Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F250 I1 R1
|
466 |
525.0 |
9216842 |
90.5% |
8341242 |
150.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 583 total aligned reads displayed.
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|
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ATTTTCACGAAGATATTTATAGTTAACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATTCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTG > SRR13214403.1868888/1‑150 (MQ=60)
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ATTTTCACGAAGATATTTATAGTTAACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTG > SRR13214403.570561/1‑150 (MQ=60)
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GAAGATATTTATAGTTAACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAAC > SRR13214403.50307/1‑150 (MQ=60)
AAGATATTTATAGTTAACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACT < SRR13214403.934368/150‑1 (MQ=60)
AGATATTTATAGTTAACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATTCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTT < SRR13214403.2849096/150‑1 (MQ=60)
AGATATTTATAGTTAACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATTCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTT > SRR13214403.4014594/1‑150 (MQ=60)
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ATTTATAGTTAACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTT > SRR13214403.2086503/1‑150 (MQ=60)
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TTATAGTTAACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCA < SRR13214403.3465888/150‑1 (MQ=60)
ATAGTTAACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATTCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAG < SRR13214403.2448907/150‑1 (MQ=60)
ATAGTTAACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAG < SRR13214403.3225634/150‑1 (MQ=60)
GTTAACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGC < SRR13214403.4613301/150‑1 (MQ=60)
TTAACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCT < SRR13214403.1100826/150‑1 (MQ=60)
TAACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATTCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTG > SRR13214403.219352/1‑150 (MQ=60)
TAACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATTCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTG < SRR13214403.4435558/150‑1 (MQ=60)
AACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATTCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGC > SRR13214403.1339308/1‑150 (MQ=60)
AACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATTCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGC < SRR13214403.4605583/150‑1 (MQ=60)
AACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATTCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGC > SRR13214403.3493739/1‑150 (MQ=60)
AACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGC > SRR13214403.1750030/1‑150 (MQ=60)
AATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATTCCAACTCGTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCAT > SRR13214403.870480/1‑150 (MQ=60)
AATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATTCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCAT < SRR13214403.854991/150‑1 (MQ=60)
AATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCAT < SRR13214403.1393309/150‑1 (MQ=60)
ATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATTCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATG > SRR13214403.4294121/1‑150 (MQ=60)
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TTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATTCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGAT < SRR13214403.1322612/150‑1 (MQ=60)
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ATTAACTTGCCCTTTAATTCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGT > SRR13214403.3889532/1‑150 (MQ=60)
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CTTGCCCTTTAATTCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCAT > SRR13214403.1539148/1‑150 (MQ=60)
CTTGCCCTTTAATTCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCAT > SRR13214403.1640848/1‑150 (MQ=60)
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CCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGT > SRR13214403.2619084/1‑150 (MQ=60)
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TTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAA < SRR13214403.488834/150‑1 (MQ=60)
TTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAA < SRR13214403.767808/150‑1 (MQ=60)
TCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAAC < SRR13214403.3969100/150‑1 (MQ=60)
CAACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACT < SRR13214403.2000300/150‑1 (MQ=60)
AACCGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTT < SRR13214403.2934259/150‑1 (MQ=60)
AACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTT > SRR13214403.3680677/1‑150 (MQ=60)
CGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACC > SRR13214403.1427274/1‑150 (MQ=60)
CGCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACC < SRR13214403.3481728/150‑1 (MQ=60)
GCTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCG > SRR13214403.3698328/1‑150 (MQ=60)
GCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCG > SRR13214403.2342252/1‑150 (MQ=60)
CTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGT < SRR13214403.258321/150‑1 (MQ=60)
CTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGT > SRR13214403.1108965/1‑150 (MQ=60)
CTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGT < SRR13214403.325372/150‑1 (MQ=60)
CTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGT < SRR13214403.3111570/150‑1 (MQ=60)
CTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGT > SRR13214403.63166/1‑150 (MQ=60)
CTTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAAGAACATTACGAACAATAAACTTACCGT > SRR13214403.3906697/1‑150 (MQ=60)
TTCAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTC < SRR13214403.906962/150‑1 (MQ=60)
TTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTC > SRR13214403.3519339/1‑150 (MQ=60)
CAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAG > SRR13214403.309496/1‑150 (MQ=60)
CAACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAG < SRR13214403.3635833/150‑1 (MQ=60)
CAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAG > SRR13214403.2590854/1‑150 (MQ=60)
AACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGT > SRR13214403.1510195/1‑150 (MQ=60)
AACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGT < SRR13214403.2382221/150‑1 (MQ=60)
AACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGT < SRR13214403.4304464/150‑1 (MQ=60)
ACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTT > SRR13214403.3453748/1‑150 (MQ=60)
ACTTTTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTT > SRR13214403.3948104/1‑150 (MQ=60)
TTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATG < SRR13214403.1075398/150‑1 (MQ=60)
TTAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATG > SRR13214403.3434565/1‑150 (MQ=60)
TAGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGT > SRR13214403.4044848/1‑150 (MQ=60)
AGATTTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTT < SRR13214403.640236/150‑1 (MQ=60)
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ATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCC < SRR13214403.2177211/150‑1 (MQ=60)
TTTCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCG < SRR13214403.1248153/150‑1 (MQ=60)
TCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAGTGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTT < SRR13214403.758522/150‑1 (MQ=60)
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AATCTAAATATTGAGCAATCTTTTGTTCATCATAAGAAAGTTGATTTTCACGAAGATATTTATAGTTAACAATTTGATAAAAGTTTTGATTAACTTGCCCTTTAATCCCAACTCCTGGAATATTTTCAACCGCTTCAACTTTTAGATTTCCAAGAGGTTTAGCAGCTGCAACGATTGATTGAGCAATCGGGTGAGTGGAACTTCCTTCAAGTGCTGCCATGATTTGGAGAATGTCTGTTTCATCAGTAAAATCAATAACATTACGAACAATAAACTTACCGTCAGTTAATGTTCCCGTT > CP043523/480040‑480338
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
