Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
26 |
102.0 |
3326124 |
78.0% |
2594376 |
98.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP002094 |
306,199 |
T→A |
P131P (CCA→CCT) |
LLNZ_01670 ← |
Nisin biosynthesis two‑component system, sensor histidine kinase NisK |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP002094 | 306,199 | 0 | T | A | 100.0%
| 449.5
/ NA
| 111 | P131P (CCA→CCT) | LLNZ_01670 | Nisin biosynthesis two‑component system, sensor histidine kinase NisK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (57/54); total (57/54) |
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GACAGAAAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCTGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTATGTGAAGACTGTTT > CP002094/306103‑306294
|
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aCAGAAAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGc > 2:1630956/1‑99 (MQ=255)
cAGAAAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGATGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCa > 1:508015/1‑99 (MQ=255)
cAGAAAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCa > 1:1526673/1‑99 (MQ=255)
gAAAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATa > 1:950972/1‑99 (MQ=255)
aaaaaaTAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATAc > 1:1593528/1‑99 (MQ=255)
aaaaaaTAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATAc < 1:856403/99‑1 (MQ=255)
aaaaaaTAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATAc < 2:157572/99‑1 (MQ=255)
aaaaaTAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACt > 1:214053/1‑99 (MQ=255)
aaaaaTAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGAAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATCCt > 1:1141217/1‑99 (MQ=255)
aaaaTAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTg > 1:1077655/1‑99 (MQ=255)
aaaTAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGt < 1:861187/99‑1 (MQ=255)
aaaTAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGt < 1:99418/99‑1 (MQ=255)
ataatGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAGATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGttt > 1:209122/1‑99 (MQ=255)
ataatGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGttt > 1:565713/1‑99 (MQ=255)
ataatGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGttt < 1:936051/99‑1 (MQ=255)
aatGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTg < 1:1220088/99‑1 (MQ=255)
atGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGt < 2:1382730/99‑1 (MQ=255)
atGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGt > 2:1149005/1‑99 (MQ=255)
tGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTc > 2:199050/1‑99 (MQ=255)
tGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTc > 2:732068/1‑99 (MQ=255)
gAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCt < 2:748895/99‑1 (MQ=255)
attattTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTaaa < 2:1182812/99‑1 (MQ=255)
ttattTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTaaaa < 1:170247/99‑1 (MQ=255)
ttattTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTaaaa > 2:956181/1‑99 (MQ=255)
ttattTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTaaaa > 1:112357/1‑99 (MQ=255)
ttattTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTaaaa < 2:1350640/99‑1 (MQ=255)
attTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAaaca > 1:947977/1‑99 (MQ=255)
attTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAaaca < 2:1309807/99‑1 (MQ=255)
tttCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAaacaa > 1:1172389/1‑99 (MQ=255)
tttCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAaacaa > 2:27407/1‑99 (MQ=255)
tCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACt < 1:1569380/99‑1 (MQ=255)
cACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTg < 2:448984/99‑1 (MQ=255)
aCCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGa > 2:1398585/1‑99 (MQ=255)
aagaaaaaagaaaaGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGaaaa > 1:97344/1‑99 (MQ=255)
gaaaaaagaaaaGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAAt < 1:84372/99‑1 (MQ=255)
gaaaaaagaaaaGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAAt < 1:1351818/99‑1 (MQ=255)
aaaaaagaaaaGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATg > 1:270198/1‑99 (MQ=255)
aaaaaagaaaaGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATg < 2:52065/99‑1 (MQ=255)
aaaaagaaaaGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGc < 1:1423478/99‑1 (MQ=255)
aaaagaaaagGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCt > 2:1231936/1‑99 (MQ=255)
aagaaaagGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTa > 2:886870/1‑99 (MQ=255)
aagaaaagGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTa > 1:867009/1‑99 (MQ=255)
aagaaaagGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTa > 2:213824/1‑99 (MQ=255)
agaaaagGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTAt < 2:1470649/99‑1 (MQ=255)
agaaaagGTAAGTAAAATGATTATAAGAAAATTTACTAAGCGTATGATTTATAAATTCAGTCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTAt < 2:1172115/99‑1 (MQ=255)
gaaaagGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTAtt > 2:325773/1‑99 (MQ=255)
aaaagGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTg < 1:603194/99‑1 (MQ=255)
aaaagGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTg < 2:867009/99‑1 (MQ=255)
aaagGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGc < 1:636316/99‑1 (MQ=255)
agGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCtt < 2:1423362/99‑1 (MQ=255)
gtaagtaaATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGa > 1:1389965/1‑99 (MQ=255)
taagtaaATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGaa < 1:956181/99‑1 (MQ=255)
taagtaaATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGaa < 2:1027900/99‑1 (MQ=255)
aaTTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAataagta > 2:1588594/1‑99 (MQ=255)
aaTTGATTATAAAAATTTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAataagta < 1:549609/99‑1 (MQ=255)
aTTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGActaagtat > 1:182736/1‑99 (MQ=255)
aTTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAataagtat > 2:116595/1‑99 (MQ=255)
ttGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAataagtata > 1:641218/1‑99 (MQ=255)
gATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAataagtataag < 2:614341/99‑1 (MQ=255)
gATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAataagtataag < 2:120959/99‑1 (MQ=255)
aTTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATTCTTATTGCTTGAataagtataagt < 2:1471149/99‑1 (MQ=255)
aTTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAataagtataagt > 1:735929/1‑99 (MQ=255)
aTTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAataagtataagt < 2:956850/99‑1 (MQ=255)
ttATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAAtaagtataagta > 2:568132/1‑99 (MQ=255)
ataAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAAt > 2:31407/1‑99 (MQ=255)
ataAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAAt > 2:100346/1‑99 (MQ=255)
taAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAAtt < 1:1657929/99‑1 (MQ=255)
aGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTtc > 2:847009/1‑99 (MQ=255)
aGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTtc > 2:197176/1‑99 (MQ=255)
aaaTTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTtctc < 2:1034175/99‑1 (MQ=255)
aaTTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTcc > 2:1230499/1‑99 (MQ=255)
aTTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAGCAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCt > 1:783602/1‑99 (MQ=255)
aTTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCt < 1:924536/99‑1 (MQ=255)
aTTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCt > 1:1023909/1‑99 (MQ=255)
ttGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCtt < 1:1634284/99‑1 (MQ=255)
ttGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCtt > 2:1379778/1‑99 (MQ=255)
aCGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGt > 2:1058634/1‑99 (MQ=255)
aCGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGt > 2:811832/1‑99 (MQ=255)
cGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTa > 1:552538/1‑99 (MQ=255)
aaGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAat > 2:1659756/1‑99 (MQ=255)
aGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAata > 2:878837/1‑99 (MQ=255)
aGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAata < 1:654363/99‑1 (MQ=255)
gCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAatat > 1:1353892/1‑99 (MQ=255)
gCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAatat < 1:335363/99‑1 (MQ=255)
gCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAatat < 2:702704/99‑1 (MQ=255)
gTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAAtatta < 1:1469449/99‑1 (MQ=255)
gATTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTAtgtg < 1:1476937/99‑1 (MQ=255)
aTTTGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTATGTGa < 1:151639/99‑1 (MQ=255)
tGTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTATGTGAAGa < 1:253211/99‑1 (MQ=255)
gTAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTATGTGAAGAc < 2:470022/99‑1 (MQ=255)
tAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTATGTGAAGACt > 1:962586/1‑99 (MQ=255)
tAAATTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTATGTGAAGACt > 1:390437/1‑99 (MQ=255)
tAAATTCAGGCAAACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTATGTGAAGACt > 1:766727/1‑99 (MQ=255)
aaaTTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTATGTGAAGACTg < 2:553526/99‑1 (MQ=255)
aaaTTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTATGTGAAGACTg < 2:920786/99‑1 (MQ=255)
aaaTTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTATGTGAAGACTg < 2:950972/99‑1 (MQ=255)
aaTTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTATGTGAAGACTGt > 1:1346346/1‑99 (MQ=255)
aTTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTATGTGAAGACTGtt < 2:1077655/99‑1 (MQ=255)
ttCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTATGTGAAGACTGttt < 1:1148930/99‑1 (MQ=255)
|
GACAGAAAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCTGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTATGTGAAGACTGTTT > CP002094/306103‑306294
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
ATAGACAGAAAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCTGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTATGTGAAGACTGTTTT > CP002094/306100‑306295
|
ATAGACAGAAAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCA > SRR7892090.1567087/1‑100 (MQ=60)
AGACAGAAAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGG > SRR7892090.845542/1‑100 (MQ=60)
ACAGAAAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGATGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCA > SRR7892090.512619/1‑100 (MQ=60)
ACAGAAAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCA > SRR7892090.1535971/1‑100 (MQ=60)
AGAAAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATA > SRR7892090.957966/1‑100 (MQ=60)
GAAAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATAC > SRR7892090.1603472/1‑100 (MQ=60)
AAAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACT > SRR7892090.216060/1‑100 (MQ=60)
AAAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACT < SRR7892090.863065/100‑1 (MQ=60)
AAAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGAAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATCCT > SRR7892090.1148745/1‑100 (MQ=60)
AAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTG > SRR7892090.1085031/1‑100 (MQ=60)
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AAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCAGGCATACTGTT < SRR7892090.764194/100‑1 (MQ=60)
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TTCAGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTATGTGAAGACTGTTTT < SRR7892090.1156476/100‑1 (MQ=60)
|
ATAGACAGAAAAAATAATGAGTATTATTTCACCAAGAAAAAAGAAAAGGTAAGTAAATTGATTATAAGAAATTGAACGAAGCGTATGATTTGTAAATTCTGGCATACTGTTTTGTCTTAAAACAACTGAAAAATGCTTATTGCTTGAATAAGTATAAGTAATTTCTCCTTCTGTAATATTATGTGAAGACTGTTTT > CP002094/306100‑306295
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
