Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
745,893 |
G→A |
25.7% |
S578L (TCG→TTG) |
ybgQ ← |
putative outer membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 745,893 | 0 | G | A | 25.7%
| 572.2
/ 201.4
| 289 | S578L (TCG→TTG) | ybgQ | putative outer membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (110/101); new base A (39/35); total (151/138) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 296 total aligned reads displayed.
TGGCGGCATAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGTGGGTCGTATTGAATGACGTCGAAATCGAG > CP009273/745744‑746042
|
ggcggcATAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGa < 1:3925519/150‑1 (MQ=255)
cggcATAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACTTGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCacaaca < 1:3692335/150‑1 (MQ=255)
cggcATAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCacaaca < 1:489310/150‑1 (MQ=255)
aTAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCg > 2:5314275/1‑150 (MQ=255)
aTAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCg > 2:1523047/1‑150 (MQ=255)
aTAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCg < 1:154603/150‑1 (MQ=255)
aTAGGTACCAGAAATATCCCACTCACACGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCg > 1:2869465/1‑150 (MQ=255)
gTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCGgtgt > 1:4333229/1‑150 (MQ=255)
gTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCGgtgt > 1:2995862/1‑150 (MQ=255)
aCCAGAAAGATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTAt < 1:2676252/150‑1 (MQ=255)
ccAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGCCGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGGATg > 1:2585572/1‑150 (MQ=255)
cAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATgg < 1:402499/150‑1 (MQ=255)
gAAATCTCCCACTCCCCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTGACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTg < 1:1461265/150‑1 (MQ=255)
gAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTg > 2:3602525/1‑150 (MQ=255)
gAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTg > 2:753159/1‑150 (MQ=255)
actatCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCt < 1:3096522/148‑1 (MQ=255)
aaTATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTTCCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCAGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACTTGCGGTGTATGGTGCt < 1:3940761/150‑1 (MQ=255)
atatCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGTGGTGTATGGTGCtg > 2:2505085/1‑150 (MQ=255)
atCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCtgtg < 1:4181590/150‑1 (MQ=255)
tCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCGGTGTATGGTGCTGTgg > 1:3560618/1‑150 (MQ=255)
cccACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGc > 1:1835142/1‑150 (MQ=255)
cccACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGc > 1:4301228/1‑150 (MQ=255)
cACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTa > 2:2478110/1‑150 (MQ=255)
cTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACt > 2:4019311/1‑150 (MQ=255)
cTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACt > 2:2731965/1‑150 (MQ=255)
aCCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGtt < 2:1161347/150‑1 (MQ=255)
ccGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGtttt < 1:2300019/150‑1 (MQ=255)
ccGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGtttt < 1:4925087/150‑1 (MQ=255)
cTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCa < 1:4776540/150‑1 (MQ=255)
cTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCa < 1:2341065/150‑1 (MQ=255)
cAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATa > 1:4233905/1‑150 (MQ=255)
aGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAg < 1:4641507/150‑1 (MQ=255)
aGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAg < 2:4367217/150‑1 (MQ=255)
aGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAg > 2:1059529/1‑150 (MQ=255)
gTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGcc < 2:4089786/150‑1 (MQ=255)
gTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGcc > 1:1618012/1‑150 (MQ=255)
tGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCa > 2:2378109/1‑150 (MQ=255)
tGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAAcc < 1:5014114/150‑1 (MQ=255)
aTAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCg > 1:1580843/1‑150 (MQ=255)
aTAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCg > 1:5252420/1‑150 (MQ=255)
aGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGac > 1:2481280/1‑150 (MQ=255)
cGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGt > 2:3728994/1‑150 (MQ=255)
tCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTAc > 1:2865565/1‑150 (MQ=255)
tCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTAc < 2:4511198/150‑1 (MQ=255)
ccTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGa > 2:2890885/1‑150 (MQ=255)
tCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGACGGGGAg > 2:375865/1‑150 (MQ=255)
cATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCg < 1:5233687/150‑1 (MQ=255)
aTTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGa > 1:934374/1‑150 (MQ=255)
gTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAAt > 2:3715161/1‑150 (MQ=255)
tCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATc > 1:270905/1‑150 (MQ=255)
tCCGGACGATAGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATc > 2:5216065/1‑150 (MQ=255)
ccGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCg < 2:4734366/150‑1 (MQ=255)
aCGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCTACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAg < 1:3906682/150‑1 (MQ=255)
aCGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAg < 1:1662198/150‑1 (MQ=255)
cGAACGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTAATACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCGGAGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGACAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAAAAGACAGa > 1:2529553/1‑150 (MQ=255)
gATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGAt > 1:1431827/1‑150 (MQ=255)
aTCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATa > 2:2946138/1‑150 (MQ=255)
tCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATaa > 2:2137442/1‑150 (MQ=255)
tCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATaa > 2:4197407/1‑150 (MQ=255)
ggATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAAt < 1:1027241/150‑1 (MQ=255)
ggATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAAt > 1:744293/1‑150 (MQ=255)
gATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATc < 1:2023264/150‑1 (MQ=255)
aTTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCt < 2:302350/150‑1 (MQ=255)
cAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGtt < 1:1302514/150‑1 (MQ=255)
aGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTg < 2:2865565/150‑1 (MQ=255)
aGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTg < 2:4242506/150‑1 (MQ=255)
ccGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTcg < 2:1950223/150‑1 (MQ=255)
ggCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTcgcg > 1:3321098/1‑150 (MQ=255)
aGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATc > 1:4498803/1‑150 (MQ=255)
aGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATc > 2:1619368/1‑150 (MQ=255)
aTGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTa > 1:611557/1‑150 (MQ=255)
ccAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTc < 2:1835142/150‑1 (MQ=255)
ttttccGTTCATCAAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTTTGGTGCTGTGGCTTCTGTTTTGCATTTCATAGCCAACCCGACCTCCGTTACCGTAGGGTAGCGTAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGt < 1:3818360/145‑1 (MQ=255)
tATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGt > 2:514907/1‑150 (MQ=255)
tATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGt < 1:4952120/150‑1 (MQ=255)
tATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGt > 1:1062071/1‑150 (MQ=255)
aTTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGTg > 2:3250119/1‑150 (MQ=255)
aTTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGTg < 1:1715848/150‑1 (MQ=255)
ttACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGTgg > 2:4122220/1‑150 (MQ=255)
tACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGTggg < 2:4949308/150‑1 (MQ=255)
tACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACAACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGTggg > 1:3255380/1‑150 (MQ=255)
aCGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGTGGGt < 2:886056/150‑1 (MQ=255)
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cacaACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATATTGTTGTCTCGATATTTATCTTAGTAGTGGGTCGTATTGAATGACGTCGAAATc > 2:667510/1‑150 (MQ=255)
gACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGTGGGTCGTATTGAATGACGTCGAAATCgag > 1:977577/1‑150 (MQ=255)
|
TGGCGGCATAGGTACCAGAAATATCCCACTCACCCGCTGAACTCAGGTGCTGATAGTTACCGCTCACCTGGGCTCCATTGTCCGGACGATCGGATTGCAGTCCGGCAGACATGCCCCAGCTATTACGTTCATCCAGCGTATCGTTCCACGACATGCGGTGTATGGTGCTGTGGCTACTGTTTTGCATGTCATAGCCAACCCGACCACCGTTACCGAAGGGGAGCGAAATCGACAGATAAATCTGGTTGTCGCGATCTTTATCTTCGTAGTGGGTCGTATTGAATGACGTCGAAATCGAG > CP009273/745744‑746042
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
