Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F342 I0 R1
|
1331 |
225.9 |
7641038 |
95.8% |
7320114 |
147.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
658,096 |
C→A |
47.2% |
M1M (ATG→ATT) † |
ybeD ← |
UPF0250 family protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 658,096 | 0 | C | A | 47.2%
| 154.7
/ inf
| 252 | M1M (ATG→ATT) † | ybeD | UPF0250 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (68/65); new base A (52/67); total (120/132) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.57e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
GCTTGGTTTTACCGTTGGGGTGTAGTCACCTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTA > CP009273/657949‑658243
|
gctTGGTTTTACCGTTGGGGTGTAGTCACCTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTc < 2:2908437/148‑1 (MQ=255)
tGGTTTTACCGTTGGGGTGTAGTCACCTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATg < 1:1187245/148‑1 (MQ=255)
tGGTTTTACCGTTGGGGTGTAGTCACCTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATg < 2:2170905/148‑1 (MQ=255)
gTTTTACCGTTGGGGTGTAGTCACCTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTc > 1:1116135/1‑148 (MQ=255)
ttttACCGTTGGGGTGTAGTCACCTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCa > 2:3794527/1‑148 (MQ=255)
tttACCGTTGGGGTGTAGTCACCTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAg > 1:1876629/1‑148 (MQ=255)
tttACCGTTGGGGTGTAGTCACCTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAg > 1:3277784/1‑148 (MQ=255)
ccGTTGGGGTGTAGTCACCTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTcc < 1:1180004/148‑1 (MQ=255)
ccGTTGGGGTGTAGTCACCTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTcc > 2:2765146/1‑148 (MQ=255)
tGGGGTGTAGTCACCTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGcg < 2:3752804/148‑1 (MQ=255)
gggTGTAGTCACCTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGcgta > 1:599488/1‑148 (MQ=255)
gggTGTAGTCACCTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGcgta < 2:582420/148‑1 (MQ=255)
tgtAGTCACCTGGCGCATGGCTCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTATGGAATTCAATCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGcgtaacg < 1:2048891/148‑1 (MQ=255)
aGTCACCTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGcgtaacgtaa < 2:1681021/148‑1 (MQ=255)
ccTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTaaa < 2:1257792/148‑1 (MQ=255)
ccTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTaaa < 2:1835725/148‑1 (MQ=255)
cTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAAt < 2:356103/148‑1 (MQ=255)
cTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAAt < 2:870787/148‑1 (MQ=255)
cTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAAt > 1:2013066/1‑148 (MQ=255)
cTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAAt > 1:83594/1‑148 (MQ=255)
ggCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAg < 2:2499561/148‑1 (MQ=255)
cgcATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCa < 2:679057/148‑1 (MQ=255)
cATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAAc < 2:2233845/148‑1 (MQ=255)
tACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGa > 2:3369444/1‑148 (MQ=255)
aCCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGaa > 1:3437736/1‑148 (MQ=255)
aCCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGaa > 1:3548443/1‑148 (MQ=255)
ccACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAg > 1:2877872/1‑148 (MQ=255)
cACTTCATCCACGTGATCATCAAGCTCAGGTAACGATTGCGGCTTAAGTTTGTAAGTAAAAGGAGTTTGTATTTCATGCAGTTTTTTTAGTTTGGTTTTCATGTCAGTTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCGGCCAGAAgg < 1:3631968/148‑1 (MQ=255)
cACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAgg < 1:443864/148‑1 (MQ=255)
cTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCg > 2:2272604/1‑148 (MQ=255)
cTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCg > 2:2273601/1‑148 (MQ=255)
cAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGa > 1:1740448/1‑148 (MQ=255)
ccaccTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGtt > 1:1832983/1‑148 (MQ=255)
ccaccTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGtt < 1:3122871/148‑1 (MQ=255)
accTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGtttt > 1:678967/1‑148 (MQ=255)
cTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGtttttt < 1:3342329/148‑1 (MQ=255)
cTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGtttttt < 1:470531/148‑1 (MQ=255)
cTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATACAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGtttttt < 1:2491413/148‑1 (MQ=255)
tGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTa > 1:2825538/1‑148 (MQ=255)
tCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTg < 2:2861116/148‑1 (MQ=255)
aCCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTGGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATg < 1:3761580/148‑1 (MQ=255)
ccAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGc > 1:749691/1‑148 (MQ=255)
ccAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGc > 1:749084/1‑148 (MQ=255)
ccAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGc > 1:3462775/1‑148 (MQ=255)
ccAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTCAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGc > 2:3240823/1‑148 (MQ=255)
ccAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGc > 2:662162/1‑148 (MQ=255)
cAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCt > 1:885912/1‑148 (MQ=255)
cTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAg > 2:1938119/1‑148 (MQ=255)
tCAGGTACCGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCACGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGt < 2:2923796/148‑1 (MQ=255)
tCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGt < 2:2801365/148‑1 (MQ=255)
cAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGta > 1:3643189/1‑148 (MQ=255)
ggTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGtata > 1:1092869/1‑148 (MQ=255)
aaCGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATgg < 1:1531230/148‑1 (MQ=255)
cGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATgggg > 2:1646006/1‑148 (MQ=255)
cTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCTAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACg > 2:1418196/1‑148 (MQ=255)
ccccATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGaa < 1:1807137/148‑1 (MQ=255)
ccccATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGaa < 1:2682831/148‑1 (MQ=255)
cccATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGaaa < 1:243258/148‑1 (MQ=255)
aTAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTa > 1:3018475/1‑148 (MQ=255)
aTAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTa > 1:1003548/1‑148 (MQ=255)
aTAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTa < 1:2668113/148‑1 (MQ=255)
tAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTac < 1:2395265/148‑1 (MQ=255)
tAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATAAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGTAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTac > 2:3047505/1‑148 (MQ=255)
aaCTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTaca < 2:486398/148‑1 (MQ=255)
aCTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTacac > 2:103588/1‑148 (MQ=255)
cTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACt < 2:83594/148‑1 (MQ=255)
cTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACt > 1:1018351/1‑148 (MQ=255)
tttGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACtt < 1:2208267/148‑1 (MQ=255)
tttGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACtt > 2:2597081/1‑148 (MQ=255)
taaAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAgtgt > 1:2855601/1‑148 (MQ=255)
taaAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAgtgt < 2:2416347/148‑1 (MQ=255)
aaaaGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGtt > 1:1284993/1‑148 (MQ=255)
aaaTGAGTAGGGAATTCAAGCAGATCCTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAAAGTAATAAAATATCAACTACCCCCAGAAGGAGAGAGTTTTTTACTGATTCTTAGTATATGTGGACGGAAATTACACATTCaacatttt > 1:1439466/1‑142 (MQ=255)
aaGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTa < 2:2083905/148‑1 (MQ=255)
aaGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTa < 1:324731/148‑1 (MQ=255)
aaGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTa < 2:1830540/148‑1 (MQ=255)
aGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTaa > 2:701470/1‑148 (MQ=255)
ggAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTGTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAAt < 1:2781688/148‑1 (MQ=255)
gTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAAtttt < 2:1092869/148‑1 (MQ=255)
tAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAAttttt > 2:1359006/1‑148 (MQ=255)
tAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAAttttt > 2:1000726/1‑148 (MQ=255)
aGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCGTGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTa < 2:3680690/148‑1 (MQ=255)
gggAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTaa < 1:1646006/148‑1 (MQ=255)
aaTTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTAGATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTaacca > 1:3580845/1‑148 (MQ=255)
ttCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTaaccaaa < 2:3493055/148‑1 (MQ=255)
tCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTaaccaaac > 2:1459130/1‑148 (MQ=255)
tCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTaaccaaac > 2:1156789/1‑148 (MQ=255)
aaGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTaaccaaacca < 2:3241905/148‑1 (MQ=255)
gCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGt < 1:2272604/148‑1 (MQ=255)
gCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGt < 1:3369328/148‑1 (MQ=255)
gCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGt < 1:2273601/148‑1 (MQ=255)
ttCGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATg > 1:795586/1‑148 (MQ=255)
tCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATgg < 2:749691/148‑1 (MQ=255)
cGTTAAGTTTGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGa > 1:393137/1‑148 (MQ=255)
gTTTGGTTTTAATGTCATCTCCGGAGTAACGTAATTAAATAGCAACTCACGCCAGAAGGCGGTAGTTTTTTAGTGATTCTTAGAATAAGGGGACGGAAATTAAACTTTCAATTGTATAATTTATAAACAAACCAGTGATGTAACAtta > 2:652073/1‑148 (MQ=255)
tttGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACAttaa < 1:1938119/148‑1 (MQ=255)
ttGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAACTGATTAATTTTTAAACAAACAAGTGATGGAACAttaat > 1:1404998/1‑148 (MQ=255)
tGGTTTTAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACAttaatt > 1:2920063/1‑148 (MQ=255)
gTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACAttaattta < 2:3437736/148‑1 (MQ=255)
ttttAATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACAttaatttaa > 1:3176278/1‑148 (MQ=255)
|
GCTTGGTTTTACCGTTGGGGTGTAGTCACCTGGCGCATGGCGCTGTACCACTTCAACCACCTGATCAACCAGCTCAGGTAACGCCTGCCCCATAACTTTGTAAGTAAAAGGAGTAGGGAATTCAAGCAGTTCGTTAAGTTTGGTTTTCATGTCAGCTCCGGCGTAACGTAATTAAATAGCAACTCCCGCCAGAAGGCGGGAGTTTTTTACTGATGCTTAGTATATGGGGACGGAAATTACACTTTCAAGTGTTTAATTTTTAACCAAACCAGTGATGGAACATTAATTTAATGTA > CP009273/657949‑658243
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
