Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F204 I0 R1
|
1155 |
255.8 |
8356456 |
95.7% |
7997128 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP009273 |
1,566,392 |
A→T |
36.6% |
intergenic (‑90/+272) |
gadB ← / ← pqqL |
glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent/putative periplasmic M16 family zinc metalloendopeptidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP009273 | 1,566,392 | 0 | A | T | 36.6%
| 266.1
/ 299.0
| 243 | intergenic (‑90/+272) | gadB/pqqL | glutamate decarboxylase B, PLP‑dependent/putative periplasmic M16 family zinc metalloendopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (74/80); new base T (38/51); total (112/131) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.27e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 |
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
CGCACCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTAAAA > CP009273/1566243‑1566540
|
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cACCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACaaa < 2:3112963/150‑1 (MQ=255)
cGTGAATCGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAAt < 2:2724405/150‑1 (MQ=255)
cGTGAATCGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAAt < 1:2026919/150‑1 (MQ=255)
cGTGAATCGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAAt < 1:1818575/150‑1 (MQ=255)
gTGAATCGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATg < 1:4147893/150‑1 (MQ=255)
gTGAATCGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATg < 1:2480688/150‑1 (MQ=255)
gTGAATCGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATg < 2:552324/150‑1 (MQ=255)
tGAATCGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATACTAAAGt > 1:2815394/1‑150 (MQ=255)
aTCGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGttat < 1:3968246/150‑1 (MQ=255)
tCGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGttatt < 1:1876969/150‑1 (MQ=255)
cGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGttattt > 1:3184502/1‑150 (MQ=255)
cGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGttattt < 1:3987987/150‑1 (MQ=255)
gAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGttattta < 1:3880550/150‑1 (MQ=255)
agtTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGCTTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGt > 2:1447696/1‑150 (MQ=255)
ccGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTgaga > 1:867449/1‑150 (MQ=255)
ccTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATAtt < 1:3634546/150‑1 (MQ=255)
ttAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTAc < 2:2991557/150‑1 (MQ=255)
aaaTCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTAcgc < 2:3134886/150‑1 (MQ=255)
aaTCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTAcgcg < 1:3953872/150‑1 (MQ=255)
aTCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGa < 1:397297/150‑1 (MQ=255)
tCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGaa < 2:1186337/150‑1 (MQ=255)
ccGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGaat < 2:1962659/150‑1 (MQ=255)
ttACTATCTTCTTATCCAATTTAAACTCCTTAAAATGATTGTATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTTCATTGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCATAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGaataat < 1:528547/150‑1 (MQ=255)
tACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAataata > 2:376695/1‑150 (MQ=255)
tACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAataata < 2:477339/150‑1 (MQ=255)
aCTTGCTTCTTATACATTTTAAACGCATTAATATGATTGGATCGAATTAAAAAAGTAGGATGTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGTCTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATTTTACGCGAATAatat < 1:1922380/150‑1 (MQ=255)
ttGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATAttt < 1:1639175/150‑1 (MQ=255)
ttGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATAttt < 2:270484/150‑1 (MQ=255)
cttcttATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATAtttttt < 1:2084995/150‑1 (MQ=255)
cttcttATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATAtttttt < 1:2466097/150‑1 (MQ=255)
ttcttATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTc < 1:2384740/150‑1 (MQ=255)
tcttATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCa > 2:3447937/1‑150 (MQ=255)
tATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTg > 2:3967909/1‑150 (MQ=255)
tATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCAATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTg < 2:399114/150‑1 (MQ=255)
tCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGaaa > 1:3283893/1‑150 (MQ=255)
ccATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGaaaa > 2:2225701/1‑150 (MQ=255)
cATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGaaaa > 2:264330/1‑150 (MQ=255)
tttAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAacaa < 1:2325140/150‑1 (MQ=255)
aaaCTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAacaata < 1:3670740/150‑1 (MQ=255)
aaCTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAacaatac > 1:740759/1‑150 (MQ=255)
tCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAAcaatacaata > 1:1266493/1‑150 (MQ=255)
tCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAacaatacaat < 1:3886545/150‑1 (MQ=255)
tCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAacaatacaat < 1:3734164/150‑1 (MQ=255)
ccTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAAcaatacaata > 2:3331147/1‑150 (MQ=255)
ttAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGa < 2:1551886/150‑1 (MQ=255)
aaaaTGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGCAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGaa < 2:2446975/150‑1 (MQ=255)
aaTGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCATGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAAt < 2:3059583/150‑1 (MQ=255)
aaTGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAAtt > 2:359709/1‑150 (MQ=255)
aTGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAAtt > 1:61035/1‑150 (MQ=255)
aTTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCtt < 2:1240563/150‑1 (MQ=255)
ttGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTg > 1:255860/1‑150 (MQ=255)
aTTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTa < 1:268194/150‑1 (MQ=255)
aTTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGggtggtggt < 2:2993849/150‑1 (MQ=255)
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tAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTaa > 1:1680431/1‑150 (MQ=255)
tAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTaa > 1:1764858/1‑150 (MQ=255)
tAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGAGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACACTATGAAATTCTTGGGTGGTGGTaa < 2:1219101/150‑1 (MQ=255)
aaaaaGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAgg < 2:3921531/150‑1 (MQ=255)
aaGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGtt < 2:2793119/150‑1 (MQ=255)
aaGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGgtgt > 1:1104768/1‑150 (MQ=255)
gTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGttt > 1:2781453/1‑150 (MQ=255)
tAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGtttt < 2:1043966/150‑1 (MQ=255)
tAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGtttt < 2:2543077/150‑1 (MQ=255)
aGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTAt > 1:1611256/1‑150 (MQ=255)
aGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTa > 2:1111720/1‑150 (MQ=255)
aTTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAACTTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGc < 2:2569249/150‑1 (MQ=255)
tttATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTg < 2:3469738/150‑1 (MQ=255)
ttATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGt > 2:2018679/1‑150 (MQ=255)
tATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGtt < 1:475149/150‑1 (MQ=255)
tATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGtt > 1:2348612/1‑150 (MQ=255)
aTCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGtt < 1:2247725/150‑1 (MQ=255)
atatAGTAAGCAAGTGCAAAGGAATCGTGTTTAAATAACAAAATAGTAATGTTATTTATGGTGAGATATTACGCGATTATTATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTATTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTAttt < 2:1296058/150‑1 (MQ=255)
aTAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTAtttt < 2:2640935/150‑1 (MQ=255)
tAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTAtttt < 2:633762/150‑1 (MQ=255)
aaaGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTAttttt > 2:832567/1‑150 (MQ=255)
tAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATgc > 2:3794089/1‑150 (MQ=255)
aaGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATgcgc > 2:2867763/1‑150 (MQ=255)
aaGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATgcg > 2:453305/1‑150 (MQ=255)
aaGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATgcg > 1:3412081/1‑150 (MQ=255)
cAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCAtt < 2:1881833/150‑1 (MQ=255)
cAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCAt > 2:3265917/1‑150 (MQ=255)
aaGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACTAAAACCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTc > 2:3672280/1‑150 (MQ=255)
tGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCtg < 2:3242220/150‑1 (MQ=255)
gCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCtgt < 1:261494/150‑1 (MQ=255)
aaaGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGtc > 2:3089100/1‑150 (MQ=255)
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aGGACTCGTGTTTAAATAACTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGtctc > 2:1738047/1‑150 (MQ=255)
gACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTcc < 1:1379099/150‑1 (MQ=255)
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aaCTAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATA‑TTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTaaa > 1:3149190/1‑150 (MQ=255)
cAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTaaaa < 2:2928445/150‑1 (MQ=255)
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CGCACCAAAACGTGAATCGAGTAGTTCCGACCTTAAATCCGTTACTTGCTTCTTATCCATTTTAAACTCCTTAAAATGATTGGATCGCATTAAAAAAGTAGGATTTATCGATAAAGTAAGCAAGTGCAAAGGACTCGTGTTTAAATAACAAAATCCTAATGTTATTTATCGTGAGATATTACGCGAATAATATTTTTTCATTGAAAAACAATACAATATGAAATTCTTGGGTGGTGGTAAGGTGTTTTATGCTGTTATTTTTATGCGCATTCTGTGTCTCCTGAATTATCACGTAAAA > CP009273/1566243‑1566540
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
