Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F218 I0 R1
|
1506 |
278.7 |
9275112 |
94.5% |
8764980 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,290,033 |
G→T |
9.3% |
pseudogene (416/567 nt) |
insZ ← |
pseudogene, transposase homolog |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,290,033 | 0 | G | T | 9.3%
| 899.1
/ 42.8
| 244 | pseudogene (416/567 nt) | insZ | pseudogene, transposase homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (106/115); new base T (7/16); total (113/131) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 245 total aligned reads displayed.
CTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTATCCGGG > CP009273/1289885‑1290182
|
cTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGa > 2:3401867/1‑150 (MQ=255)
cTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGa < 2:3171886/150‑1 (MQ=255)
agagGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGcc < 1:4397791/150‑1 (MQ=255)
gaggagCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCg < 1:2335425/150‑1 (MQ=255)
ggagCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCgtg > 2:3876902/1‑150 (MQ=255)
cGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTc > 1:1801615/1‑150 (MQ=255)
cGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGGGTTTc > 1:3554361/1‑150 (MQ=255)
cACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCa > 1:1630843/1‑150 (MQ=255)
aCTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAg < 1:3084938/150‑1 (MQ=255)
tATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGct > 2:1689409/1‑150 (MQ=255)
tATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGct > 2:3360590/1‑150 (MQ=255)
cacaGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCAt > 1:1920781/1‑150 (MQ=255)
caGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGGTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCAttt > 1:270718/1‑150 (MQ=255)
aGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTc > 2:81358/1‑150 (MQ=255)
ggATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCt < 2:2783186/150‑1 (MQ=255)
ggATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCt < 2:3556276/150‑1 (MQ=255)
ggATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTACCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCt > 1:4632241/1‑150 (MQ=255)
aCGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGc > 1:3166394/1‑150 (MQ=255)
gggTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGa < 1:2335526/150‑1 (MQ=255)
gTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGata < 1:10918/150‑1 (MQ=255)
ttttGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATAtt < 2:533431/150‑1 (MQ=255)
tGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTATGATGCGATAttctt > 1:2147141/1‑150 (MQ=255)
atatCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATTGTCCCAGGTGACGCCCGGTTTACCAACTCTATAAATTATTATTCGATAttcttac > 1:3959955/1‑148 (MQ=255)
atatCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTcc > 2:1524147/1‑150 (MQ=255)
tatCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCa > 2:3530117/1‑150 (MQ=255)
tatCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCa < 2:2473908/150‑1 (MQ=255)
atCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCAc < 1:3146206/150‑1 (MQ=255)
cTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGGGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACgc > 1:550183/1‑150 (MQ=255)
aCCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACgcaggc > 2:1797683/1‑150 (MQ=255)
aCCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACgcaggc > 1:2932822/1‑150 (MQ=255)
ccGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACgcaggca > 1:3752382/1‑150 (MQ=255)
ccGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACgcaggca < 1:4513356/150‑1 (MQ=255)
ccGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTGTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACgcaggca > 1:1364604/1‑150 (MQ=255)
gACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGt < 1:865396/150‑1 (MQ=255)
tCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGcc > 1:520038/1‑150 (MQ=255)
tCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGcc > 2:3967256/1‑150 (MQ=255)
cGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCa < 1:1665688/150‑1 (MQ=255)
cGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCa < 1:4141789/150‑1 (MQ=255)
cTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTgg < 1:810817/150‑1 (MQ=255)
ttGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGc < 1:715446/150‑1 (MQ=255)
tGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCg > 2:3078464/1‑150 (MQ=255)
tGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTACCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTATTACACGCAGGCAGTAACCAGTGGCg > 1:840394/1‑150 (MQ=255)
tctggggCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGTAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATTGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCTGTAGCCAGTGGCGGTTACa < 1:3498752/147‑1 (MQ=255)
cGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACaa > 1:1101748/1‑150 (MQ=255)
cGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCGTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACaa > 1:4248805/1‑150 (MQ=255)
ggCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCt < 2:1630723/150‑1 (MQ=255)
ggCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCt > 2:4287881/1‑150 (MQ=255)
tttGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTgg < 1:2273819/150‑1 (MQ=255)
tttGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTgg < 1:243229/150‑1 (MQ=255)
ttGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGt < 1:2838823/150‑1 (MQ=255)
gTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTc > 2:443254/1‑150 (MQ=255)
ttATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCa < 2:1448690/150‑1 (MQ=255)
ttATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCa > 2:2221841/1‑150 (MQ=255)
ttATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCa < 1:444715/150‑1 (MQ=255)
ttATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCa < 1:2212574/150‑1 (MQ=255)
tATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAg > 1:1257665/1‑150 (MQ=255)
tATGAACACCACTTCCAGAGCACCCAGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAg < 2:3213188/150‑1 (MQ=255)
acacCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTca < 1:2153932/150‑1 (MQ=255)
accacTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTcagc < 2:1537573/150‑1 (MQ=255)
ccacTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTACAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGAAGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCTTTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCTGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTcagca < 1:1500125/150‑1 (MQ=255)
cacTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTcagcag < 1:3818134/150‑1 (MQ=255)
cacTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTcagcag < 1:545953/150‑1 (MQ=255)
cacTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCGTCTGGTTCAGCGTcagcag > 1:4532478/1‑150 (MQ=255)
cTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTcagcagca < 1:3846148/150‑1 (MQ=255)
cTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTcagcagca < 1:823321/150‑1 (MQ=255)
tCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAgg < 2:287762/150‑1 (MQ=255)
ccAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGt < 1:1514491/150‑1 (MQ=255)
gagCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCtt > 1:1328484/1‑150 (MQ=255)
gagCACCCCGAAGATGATCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGGGTTTCCCATCTCTATCATTTATTATGCGATATTCTTACACGCAGGCAGTAGCCAGTGGAGGTTAAAAACATTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCtt > 2:1963992/1‑150 (MQ=255)
agCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTc < 1:1759805/150‑1 (MQ=255)
agCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTc < 2:82764/150‑1 (MQ=255)
aCCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGAAGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCt > 2:888648/1‑150 (MQ=255)
aCCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTATGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCATCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCt > 1:812444/1‑150 (MQ=255)
cccGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTATCCAGTGGCGGTTACAACCCGTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGt > 1:3647813/1‑150 (MQ=255)
cccGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGt < 2:2984219/150‑1 (MQ=255)
ccGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTa < 1:1885172/150‑1 (MQ=255)
ccGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTa < 1:2178884/150‑1 (MQ=255)
aaGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTaaaa > 1:2430471/1‑150 (MQ=255)
aGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTACCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCGTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTaaaaa > 1:275577/1‑150 (MQ=255)
aTGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAg < 2:314350/150‑1 (MQ=255)
aTGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAg < 1:105669/150‑1 (MQ=255)
cTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGttt < 2:1413298/150‑1 (MQ=255)
ccAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTAt < 1:4113886/150‑1 (MQ=255)
ccAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTAt < 2:2848274/150‑1 (MQ=255)
gTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCaa < 2:1347436/150‑1 (MQ=255)
gTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCaa < 1:947402/150‑1 (MQ=255)
cGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAaac > 1:3915822/1‑150 (MQ=255)
gTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAaaca > 2:4414441/1‑150 (MQ=255)
tttCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAaacaa < 2:3204084/150‑1 (MQ=255)
cGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGt < 2:3135172/150‑1 (MQ=255)
gggATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTa > 2:4072195/1‑150 (MQ=255)
ggATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTaa > 1:1475865/1‑150 (MQ=255)
gATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAAt > 1:86583/1‑150 (MQ=255)
tGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATag < 2:3897545/150‑1 (MQ=255)
gTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATagag < 1:1200037/150‑1 (MQ=255)
cccTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGtt < 2:3621771/150‑1 (MQ=255)
tGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTATc > 2:3756181/1‑150 (MQ=255)
tGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTATc < 2:1117566/150‑1 (MQ=255)
ggTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTATcc < 2:2758071/150‑1 (MQ=255)
gACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGGTATCCggg > 2:2345887/1‑150 (MQ=255)
|
CTTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTATCCGGG > CP009273/1289885‑1290182
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
