Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F15 I1 R3
|
782 |
676.6 |
23254289 |
97.6% |
22696186 |
138.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,598,952 |
(C)9→8 |
pseudogene (3955/5423 nt) |
CXP41_RS08400 ← |
ECSE_1600 family autotransporter |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,598,944 | 0 | C | . | 94.5%
| 2265.4
/ 117.6
| 543 | pseudogene (3963/5423 nt) | CXP41_RS08400 | ECSE_1600 family autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/18); new base . (220/278); total (237/306) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.68e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 600 total aligned reads displayed.
AACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCA > NZ_CP025268/1598805‑1599077
|
aCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcc < 1:4006842/140‑1 (MQ=255)
cGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccc < 1:7707066/140‑1 (MQ=255)
catcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGAGAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAAACGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccc < 2:6151794/140‑1 (MQ=255)
atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccc < 1:3489165/140‑1 (MQ=255)
agcaGGCCATTGTGTCCGGTCTAGTGGCCGTTACCGGTCAGTACCTACCCCGGGTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTCGCGACACGCAGTGccccccc < 2:7233435/138‑1 (MQ=255)
caGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccc < 1:8096515/140‑1 (MQ=255)
ggCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACTGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCATTCGCTATTCATTTGAAACGTGCCGCCTTTCTCCAGGTTGCCGCCGTGAGTGGTTTTAGAGTCACGCAGTGagccccacagg > 2:2424805/1‑135 (MQ=255)
cATTGTTTCCGTTATATTTGCCTTAAACTGTCAGTAAATTCCCCGTTTTCACCCCTTCGCTATTAATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTTACGCCGATAGTGGTTTTATAGACACGCAGTGcccccccaaggcat < 2:11178922/140‑8 (MQ=255)
aTTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATa < 1:5118867/140‑1 (MQ=255)
cGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 1:5515094/140‑1 (MQ=255)
cGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 1:10945828/140‑1 (MQ=255)
tataGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATc < 1:9849615/140‑1 (MQ=255)
aGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCCGAACGTTCTTATCAcc > 1:3819635/1‑140 (MQ=255)
gTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGACCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCt < 1:10741921/140‑1 (MQ=255)
gCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCa > 2:8568262/1‑140 (MQ=255)
gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTGGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGATCATATCACCTGAAgtg > 2:3444060/1‑140 (MQ=255)
aCGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCGTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑GGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGa < 2:8164521/140‑1 (MQ=255)
cGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATGGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATATCGTTCTTATCACCTGCAGTGGTGAc > 2:1900509/1‑140 (MQ=255)
tCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACAtt > 2:9121629/1‑140 (MQ=255)
ggaCAGTCCCCGGTGTCCCCCCTTCGCTTGACATTTGAACCGTGCCGCCCTGCTCCAGGTTGCCGCCGATAGAGGTTTTCGTGACACGCAGTG‑ACCCCCCCAGGCATAACTTTCATCTCACCTGCAGTTGTGACATTTcc < 2:11508494/138‑1 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCCTTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:4301808/140‑1 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:4574683/140‑1 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 2:5075670/140‑1 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:9646891/140‑1 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATGCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTGCATATCTCCGGCATTGGTGACAGTTcc > 2:7921444/1‑140 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCAGTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:7949780/140‑1 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCGTCGCTATTCAATTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:3406104/140‑1 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTACCCCCTTCTCTATTCATTTGAACCGTGACGCCATTCTCCAGGTTGCCGCAGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 2:569105/140‑1 (MQ=255)
tACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCGTATCACCGGCAGTGGTGACATTTccc > 2:941808/1‑140 (MQ=255)
tACATTCCCCGGTTTCCCCCCATCGCTATTCATTTGCACCGAGCCGCCATACTCCCGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACTCGCAGTG‑CCCCCCACAGGCATAACGTTCTTATCACCTGCAGTGGTGACAATTccc < 2:5308782/140‑1 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGTACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGAGAGGGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATCTCACCTGCAGTGGGGACATTTCGCGGCag > 2:8825163/1‑139 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATCGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCCTTACGGTGATATCTCGTGCAGTGGTGGCATTTCCCGACAt > 1:3139611/1‑140 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCC‑GGCATAACGTTCATATCACCTGCCGTGGTGAGATGTCCCGACAt > 2:3083380/1‑140 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCAGTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACGTGCAGTGGTGACTTTTCCCGACAt > 2:3898202/1‑140 (MQ=255)
ccccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCGCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAG‑GGCCCCCCCCGGGCGGAACGTGCATATCACCTGGAGGGGTGTGTTTTCCCGTCagc > 1:5963713/1‑138 (MQ=255)
ccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCCTAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATcac > 1:5323495/1‑140 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTTATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:1927273/140‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCAc < 1:6029011/110‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:11450804/140‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:2895003/140‑1 (MQ=255)
ggTGTCCCCCCATCGCTATTCATTTTAACCGTGCCTCCATTCTCCAGGGTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACAAGCAG‑GGCCCCCCCCAGGCATAACGTTCAGATCACGTGCAGGGGGGACCGTTCCCGACATCacac < 2:9674227/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCTCTATTCAATTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACCCGCAGTG‑CCCCCCCCAGCCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACCCCg < 2:1096000/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCC‑GGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:3651524/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg > 1:9988967/1‑140 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGAGCCGCCATTCTCAAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGAAGTG‑ACCCCCCCAGTCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 2:1341203/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATACATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATTGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCAAACCg < 1:700659/140‑1 (MQ=255)
gttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATACTCCAGGTTGCCGCCGCTAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACCCCg < 2:7596478/139‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGATCCGTGCCGCCTTTCTCCAGGTTGCGGACGAGATTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:5239027/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:5667271/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:221749/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATCCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:654908/140‑1 (MQ=255)
cTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATg < 1:265657/140‑1 (MQ=255)
ttCGCTATTCTTTTGAACGGTTCCGCCTTTATCCATGTTGCCTACTTTAGTGGTTTTAGCTACACTCATTG‑CCCCCCCCAGGCTTAACGTTCATATCAACTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATgg < 2:6557717/140‑1 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCC‑GGCATAACGGTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa > 2:2262623/1‑140 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa > 2:4500648/1‑140 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGGTATGGa > 1:8713961/1‑140 (MQ=255)
tataaaTTTGAACCGTGCCGCCATACTCAAGGTTGCCCCAGATAGTGGTTTTAGCGACACTCAGT‑TCCCCACCCAGGCATAAGGTTCATATAACCTGCAGAGGTGAAATTTACCGACATCACACCGGTGTTTTTGATAtt > 2:9790698/6‑140 (MQ=255)
tATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATAtt > 1:1650664/1‑140 (MQ=255)
aTTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAAtgt > 1:11614454/1‑140 (MQ=255)
ttGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCa < 2:5991104/72‑1 (MQ=255)
ttGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATgtgt > 1:4107174/1‑140 (MQ=255)
ttGAACCGTGACTCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGAGGTTTTCGCGACACGCACTG‑CCCCCCCCAAGCATAACGTTCATATCACCTGAAGTGGTGACATTTCCCGACATCACCCATCAGATATGGATAATAATgtgt < 2:4792729/140‑1 (MQ=255)
aaCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGa > 2:5389377/1‑140 (MQ=255)
aCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGAc < 1:9092140/140‑1 (MQ=255)
aCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGAc < 1:11099672/140‑1 (MQ=255)
aCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGAc < 1:7519502/140‑1 (MQ=255)
ccGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACt > 2:802074/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:2385448/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 2:5897456/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:10199661/1‑140 (MQ=255)
gccgccCCTCTCCGGGTTTCCGGCGCGCGGGGGGTTAGCGACTCGCTGGGCCCCACCCC‑GTCAGAACGTTCATCTCACCGGCCGTGGTGCCAGTTCCCGTCCTCCCACCGCTGTTATGGATATTAATGTGttgccttgcc < 2:10675061/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:2511422/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:10021351/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:10370152/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:4763799/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:5284523/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:7261561/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 2:1616952/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 2:2773463/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:8371255/140‑1 (MQ=255)
gccgacATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGTATTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 2:3746543/140‑1 (MQ=255)
ccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGGTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCa > 1:8458148/1‑140 (MQ=255)
cgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCat < 1:7805480/140‑1 (MQ=255)
ccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGGGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACCCCGCTGTTATGGATATTATTGTGTTGACTTGCCatat > 2:4153441/1‑140 (MQ=255)
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GCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGC < SRR14920200.3221016/151‑1 (MQ=60)
GCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGC < SRR14920200.10442974/151‑1 (MQ=60)
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ACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCCACGATATCCGT > SRR14920200.7865340/1‑151 (MQ=60)
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GAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTT‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGC > NZ_CP025268/1598804‑1599102
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |