Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,290,033 |
G→T |
100% |
pseudogene (416/567 nt) |
insZ ← |
pseudogene, transposase homolog |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,290,033 | 0 | G | T | 97.6%
| 542.3
/ 3.7
| 172 | pseudogene (416/567 nt) | insZ | pseudogene, transposase homolog |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base T (61/106); total (64/108) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.26e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
AGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTAT > CP009273/1289891‑1290177
|
aggagCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTAAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTGGGGTTGGTGCCGGGTTAcccc > 1:2585027/1‑148 (MQ=255)
gagCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCgt > 2:1669830/1‑148 (MQ=255)
agCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCgtg < 2:1076514/148‑1 (MQ=255)
cGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGtt > 2:1092533/1‑148 (MQ=255)
gCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTc < 1:1234190/148‑1 (MQ=255)
gCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTc < 1:654021/148‑1 (MQ=255)
gCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTc < 1:654026/148‑1 (MQ=255)
cACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTcc < 1:2294424/148‑1 (MQ=255)
cACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTcc < 1:1437051/148‑1 (MQ=255)
cACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTcc < 1:3342579/148‑1 (MQ=255)
aTGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGc > 2:839436/1‑148 (MQ=255)
tGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGct < 2:220565/148‑1 (MQ=255)
gTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGctc > 2:3125460/1‑148 (MQ=255)
gTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGctc < 2:2443055/148‑1 (MQ=255)
gTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGctc > 2:3124922/1‑148 (MQ=255)
tttCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGctct > 2:3094106/1‑148 (MQ=255)
cacaGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATc < 1:3789486/148‑1 (MQ=255)
acaGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTGGGGATGGTGCCTGGTTACGCCGTGTTTACCCGCTCTaaaa > 1:1895863/1‑145 (MQ=255)
acaGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCa < 2:698422/148‑1 (MQ=255)
acaGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCa < 2:697853/148‑1 (MQ=255)
acaGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCa < 2:2674986/148‑1 (MQ=255)
ggATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCAttt < 2:3483536/148‑1 (MQ=255)
ggATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCAttt < 1:3034442/148‑1 (MQ=255)
gATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTc > 2:3775032/1‑148 (MQ=255)
gATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTc > 2:3775000/1‑148 (MQ=255)
cGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATg > 2:3817231/1‑148 (MQ=255)
ggTTTTTGATATCTTAAGCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCg < 2:2635680/148‑1 (MQ=255)
ggTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCg < 2:2932365/148‑1 (MQ=255)
tttttGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGat < 2:1985251/148‑1 (MQ=255)
tttttGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGat < 1:704090/148‑1 (MQ=255)
ttttGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATAATTTCTGATTCGata > 1:2550819/1‑148 (MQ=255)
tttGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGatat < 2:2892368/148‑1 (MQ=255)
tttGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGAAGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTACCAGCTCTATCAATTATGATGCGatat > 2:3238377/1‑148 (MQ=255)
tGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATAttc < 2:836885/148‑1 (MQ=255)
gATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATAttct < 2:857894/148‑1 (MQ=255)
gATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATAttct < 2:2044516/148‑1 (MQ=255)
atatCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACATCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTGGGGATGGTCCCAGGTTACCCCGTGTTTCCCAGCGCAATCATTTATGATTCGATAttctt > 1:3009687/1‑148 (MQ=255)
atatCTGAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATAttctt < 2:2772343/148‑1 (MQ=255)
atCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTcc > 2:359997/1‑148 (MQ=255)
tCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGTTGCGATATTCTTCCa > 2:928041/1‑148 (MQ=255)
tCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCa > 1:2867925/1‑148 (MQ=255)
cTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCAGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTacac > 2:603571/1‑148 (MQ=255)
cGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTGGGGGTGGTGCCGGGTTAACCCGGGTTTACCACCACTAAAATTTATGTTGCGATATTATTacacccccgc > 1:456915/1‑142 (MQ=255)
cGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACgcaggc < 2:3405076/148‑1 (MQ=255)
aCCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACgcaggcag > 2:3186815/1‑148 (MQ=255)
tCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTat > 2:2818442/1‑147 (MQ=255)
cGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGc < 1:3655110/148‑1 (MQ=255)
cGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTAAGCCGTGTTTACCAGCTCTATAATTTATTATGCGATATTATTCCAAGCAGGCACTAGc > 2:2914464/1‑148 (MQ=255)
ccTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCAGGGTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTAACAATTATGTTGCGATATTCTTACACCCAGGCAGTATCCac > 1:3493890/1‑147 (MQ=255)
tGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCgg < 1:346413/148‑1 (MQ=255)
tGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCgg < 1:346409/148‑1 (MQ=255)
gggCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTAGGGATGGTCCCAGGTTAAGCCGTGTTTACCAGCTCTATAATTTATTATGCGATATTCTTACAAGCCGGCAGTTGCCAGTTGCGGtttaaac > 2:3543864/1‑143 (MQ=255)
ggCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTAGGGATTGTGCCAGGTTAAGCCGTGTTTACCACCACTATCATTTATGATTCGATATTATTCCACCCAGGCAGTAGCCACTGGCGGTTaaaaac > 1:2088357/1‑146 (MQ=255)
gCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAAccc < 2:2888979/148‑1 (MQ=255)
gCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAAccc < 2:1727950/148‑1 (MQ=255)
gTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCtt < 2:522605/148‑1 (MQ=255)
tGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTgg < 2:2258642/148‑1 (MQ=255)
tGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTgg < 2:75326/148‑1 (MQ=255)
cacTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTcagc < 1:1044653/148‑1 (MQ=255)
cacTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTcagc < 1:1044611/148‑1 (MQ=255)
ttCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACGCTTCTGGTTCAGCGTcagcagc < 1:2123431/148‑1 (MQ=255)
ttCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTcagcagc < 1:3125460/148‑1 (MQ=255)
ttCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTcagcagc < 1:3124922/148‑1 (MQ=255)
ttCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTGTCGGGAGGGTCCCTGGGTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATTCGCTATTCGTCCACGCAGGCAGTAGACAGGGGGGGTTACAAACCGTCGGGGTCAGGGtgcgccgc > 1:784290/1‑141 (MQ=255)
agCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCt < 1:2670482/148‑1 (MQ=255)
agCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCt < 1:978226/148‑1 (MQ=255)
gCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCtt < 1:431827/148‑1 (MQ=255)
gCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCtt < 1:2596003/148‑1 (MQ=255)
gCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCtt < 2:1459643/148‑1 (MQ=255)
cACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCCGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCCGCGTCAGCAGCAGGTCtta > 2:2102894/1‑147 (MQ=255)
aCCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCg < 1:3502772/148‑1 (MQ=255)
aGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGTTGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCGTCGGGTTCAGCGTCCGCAGCAGGTCTTCGCTGTaaa > 2:2627093/1‑148 (MQ=255)
aTGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTaaaaa < 1:1389151/148‑1 (MQ=255)
aTGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATGTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTaaaaa < 1:1388919/148‑1 (MQ=255)
gCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAg < 2:605108/148‑1 (MQ=255)
cTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGt < 2:663385/148‑1 (MQ=255)
cTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGt < 1:2102894/148‑1 (MQ=255)
ccAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTTGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGttt > 2:2560363/1‑148 (MQ=255)
cAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTa < 2:1359757/148‑1 (MQ=255)
cAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTa < 1:1669830/148‑1 (MQ=255)
aGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTAt < 2:1864164/148‑1 (MQ=255)
aGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTAt < 1:361086/148‑1 (MQ=255)
aGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTAt < 1:359997/148‑1 (MQ=255)
aGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTAt < 1:3583328/148‑1 (MQ=255)
tCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAATTTTATCa > 1:2912704/1‑148 (MQ=255)
tCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCa > 2:3077232/1‑148 (MQ=255)
tCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTAAGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCa > 1:2195224/1‑148 (MQ=255)
cGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCaa > 2:2293684/1‑148 (MQ=255)
ttCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAaaca < 1:1827892/148‑1 (MQ=255)
gATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTa > 1:3728580/1‑148 (MQ=255)
aTGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTaa < 1:3573649/148‑1 (MQ=255)
aTGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTaa < 2:371175/148‑1 (MQ=255)
aTGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTaa < 2:3282499/148‑1 (MQ=255)
aTGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTaa < 2:1377012/148‑1 (MQ=255)
tGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAAt < 1:3560909/148‑1 (MQ=255)
tGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAAt < 1:1705647/148‑1 (MQ=255)
tGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAAt < 2:1282776/148‑1 (MQ=255)
gTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATag < 1:1636952/148‑1 (MQ=255)
cccTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATagag > 1:1592282/1‑148 (MQ=255)
cTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGtt < 2:775865/148‑1 (MQ=255)
|
AGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTAT > CP009273/1289891‑1290177
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTATCCGG > CP009273/1289886‑1290181
|
TTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTAC < SRR19973069.2777767/150‑1 (MQ=60)
TAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACG < SRR19973069.1834507/150‑1 (MQ=60)
GGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCC < SRR19973069.30596/150‑1 (MQ=60)
GCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCC < SRR19973069.3105947/150‑1 (MQ=60)
GCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCC < SRR19973069.658482/150‑1 (MQ=60)
GCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCC < SRR19973069.658400/150‑1 (MQ=60)
GCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCC < SRR19973069.658395/150‑1 (MQ=60)
GCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCC < SRR19973069.1242599/150‑1 (MQ=60)
CACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCA < SRR19973069.3364462/150‑1 (MQ=60)
CACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCA < SRR19973069.1447079/150‑1 (MQ=60)
CACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCA < SRR19973069.2310014/150‑1 (MQ=60)
ACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAG < SRR19973069.3671230/150‑1 (MQ=60)
TCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTGGGGATGGTGCCTGGTTACGCCGTGTTTacccgctctaaaa > SRR19973069.1908990/1‑137 (MQ=60)
CACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCAT < SRR19973069.3814061/150‑1 (MQ=60)
GGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCT < SRR19973069.3054557/150‑1 (MQ=60)
GTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATAATTTCTGATTCGATA > SRR19973069.2567670/1‑150 (MQ=60)
GTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCAGGTTAAGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCAATTATGATGCGATA > SRR19973069.1294376/1‑150 (MQ=60)
TTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATAT < SRR19973069.709041/150‑1 (MQ=60)
TTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCT < SRR19973069.2313477/150‑1 (MQ=60)
TGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACATCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTGGGGATGGTCCCAGGTTACCCCGTGTTTCCCAGCGCAATCATTTATGATTCGATATTCTT > SRR19973069.3029653/1‑150 (MQ=60)
TATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCA > SRR19973069.2886762/1‑150 (MQ=60)
CGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCA < SRR19973069.3679048/150‑1 (MQ=60)
GGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATTGTCCCTGGGTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATAATTTATGATGCGATATTCTTACACGCAGGCAGTATCCAG > SRR19973069.3516369/1‑150 (MQ=60)
GGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCAGGGTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTAACAATTATGTTGCGATATTCTTACACCCAGGCAGTAtccac > SRR19973069.3516407/1‑145 (MQ=60)
CTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGG < SRR19973069.3003029/150‑1 (MQ=60)
TGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTT < SRR19973069.348877/150‑1 (MQ=60)
TGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTT < SRR19973069.348881/150‑1 (MQ=60)
GGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTAGGGATTGTGCCAGGTTAAGCCGTGTTTACCACCACTATCATTTATGATTCGATATTATTCCACCCAGGCAGTAGCCACTGGCGGTTAaaaac > SRR19973069.2102807/1‑145 (MQ=60)
GTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCT < SRR19973069.3620101/150‑1 (MQ=60)
TTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTGCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTG > SRR19973069.744903/1‑150 (MQ=60)
ACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCGGGTTAACCCGTGTTTCCCAGCTCGATCATTTGTGATGCGATATTCTTACACCCAGGCCGGATCCAGTGGCGGGTACAACCCATCGGGTTGAGCGTCA > SRR19973069.1685634/1‑150 (MQ=60)
CACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAG < SRR19973069.3752243/150‑1 (MQ=60)
ACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTACCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTATTACACGCAGGCAGTATCCAGTGGCGGTTAAAACCCTTCTGGTTAAGCGTCAGC > SRR19973069.1619457/1‑150 (MQ=60)
CACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTGGGGTTGGTCCCTGGTTTCGCCGGGTTTCCCAGCTCTATCATTTGTGATGCGATATTATTACACCCAGGCCGTAGCCCGTGGCGGgttaaaaccggctggttgagcggcagcag > SRR19973069.352201/1‑121 (MQ=60)
CACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAG < SRR19973069.1051910/150‑1 (MQ=60)
CACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAG < SRR19973069.1051868/150‑1 (MQ=60)
ACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTGTCGGGAGGGTCCCTGGGTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATTCGCTATTCGTCCACGCAGGCAGTAGACAGGGGGGGTTACAAaccgtcggggtcagggtgcgccgc > SRR19973069.789852/1‑126 (MQ=60)
TTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACGCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAG < SRR19973069.2137002/150‑1 (MQ=60)
TTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACGCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAG < SRR19973069.2138050/150‑1 (MQ=60)
TTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAG < SRR19973069.3145435/150‑1 (MQ=60)
TTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAG < SRR19973069.3145974/150‑1 (MQ=60)
CAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTC < SRR19973069.615948/150‑1 (MQ=60)
CAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCATCTGGTTCAGCGTCAGCCGCAGGTC > SRR19973069.3784304/1‑150 (MQ=60)
AGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTC < SRR19973069.2688390/150‑1 (MQ=60)
AGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTC < SRR19973069.984814/150‑1 (MQ=60)
AGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTC < SRR19973069.283516/150‑1 (MQ=60)
AGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTC < SRR19973069.2223212/150‑1 (MQ=60)
GCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCG < SRR19973069.2613326/150‑1 (MQ=60)
GCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCG < SRR19973069.435113/150‑1 (MQ=60)
GCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCG < SRR19973069.435000/150‑1 (MQ=60)
ACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCT < SRR19973069.3525324/150‑1 (MQ=60)
CCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTGCCTGGTTAAGCCCGGGTTCCCAGCACAAACATTTGTGATGCGCTAATCTTCCACGCAGGCCGTATCCCGTGGCGGTTAAAACCCCTCGGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTT > SRR19973069.809169/1‑150 (MQ=51)
ATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAG < SRR19973069.1398837/150‑1 (MQ=60)
ATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATGTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAG < SRR19973069.1398604/150‑1 (MQ=60)
CTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTT < SRR19973069.818755/150‑1 (MQ=60)
CTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTT < SRR19973069.2117411/150‑1 (MQ=60)
CTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTT < SRR19973069.2105211/150‑1 (MQ=60)
CCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTAT < SRR19973069.3389191/150‑1 (MQ=60)
CAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATC < SRR19973069.1681427/150‑1 (MQ=60)
CAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATC < SRR19973069.2604893/150‑1 (MQ=60)
AGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAATTTTATCA > SRR19973069.2931973/1‑150 (MQ=60)
AGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCA < SRR19973069.363689/150‑1 (MQ=60)
AGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCA < SRR19973069.3606695/150‑1 (MQ=60)
AGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCA < SRR19973069.3606221/150‑1 (MQ=60)
AGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCA < SRR19973069.362590/150‑1 (MQ=60)
AGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTAAGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCA > SRR19973069.2210143/1‑150 (MQ=60)
CGTTTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAAC > SRR19973069.2662563/1‑150 (MQ=60)
TTCGGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAAC < SRR19973069.1840710/150‑1 (MQ=60)
GGGATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTA > SRR19973069.3752900/1‑150 (MQ=60)
GGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTA > SRR19973069.3244508/1‑150 (MQ=60)
GATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAAT < SRR19973069.1415239/150‑1 (MQ=60)
ATGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATA < SRR19973069.3596942/150‑1 (MQ=60)
TGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAG < SRR19973069.3584090/150‑1 (MQ=60)
TGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAG < SRR19973069.3584075/150‑1 (MQ=60)
TGGTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAG < SRR19973069.1717585/150‑1 (MQ=60)
GTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAG > SRR19973069.1602110/1‑150 (MQ=60)
GTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAG > SRR19973069.1603046/1‑150 (MQ=60)
GTCCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAG < SRR19973069.1648170/150‑1 (MQ=60)
CCCTGGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTT < SRR19973069.1747968/150‑1 (MQ=60)
GGTTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTATCC < SRR19973069.3520381/150‑1 (MQ=60)
TTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTATCCGG < SRR19973069.1344673/150‑1 (MQ=60)
TTACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTATCCGG < SRR19973069.3259573/150‑1 (MQ=60)
|
TTAAGAGGAGCGGCACTATGTTTCACAGGATAACGGGTTTTTGATATCTTAACCGACCTCGGCCTTGATGGTCGGGGGCGTTTTGTTATGAACACCACTTCCAGAGCACCCCGAAGATGCTCCAGTCGTTTCGGGATGGTCCCTGGTGACGCCGTGTTTCCCAGCTCTATCATTTCTGATGCGATATTCTTCCACGCAGGCAGTAGCCAGTGGCGGTTACAACCCTTCTGGTTCAGCGTCAGCAGCAGGTCTTCGCTGTAAAAAAGTTTATCAAACAACGTAATAGAGTTATCCGG > CP009273/1289886‑1290181
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
