150‑1 (MQ=255)
cTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTaa > 2:1728303/1‑150 (MQ=255)
tttGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAAt < 1:1217909/150‑1 (MQ=255)
tGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCt < 1:2263115/150‑1 (MQ=255)
gATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTg > 2:4561068/1‑150 (MQ=255)
gATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTg < 1:4168294/150‑1 (MQ=255)
cTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAAt < 2:2659701/150‑1 (MQ=255)
cTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAAt > 2:4096815/1‑150 (MQ=255)
tttACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATg < 1:1618640/150‑1 (MQ=255)
ttACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATgg > 1:3546966/1‑150 (MQ=255)
tCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGAtt < 1:2348035/150‑1 (MQ=255)
cAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGAttt < 2:5113390/150‑1 (MQ=255)
cAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTAAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGAttt > 2:3671142/1‑150 (MQ=255)
aaaaTGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGAtttt < 1:5205672/150‑1 (MQ=255)
aaaaTGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTGTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGAtttt < 1:4517780/150‑1 (MQ=255)
tGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAAt < 1:2802851/150‑1 (MQ=255)
gTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATg < 2:3289361/150‑1 (MQ=255)
cTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGa < 1:4394420/150‑1 (MQ=255)
gATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCa < 2:4347055/150‑1 (MQ=255)
ttGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCatg < 1:4255944/150‑1 (MQ=255)
gtaaatgtaaatGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCatgat < 1:856420/150‑1 (MQ=255)
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gtaaatgtaaatGGCTTTTTACATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAAATGTTTTTTCATCTTTCACCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGTGATTTTTAATGGACTCattat > 1:1431553/1‑150 (MQ=255)
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GAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCA < SRR19973062.5240758/150‑1 (MQ=60)
AATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCAT > SRR19973062.4112482/1‑150 (MQ=60)
AATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCAT > SRR19973062.4307963/1‑150 (MQ=60)
AATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCAT > SRR19973062.4245392/1‑150 (MQ=60)
AATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCAT > SRR19973062.4245429/1‑150 (MQ=60)
AATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCAT > SRR19973062.1357533/1‑150 (MQ=60)
ATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATG > SRR19973062.4115277/1‑150 (MQ=60)
ATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATG < SRR19973062.4961474/150‑1 (MQ=60)
TAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGA > SRR19973062.3287367/1‑150 (MQ=60)
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AATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTC > SRR19973062.2752479/1‑150 (MQ=60)
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CTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTT > SRR19973062.2994051/1‑150 (MQ=60)
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TGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGC‑TTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGA > SRR19973062.1379910/1‑150 (MQ=60)
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AGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAA > SRR19973062.687324/1‑150 (MQ=60)
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CACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGT > SRR19973062.82768/1‑150 (MQ=60)
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CTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATTGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAA > SRR19973062.3659033/1‑150 (MQ=60)
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TGTTGACAAGAGTAGAGCCTGCCCGGCATCAAAGTAATAACCCTCAAAGGTTGTTCTATGAATAAGAATAATGTTTGAATATCCTGAGACACTTTGATGCTTTACATCAAAATGTCTTTGATTGTAAATGTAAATGGCTTTTTCCATATCGTAATTTTCCCTTAGCGAGGATAGCCTTTCACGTATAACTGTTTTTTCATCTTTCCCCATGAATTCATCATTAGCGTTCAGTTGAAAGTAATCTGCAATGGGGATTTTTAATGGACTCATGATGTTCGTTTTCCAGATTAACGAACAGT > CP009273/289863‑290161
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
