Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F15 I1 R4
|
781 |
701.7 |
22683696 |
98.1% |
22252705 |
139.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NZ_CP025268 |
1,598,952 |
(C)9→8 |
pseudogene (3955/5423 nt) |
CXP41_RS08400 ← |
ECSE_1600 family autotransporter |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NZ_CP025268 | 1,598,944 | 0 | C | . | 95.1%
| 2610.9
/ 119.3
| 612 | pseudogene (3963/5423 nt) | CXP41_RS08400 | ECSE_1600 family autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/20); new base . (243/323); total (255/357) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.50e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 684 total aligned reads displayed.
AACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCACG > NZ_CP025268/1598805‑1599079
|
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aaCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGc < 1:10662460/140‑1 (MQ=255)
aaCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCGTCGCGATTCATGTGAACCGTGCCGCCAGTCTCCAGGGTGCCGCCGAGAGTGGTTTTTGCGACACGCAGTGc > 1:6547565/1‑140 (MQ=255)
aCGTCCTCCGGCCATTGTTACCGGTTAAGTTGCCGTTAACGGTCACGACAGTCCCCGGTTTCCCCCCTACGCTAGTCATTTGCCCCGTGCCGCCAGTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTAAGCGACACGCAGTGcc < 2:11003825/140‑1 (MQ=255)
aCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcc < 1:1581924/140‑1 (MQ=255)
aCGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcc < 2:9841169/140‑1 (MQ=255)
cGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccc < 1:8594973/140‑1 (MQ=255)
atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccc < 1:5108040/140‑1 (MQ=255)
atcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGccccccc < 1:3059475/140‑1 (MQ=255)
tcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGATCCGTGCCGCCATTCTCCACGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGaccccccc > 2:10111774/1‑140 (MQ=255)
tcaGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGcccccccc < 2:10506432/140‑1 (MQ=255)
ggCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCTGTGccccccccagg > 2:4333844/1‑137 (MQ=255)
ggCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGAAGTGccccccccagg > 2:7443354/1‑137 (MQ=255)
ggCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTGGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGGGGTTTTTGCGACACGCAGTGcccccgccggg > 2:592388/1‑137 (MQ=255)
ccATTGTTTCCGGTAGAGTGGCCGTGAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATACTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCa < 1:7035264/140‑1 (MQ=255)
aTTCTTTCCGGTTTAGTTGCCGTTTACGTTCATTACATACCCCGCTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTTCCGCCAATCTCAACGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCTACACGCAGTGccccccccatgcata < 2:3225622/140‑8 (MQ=255)
gTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACg < 1:7595776/140‑1 (MQ=255)
tCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGGACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTc < 1:11157473/140‑1 (MQ=255)
ccGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACCCGCAGTG‑CCCCCCCCGGGCCTAACGTTCa > 2:4975432/1‑140 (MQ=255)
ccGGGAGAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTGTCCCCCCTGCGCTATTCTGTGGTAGCGTGCCGCGATTCTCCAGGGGGCGGCCGTTTGGGGTTGTAGCGCCTCGCGGTG‑GCCGCCCCAGGCATGACGtgct > 2:4622572/1‑137 (MQ=255)
cGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 1:9905057/140‑1 (MQ=255)
cGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATACCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCat < 1:4627333/140‑1 (MQ=255)
gTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCatat < 2:2792375/140‑1 (MQ=255)
tataGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGGGGTTTAAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCACGCACAACGGTCagatg > 2:10604897/1‑139 (MQ=255)
ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCCTTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCGCAGGCCGAACGGTCATAGCGCCTg > 1:9538176/1‑140 (MQ=255)
ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATCTCACCTg > 2:9117367/1‑140 (MQ=255)
ttGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCGATTCATTTGTACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGAGCGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGGTCAGATCACCTg > 2:2051486/1‑140 (MQ=255)
gTTACCGGTCAGTACATTCCCCGGTGTCCCCCCTGCGCTAGTCATTTGAACCGGGCCGCCCTTCGCCAGGTTGCCGCCGAGAGTGGTTGTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCC‑GGCCGAACGTTCAGAGCCCCTGCCgtg > 2:8448046/1‑140 (MQ=255)
gTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGTTCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑GCCCCCCCAGGCCGAACGTTCATGTCACCTGCAgtg > 1:9617374/1‑140 (MQ=255)
tAACGGTCAGTACATGCCCCGGGTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCCGTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAgtggt < 1:3845506/140‑1 (MQ=255)
caaCGGGCAGTCCATTCCCCGTTTACCCCCCGACCCTAGTCACTTGACCCGTCCCGCCAATCCCCAGTTTTCCGCCCATACTGGTTGCAGCGTCACGCATTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAgtggt < 2:2628469/139‑1 (MQ=255)
cGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATGTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGAGAGTGGTTTTAGCGACACGCCGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTGCATTTCCCCTGCAgtggtggc > 1:4732376/1‑138 (MQ=255)
tCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGGCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGTGAGTGGGTTTAGCGTCACGCAGTG‑CCCGCGCCGGGCGTTAGGGTCGTATCGCCTGCGGGGGTGACagt > 1:5410779/1‑138 (MQ=255)
cAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCGCCCGGGCATAACGGTCATCTGACCTGCAGTGGTGACAgtt > 2:2186767/1‑140 (MQ=255)
cAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACAttt < 1:6304799/140‑1 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:5831177/140‑1 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:6071567/140‑1 (MQ=255)
gTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTcc < 1:4313031/140‑1 (MQ=255)
gacctcccccGGGTTCCCCCCTTCGCGATTCATTTGACCCGTGCCGCCATTCCCCAGGTGGCCGCCGATAGTGGATTTAGCGACCCGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCTCCTGCAGTGGTGACATTTccc < 2:5819220/134‑1 (MQ=255)
tCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACCTTTCCCGACAt > 2:6091571/1‑140 (MQ=255)
ccGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCCGAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATcac > 1:11290415/1‑140 (MQ=255)
cgttttCCCACCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCACTTTGACGCCGATAGTGGTTTTAGCTACACGCAGT‑TCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATcaca < 2:5328326/137‑1 (MQ=255)
ggTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCacac > 2:3481284/1‑140 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCTCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 2:7036702/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCTCTATACATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 2:8265899/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCNCGACATCACACCg < 1:5932797/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:1054806/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:4025640/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:2082834/140‑1 (MQ=255)
tttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:1362558/140‑1 (MQ=255)
gttCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCg < 1:3280897/139‑1 (MQ=255)
gtCCCCCCGTCGCTATTCAGGTGCACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGAGAGTGGGTTTAGCGACACGCAG‑GGCCCACACCACGCATCACGTTCATATCCGCTGCAGTTGTGACATGTCCCGAAATCacacacc < 2:10745396/139‑4 (MQ=255)
ccccccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCCGTGGTGACATTTCCCGCCATCACACCGcgg > 1:1873416/1‑138 (MQ=255)
ccccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCCGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGtt < 2:376758/140‑1 (MQ=255)
ccccTTCGCTACTCAGTTGAACCGTGCCGCCCTTCTCCAGGTGGCCGCCGATAGTGGGTTGCGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCATGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATGTCCCGACATCACACCGCTGtt < 2:4207125/140‑1 (MQ=255)
ccTTCTCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATTGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:6563465/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 1:2504116/140‑1 (MQ=255)
ccTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCAGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt < 2:8656929/140‑1 (MQ=255)
ttCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACCTTTCCCGACATCACACCGCTGTTATgg > 1:2246871/1‑140 (MQ=255)
tctcTATTCATTTGTACCGTTCCTCCATTTTCCTGGTTGCCGCCTATTGTGTTTTTAGCGACACGCAGAG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCTCATGCTGTTGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATggt < 2:9285165/137‑2 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa > 1:10197250/1‑140 (MQ=255)
tCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGGTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGa > 1:2846908/1‑140 (MQ=255)
gCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCTGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTGAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCC‑TGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCGGTTATGGata < 2:5558900/140‑1 (MQ=255)
gCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCCGGTTGCCGCCGAGAGTGGTTTTAGCGTCACGCAGTG‑CCCCCCCCATGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGata < 2:9599367/140‑1 (MQ=255)
gAACCGTGCCGCCATTCTCCAGTTTGCCTCCGATAGTGTTTTTAGCTACACGCAGTG‑ACCCACCCAGGCATAAAGTTCATATCACCTGCAGTTGTGACATTTCCAGTCATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTg < 1:7434595/140‑1 (MQ=255)
aaCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGa > 2:7817110/1‑140 (MQ=255)
aaCCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGa > 2:6246227/1‑140 (MQ=255)
ccGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACt > 2:6876563/1‑140 (MQ=255)
ccGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACt < 1:7312785/140‑1 (MQ=255)
gTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTg < 1:10009817/140‑1 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACCTCACACCGCTGTTATGGAGATTAATGTGTTGACTTGc > 1:10993401/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:9696414/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:8209779/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 2:2349086/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:2383826/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 2:10309250/1‑140 (MQ=255)
tGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCGGCAGTGGTGACCTTTCCCGACATCACACCGGGGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGc > 1:3560791/1‑140 (MQ=255)
gccgccATTCTCCTGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTCGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:3188980/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATTTTAATGTGTTGACTTGcc < 1:8016920/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 1:4543126/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGTGGCCGCCGTTAGTGGTTTTTGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATACCGTGCATATCACCTGCCCTGGTGACAGTACCCGACCGCACACCGCTGGTATGGATAGTAATGTGTTGACGTGcc < 2:3335172/140‑1 (MQ=255)
gccgccATTCTCCAGGGTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACCCGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCAACTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGcc < 2:7302042/140‑1 (MQ=255)
aTTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTGATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATAGTa > 1:8652705/1‑140 (MQ=255)
tcCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATgg > 2:7708150/1‑140 (MQ=255)
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CCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAAC < SRR14920199.8388761/151‑1 (MQ=60)
CAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACC < SRR14920199.6091993/151‑1 (MQ=60)
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GTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAA > SRR14920199.3159807/1‑151 (MQ=60)
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GTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGC‑AATTT‑CCCCC < SRR14920199.5133921/151‑1 (MQ=60)
GGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTCATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGC‑AATTT‑CCCCCCC > SRR14920199.8284404/1‑151 (MQ=60)
GGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGC‑CATTT‑CCCCCCC > SRR14920199.413245/1‑151 (MQ=60)
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AGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGC‑AATTT‑CCCCCCCCACGAT < SRR14920199.275446/151‑1 (MQ=60)
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GACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAAATTA‑CCCCCCCCACGATAT > SRR14920199.7621436/1‑151 (MQ=60)
GACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGC‑AATTT‑CCCCCCCCACGATATC < SRR14920199.743157/151‑1 (MQ=60)
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gacacgaagggCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGC‑AATTT‑CCCCCCCCACGATATC < SRR14920199.2455070/140‑1 (MQ=60)
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CACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGC‑AATTT‑CCCCCCCCACGATATCCG < SRR14920199.11124061/151‑1 (MQ=60)
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GAACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGC‑AATTT‑CCCCCCCCACGATATCCGTCGTACCCTGATACGC > NZ_CP025268/1598804‑1599102
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 0 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |