Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F250 I1 R1
|
466 |
525.0 |
9216842 |
90.5% |
8341242 |
150.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 575 total aligned reads displayed.
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|
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ATCTCAATCAGGTGACCAATCGACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCGCATTGTAATAAGCATCATC > SRR13214403.1141425/1‑150 (MQ=60)
CTCAATCAGGTGACCAATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCAT < SRR13214403.2145237/150‑1 (MQ=60)
CTCAATCAGGTGACCAATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCAT < SRR13214403.2115292/150‑1 (MQ=60)
TAAATCAGGTGACCAAACAACCTAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCACACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATN < SRR13214403.3269377/150‑1 (MQ=60)
AATCAGGTGACCAATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGC > SRR13214403.3777208/1‑150 (MQ=60)
AGGTGACCAATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGC < SRR13214403.3606212/150‑1 (MQ=60)
AGGTGACCAATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGC > SRR13214403.4396211/1‑150 (MQ=60)
GGTGACCAATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCT < SRR13214403.210878/150‑1 (MQ=60)
GGTGACCAATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCT < SRR13214403.4087948/150‑1 (MQ=60)
GGTGACCAATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCT > SRR13214403.4132246/1‑150 (MQ=60)
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CAATCAACATAATGACAACTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGC < SRR13214403.3826313/150‑1 (MQ=60)
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CATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAA > SRR13214403.1045281/1‑150 (MQ=60)
ATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATACCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATGATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAAT > SRR13214403.3990221/1‑150 (MQ=60)
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TAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATT < SRR13214403.4412370/150‑1 (MQ=60)
AATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTC > SRR13214403.3377874/1‑150 (MQ=60)
AATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTC > SRR13214403.3013057/1‑150 (MQ=60)
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ATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTT < SRR13214403.1057166/150‑1 (MQ=60)
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ATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTT > SRR13214403.3203463/1‑150 (MQ=60)
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GCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTA < SRR13214403.3473431/150‑1 (MQ=60)
GCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCCCCTTTTGCGCCGCTA > SRR13214403.1582187/1‑150 (MQ=60)
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aagTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAA > SRR13214403.585589/4‑150 (MQ=60)
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AGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAG > SRR13214403.1405427/1‑150 (MQ=60)
TTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAG < SRR13214403.1365737/150‑1 (MQ=60)
TTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAG < SRR13214403.3733110/150‑1 (MQ=60)
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TCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGT < SRR13214403.1025875/150‑1 (MQ=60)
TCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGT < SRR13214403.2567563/150‑1 (MQ=60)
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ATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAA < SRR13214403.4416207/150‑1 (MQ=60)
ATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAA > SRR13214403.522287/1‑150 (MQ=60)
CCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAG > SRR13214403.3243807/1‑150 (MQ=60)
CATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTTACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAA > SRR13214403.288296/1‑150 (MQ=60)
ATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAG > SRR13214403.1310538/1‑150 (MQ=60)
TATGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGA > SRR13214403.790229/1‑150 (MQ=60)
TGTCCGTTAAGACTCATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATA < SRR13214403.2521255/150‑1 (MQ=60)
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CATGATTGTGGCGTAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGGAT < SRR13214403.3073240/150‑1 (MQ=60)
CATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTAT < SRR13214403.642742/150‑1 (MQ=60)
ATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATA < SRR13214403.4249379/150‑1 (MQ=60)
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TTTTTGGGAACAAGGCTTGCTAAATCTTTCAATGCATCGCCAGCACCCATGATTGCTTTCATCTCAATCAGGTGACCAATCAACATAATGACAATTAAAGTTGCCAGTTCAAACCAGAAGTTCATGCCCATATGTCCGTTAAGACTCATAATTGTGGCATAAACAGAATAAGCATAGGCAACGGTAATTCCCATTGTAATCAGCATCATCATGGCTGGCTTACGGCTTTTTAATTCACCTTTTGCTCCGCTAAAAAAAGGAGTCCCAGAGTAAAAGAAGATAATTGTACCAAGTATAAG > CP043523/480918‑481216
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
