Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F204 I0 R1
|
1155 |
255.8 |
8356456 |
95.7% |
7997128 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
3,395,059 |
C→A |
47.0% |
V545F (GTC→TTC) |
csrD ← |
targeting factor for csrBC sRNA degradation |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 3,395,059 | 0 | C | A | 47.0%
| 174.7
/ inf
| 261 | V545F (GTC→TTC) | csrD | targeting factor for csrBC sRNA degradation |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/86); new base A (50/72); total (102/159) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
GAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTATCGCGCAGCCAAC > CP009273/3394911‑3395205
|
cAGGCTTCCACCAGGCTTTTAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAATTTCTTTGATCCAACTGGTACTTAACAGAGTCAAACCAGCCTGGTTGACGTCt < 2:3177841/150‑1 (MQ=255)
cAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCt > 1:3892463/1‑150 (MQ=255)
aGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTa < 1:1159747/150‑1 (MQ=255)
cTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTAccc < 1:2421486/150‑1 (MQ=255)
ttCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTCCCCg > 1:85233/1‑150 (MQ=255)
caccaGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCACTGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTAc < 1:1550370/150‑1 (MQ=255)
ccaGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTAccc < 2:2428085/150‑1 (MQ=255)
taGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTAcccc > 1:2314749/2‑150 (MQ=255)
caGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACAGTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTAcccc > 2:3966361/1‑150 (MQ=255)
aGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCt < 2:121184/150‑1 (MQ=255)
aGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCAGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCTACTGGTACTTACCAGAGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCt < 1:1355104/150‑1 (MQ=255)
aGGCTTTGAACCAGCAGCTGGGTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCt < 2:1567522/150‑1 (MQ=255)
cTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTaaa < 2:3043542/150‑1 (MQ=255)
tttGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAg > 2:183820/1‑150 (MQ=255)
tttGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAg > 2:2514166/1‑150 (MQ=255)
ttGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGc < 2:2940368/150‑1 (MQ=255)
ttGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGc < 2:3285038/150‑1 (MQ=255)
aaCCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCAtt < 2:3401118/150‑1 (MQ=255)
gcagcTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTa < 2:374976/150‑1 (MQ=255)
gcagcTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTa < 2:436283/150‑1 (MQ=255)
cagcTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCT‑AAGCAATCACaaaa > 1:201289/1‑150 (MQ=255)
cagcTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTaa > 2:1404899/1‑150 (MQ=255)
agcTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTaaa > 1:412936/1‑150 (MQ=255)
ggTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGANCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGaa > 1:3852196/1‑150 (MQ=255)
gTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAAt > 2:2625363/1‑150 (MQ=255)
ttCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATa < 1:2449034/150‑1 (MQ=255)
ttCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATa < 1:3347901/150‑1 (MQ=255)
tctcCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATaa > 2:247422/1‑150 (MQ=255)
ccGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAg < 1:1039723/150‑1 (MQ=255)
gCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTa > 2:3546177/1‑150 (MQ=255)
gCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTa > 1:3181768/1‑150 (MQ=255)
gCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTa < 1:3864553/150‑1 (MQ=255)
ttCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTaaa < 1:3142218/150‑1 (MQ=255)
ttCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTaaa > 2:1731360/1‑150 (MQ=255)
tctcAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAAc < 1:3007202/150‑1 (MQ=255)
tctcAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAAc < 1:2978717/150‑1 (MQ=255)
ctcAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACg > 1:3817657/1‑150 (MQ=255)
tcAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGa < 2:1363693/150‑1 (MQ=255)
aaTGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCATGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACt < 1:1670005/150‑1 (MQ=255)
tGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGa > 1:2469481/1‑150 (MQ=255)
gTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGat > 1:587046/1‑150 (MQ=255)
ttCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACCGGTTGTAAACGACTGatat < 2:256624/150‑1 (MQ=255)
ttCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGatat < 1:2146085/150‑1 (MQ=255)
tGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGtt > 1:3264805/1‑150 (MQ=255)
tGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGtt > 2:2632527/1‑150 (MQ=255)
gACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTg > 2:1095397/1‑150 (MQ=255)
ccAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGAc > 2:2017224/1‑150 (MQ=255)
aGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCt > 2:2065491/1‑150 (MQ=255)
gCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTa < 1:976299/150‑1 (MQ=255)
cccGGATGGAGCTTGATTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACa < 2:3928989/150‑1 (MQ=255)
ccGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACAt < 1:2066468/150‑1 (MQ=255)
cGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTACTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATc < 1:2540106/150‑1 (MQ=255)
aTGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGc > 1:3339696/1‑150 (MQ=255)
gAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTTACCTACATCGGCctc < 1:2731273/150‑1 (MQ=255)
gAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCctc < 1:4128123/150‑1 (MQ=255)
aGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCctct < 1:2628784/150‑1 (MQ=255)
gTAAGTCAAAATTAAGTTATTTGTTCAACCTGGTACTTACCAGCGTCAAACATTCCTGGTTGTTGGCTACCCGTTCCAATAATCCATTAAATAAACGATTAACTGGTTTTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGtt < 1:3280246/150‑1 (MQ=255)
gTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGtt < 1:1188069/150‑1 (MQ=255)
tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTc > 1:1971176/1‑150 (MQ=255)
tAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTc > 2:1380155/1‑150 (MQ=255)
aaCTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCa > 1:3454718/1‑150 (MQ=255)
aaCTCAAAATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCa < 1:1714588/150‑1 (MQ=255)
cAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCaataa > 2:3179979/1‑150 (MQ=255)
cAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCaataa < 1:2836520/150‑1 (MQ=255)
cAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACTACTGAGATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCaataa > 1:3593208/1‑150 (MQ=255)
aaCATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCaataat > 1:1077413/1‑150 (MQ=255)
aaCATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCaataat < 2:2305213/150‑1 (MQ=255)
aaCATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAACGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCaataat < 1:1142227/150‑1 (MQ=255)
aCATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAAtt < 1:1909396/150‑1 (MQ=255)
aTTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTAt < 1:2193797/150‑1 (MQ=255)
aTTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTAt > 2:756208/1‑150 (MQ=255)
ttAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATg > 2:4084914/1‑150 (MQ=255)
aaGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCg < 2:2135131/150‑1 (MQ=255)
aGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGt < 2:1297821/150‑1 (MQ=255)
gTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGtt < 2:2777148/150‑1 (MQ=255)
gTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGtt > 1:939364/1‑150 (MQ=255)
tCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGtttt < 1:2772443/150‑1 (MQ=255)
tCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAAAGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACATACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGtttt > 2:2234728/1‑150 (MQ=255)
tCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGtttt < 1:312293/150‑1 (MQ=255)
cTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTc < 1:131536/150‑1 (MQ=255)
cTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTc < 1:2065166/150‑1 (MQ=255)
cTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTc < 2:2798247/150‑1 (MQ=255)
gATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTtg > 2:3267632/1‑150 (MQ=255)
tCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTtgtg > 1:1745506/1‑150 (MQ=255)
aCTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGAttt < 2:3525564/150‑1 (MQ=255)
tGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGAttttt < 1:3754723/150‑1 (MQ=255)
ggTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTc < 2:687321/150‑1 (MQ=255)
cTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACAt > 1:4048195/1‑150 (MQ=255)
ttACCAGCGTCAAACCCGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAACGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACAtt < 1:727122/150‑1 (MQ=255)
ttACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACAtt < 2:79737/150‑1 (MQ=255)
ttACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACAtt < 2:2935926/150‑1 (MQ=255)
cAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCAt > 2:2802186/1‑150 (MQ=255)
cGTCAAACCAGCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTaa < 1:445080/150‑1 (MQ=255)
aaaCCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACTAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTa < 1:1510297/150‑1 (MQ=255)
aaCCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTAt < 2:3704550/150‑1 (MQ=255)
cgCCTGGTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTATcgcg < 2:1621893/149‑1 (MQ=255)
ggTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTAACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTATCGCGCAGcc < 1:848346/150‑1 (MQ=255)
gTTGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTATCGCGCAGCCa > 2:727370/1‑150 (MQ=255)
ttGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTATCGCGCAGCCaa < 2:3970948/150‑1 (MQ=255)
tGAAGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTATCGCGCAGCCAAc < 1:3695741/150‑1 (MQ=255)
|
GAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCGTTCGCTTCTCAATGTTTCTGACCAGCCCCGGATGGAGCTTGAGTAACTCAACATTAAGTTCTTTGATCCAACTGGTACTTACCAGCGTCAAACCAGCCTGGTTGACGGCTACCCGTACCCCTAAAGCATTCACTAAACGAATAACAGGTTGTAAACGACTGATATGTTGACCTACATCGGCCTCTGCAAGTTCAATAATTATGCGTTTTCGTTGTGATTTTTCACATTGCATTAACGTATCGCGCAGCCAAC > CP009273/3394911‑3395205
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
