Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
307,479 |
G→A |
100% |
intergenic (‑432/‑344) |
ecpR ← / → ykgL |
putative transcriptional regulator for the ecp operon/uncharacterized protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 307,479 | 0 | G | A | 98.6%
| 962.0
/ 2.0
| 290 | intergenic (‑432/‑344) | ecpR/ykgL | putative transcriptional regulator for the ecp operon/uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/2); new base A (124/162); total (126/164) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
CTTGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGATTAAGTGAAGTTAAA > CP009273/307335‑307623
|
cTTGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCa > 1:963899/1‑148 (MQ=255)
tGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAAt > 2:3143143/1‑148 (MQ=255)
tGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAAt < 1:3247770/148‑1 (MQ=255)
gCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATc > 1:2710527/1‑148 (MQ=255)
gCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATc < 1:928951/148‑1 (MQ=255)
gCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATc < 1:84706/148‑1 (MQ=255)
ttttATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGt < 1:2858322/148‑1 (MQ=255)
tttATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTa < 2:3407785/148‑1 (MQ=255)
tataTTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAg < 2:1787877/148‑1 (MQ=255)
tataTTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAg < 1:2365435/148‑1 (MQ=255)
atatTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGa < 1:1544009/148‑1 (MQ=255)
atatTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGa > 1:3629679/1‑148 (MQ=255)
ttGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGatat < 1:108793/148‑1 (MQ=255)
ttGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGatat < 1:2329133/148‑1 (MQ=255)
ttGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGatat < 1:3495632/148‑1 (MQ=255)
ttGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGatat < 1:554675/148‑1 (MQ=255)
ggAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATg < 2:751711/148‑1 (MQ=255)
aaCTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGa > 1:639595/1‑148 (MQ=255)
aaCTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGa < 1:1000496/148‑1 (MQ=255)
ttGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTaa < 1:661957/148‑1 (MQ=255)
ttGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTaa < 1:2576843/148‑1 (MQ=255)
tGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAAc < 2:1009774/148‑1 (MQ=255)
tGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAAc < 2:1011110/148‑1 (MQ=255)
tGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAAc < 2:466113/148‑1 (MQ=255)
gCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACa < 1:1686887/148‑1 (MQ=255)
gCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACa < 1:3580882/148‑1 (MQ=255)
gAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCg > 1:3291860/1‑148 (MQ=255)
ttAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACaaa > 2:884555/1‑148 (MQ=255)
ttAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACaaa > 2:1257942/1‑148 (MQ=255)
tAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACaaaa > 1:1207031/1‑148 (MQ=255)
tAGGAATAGACTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACaaaa < 1:3058871/148‑1 (MQ=255)
aGTCTTAATGCGATGTGTGATGGACTATTAAAAAAACAAGTTATAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGATGACATTTAAGATGATTTACCAAACATTAAGAAAATTTAATTGATTAACATGACGCACAAAATGGTTAc > 2:2110691/1‑148 (MQ=255)
gTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACa > 1:2942346/1‑148 (MQ=255)
tCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAg > 1:1209300/1‑148 (MQ=255)
tCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAg > 2:1762501/1‑148 (MQ=255)
cTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAgg < 1:2966166/148‑1 (MQ=255)
tAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGgtg < 2:2256795/148‑1 (MQ=255)
aTGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGtt < 1:728244/148‑1 (MQ=255)
tGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTc > 2:3552537/1‑148 (MQ=255)
cTGTGTGATGGACTAGTAATAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTc < 2:2555402/148‑1 (MQ=255)
cTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTc < 2:1193163/148‑1 (MQ=255)
ctgtgAAGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACCATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTCAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCa < 2:3469326/147‑1 (MQ=255)
tgATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATa < 1:407373/148‑1 (MQ=255)
tgATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATa < 1:462086/148‑1 (MQ=255)
gATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATaa < 1:3104289/148‑1 (MQ=255)
aTGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAg < 1:3440700/148‑1 (MQ=255)
gACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTaa < 1:309769/148‑1 (MQ=255)
aGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGa > 1:2912536/1‑148 (MQ=255)
tAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGaaa < 2:553754/148‑1 (MQ=255)
tAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGaaa < 2:565706/148‑1 (MQ=255)
tAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGaaa < 1:203244/148‑1 (MQ=255)
aaaaaaaCAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCTAATAAGTAATGGaaaa < 1:3236359/148‑1 (MQ=255)
aaaaaaaCAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAANCAGTAAGGTATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGaaaa > 1:1938008/1‑148 (MQ=255)
aaaaacAAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGCTTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAAt > 2:2040294/1‑148 (MQ=255)
aaaaacAAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAAt > 2:2677414/1‑148 (MQ=255)
aaaaaaCAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGTAAAAt < 2:1815109/148‑1 (MQ=255)
aaaaaaCAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAAt < 2:963899/148‑1 (MQ=255)
aaaaaCAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAAtt < 1:579754/148‑1 (MQ=255)
aaaaCAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTg > 2:1970186/1‑148 (MQ=255)
aaCAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGaa < 1:1925743/148‑1 (MQ=255)
aCAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAAc > 2:1470849/1‑148 (MQ=255)
cAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACg < 1:881250/148‑1 (MQ=255)
aaGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACgg < 2:291904/148‑1 (MQ=255)
aaGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACgg > 2:1502727/1‑148 (MQ=255)
ttttAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCg < 1:3168177/148‑1 (MQ=255)
ttAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTa < 1:3419390/148‑1 (MQ=255)
gggtaagggATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTa > 1:2149702/1‑148 (MQ=255)
aagggATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTc > 2:1689034/1‑148 (MQ=255)
gggATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCAt > 2:2668430/1‑148 (MQ=255)
gggATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCAt > 1:394587/1‑148 (MQ=255)
tgATAGAATATAAAAATATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATc < 1:336886/147‑1 (MQ=255)
ggATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATc > 1:2287019/1‑148 (MQ=255)
aGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGtt > 1:274260/1‑148 (MQ=255)
ataAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTa > 1:1319517/1‑148 (MQ=255)
ataAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTa > 1:435513/1‑148 (MQ=255)
ataAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTa < 2:1735005/148‑1 (MQ=255)
taAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCAACTGTTCGGTaa > 1:1941215/1‑148 (MQ=255)
aaCTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGcc > 1:3536616/1‑148 (MQ=255)
tATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGccccc > 2:1599237/1‑148 (MQ=255)
atgatgAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCa > 2:2478241/1‑148 (MQ=255)
atgatgAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCa > 1:1857211/1‑148 (MQ=255)
gaGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGc > 2:825509/1‑148 (MQ=255)
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gaGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGc > 1:2548420/1‑148 (MQ=255)
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GATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAG < SRR19973069.2371416/150‑1 (MQ=60)
ATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGC > SRR19973069.2565262/1‑150 (MQ=60)
GAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCA < SRR19973069.2632252/150‑1 (MQ=60)
GAGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCA < SRR19973069.2563745/150‑1 (MQ=60)
AGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAG > SRR19973069.687866/1‑150 (MQ=60)
AGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAG > SRR19973069.3537653/1‑150 (MQ=60)
AGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAG > SRR19973069.5716/1‑150 (MQ=60)
AGCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAG < SRR19973069.3701981/150‑1 (MQ=60)
GCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGA > SRR19973069.2933456/1‑150 (MQ=60)
GCTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGA > SRR19973069.3090953/1‑150 (MQ=60)
CTGTCATTTAATATGATTTAACAATCAGTAAGATATTTTAATGTATTAACATGACGCACAAAATGGTTACAGTTGTTCATTCAAATAAGTAATTTAAAATTGAACGTGCGTATGTACGTCATATGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGAT < SRR19973069.258885/150‑1 (MQ=60)
CTGTCATTGAAGATTATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGAT < SRR19973069.3572849/150‑1 (MQ=60)
CTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGAT > SRR19973069.3706904/1‑150 (MQ=60)
CTGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGAT < SRR19973069.258731/150‑1 (MQ=60)
TGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGATT > SRR19973069.1668506/1‑150 (MQ=60)
TGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGATT > SRR19973069.2537571/1‑150 (MQ=60)
TGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGATT < SRR19973069.3631022/150‑1 (MQ=60)
TGTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTNCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGATT > SRR19973069.1949459/1‑150 (MQ=60)
GTCATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGATTA > SRR19973069.2458275/1‑150 (MQ=60)
ATTGAAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGATTAAGT < SRR19973069.141554/150‑1 (MQ=60)
AAGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGATTAAGTGAAG < SRR19973069.3431910/150‑1 (MQ=60)
AGATGATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGATTAAGTGAAGT > SRR19973069.3783345/1‑150 (MQ=60)
ATTTACCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGATTAAGTGAAGTTAAAC < SRR19973069.44355/150‑1 (MQ=60)
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TCTTACTTGCATTTTATATTGGTCAGGAACTTTGCCCTGAAGTGTTAGGAATAGTCTTAATGCGCTGTGTGATGGACTAGTAAAAAAACAAGTTTTAAGGGTAAGGGATAGAATATAAAACTATGATGAGCTGTCATTGAAGATGATTTGCCAATCAGTAAGATATTTTAATGGATTAACATGCCGCACAAAATGGTTACAGGTGTTCATTCCAATAAGTAATGGAAAATTGAACGGGCGTATGTACGTCATCTGTTCGGTAAGCCCCCAAGAGCCAGATTAAGTGAAGTTAAAC > CP009273/307330‑307624
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
