Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A1 F218 I0 R1	1506	278.7	9275112	94.5%	8764980	150.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	CP009273	3,360,045	G→T	33.1%	F11L (TTC→TTA)	insH1 ←	IS5 transposase and trans‑activator

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP009273	3,360,045	0	G	T	33.1%	217.5 / 112.3	127	F11L (TTC→TTA)	insH1	IS5 transposase and trans‑activator
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/51); new base T (17/25); total (51/76)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 133 total aligned reads displayed.

ACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAGCGTTAGCCTCA  >  CP009273/3359966‑3360193

aCAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTa                                                                                <  2:855617/150‑1 (MQ=11)

 cAAGAAAATCTCTTTTCTTGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTAGTCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTAc                                                                               <  2:2303289/150‑1 (MQ=9)

  aaGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACt                                                                              <  1:2684742/150‑1 (MQ=32)

  aaGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACt                                                                              >  1:2574082/1‑150 (MQ=32)

  aaGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGACTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACt                                                                              <  1:3457441/150‑1 (MQ=17)

   aGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACtt                                                                             >  2:3468791/1‑150 (MQ=17)

      aaaTCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTccc                                                                          <  1:3601209/150‑1 (MQ=35)

        aTCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTccccc                                                                        <  1:1179442/150‑1 (MQ=37)

        aTCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTccccc                                                                        <  2:4117010/150‑1 (MQ=37)

         tctcTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCTGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCATGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCa                                                                       >  2:195615/1‑150 (MQ=255)

         tctcTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCa                                                                       >  1:3748374/1‑150 (MQ=38)

         tctcTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCa                                                                       <  1:4518137/150‑1 (MQ=38)

         tctcTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCa                                                                       >  2:1156351/1‑150 (MQ=38)

         tctcTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCa                                                                       <  1:2710332/150‑1 (MQ=38)

         tctcTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCa                                                                       <  1:399600/150‑1 (MQ=38)

            ctTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCaata                                                                    >  1:4298048/1‑150 (MQ=40)

              tttCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCTGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCaataat                                                                  >  2:1752536/1‑150 (MQ=255)

              tttCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCaataat                                                                  >  2:1485533/1‑150 (MQ=255)

                tCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTg                                                                <  2:3098140/150‑1 (MQ=255)

                tCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTg                                                                <  1:1987516/150‑1 (MQ=255)

                tCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTg                                                                <  1:1288475/150‑1 (MQ=255)

                   ggTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCt                                                             <  1:1249636/150‑1 (MQ=255)

                   ggTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCt                                                             <  1:4466976/150‑1 (MQ=255)

                   ggTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCt                                                             <  1:3228549/150‑1 (MQ=255)

                    gTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTg                                                            <  1:894297/150‑1 (MQ=255)

                     tCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTgg                                                           <  1:3280954/150‑1 (MQ=255)

                     tCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTgg                                                           >  2:2067985/1‑150 (MQ=255)

                     tCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTgg                                                           <  1:835039/150‑1 (MQ=255)

                     tCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTgg                                                           <  1:835050/150‑1 (MQ=255)

                     tCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTgg                                                           >  1:2430637/1‑150 (MQ=255)

                      cTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGgt                                                          >  1:784925/1‑150 (MQ=255)

                      cTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGgt                                                          <  1:3337164/150‑1 (MQ=255)

                      cTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGgt                                                          >  1:2342245/1‑150 (MQ=255)

                         aCGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGtt                                                       >  1:2997423/1‑150 (MQ=255)

                         aCGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGtt                                                       >  1:2997299/1‑150 (MQ=255)

                           ggCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTa                                                     <  2:2080515/150‑1 (MQ=255)

                           ggCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTa                                                     <  2:645189/150‑1 (MQ=255)

                           ggCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGtttt                                                     <  2:340872/150‑2 (MQ=255)

                           ggCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTa                                                     <  2:544384/150‑1 (MQ=255)

                           ggCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCGTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTa                                                     <  2:1945292/150‑1 (MQ=255)

                            gcgcTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCTGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTAt                                                    <  2:3732995/150‑1 (MQ=255)

                            gcgcTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTAt                                                    <  1:3913889/150‑1 (MQ=255)

                              gcTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGc                                                  <  1:2920497/150‑1 (MQ=255)

                              gcTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGc                                                  <  1:297928/150‑1 (MQ=255)

                                  aCTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCaaaa                                              >  2:751951/1‑150 (MQ=255)

                                   ctgctgAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAAt                                             >  2:1478331/1‑150 (MQ=255)

                                    tgctgAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATg                                            <  2:1539825/150‑1 (MQ=255)

                                    tgctgAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTAGGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATg                                            <  2:3629300/150‑1 (MQ=255)

                                      ctgAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGt                                          >  1:2365414/1‑150 (MQ=255)

                                      ctgAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGt                                          >  1:316221/1‑150 (MQ=255)

                                       tgAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTc                                         >  1:3354805/1‑150 (MQ=255)

                                       tgAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTc                                         >  2:2258300/1‑150 (MQ=255)

                                         aaTTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCaa                                       >  1:2703434/1‑150 (MQ=255)

                                          aTTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCaag                                      <  1:4391285/150‑1 (MQ=255)

                                           ttCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCaaga                                     >  1:1553152/1‑150 (MQ=255)

                                           ttCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCaaga                                     >  2:1196336/1‑150 (MQ=255)

                                            tCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCaagaa                                    <  1:98723/150‑1 (MQ=255)

                                                tGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTgg                                <  2:3185239/150‑1 (MQ=255)

                                                  tCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTa                              <  1:297593/150‑1 (MQ=255)

                                                  tCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTa                              <  1:2989702/150‑1 (MQ=255)

                                                  tCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTa                              <  1:3401165/150‑1 (MQ=255)

                                                   cGGCGAAGGTAAGTGGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTaa                             <  2:2609755/150‑1 (MQ=255)

                                                    ggCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAAt                            >  1:209934/1‑150 (MQ=255)

                                                    ggCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAAt                            >  1:1042904/1‑150 (MQ=255)

                                                    ggCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAAt                            >  1:1042864/1‑150 (MQ=255)

                                                     gCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAAtt                           <  2:4003640/150‑1 (MQ=255)

                                                     gCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAAtt                           <  1:3729718/150‑1 (MQ=255)

                                                      cGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTg                          <  1:1752217/150‑1 (MQ=255)

                                                      cGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTg                          <  1:1911196/150‑1 (MQ=255)

                                                      cGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTg                          <  1:3606899/150‑1 (MQ=255)

                                                       gAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGa                         <  2:1311188/150‑1 (MQ=255)

                                                          ggTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAg                      <  1:741946/150‑1 (MQ=255)

                                                           gTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGc                     >  1:1812605/1‑150 (MQ=255)

                                                             aaGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCgg                   >  2:1364952/1‑150 (MQ=255)

                                                              aGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGt                  >  1:3549778/1‑150 (MQ=255)

                                                              aGTTGATGACTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGt                  >  1:4377002/1‑150 (MQ=255)

                                                              aGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGt                  <  2:2399050/150‑1 (MQ=255)

                                                              aGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGt                  >  1:2158970/1‑150 (MQ=255)

                                                              aGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGt                  <  2:2399356/150‑1 (MQ=255)

                                                              aGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGt                  >  2:1579068/1‑150 (MQ=255)

                                                                ttGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTaa                >  2:464385/1‑150 (MQ=255)

                                                                  gatgaCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTaaaa              <  2:1585222/150‑1 (MQ=255)

                                                                   atgaCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAg             >  2:2296326/1‑150 (MQ=255)

                                                                   atgaCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAg             >  2:1191181/1‑150 (MQ=255)

                                                                   atgaCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAg             >  2:4352998/1‑150 (MQ=255)

                                                                   atgaCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAg             >  1:730441/1‑150 (MQ=255)

                                                                   atgaCTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAg             >  2:2296306/1‑150 (MQ=255)

                                                                    tgaCTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAGc            >  1:661759/1‑150 (MQ=255)

                                                                    tgaCTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAGc            <  2:4123244/150‑1 (MQ=255)

                                                                     gaCTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAGCg           >  2:1346223/1‑150 (MQ=255)

                                                                       cTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAGCGtt         >  1:3199404/1‑150 (MQ=255)

                                                                       cTCATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAGCGtt         <  1:52121/150‑1 (MQ=255)

                                                                       cTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAGCGtt         <  1:3364870/150‑1 (MQ=255)

                                                                       cTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAGCGtt         <  2:1344067/150‑1 (MQ=255)

                                                                         cATGATTAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAACCATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAGCGTTAg       <  1:2298647/150‑1 (MQ=255)

                                                                          atgattAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAGCGTTAGc      >  1:1098502/1‑150 (MQ=255)

                                                                          atgattAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAGCGTTAGc      >  1:1098324/1‑150 (MQ=255)

                                                                           tgatgaACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAGCGTTAGcc     >  1:573313/1‑150 (MQ=255)

                                                                              tgaACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAGCGTTAGCCTca  >  2:1171700/1‑150 (MQ=255)

                                                                              tgaACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAGCGTTAGCCTca  >  2:2123539/1‑150 (MQ=255)

ACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAGTACTTCCCCCAATAATTGGCTGGTGTTTATGCAAAATGGTCAAGAAGTGGTAATTGATAGCGGTAAAAGCGTTAGCCTCA  >  CP009273/3359966‑3360193

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 25 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A