Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F250 I1 R1
|
466 |
525.0 |
9216842 |
90.5% |
8341242 |
150.0 |
Breseq alignment
N/A
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
Only 200 of 594 total aligned reads displayed.
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|
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TTTTCAAACATATTTTTAAAGTCAATCAAACAACAGTTAGCCATTGTAGTAAATGGACTATAATCAAGGTCATGATAATGAATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACC < SRR13214403.2341994/150‑1 (MQ=60)
TTTTCAAACATATTTTTAAAGTCAATCAAACAACAGTTAGCCATTGTAGTAAATGGACTATAATCAAGGTCATGATAATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACC < SRR13214403.2129274/150‑1 (MQ=60)
TTCAAACATATTTTTAAAGTCAATCAAACAACAGTTAGCCATTGTAGTAAATGGACTATAATCAAGGTCATGATAATGAATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGC > SRR13214403.3403889/1‑150 (MQ=60)
TTCAAACATATTTTTAAAGTCAATCAAACAACAGTTAGCCATTGTAGTAAATGGACTATAATCAAGGTCATGATAATGAATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGC > SRR13214403.1233909/1‑150 (MQ=60)
TTCAAACATATTTTTAAAGTCAATCAAACAACAGTTAGCCATTGTAGTAAATGGACTATAATCAAGGTCATGATAATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGC > SRR13214403.1898394/1‑150 (MQ=60)
CAAACATATTTTTAAAGTCAATCAAACAACAGTTAGCCATTGTAGTAAATGGACTATAATCAAGGTCATGATAATGAATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCAC > SRR13214403.3351976/1‑150 (MQ=60)
AAACATATTTTTAAAGTCAATCAAACAACAGTTAGCCATTGTAGTAAATGGACTATAATCAAGGTCATGATAATGAATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACC > SRR13214403.1553476/1‑150 (MQ=60)
AACATATTTTTAAAGTCAATCAAACAACAGTTAGCCATTGTAGTAAATGGACTATAATCAAGGTCATGATAATGAATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCA < SRR13214403.1074950/150‑1 (MQ=60)
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AACAACAGTTAGCCATTGTAGTAAATGGACTATAATCAAGGTCATGATAATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTAT > SRR13214403.1022966/1‑150 (MQ=60)
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ATCAAGGTCATGATAATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATT < SRR13214403.650234/150‑1 (MQ=60)
CAAGGTCATGATAATGAATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAA > SRR13214403.1837225/1‑150 (MQ=60)
AAGGTCATGATAATGAATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAAC > SRR13214403.4619620/1‑150 (MQ=60)
AGGTCATGATAATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACG > SRR13214403.1303459/1‑150 (MQ=60)
GGTCATGATAATGAATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAACGA > SRR13214403.1189159/1‑150 (MQ=60)
GGTCATGATAATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGA > SRR13214403.1345880/1‑150 (MQ=60)
GTCATGATAATGAATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAACGAC > SRR13214403.1790005/1‑150 (MQ=60)
GTCATGATAATGAATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAACGAC < SRR13214403.3682427/150‑1 (MQ=60)
GTCATGATAATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGAC > SRR13214403.1856528/1‑150 (MQ=60)
TCATGATAATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACA < SRR13214403.2605583/150‑1 (MQ=60)
CATGATAATGAATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAG < SRR13214403.4099140/150‑1 (MQ=60)
CATGATAATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAG < SRR13214403.2308489/150‑1 (MQ=60)
TGATAATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTT > SRR13214403.2203165/1‑150 (MQ=60)
GATAATGAATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTT > SRR13214403.3086501/1‑150 (MQ=60)
GATAATGAATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTT > SRR13214403.371732/1‑150 (MQ=60)
GATAATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTT > SRR13214403.3198044/1‑150 (MQ=60)
ATAATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTG > SRR13214403.1626369/1‑150 (MQ=60)
AATGAATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGT > SRR13214403.3037150/1‑150 (MQ=60)
AATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGT < SRR13214403.1439779/150‑1 (MQ=60)
AATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGT > SRR13214403.314345/1‑150 (MQ=60)
ATGAATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGTC > SRR13214403.4350802/1‑150 (MQ=60)
ATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGTC > SRR13214403.985599/1‑150 (MQ=60)
ATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGTC > SRR13214403.1455811/1‑150 (MQ=60)
ATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGCTTGGTC > SRR13214403.3046361/1‑150 (MQ=60)
AATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGTCGCG > SRR13214403.3161330/1‑150 (MQ=60)
AATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGTCGCG > SRR13214403.3798187/1‑150 (MQ=60)
AATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACGGTTTGGTCGCG > SRR13214403.56331/1‑150 (MQ=60)
ATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGTCGCGA < SRR13214403.3953082/150‑1 (MQ=60)
ATATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGTCGCGA > SRR13214403.90333/1‑150 (MQ=60)
TATCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGTCGCGAT < SRR13214403.167136/150‑1 (MQ=60)
ATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGTCGCGATT < SRR13214403.3702992/150‑1 (MQ=60)
ATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGTCGCGATT > SRR13214403.2283779/1‑150 (MQ=60)
TCACCTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGTCGCGATTA > SRR13214403.28283/1‑150 (MQ=60)
CACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGTCGCGATTAA > SRR13214403.3632856/1‑150 (MQ=60)
CACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGTCGCGATTAA > SRR13214403.2525607/1‑150 (MQ=60)
CACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGTCGCGATTAA < SRR13214403.1700179/150‑1 (MQ=60)
CTTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGTCGCGATTAATTA > SRR13214403.4311264/1‑150 (MQ=60)
TTTTTGGTGAGCATTTGCCACTTGTGGCGGAAGAAGTTTCAATCCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAGTCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGTCGCGATTAATTAA > SRR13214403.3982709/1‑150 (MQ=60)
|
GCAGTTGCTGTTTGAATTGATTTTGGCGAATCTACTTGCGCATTTCCAAGTTTAAAACCATTTTCAAACATATTTTTAAAGTCAATCAAACAACAGTTAGCCATTGTAGTAAATGGACTATAATCAAGGTCATGATAATGAATATCACCCTTTTGGTGAGCGTTTGCCACATGTGGCGGAAGAAGTTTCAAACCAATTGCTTTGGAAACCGCACCAGCTGTCAAATCACGTTGAGTATTGAAAACGTTAGAATCTTTATTGGCATTTTCATTAACGACAGTTTGGTCGCGATTAATTAA > CP043523/1706961‑1707259
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
