Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F15 I1 R5
|
785 |
665.2 |
22963641 |
98.6% |
22642150 |
138.1 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,598,952 |
(C)9→8 |
pseudogene (3955/5423 nt) |
CXP41_RS08400 ← |
ECSE_1600 family autotransporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,598,944 | 0 | C | . | 94.4%
| 2370.9
/ 127.6
| 573 | pseudogene (3963/5423 nt) | CXP41_RS08400 | ECSE_1600 family autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/22); new base . (218/306); total (230/343) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 647 total aligned reads displayed.
GAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACGATAT > NZ_CP025268/1598804‑1599083
|
aCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcc < 1:1797724/140‑1 (MQ=255)
aCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTGGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcc < 2:689401/140‑1 (MQ=255)
cGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccc < 1:3726798/140‑1 (MQ=255)
cGTCATCAGGCCATTGTGTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccc < 1:4846077/140‑1 (MQ=255)
catcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACCTTCCCCGGTGTCCCCCCGTCGCTCTTGCTGTGAGCCGTGCCGCCCTTCTCCAGGTTGCCGCCGGTCGTGGTTGTCGCGACACGCTGTGccgccc > 2:9038303/1‑140 (MQ=255)
catcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCGATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccgcc > 2:1107664/1‑140 (MQ=255)
atcaGGCCCTTTTGTACTGTATAGTTGCCCTTAACGCTCAGTACAGGCCCCCGTTGACCCCCTGCTCTATTAATTTGAACCGAGCCGCCATTCTCAACGGTGCCGCCGATAGTGGTATGAGCGACACGCAGTGccccccc < 2:194999/140‑1 (MQ=255)
atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccc < 1:9131674/140‑1 (MQ=255)
atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccc < 1:2553325/140‑1 (MQ=255)
atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACAGTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCAGTCTCCAGGATGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccc < 2:9734886/140‑1 (MQ=255)
tcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccccc < 2:5017736/140‑1 (MQ=255)
ggCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTCTTCGGTTGGCCCGTGCCGCCATGCTCCGGGGGGCCGCCGAGAGTGGGTGTTGCGGCTCGCAGTGgcccccccggg > 1:3304090/1‑137 (MQ=255)
ggCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCAAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccccagg > 2:2111291/1‑137 (MQ=255)
cATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCAt < 1:9642830/140‑1 (MQ=255)
cATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCAt < 1:10833852/140‑1 (MQ=255)
cATTGTGTCCGGTATAGTTCCCGTTACCGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCAt < 1:6235035/140‑1 (MQ=255)
aTTGTTTCCGGTTTAGTTGCCCGTAACGGTCTGTTCATTCCCCGGTTTCCCCCCGTCGCTATTCAGTTGTACCGTGCCGCCATTCTCCTGGTTGCCGCCGAGAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATa < 2:5174792/140‑1 (MQ=255)
ttGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACAGTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCAATTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATa < 1:4680481/140‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACg < 1:3987113/140‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACg < 1:2255651/140‑1 (MQ=255)
gTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGGTTCCCCCCTTCTCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACg < 2:2283858/140‑1 (MQ=255)
tCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGGGTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTc < 1:5078406/140‑1 (MQ=255)
tCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTAATTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCACCCAGGCATAACGTTc < 2:638097/140‑1 (MQ=255)
ccGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCAGTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGGTTTAGCGACACGCTGTG‑CCGCCCCCAGGCCTAGCGGTCa > 1:3096915/1‑140 (MQ=255)
cgttagaGTTGCCGTTAACTGTAAGAACAGGCCCCGTTTTCCCCCCTTCGATTTTCATTTGACCCGTGCCGCCTTAGTCCAGGTTGCCGCCGATAGAGGATTTAGCGACACGCAG‑GGCCCCCCCCAGGCATCACGTTCag < 2:7993772/134‑2 (MQ=255)
cGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 1:730130/140‑1 (MQ=255)
cGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 1:7576543/140‑1 (MQ=255)
tgTATAGTTGGCGTTACCGGTCAGTACAGTCCGCGGGTGCCCGCCTTCGGTATTCATTTGAACCGTGAAGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATTGTGGATTTAGCGACACGCAGTG‑CGCCCCCCAGGCATAACGTTCata < 2:6222334/139‑1 (MQ=255)
tataGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATc < 1:458731/140‑1 (MQ=255)
aGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCGAGGTTGCCGCCGAGAGTGGTGTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCAGAACGTTCATATCAcc > 2:6553652/1‑140 (MQ=255)
gCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTCTTCGTTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCTGGTTGCCGCCGATAGGGGTTTTAGCGACACGGAGTG‑CCCCCCCCAGGCGTAACGGTCCTATCGCCGGcg > 1:8495489/1‑139 (MQ=255)
ccGTTAACGGACAGAACATTCCCAGGTTTCCCCCCTTCTCTATTCAATTGAACCTTGCCGCCAGTCTGCAGGTTGCCGCCGATATTGGTTTTAGAGACACTCAG‑GGCCCACCCCATCCATAACGTTCATATCACCTGCat < 2:8150516/140‑2 (MQ=255)
gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAgtg < 1:4341002/140‑1 (MQ=255)
gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAgtg < 1:1140003/140‑1 (MQ=255)
aaCGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCGTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGAGAGTGGGTTTAGCGACACGCGGTGCGCGCCCCC‑GGCATACCGGTCATATCGCCGGGGgtggtg > 1:11231621/1‑140 (MQ=255)
cGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGAc < 2:1353995/140‑1 (MQ=255)
aggTCAGTACATTCCCAGGTTTCACCCCTTCGCTAGTCATTTGAAAAGAGGCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATATTTGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATTGAGTTCATATGACCTGCAGAGGTGAc > 2:3064986/2‑140 (MQ=255)
cAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGTTAGTGGTGTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATTACGTTCATATCGCCTGCAGTGGTGTCAtgt > 2:606264/1‑138 (MQ=255)
aGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTc > 2:7481979/1‑140 (MQ=255)
tACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATGGAGTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGAGAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCTGGCATGACGTGCTGCGCACCTGCAGGGGGGGCAtggggg > 1:8839695/1‑135 (MQ=255)
ttCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACCTTTCCCGAcc > 1:10021450/1‑139 (MQ=255)
ttCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACa < 1:800398/140‑1 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACAt < 1:10642432/140‑1 (MQ=255)
cccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATca < 1:1614957/140‑1 (MQ=255)
cccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCAGTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATca < 2:4475327/140‑1 (MQ=255)
gttttCCCCCCTTCTATATTCATTTGAACAGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGTTAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCAAGGAATAAAGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCTACATCacac < 2:3925695/138‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGAGATTTCCCGACATCacac > 2:8683438/1‑140 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac > 2:4093018/1‑140 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:5174312/140‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:241322/140‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac > 2:1588355/1‑140 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:6924361/140‑1 (MQ=255)
ggTGTCCCCCCCTCGCTATTCATATGAACCGAGCACCCACTCTCCATCTTGCCCCCGAAACTGGATTACCCGACACGCACTGCCCCCCCCC‑GGCATAACGTACTTATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGCCAacacac < 2:8475922/140‑1 (MQ=255)
gTTTCCCCCCATAGGTATTCATTTTGACCGTTCCGCCATTACTCATGTTTGCGGCGTTTTTTGTTTTTTCGCAAAGCATTTCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac < 1:10277868/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:2828998/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:376615/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:10459318/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 2:182006/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCGTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGTTAGTGGTTTTCGCCACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTGCCCGACATCCCACCg < 2:2200268/140‑1 (MQ=255)
tgtCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:10128559/138‑1 (MQ=255)
gttCCCCCCTTCGCTAGTCATGTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGGTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 2:3295576/139‑1 (MQ=255)
ttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:4481771/140‑1 (MQ=255)
ccccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGtt < 1:4127336/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:5566189/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:5800550/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:8968692/140‑1 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa > 2:4537223/1‑140 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGAAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCCCCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa < 2:3557260/140‑1 (MQ=255)
tCGCGATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACCTCACACCGCTGTTATGGa < 2:2647846/140‑1 (MQ=255)
tCGATATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCATGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑ACCCCCACTGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACTGTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa < 2:10334073/140‑1 (MQ=255)
cgatATTCCTTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGTTAGTGGTTTGAGAGACACGCAGTG‑CCCCCCACAGGCATAACGTTCTTCTCACATGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCAGTTATGGat < 2:7777686/137‑1 (MQ=255)
tATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATAtt < 2:5412412/140‑1 (MQ=255)
aTTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTTTGGATATTa < 2:1214468/140‑1 (MQ=255)
ttCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTaa < 1:9993862/140‑1 (MQ=255)
ttCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTGTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGAGAGATTTCCCGACATCACACCGCTGGTATGGATATTat > 1:9407233/1‑139 (MQ=255)
aaCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTATTGTGTTGa > 2:9187723/1‑140 (MQ=255)
aCCGTGCCGCCATTTTCCAGGTTGCCGGCTATTGTTGTTTGAGCGACACTTATTG‑ACACCGCATGGCATAAAGTTCATATCACATGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCAGACCGCTGTTATGGATTTTAATGTTTTGAc < 2:2894970/140‑1 (MQ=255)
ccGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt > 1:8083041/1‑121 (MQ=255)
ccGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTCATGTGTTGACt > 1:3458178/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATCTTAATGTGTTGACTTGc > 1:2104058/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:7746767/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 2:419214/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:1956153/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:9715075/1‑140 (MQ=255)
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GGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCC < SRR14920198.5901246/151‑1 (MQ=60)
TAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACGA < SRR14920198.5110552/151‑1 (MQ=60)
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
