Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F218 I0 R1
|
1506 |
278.7 |
9275112 |
94.5% |
8764980 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,448,131 |
G→A |
19.4% |
intergenic (‑232/‑53) |
paaZ ← / → paaA |
fused oxepin‑CoA hydrolase/3‑oxo‑5,6‑dehydrosuberyl‑CoA semialdehyde dehydrogenase/ring 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,448,131 | 0 | G | A | 19.4%
| 755.6
/ 158.2
| 304 | intergenic (‑232/‑53) | paaZ/paaA | fused oxepin‑CoA hydrolase/3‑oxo‑5,6‑dehydrosuberyl‑CoA semialdehyde dehydrogenase/ring 1,2‑phenylacetyl‑CoA epoxidase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (130/114); new base A (30/29); total (161/143) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.73e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.60e-01 |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
GTTAACTATGCGATCTGTATAGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGAGCCACAGGACTGGATGCCCGATGCTTACCGAAAGACATTGATCC > CP009273/1447982‑1448280
|
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gTTAACTATGCGATCCGTATAGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAAtg < 1:3379714/150‑1 (MQ=255)
aaCTATGCGATCTGTATAGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGa > 1:4244246/1‑150 (MQ=255)
aaCTATGCGATCTGTATAGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGa > 2:2870783/1‑150 (MQ=255)
cTATGCGATCTGTATAGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATATGAtt > 2:2100596/1‑150 (MQ=255)
tATGCGATCTGTATAGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTc < 1:2368954/150‑1 (MQ=255)
tATGCGATCTGTATAGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTc < 2:614478/150‑1 (MQ=255)
aTGCGATCTGTATAGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCg > 2:4120971/1‑150 (MQ=255)
aTGCGATCTGTATAGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATATGATTCg < 2:3891960/150‑1 (MQ=255)
aTGCGATCTGTATAGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATATGATTCg > 2:165099/1‑150 (MQ=255)
tGCGATCTGTATAGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCgt > 2:1605047/1‑150 (MQ=255)
aTCTGTATAGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGttt > 2:4230915/1‑150 (MQ=255)
tCTGTATAGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGtttt < 2:4436718/150‑1 (MQ=255)
tGTATAGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTtta < 1:567535/150‑1 (MQ=255)
gTATAGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTttaa > 2:3971051/1‑150 (MQ=255)
gTATAGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATATGATTCGTGTTTttaa > 1:4595897/1‑150 (MQ=255)
tataGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTttaat > 1:3582160/1‑150 (MQ=255)
tataGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTttaat < 2:497797/150‑1 (MQ=255)
tataGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATATGATTCGTGTTTttaat > 1:4600896/1‑150 (MQ=255)
ataGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTttaatt < 1:28325/150‑1 (MQ=255)
ataGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATATGATTCGTGTTTttaatt > 1:1483465/1‑150 (MQ=255)
ataGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATATGATTCGTGTTTttaatt < 2:1170563/150‑1 (MQ=255)
cAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAACTTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTaattaatt < 2:4323668/150‑1 (MQ=255)
tGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAATCATACAAAATTTGTGATTTTACTTATCTATTGTGTAACTGTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACg > 2:3759498/1‑150 (MQ=255)
tGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACg < 2:1058886/150‑1 (MQ=255)
tGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATATGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACg < 1:501411/150‑1 (MQ=255)
cGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGaa > 2:2509467/1‑150 (MQ=255)
ggAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGaaa < 2:2327693/150‑1 (MQ=255)
ggAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGaaa < 1:3147851/150‑1 (MQ=255)
aaaCATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACt < 2:1349552/150‑1 (MQ=255)
tAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATc < 1:1372863/150‑1 (MQ=255)
tAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATc > 2:1908844/1‑150 (MQ=255)
tAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATc > 1:1108756/1‑150 (MQ=255)
tAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATc < 1:327805/150‑1 (MQ=255)
aaTGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATATGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCg < 1:3750837/150‑1 (MQ=255)
aTGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGt < 2:1836538/150‑1 (MQ=255)
tGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATATGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGt < 2:3411409/150‑1 (MQ=255)
ataaataaTGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATATGATTCGTGTTTTTAATTAATTAACGAAAACTGGAATCGTAAAGGtga > 1:3444713/1‑150 (MQ=255)
aataatGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGtgatga > 2:2699542/1‑150 (MQ=255)
atGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTg > 2:696331/1‑150 (MQ=255)
atGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATATGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTg > 1:2005656/1‑150 (MQ=255)
gATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAACTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGAc > 1:2587903/1‑150 (MQ=255)
ttATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCa > 1:1682798/1‑150 (MQ=255)
ttATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCa < 1:2185580/150‑1 (MQ=255)
taAAAATAGGGTGCGAAATCCGCCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCaaga > 2:3697024/1‑150 (MQ=255)
aaaaaTAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGACTCGTAAAGGTGATGACGTGACCCaagaa > 2:1848608/1‑150 (MQ=255)
aaaaaTAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCaagaa > 1:3429002/1‑150 (MQ=255)
aTAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAAc < 2:3387552/150‑1 (MQ=255)
aTAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAAc > 2:2858279/1‑150 (MQ=255)
gggTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCt > 2:4224835/1‑150 (MQ=255)
gCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGa < 1:1778217/150‑1 (MQ=255)
gCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGa > 1:439163/1‑150 (MQ=255)
aaaTCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCa > 1:790460/1‑150 (MQ=255)
aTCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAAc < 1:1006170/150‑1 (MQ=255)
aTCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAAc < 2:2568048/150‑1 (MQ=255)
aTCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAAc < 1:4511259/150‑1 (MQ=255)
tCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTANCTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAANAACGCTTNGAGCAAcn < 2:1868264/150‑2 (MQ=255)
cGTCACAGTTCAAACATACAAAATTATTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGa > 2:2991127/1‑150 (MQ=255)
gTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATATGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGAt > 2:648497/1‑150 (MQ=255)
tCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATa > 2:3219947/1‑150 (MQ=255)
tCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATa < 1:2250259/150‑1 (MQ=255)
aGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGccc < 1:3838303/150‑1 (MQ=255)
aGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATATGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGccc > 2:1974932/1‑150 (MQ=255)
gTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACAAAACTATTGTGAAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAATAAATCTAAGAGCAACGGATAGCCCa > 1:3721910/1‑150 (MQ=255)
cAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGa > 1:4026455/1‑150 (MQ=255)
aaaaTTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTAt < 2:1321994/150‑1 (MQ=255)
taaTTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATc > 1:277397/2‑150 (MQ=255)
aaaTTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATc < 2:793850/150‑1 (MQ=255)
aTTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGa < 2:3366518/150‑1 (MQ=255)
aTTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGa > 1:3951685/1‑150 (MQ=255)
tttGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATATGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGAg > 1:671224/1‑150 (MQ=255)
tgtgATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGAGcc > 1:1271644/1‑150 (MQ=255)
gATTTTACTTAACTATTGTTTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGAGCcaca < 2:45587/150‑1 (MQ=255)
aTTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGAGCCACAg < 2:3491297/150‑1 (MQ=255)
aTTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGAGCCACAg < 1:2987252/150‑1 (MQ=255)
tttACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATATGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGAGCCACAGGa < 2:1204717/150‑1 (MQ=255)
cTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGAGCCACAGGACTgg > 2:3842954/1‑150 (MQ=255)
ttAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGAGCCACAGGACTGGa < 1:3975470/150‑1 (MQ=255)
aCTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGAGCCACAGGACTGGATGc > 2:881029/1‑150 (MQ=255)
aTTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAACCGGCTATCGAGCCACAGGACTGGATGCCCg > 2:564276/1‑150 (MQ=255)
aTTGTGTAACTTTCATAAAACAATATGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGAGCCACAGGACTGGATGCCCg > 2:754562/1‑150 (MQ=255)
ttGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGAGCCACAGGACTGGATGCCCGa < 1:4120971/150‑1 (MQ=255)
tgtgTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGTAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGAGCCACAGGACTGGATGCCCGAt > 2:4073477/1‑150 (MQ=255)
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tgtgTAACTTTCATAAAACAATATGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACCGCTATCGAGCCACAGGACTGGATGCCCGAt < 1:3890187/150‑1 (MQ=255)
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tAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGAGCCACAGGACTGGATGCCCGATGCtt > 1:2050628/1‑150 (MQ=255)
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aCTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGTTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGAGCCACAGGACTGGATGCCCGATGATTAc > 1:2691298/1‑150 (MQ=255)
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gtgATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGAGCCACAGGACTGGATGCCCGATGCCTACCGAAAGACATTGATcc > 2:2410936/1‑150 (MQ=255)
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GTTAACTATGCGATCTGTATAGCAACTGCGGAAAACATTAATGCACTGATAAATAATGATTTATAAAAATAGGGTGCGAAATCCGTCACAGTTCAAACATACAAAATTTGTGATTTTACTTAACTATTGTGTAACTTTCATAAAACAATGTGATTCGTGTTTTTAATTAATTCACGAAAACTGGAATCGTAAAGGTGATGACGTGACCCAAGAAGAACGCTTTGAGCAACGGATAGCCCAGGAAACGGCTATCGAGCCACAGGACTGGATGCCCGATGCTTACCGAAAGACATTGATCC > CP009273/1447982‑1448280
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
