Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F21 I1 R7
|
781 |
589.5 |
21734725 |
98.3% |
21365234 |
134.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
4,505,921 |
A→G |
intergenic (‑557/‑52) |
insG ← / → nanX |
IS4‑like element IS4 family transposase/MFS transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 4,505,921 | 0 | A | G | 100.0%
| 283.0
/ NA
| 83 | intergenic (‑557/‑52) | insG/nanX | IS4‑like element IS4 family transposase/MFS transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (36/47); total (36/47) |
TATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGACTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGTATTTGAT > NZ_CP025268/4505786‑4506053
|
tATCAGTTTTATCTTTCATAGATTTAAATATGTTATGAAGAAATGGATGAAAATTTTGTACTGTTTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCTTTTTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGATGCTcc < 2:2908096/140‑1 (MQ=255)
ttATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATAtt < 2:3142456/140‑1 (MQ=255)
aTCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGACATGGAGGAAAAGATTGTAGTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGAACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATAATTa > 1:10086313/1‑140 (MQ=255)
tCATTGAGTGAAATATGTTAAGAAGAATTGGTGGTATAGATTGTACTGATTAGGTATTGATATCAATCAATAGTTCTGGCGTATTTGAAGTCAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTTATATTTACtttt < 2:7034062/140‑2 (MQ=255)
agagTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAggg < 1:1516501/140‑1 (MQ=255)
gagTGCAATATGTTAATAAGACATGGAGGAAAAGATGGTACTGATTAGGTATTGATACCAATCAATTGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTACATAATATTTACTTTAAGGGc < 2:3749629/140‑1 (MQ=255)
tGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGc > 2:632247/1‑137 (MQ=255)
tGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGc < 1:632247/137‑1 (MQ=255)
aaaTATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTatat < 1:8990992/140‑1 (MQ=255)
tAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGTGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATaa > 1:6351718/1‑140 (MQ=255)
tAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATaa < 1:8377645/140‑1 (MQ=255)
aaaTGGAGTAAAAGATTGTACTGATTAGGAATTGATAACAATCAATAGTACTGGCTTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGa < 2:2635448/140‑1 (MQ=255)
aaaTGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGa < 1:9658320/140‑1 (MQ=255)
aaTGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGaa < 1:705658/140‑1 (MQ=255)
ggaggaAAAGATTGTACTGATTAGGTATTTATAACAATCAATAGTACTTGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACa < 2:2238826/140‑1 (MQ=255)
ggaAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAat > 2:262039/1‑140 (MQ=255)
ggaAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAat > 1:2870179/1‑140 (MQ=255)
taagtaTTTGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGAGTATTTTTAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTTCTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGc < 2:5953236/135‑1 (MQ=255)
tACTGATTAGGTATAGATAACACTCAATAGTACTGGCGTATTTGACGACAAGAGAAATATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATAATTACATTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGc < 1:5898358/140‑1 (MQ=255)
tACGGAGTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGTGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGTTCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGc > 2:3238689/1‑140 (MQ=255)
aCTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCa < 1:2889271/140‑1 (MQ=255)
aCTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCa < 2:6699652/140‑1 (MQ=255)
aCTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCa < 2:4408425/140‑1 (MQ=255)
aCTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCa < 1:2888882/140‑1 (MQ=255)
ttAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGta > 1:7915258/1‑140 (MQ=255)
aGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAAAATTTACTTTAAGTGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGCCAACAGCATGGtata < 2:1241873/140‑1 (MQ=255)
gaatagATAACCAGCAATAGTACTGGAGTAAGTGAAGACAATATAATTATTGCTTGATATTGTTGAGGCTCCCTACTATTTACTTTAAGGTCAATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACTGCATGGTATaaa < 2:7135257/135‑1 (MQ=255)
gATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGt < 2:1289018/140‑1 (MQ=255)
gATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGt > 2:6113225/1‑140 (MQ=255)
aaCAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTaa < 2:10684198/140‑1 (MQ=255)
caatcaatAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTcc > 2:2040925/1‑62 (MQ=255)
caatcaatAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTcc < 1:2040925/62‑1 (MQ=255)
tcaatAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATccac > 2:1844039/1‑140 (MQ=255)
tcaatAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATccac > 2:4200362/1‑140 (MQ=255)
tcaatAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATccac > 2:4200437/1‑140 (MQ=255)
tcaatAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACAAAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGTTATAAACAAGTTAATccac > 2:9509342/1‑140 (MQ=255)
cTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGa > 1:2108479/1‑140 (MQ=255)
cTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGa > 1:2108519/1‑140 (MQ=255)
gCGTCTTTGAAGCGATTATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTATTATTTGCTTTAAGGGCTATATTTGAATTTGAGAGGCAACCATTTTGGGAACAGCTGGGTATAGGCGAGGTAATCGACCTGAACGGatcg > 2:6388485/1‑137 (MQ=255)
gCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGc > 1:2853894/1‑67 (MQ=255)
gCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGc < 2:2853894/67‑1 (MQ=255)
gCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCa > 1:7784894/1‑106 (MQ=255)
gCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCa > 2:4414427/1‑106 (MQ=255)
gCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCa < 1:4414427/106‑1 (MQ=255)
gCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCa < 2:7784893/106‑1 (MQ=255)
tttGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAggg > 1:1783989/1‑61 (MQ=255)
tttGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAggg < 2:1783989/61‑1 (MQ=255)
tttGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGc > 1:2905015/1‑100 (MQ=255)
tttGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGc < 2:2905015/100‑1 (MQ=255)
tttGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCtt > 1:8358935/1‑140 (MQ=255)
tttGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTCACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGc > 1:2905023/1‑100 (MQ=255)
tttGAAGACAATATAATTATTACTGGATATTGTTGAGGCTCCATAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCtt > 2:4761218/1‑140 (MQ=255)
tttGAAGACAATATAATTATGTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGc < 2:2905023/100‑1 (MQ=255)
cAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGc < 2:221220/140‑1 (MQ=255)
cAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGc < 2:220930/140‑1 (MQ=255)
aaTATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCa < 1:6113225/140‑1 (MQ=255)
aaTATAAGTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCa < 2:3274707/140‑1 (MQ=255)
atatAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCAt < 2:9564777/140‑1 (MQ=255)
atatAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCAt < 2:9564089/140‑1 (MQ=255)
tataATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATg > 1:3551813/1‑140 (MQ=255)
tataATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATg > 1:7131405/1‑140 (MQ=255)
taATTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGc < 1:2795573/140‑1 (MQ=255)
aaTTATTTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACACGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCAGCATGGCt < 2:10086312/140‑1 (MQ=255)
tattTCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTgg < 2:2870179/140‑1 (MQ=255)
tttCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGat > 2:4567618/1‑140 (MQ=255)
tCTGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGatat > 2:163975/1‑140 (MQ=255)
tGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGaa < 2:3970277/60‑1 (MQ=255)
tGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGaa > 1:3970277/1‑60 (MQ=255)
tGGATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGt > 2:1549336/1‑140 (MQ=255)
gATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGat < 2:10864473/134‑1 (MQ=255)
gATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGat > 1:10864474/1‑134 (MQ=255)
gATATTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGTAt > 2:5550606/1‑140 (MQ=255)
atTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGTATTTg < 2:6465562/140‑1 (MQ=255)
atTGTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGTATTTg < 2:6465578/140‑1 (MQ=255)
ttgttgAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGc > 1:2973330/1‑124 (MQ=255)
ttgttgAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGc < 2:2973330/124‑1 (MQ=255)
tgttgAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCa < 1:7032233/71‑1 (MQ=255)
tgttgAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCa > 2:7032232/1‑71 (MQ=255)
tgttgAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCa > 2:229605/1‑71 (MQ=255)
tgttgAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCa < 1:229605/71‑1 (MQ=255)
tgttgAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGata > 1:8425383/1‑130 (MQ=255)
tgttgAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGata < 2:8425382/130‑1 (MQ=255)
tgttgAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGTATTTGAt < 1:7266690/140‑1 (MQ=255)
|
TATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGACTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGTATTTGAT > NZ_CP025268/4505786‑4506053
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
BRESEQ :: bam2aln output
AAAACTGTAGGTGGGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGACTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGTATTTGATGGCTTTGATTTTATGAT > NZ_CP025268/4505771‑4506070
|
AAAACTGTAGGTGGGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGG < SRR14920197.2209251/151‑1 (MQ=60)
AAACTGTAGGTGGGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGC < SRR14920197.8486607/151‑1 (MQ=60)
AAACTGTAGGTGGGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGGC < SRR14920197.8486608/151‑1 (MQ=60)
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GTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGTATTTGATGGCctgtctctt > SRR14920197.9083335/1‑142 (MQ=60)
GTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGTATTTGATGGCTTTGATTTT > SRR14920197.5132107/1‑151 (MQ=60)
GTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGTATTTGATGGCTTTGATTTT > SRR14920197.6122622/1‑151 (MQ=60)
GTTGAGGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGTATTTGATGGCTTTGATTTT > SRR14920197.3019747/1‑151 (MQ=60)
GGCTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATctgtctcttatacacatctccgagcccacgagacctctctacatctcgtatgccgtcttctgcttgaaaagtggggggggggggg > SRR14920197.10746623/1‑66 (MQ=60)
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AAAACTGTAGGTGGGTATCAGTTTTATCTTTCATAGAGTGAAATATGTTAAGAAGAAATGGAGGAAAAGATTGTACTGATTAGGTATTGATAACAATCAATAGTACTGGCGTATTTGAAGACAATATAATTATTTCTGGATATTGTTGAGACTCCCTAATATTTACTTTAAGGGCTATATTAGAATAACACAGGAAACAAATATGGCAACAGCATGGTATAAACAAGTTAATCCACCACAACGGAAAGCTCTTTTTTCCGCATGGCTTGGATATGTATTTGATGGCTTTGATTTTATGAT > NZ_CP025268/4505771‑4506070
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
