Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F527 I0 R1
|
1651 |
322.4 |
10661268 |
95.2% |
10149527 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
2,294,862 |
G→T |
28.2% |
I457I (ATC→ATA) |
napA ← |
nitrate reductase, periplasmic, large subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 2,294,862 | 0 | G | T | 28.2%
| 639.1
/ 211.7
| 311 | I457I (ATC→ATA) | napA | nitrate reductase, periplasmic, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (104/119); new base T (41/47); total (145/166) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 |
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
ACGATGATGAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCACGCGCAGTACCACACGCAGAAGGTTGCCCGGT > CP009273/2294713‑2295011
|
gatgatGAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGAt > 2:3179449/1‑150 (MQ=255)
atgatgAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTAtt > 2:443711/1‑150 (MQ=255)
tgaAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCg < 2:2487460/150‑1 (MQ=255)
aGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCg > 2:1081054/1‑150 (MQ=255)
gcgcGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAAt < 2:5078946/150‑1 (MQ=255)
gcgcGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAAt < 2:1845422/150‑1 (MQ=255)
gATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGc > 2:2871262/1‑150 (MQ=255)
gATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGc < 1:1588358/150‑1 (MQ=255)
aTCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGcc < 2:3239246/150‑1 (MQ=255)
aTCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGcc < 1:3367304/150‑1 (MQ=255)
aTCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACAGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGcc > 1:5050824/1‑150 (MQ=255)
tCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCg < 2:5191641/150‑1 (MQ=255)
cgcgCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGc < 1:2926506/150‑1 (MQ=255)
cgcgCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGc < 2:1157030/150‑1 (MQ=255)
cgcCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTc < 1:1434045/150‑1 (MQ=255)
aGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGa > 2:1371945/1‑150 (MQ=255)
gCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGat < 2:4129754/150‑1 (MQ=255)
ccGGCATACGCTCTTCCTGGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGatat < 2:4809879/150‑1 (MQ=255)
cGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATAtt > 2:815386/1‑150 (MQ=255)
gCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTcc > 2:229488/1‑150 (MQ=255)
tACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCAct < 1:4329718/150‑1 (MQ=255)
aCGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCActt < 2:3503132/150‑1 (MQ=255)
gCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCActtct < 2:2397948/150‑1 (MQ=255)
gCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCActtct > 2:4500741/1‑150 (MQ=255)
ctctTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCActtctt < 1:4390280/150‑1 (MQ=255)
tctTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACttcttc > 2:4851720/1‑150 (MQ=255)
ctTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTtcttct > 1:899120/1‑150 (MQ=255)
ctTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCAATtcttct > 2:149621/1‑150 (MQ=255)
ttCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTtctc < 2:3365132/150‑1 (MQ=255)
ttCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTtctc < 1:1015036/150‑1 (MQ=255)
tCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTtctca < 2:222653/150‑2 (MQ=255)
tCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCg > 2:725049/1‑150 (MQ=255)
aTTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCa > 1:2431197/1‑150 (MQ=255)
ttGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAg < 1:3801332/150‑1 (MQ=255)
ttCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCa < 1:4487883/150‑1 (MQ=255)
ttCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCa < 1:1844231/150‑1 (MQ=255)
ggcccggccTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACgg > 2:5126162/1‑150 (MQ=255)
cggccTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGtt < 1:1485795/150‑1 (MQ=255)
cggccTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGtt > 1:973878/1‑150 (MQ=255)
cggccTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGtt > 1:644801/1‑150 (MQ=255)
ggccTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGttt < 2:771344/150‑1 (MQ=255)
ccTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTtct < 1:3037385/150‑1 (MQ=255)
ccTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTtct < 2:1412388/150‑1 (MQ=255)
cTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGCTCTTCCACTTCTTCTCGCAGATCTCACGGTGTTtctc > 2:2649277/1‑150 (MQ=255)
cTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTtctc > 2:2031075/1‑150 (MQ=255)
cATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGtt < 2:2123399/150‑1 (MQ=255)
tgttgGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTca < 1:3426419/150‑1 (MQ=255)
tgGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTcacca < 1:493791/150‑1 (MQ=255)
tgGTACACAGGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCATACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTcacca < 2:1902479/150‑1 (MQ=255)
ggTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTcaccac > 1:1415430/1‑150 (MQ=255)
gTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCaccacc < 2:330567/150‑1 (MQ=255)
gTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCaccacc > 2:3420489/1‑150 (MQ=255)
acacATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCAt < 2:1454292/150‑1 (MQ=255)
cacaTGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATg > 2:2815283/1‑150 (MQ=255)
acaTGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGt > 1:788167/1‑150 (MQ=255)
ggTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCgc > 1:547675/1‑150 (MQ=255)
ccAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCAAGTCCgcagg > 1:1256150/1‑150 (MQ=255)
cAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCgcaggc < 2:2527078/150‑1 (MQ=255)
aGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCgcaggca > 1:4061540/1‑150 (MQ=255)
gTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCgcaggcag < 1:4451589/150‑1 (MQ=255)
gTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCgcaggcag > 1:2574920/1‑150 (MQ=255)
tAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGa < 1:23691/150‑1 (MQ=255)
aaaCATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGAc > 1:4859207/1‑150 (MQ=255)
aaCATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGCAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACg > 2:3090640/1‑150 (MQ=255)
tCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCAGCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAg < 1:2644492/150‑1 (MQ=255)
tCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAg < 1:2537870/150‑1 (MQ=255)
tCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAg < 2:79772/150‑1 (MQ=255)
tCAGTTGGCCGTCTTTCAGCGCCCGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAg < 1:1956892/150‑1 (MQ=255)
aGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCGTGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCa > 2:3866995/1‑150 (MQ=255)
aGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCa > 1:679440/1‑150 (MQ=255)
gTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCaa < 2:888949/150‑1 (MQ=255)
tttGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCaaa > 2:4561213/1‑150 (MQ=255)
ccGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTg > 2:220090/1‑150 (MQ=255)
cGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGc > 2:5063005/1‑150 (MQ=255)
tCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGccc < 1:2477390/150‑1 (MQ=255)
ttCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACt < 2:4457752/150‑1 (MQ=255)
cAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTc < 2:4267383/150‑1 (MQ=255)
cAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTc < 1:2190052/150‑1 (MQ=255)
aGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCa > 1:4601084/1‑150 (MQ=255)
gcgcACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCAc < 2:4215480/150‑1 (MQ=255)
cgcACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCAcg < 2:4003853/150‑1 (MQ=255)
cgcACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCAcg < 2:3968914/150‑1 (MQ=255)
cgcACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCAcg < 2:121677/150‑1 (MQ=255)
cACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCAcgcg > 2:4910280/1‑150 (MQ=255)
cACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATAGTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCAcgcg < 2:593445/150‑1 (MQ=255)
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ggTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCACGCGCAg > 2:3342084/1‑150 (MQ=255)
tgCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCACGCGCAGTACcaca < 1:108821/150‑1 (MQ=255)
gCCACCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCACGCGCAGTACCacac < 2:3006575/150‑1 (MQ=255)
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aCCGCGTGCAGACCTATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCACGCGCAGTACCACACGCa > 1:3881263/1‑150 (MQ=255)
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tGCAGACCGATTTTAGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCAACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCACGCGCAGTACCACACGCAGAAGGt < 1:2267054/150‑1 (MQ=255)
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ccGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCACGCGCAGTACCACACGCAGAAGGTTGCCCg < 1:3661437/150‑1 (MQ=255)
ccGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCACGCGCAGTACCACACGCAGAAGGTTGCCCg < 2:3766997/150‑1 (MQ=255)
gATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCACGCGCAGTACCACACGCAGAAGGTTGCCCGGt > 2:3665978/1‑150 (MQ=255)
|
ACGATGATGAAGTTGCGCGGATCGCGCCAGCCCGGCATACGCTCTTCATTGATGTTCGGCCCGGCCTGCATGTTGTTGGTACACATGGTCCAGTAAACATTCAGTTTGCCGTCTTTCAGCGCACGGTCTTGTGCCACCGCGTGCAGACCGATTTTCGCCGGAATGGTGCCGCTCGGGATATTCCACTTCTTCTCGCAGATATCACGGTGTTTCTCGTTGGTCACCACCATGTCCGCAGGCAGACGGTGAGCAAAGGTGCCCACTTCACGCGCAGTACCACACGCAGAAGGTTGCCCGGT > CP009273/2294713‑2295011
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
