Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F218 I0 R1
|
1506 |
278.7 |
9275112 |
94.5% |
8764980 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,395,059 |
C→A |
42.7% |
V545F (GTC→TTC) |
csrD ← |
targeting factor for csrBC sRNA degradation |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,395,059 | 0 | C | A | 42.7%
| 289.8
/ inf
| 300 | V545F (GTC→TTC) | csrD | targeting factor for csrBC sRNA degradation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (85/87); new base A (64/62); total (149/151) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.07e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.71e-01 |
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
GGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTATCGCGCAGCCAACG > CP009273/3394910‑3395206
|
ggAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAc < 2:1837944/150‑1 (MQ=255)
aGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACgg > 2:3924099/1‑150 (MQ=255)
cAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCt > 2:2137200/1‑150 (MQ=255)
aGGCTTCCACCAGGCTTTTAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGTATGGAGCTTGATTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTa < 1:3490113/150‑1 (MQ=255)
caccaGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTAc > 1:281979/1‑150 (MQ=255)
ggCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTa < 1:978303/150‑1 (MQ=255)
ttGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGc < 1:4103843/150‑1 (MQ=255)
ttGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGc < 2:3974112/150‑1 (MQ=255)
tGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCa < 2:576591/150‑1 (MQ=255)
tGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCa < 2:1935686/150‑1 (MQ=255)
tGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCa < 2:3256434/150‑1 (MQ=255)
aaCCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCACTGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCAtt < 2:817377/150‑1 (MQ=255)
aaCCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCAtt < 1:770062/150‑1 (MQ=255)
agcagcTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACt < 1:2966789/150‑1 (MQ=255)
gcagcTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTa < 1:1474789/150‑1 (MQ=255)
agcTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTaaa < 1:2684091/150‑1 (MQ=255)
agcTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTaaa > 2:2199010/1‑150 (MQ=255)
tGGATCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGATCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGa > 2:3642037/1‑150 (MQ=255)
gTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAAt > 1:1279295/1‑150 (MQ=255)
ttCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATa > 1:817544/1‑150 (MQ=255)
tctcCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATaa < 1:250727/150‑1 (MQ=255)
tctcCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATaa < 1:2692843/150‑1 (MQ=255)
ctcCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAAc > 1:3623600/1‑150 (MQ=255)
cGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAgg > 1:1225597/1‑150 (MQ=255)
cGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAgg < 2:1629500/150‑1 (MQ=255)
cGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAgg > 1:709563/1‑150 (MQ=255)
gTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGt > 2:3184223/1‑150 (MQ=255)
tCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTg < 1:4219934/150‑1 (MQ=255)
cGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGt < 2:2293367/150‑1 (MQ=255)
cGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGt < 2:840002/150‑1 (MQ=255)
gCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTa < 1:1146424/150‑1 (MQ=255)
tcAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTTACTCAACATGAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACACGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGa < 2:269177/150‑1 (MQ=255)
tcAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTCAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGa > 2:3285011/1‑150 (MQ=255)
tcAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGa > 2:4267474/1‑150 (MQ=255)
aaTGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACt > 1:3989030/1‑150 (MQ=255)
aTGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTg > 2:3431000/1‑150 (MQ=255)
tGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGa < 2:2875284/150‑1 (MQ=255)
gTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGATTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGTTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGat < 1:2943737/150‑1 (MQ=255)
tttCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGata > 2:2716845/1‑150 (MQ=255)
ttCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGTTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGTCGGCTACCCGTACCCCTAAAGAATTCACTAAACGAATAACTGGTTGTAAACGACTGatat < 1:1016290/150‑1 (MQ=255)
ttCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGatat < 2:2210416/150‑1 (MQ=255)
ttCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGatat > 2:1188870/1‑150 (MQ=255)
tCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATg < 2:4500339/150‑1 (MQ=255)
aGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCt < 2:4414982/150‑1 (MQ=255)
cGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAACGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATc < 1:2046976/150‑1 (MQ=255)
cGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATc > 2:2678813/1‑150 (MQ=255)
gATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACCGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCgg < 1:2075069/150‑1 (MQ=255)
gATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCGGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCgg < 1:191128/150‑1 (MQ=255)
gAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCctc > 2:890286/1‑150 (MQ=255)
tgCTTGTGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCATAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCctct < 1:2019329/149‑1 (MQ=255)
aGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCctct < 2:240664/150‑1 (MQ=255)
aGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCctcc > 2:2992630/1‑149 (MQ=255)
ttGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCa > 1:261402/1‑150 (MQ=255)
ttGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCa < 2:2377782/150‑1 (MQ=255)
ttGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCa < 2:492563/150‑1 (MQ=255)
tttgTAACTCAAAATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCTGCTTCAAACCAGCCTGTTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCTTTCACTAAACTAATAACAGGTTTTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCaa < 1:3089417/147‑1 (MQ=255)
tGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCaa < 2:4047172/150‑1 (MQ=255)
gAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCGGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAg < 2:2069209/150‑1 (MQ=255)
aGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGt > 1:1267580/1‑150 (MQ=255)
aGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGt > 2:1765485/1‑150 (MQ=255)
aCTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCaa > 1:2308588/1‑150 (MQ=255)
tCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCaata < 1:2447332/150‑1 (MQ=255)
aCATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAAtt > 1:2896318/1‑150 (MQ=255)
cATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTa > 1:2313702/1‑150 (MQ=255)
aGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCAGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTAGTAAACGACTGATATGTAGACCTACATCGGCCTCTGCAAGATCAATAAATATGCGt > 1:539564/1‑150 (MQ=255)
ttCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACTAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCATTAATTATGCGttt < 2:3216552/150‑1 (MQ=255)
gtttGATCCAACTGGTACTTTCCTGAGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTTCCCGTACCCCTACAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGAATGTTCAATAATTATGCGTTTTc < 2:1460698/149‑1 (MQ=255)
cTTTGATCCACCTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTAACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTc < 1:749566/150‑1 (MQ=255)
cTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTc > 1:3842492/1‑150 (MQ=255)
cTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTc < 1:4362784/150‑1 (MQ=255)
cTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTc < 2:3486509/150‑1 (MQ=255)
ttGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACTAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGt < 1:3959533/150‑1 (MQ=255)
tGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCCGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACTGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGtt < 2:1584311/150‑1 (MQ=255)
tGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGtt < 1:1681994/150‑1 (MQ=255)
gATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTtg < 2:2448805/150‑1 (MQ=255)
gATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTtg < 2:1698060/150‑1 (MQ=255)
gATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTtg > 1:3987034/1‑150 (MQ=255)
gATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTtg > 1:3020569/1‑150 (MQ=255)
ccAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGa > 2:3510402/1‑150 (MQ=255)
cAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGAt < 2:73200/150‑1 (MQ=255)
aCTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGAttt > 1:3465163/1‑150 (MQ=255)
tGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGAttttt > 2:2829961/1‑150 (MQ=255)
tGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGAttttt > 1:2185571/1‑150 (MQ=255)
aCTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTcaca > 1:388324/1‑150 (MQ=255)
aCTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTcaca > 1:833185/1‑150 (MQ=255)
cTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACAt < 2:2792526/150‑1 (MQ=255)
cTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACAt > 1:3238876/1‑150 (MQ=255)
aCCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGc > 1:1710902/1‑150 (MQ=255)
cAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCAt > 2:3810382/1‑150 (MQ=255)
aGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCAtt < 2:4515993/150‑1 (MQ=255)
aGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCAtt > 1:1390294/1‑150 (MQ=255)
cGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTaa > 2:1986687/1‑150 (MQ=255)
cGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTaa > 2:3336075/1‑150 (MQ=255)
tCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACg < 1:3430938/150‑1 (MQ=255)
cAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTATcgc > 2:1639461/1‑150 (MQ=255)
aGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTATcgcg > 1:1760084/1‑150 (MQ=255)
ccTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTATCGCGCa < 2:2769843/150‑1 (MQ=255)
ccTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTATCGCGCa > 2:1569168/1‑150 (MQ=255)
tGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTATCGCGCAGc > 1:618234/1‑150 (MQ=255)
gACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTATCGCGCAGCCAACg > 1:448245/1‑150 (MQ=255)
|
GGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTATCGCGCAGCCAACG > CP009273/3394910‑3395206
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
