Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F1 I1 R1
|
26 |
102.0 |
3326124 |
78.0% |
2594376 |
98.8 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP002094 |
1,224,391 |
2 bp→AG |
intergenic (+244/+299) |
LLNZ_06440 → / ← LLNZ_06445 |
hypothetical protein/hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP002094 | 1,224,391 | 0 | G | A | 98.7%
| 297.9
/ ‑3.3
| 78 | intergenic (+244/+300) | LLNZ_06440/LLNZ_06445 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (34/43); total (35/43) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.10e-01 |
| * | CP002094 | 1,224,392 | 0 | A | G | 100.0%
| 318.6
/ NA
| 78 | intergenic (+245/+299) | LLNZ_06440/LLNZ_06445 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (35/43); total (35/43) |
TATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATGATATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGA > CP002094/1224299‑1224483
||
tATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGtatta < 1:751278/99‑1 (MQ=255)
tATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGtatta < 2:1193174/99‑1 (MQ=255)
aTTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGtattat < 2:416567/99‑1 (MQ=255)
aTTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGtattat < 1:1307482/99‑1 (MQ=255)
ttGAGGTTAGTATCGGGGACAGTATTGAGGGCAGCATTAGGGTTAGGATTAGGGACGGTATTAGGGTCAGTATTTAGGTCCGTATTAAATAGTattatt > 1:1584878/1‑99 (MQ=21)
gAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTaa < 1:87038/99‑1 (MQ=255)
gAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTaa < 2:129804/99‑1 (MQ=255)
aGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAAt < 2:1413951/99‑1 (MQ=255)
aGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAAt < 2:1354085/99‑1 (MQ=255)
ggTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAAtt < 2:1444983/99‑1 (MQ=255)
ggTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAAtt > 2:135330/1‑99 (MQ=255)
ttAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAAtttt > 1:1193747/1‑99 (MQ=255)
ttAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAAtttt < 1:511655/99‑1 (MQ=255)
aGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTaa > 2:42138/1‑99 (MQ=255)
aGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTaa > 2:55434/1‑99 (MQ=255)
gTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTNNATAGTATTATTAATTTTAAt > 2:314044/1‑99 (MQ=255)
gTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAAt < 1:983814/99‑1 (MQ=255)
tATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATa > 1:113338/1‑99 (MQ=255)
aTCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATAc < 1:1436623/99‑1 (MQ=255)
cGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTTTTAATTTTTATACTa > 1:1041204/1‑99 (MQ=21)
ggggTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAg < 2:1442197/99‑1 (MQ=255)
ggTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGAc < 1:25220/99‑1 (MQ=255)
ggTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGAc > 2:464089/1‑99 (MQ=255)
gTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGAcc > 2:594719/1‑99 (MQ=255)
tCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCt > 1:192056/1‑99 (MQ=255)
tGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACaaaaa < 2:906941/99‑1 (MQ=255)
gAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAAt < 1:628681/99‑1 (MQ=255)
aGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAAtt > 2:136059/1‑99 (MQ=255)
gttaGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTta > 1:226817/4‑99 (MQ=25)
aGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAg < 1:615350/99‑1 (MQ=255)
gTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGc < 2:962670/99‑1 (MQ=255)
gTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGc > 1:612380/1‑99 (MQ=255)
gTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGc > 1:733917/1‑99 (MQ=255)
aTTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTa < 1:997039/99‑1 (MQ=255)
aGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGc < 1:1587405/99‑1 (MQ=255)
ttAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTg > 1:594975/1‑99 (MQ=255)
ttAGTATTAGGGCCGGGATTAGGGTCAGTATTAAGGGCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTg > 2:736792/1‑99 (MQ=25)
aGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTgag < 1:1113917/99‑1 (MQ=255)
gTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTgaga < 2:397786/99‑1 (MQ=255)
gTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTgaga < 2:1193747/99‑1 (MQ=255)
tATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGaa > 1:869267/1‑99 (MQ=255)
tATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGaa > 2:1335953/1‑99 (MQ=255)
ttAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGaaaa > 2:127356/1‑99 (MQ=255)
aGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAg < 1:754067/99‑1 (MQ=255)
aGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAg < 2:503611/99‑1 (MQ=255)
gggTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTATAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGc > 2:1128/1‑99 (MQ=38)
gTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑aa > 2:1262641/1‑99 (MQ=255)
gTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑aa > 2:127748/1‑99 (MQ=255)
gTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑aa < 1:1616640/99‑1 (MQ=255)
cGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAAc < 2:802941/99‑1 (MQ=255)
ggTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACt < 2:464447/99‑1 (MQ=255)
ggTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACt < 1:327045/99‑1 (MQ=255)
tATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACttt > 2:800271/1‑99 (MQ=255)
aTTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACtttt < 2:294011/99‑1 (MQ=255)
ttAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACttttt < 2:1594344/99‑1 (MQ=255)
gtcagtattaaggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTaa < 1:594719/99‑1 (MQ=255)
gtcagtattaaggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTaa > 1:1356072/1‑99 (MQ=255)
tcagtattaaggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTaaa < 1:1305456/99‑1 (MQ=255)
agtattaaggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAACAAAACTTTTTTTTaaaa > 1:1434060/1‑98 (MQ=25)
gtattaaggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGat > 1:850380/1‑99 (MQ=255)
tattaaggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGata > 1:936732/1‑99 (MQ=255)
tattaaggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGata < 2:1120208/99‑1 (MQ=255)
tattaaggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGata < 1:55434/99‑1 (MQ=255)
ttaaggtcagtattaaATGGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGAtata > 2:75350/1‑99 (MQ=255)
ttaaggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGAtata < 1:862127/99‑1 (MQ=255)
taaggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATAc < 1:387337/99‑1 (MQ=255)
ggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATACCTa > 1:300431/1‑99 (MQ=255)
ggtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATACCTa < 2:1539905/99‑1 (MQ=255)
gtcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATACCTaa > 2:1396885/1‑99 (MQ=255)
tcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATACCTaaa > 1:812143/1‑99 (MQ=255)
tcagtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATACCTaaa > 1:1058551/1‑99 (MQ=255)
gtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATACCTaaaaaa > 1:1624085/1‑99 (MQ=255)
gtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATACCTaaaaaa > 2:615780/1‑99 (MQ=255)
gtattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATACCTaaaaaa < 1:1046332/99‑1 (MQ=255)
tattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAAt < 1:449985/99‑1 (MQ=255)
tattaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAAt < 2:910279/99‑1 (MQ=255)
ttaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATga < 2:1518085/99‑1 (MQ=255)
ttaaATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATga < 1:209675/99‑1 (MQ=255)
||
TATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATGATATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC‑AAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGA > CP002094/1224299‑1224483
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
TATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATGATATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAG > CP002094/1224299‑1224484
|
TATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTAT < SRR7892090.757382/100‑1 (MQ=60)
ATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATT < SRR7892090.1315409/100‑1 (MQ=60)
ATTGAGGTTAGTATCGGGGACAGTATTGAGGGCAGCATTAGGGTTAGGATTAGGGACGGTATTAGGGTCAGTATTTAGGTCCGTATTAAATAGTATTATT > SRR7892090.1594740/1‑100 (MQ=57)
GAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAAT < SRR7892090.87792/100‑1 (MQ=60)
GTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGGCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTT > SRR7892090.1201441/1‑100 (MQ=60)
TTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTA < SRR7892090.516295/100‑1 (MQ=60)
GTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATA < SRR7892090.990890/100‑1 (MQ=60)
GTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATA > SRR7892090.114368/1‑100 (MQ=60)
ATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACT < SRR7892090.1445019/100‑1 (MQ=60)
TCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTTTTAATTTTTATACTA > SRR7892090.1048454/1‑100 (MQ=60)
GGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACC < SRR7892090.25481/100‑1 (MQ=60)
GTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCT > SRR7892090.193818/1‑100 (MQ=60)
GAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATT < SRR7892090.634072/100‑1 (MQ=60)
tatgtttgtggttatttattgggGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTA < SRR7892090.1473179/77‑1 (MQ=60)
GGTTAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTA > SRR7892090.228960/1‑100 (MQ=60)
AGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGC > SRR7892090.617703/1‑100 (MQ=60)
AGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGC < SRR7892090.620688/100‑1 (MQ=60)
AGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGC > SRR7892090.739969/1‑100 (MQ=60)
ATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTAT < SRR7892090.1004157/100‑1 (MQ=60)
AGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCT < SRR7892090.1597290/100‑1 (MQ=60)
GTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTG > SRR7892090.600249/1‑100 (MQ=60)
AGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGA < SRR7892090.1121405/100‑1 (MQ=60)
GTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAA > SRR7892090.875959/1‑100 (MQ=60)
AGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGC < SRR7892090.760176/100‑1 (MQ=60)
GTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAA < SRR7892090.1626825/100‑1 (MQ=60)
GGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTT < SRR7892090.330227/100‑1 (MQ=60)
GGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAA > SRR7892090.1364099/1‑100 (MQ=60)
GTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAA < SRR7892090.599992/100‑1 (MQ=60)
TCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAG < SRR7892090.1313374/100‑1 (MQ=60)
CAGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAacaaaacttttttttaaaa > SRR7892090.1442426/1‑81 (MQ=60)
AGTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGAT > SRR7892090.857016/1‑100 (MQ=60)
GTATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATA > SRR7892090.943701/1‑100 (MQ=60)
TATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATAT < SRR7892090.55945/100‑1 (MQ=60)
ATTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCcttttaaaaaaaaaaaaaaaaatttttctttaaa > SRR7892090.677170/1‑66 (MQ=60)
TTAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATAC < SRR7892090.868807/100‑1 (MQ=60)
TAAGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACC < SRR7892090.391141/100‑1 (MQ=60)
AGGTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTA > SRR7892090.303316/1‑100 (MQ=60)
GTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAA > SRR7892090.1065865/1‑100 (MQ=60)
GTCAGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAA > SRR7892090.818580/1‑100 (MQ=60)
AGTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAA > SRR7892090.1634358/1‑100 (MQ=60)
GTATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAAT < SRR7892090.1053603/100‑1 (MQ=60)
TATTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATG < SRR7892090.454152/100‑1 (MQ=60)
TTAAATAGTATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAG < SRR7892090.211626/100‑1 (MQ=60)
|
TATTGAGGTTAGTATCGGGGTCAGTATTGAGGTCAGTATTAGGGTTAGTATTAGGGTCGGTATTAGGGTCAGTATTAAGGTCAGTATTAAATGATATTATTAATTTTAATACTAGACCTACAAAAATTTATAGCTATGCTTTGAGAAAAAGCAAACTTTTTCGTAAAGATATACCTAAAAAATGAG > CP002094/1224299‑1224484
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
