Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F250 I1 R1
|
466 |
525.0 |
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90.5% |
8341242 |
150.0 |
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N/A
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BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 464 total aligned reads displayed.
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|
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TCTCATGATTTTCGTGCTTCATATCCACCATTTCATGATTGTGATGATGCTCAGACATCATTTCTTCGTGATTAGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATT < SRR13214403.4585093/150‑1 (MQ=60)
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TCATGGTTTTCGTGCTCCATATCCATTATTTCATGATTATGATGATGCTCAGACATCATTTCATCGTGATTAGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACAATTG < SRR13214403.3818172/150‑1 (MQ=60)
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TCTTCGTGATTAGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAATCTA < SRR13214403.4029751/150‑1 (MQ=60)
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TGATTAGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAAtctataggtt < SRR13214403.715827/150‑11 (MQ=60)
GATTAGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAAtctataggttt < SRR13214403.1836245/150‑12 (MQ=60)
ATTAGACGAATGAGTTTTATTTGACATTTTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTC < SRR13214403.3124033/150‑1 (MQ=60)
AGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAAtctataggtttcttt < SRR13214403.1566540/150‑16 (MQ=60)
AGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAAtctataggtttcttt > SRR13214403.2137186/1‑135 (MQ=60)
AGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAAtctataggtttcttt < SRR13214403.4011687/150‑16 (MQ=60)
AGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTT < SRR13214403.760935/150‑1 (MQ=60)
AGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTT > SRR13214403.1807567/1‑150 (MQ=60)
GACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTT < SRR13214403.1040989/150‑1 (MQ=60)
GACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTT > SRR13214403.1860669/1‑150 (MQ=60)
ACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTG < SRR13214403.4275578/150‑1 (MQ=60)
ACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTG > SRR13214403.4288055/1‑150 (MQ=60)
ACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTG < SRR13214403.4510051/150‑1 (MQ=60)
CGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGT > SRR13214403.1615988/1‑150 (MQ=60)
CGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGT < SRR13214403.3287095/150‑1 (MQ=60)
CGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGT < SRR13214403.2413295/150‑1 (MQ=60)
GAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAAtctataggtttcttttgta > SRR13214403.4605569/1‑131 (MQ=60)
GAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAAtctataggtttcttatgta > SRR13214403.3523104/1‑131 (MQ=60)
GAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTG > SRR13214403.3968007/1‑150 (MQ=60)
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AATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGA > SRR13214403.1671414/1‑150 (MQ=60)
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ATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCCTGGAGAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAACGGTTTCTTTTGTGAC > SRR13214403.2977572/1‑150 (MQ=60)
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ATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatag < SRR13214403.378100/150‑19 (MQ=60)
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GCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATAC > SRR13214403.1527721/1‑150 (MQ=60)
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TCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGtcatggctaaataatca > SRR13214403.1077201/1‑133 (MQ=60)
TCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAG > SRR13214403.1438904/1‑150 (MQ=60)
CTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaa > SRR13214403.4320460/1‑114 (MQ=60)
CTATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaa < SRR13214403.2820592/150‑37 (MQ=60)
CTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGT < SRR13214403.4483264/150‑1 (MQ=60)
TATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTA > SRR13214403.2078170/1‑150 (MQ=60)
ATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaact < SRR13214403.2569784/150‑39 (MQ=60)
ATCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaact < SRR13214403.2595593/150‑39 (MQ=60)
ATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTAT < SRR13214403.1905835/150‑1 (MQ=60)
TCTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaacta < SRR13214403.1756489/150‑40 (MQ=60)
TCTATATATAGTTTACAATTGTAATCTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATC < SRR13214403.3991564/150‑1 (MQ=60)
CTATATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactag > SRR13214403.1422746/1‑110 (MQ=60)
CTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCG < SRR13214403.2108336/150‑1 (MQ=60)
ATATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGGCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCG < SRR13214403.3552881/150‑1 (MQ=60)
ATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGC < SRR13214403.3232646/150‑1 (MQ=60)
TATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaa > SRR13214403.3892958/1‑107 (MQ=60)
TATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaa < SRR13214403.4618837/150‑44 (MQ=60)
TATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCA > SRR13214403.3767646/1‑150 (MQ=60)
ATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaat > SRR13214403.2759058/1‑106 (MQ=60)
ATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaat < SRR13214403.2049969/150‑45 (MQ=60)
ATATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagaaat < SRR13214403.1627052/150‑45 (MQ=60)
TATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaatt < SRR13214403.910646/150‑46 (MQ=60)
TATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAG > SRR13214403.236755/1‑150 (MQ=60)
ATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattc < SRR13214403.4292965/150‑47 (MQ=59)
ATAGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattc > SRR13214403.1415462/1‑104 (MQ=59)
ATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGG > SRR13214403.1584013/1‑150 (MQ=60)
TAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGA < SRR13214403.279866/150‑1 (MQ=60)
AGTTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgg < SRR13214403.135015/150‑49 (MQ=55)
AGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAG < SRR13214403.3342548/150‑1 (MQ=60)
GTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATgttgagccctttggttaattttttgatggccatctcaat > SRR13214403.617002/1‑111 (MQ=60)
TTTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggt < SRR13214403.111546/150‑51 (MQ=52)
TTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAG > SRR13214403.1053889/1‑150 (MQ=60)
TTACATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtt < SRR13214403.3240373/150‑52 (MQ=50)
TTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGctcttc < SRR13214403.2248197/150‑7 (MQ=60)
TTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGA > SRR13214403.2476259/1‑150 (MQ=60)
TTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGA < SRR13214403.732857/150‑1 (MQ=60)
CATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaa > SRR13214403.307716/1‑96 (MQ=49)
ATTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggttttat < SRR13214403.4393729/150‑56 (MQ=50)
TTTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAATTGTATTCTATAAATGTTACGAAATAATAA‑TCTATAGGTTTCTTTTGTAACTTAAATGTGATATcgcgatatataatcatagtcatggctaaataatcaactagcaattcgggtttaatg < SRR13214403.1278521/150‑57 (MQ=50)
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ATCTCATGGTTTTCGTGCTCCATATCCATTATTTCATGATTATGATGATGCTCAGACATCATTTCATCGTGATTAGACGAATGAGTTTTATTTGACATATTTTCCTCCTAAATGAATGCTTTGAAATTTCTATCTATATATAGTTTACAATTGTAAACTATCAAAGTCAAGGAAAAAAGCTGTATTCTATAAATATTACAAAATAATAA‑CTAAAAGGTTTCTTTTGTGACTTAAATGTGATATTATAATATATATTCATAGCGATACCAATAAAAAAGTATCGGCAAGGAGAGAATAAA > CP043523/481413‑481711
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
